fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令，用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。...具体用法如下： Usage: fastq-dump [options] [...]...fastq-dump [options] Use option --help for more information 一....拆解一个sra文件 cd ~/Seqs fastq-dump --split-files SRR6232298.sra SRR6232298.sra是一个PE测序结果，所以，需要--split-files.../bin/sh for i in *sra do echo $i fastq-dump --gzip --split-files $i done Ctrl+O; Ctrl+X保存退出。
Tue May 21 10:01:44 2019 45:05 91414 pts/0 root fastq-dump Tue May 21 10:01:...pts/0 root fastq-dump Tue May 21 10:01:44 2019 45:05 91417 pts/0 root fastq-dump...pts/0 root fastq-dump Tue May 21 10:01:44 2019 45:05 91421 pts/0 root fastq-dump...pts/0 root fastq-dump Tue May 21 10:01:44 2019 45:05 91425 pts/0 root fastq-dump...pts/0 root fastq-dump Tue May 21 10:01:44 2019 45:05 91429 pts/0 root fastq-dump
使用NCBI提供的SRA-toolkit中的工具fastq-dump直接下载SRR文件，并转换为FASTQ格式，--split-3参数表示如果是双端测序就自动拆分，如果是单端不受影响。...nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5908360 & nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5908361 & nohup...fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5908362 & nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5908363 & nohup...fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5906250 & nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5906251 & nohup fastq-dump...-v --split-3 --gzip SRR5906252 & nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5906253 & 注意：如果数据量很大可能需要下载1
view=toolkit_doc ，我们的目的是把测序sra文件转换为fastq文件，因此点击“fastq-dump”进一步阅读。...查看本地帮助 从进入的这个页面我们能大概了解到fastq-dump命令的基本用法。 然后我在本地的CentOS上又运行了帮助命令 来查看本地版的命令说明。...fastq-dump -h #显示帮助 显然，本地的帮助说明更详细一点。...明白了fastq-dump的常用参数，我们就得到了转换sra文件的套路 fastq-dump --gzip --split-3 -O path -A accession 具体到我们下载的数据，可以直接用...@徐州更博文中的命令进行转换 for i in `seq 56 62`do fastq-dump --gzip --split-3 -O .
1 数据解压：用samtools中的fastq-dump将sra格式转为fastq格式 #先启动python3环境 kelly@DESKTOP-MRA1M1F:/mnt/f/rna_seq/data$...-h #命令1 fastq-dump --gzip --split-3 -O *.sra ....#或者命令2 for id in `seq 56 62` do fastq-dump --gzip --split-3 -O -A SRR35899${id} . done #或者命令3 for...((i=56;i<=62;i++));do fastq-dump --gzip --split-3 -A SRR35899$i.sra -O ....;done 注意 fastq-dump中间没空格 具体用法见官网https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?
测试工具包是否有效：fastq-dump --stdout -X 2 SRR390728. 永久添加环境变量可以写入~/.bashrc文件....# ~/app/sratoolkit/sratoolkit.3.0.5-centos_linux64/bin/fastq-dump fastq-dump --stdout -X 2 SRR390728...SRA数据转化为fastq文件 使用SRA-Toolkit中的fastq-dump工具将SRA数据转化为fastq文件。 转换之前需要知道我们拿到的数据是单端还是双端数据^3^。...fastq-dump -X 1 --split-spot -Z SRR5489805.sra | wc -l #SE数据 fastq-dump SRR15671203 -O ./ #PE数据 fastq-dump...$PATH:/dev/sda1/home/tenney/app/sratoolkit/sratoolkit.3.0.5-centos_linux64/bin while read line do fastq-dump
wiki 常用工具 prefetch 是SRA Toolkit中的工具包中提供的一个专门用来下载SRR数据的工具 fasterq-dump 从 SRA 下载数据并将其转换为 FASTQ 格式的工具，比 fastq-dump...fastq-dump 可选参数 -O：指定输出位置 -Q：质量转换偏移量，默认为33 --gzip：使用gzip压缩输出 --bzip2：使用bzip2压缩输出 --split-spot: 见上文 -...所以一定要显示声明 --fasta：指定解压成fasta格式，默认是fastq格式 单样本处理 先下载再转换 有两个子命令可以实现 sra 转换为 fastq，分别是fastq-dump 和 fasterq-dump..., 但是fastq-dump 拆分非常慢，一般不建议使用 我们简单来对比一下fastq-dump和fasterq-dump的速度差异 ##下载 prefetch SRR19904954 --max-size...--split-files SRR19904954/SRR19904954.sra #fastq-dump转换耗时(m:ss)：20:02.63 ##转换同时采用gzip压缩输出 fastq-dump
ps -ef |grep 'fastq-dump'|grep -v grep|awk '{print$2}'|xargs kill -9 ps -ef 用于获取当前系统所有进程，如上图所示。 ...grep fastq-dump 过滤出与“fastq-dump”字符相关的数据（以行为单位）。 grep -v grep 的作用是除去本次操作所造成的影响，-v 表示反向选择。 ...---- 也可以用下面这个命令 killall -9 fastq-dump
sra文件转成fastq文件，并存放在/project/raw_fq/下 cd /project/raw_fq/ for id in `seq 8223 8454`; do nohup sudo fastq-dump...--gzip --split-3 /data/fudan_TNBC/SRR851${id}.sra . & done nohup for id in `seq 854 999`; do sudo fastq-dump...--gzip --split-3 /data/fudan_TNBC/SRR8517{id}.sra -O .; done & for ((i=854;i<=999;i++));do sudo fastq-dump
那么理论上说完整的.sra文件里应该包含完整的三部分 reads，利用sra-toolkit中的fastq-dump提取出这些文件并用于 Cellranger！...利用fastq-dump提取 reads 文件： docker run --rm \ -v /home/lyc/lyc-1995/ncbi/:/home/mydocker/ncbi/ \ --user...=1000 \ yuchenlee/sra-toolkit:2.10.8 \ fastq-dump --split-files --gzip --outdir ....而且在fastq-dump参数中，也有选择丢弃Technical reads的选项--skip-technical。...但我谷歌了一大圈，并没有找到官方的说明，有人甚至认为这可能是作者上传 ENA 时的失误…… 其实要验证这一点，我们可以比较一下从 ENA 下载的.fastq文件和fastq-dump输出的结果： 分别展示前
sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR8494939/SRR8494939 Canu示例数据处理（sra转fastq) # pacbio示例数据处理（sra转fastq) fastq-dump...--gzip --split-3 pacbio.sra # nanopore示例数据处理（sra转fastq) fastq-dump --gzip --split-3 nanopore.sra Tips...：fastq-dump会将sra格式转化成fastq格式，同时--gzip参数会对fastq进行压缩，示例pacbio.sra最终会被转化为pacbio.fastq.gz Canu常用普通参数 -s :
下载数据 -- prefech 下载SRA文件 # Linux 中使用Prefetch 进行下载 for i in $(cat SRR.txt);do prefetch $i;done 使用Fastq-dump...进行SRA 文件分割 # fastq-dump 进行文件分割 SRA -> fastq.gz for i in $(cat SRR.txt);do fastq-dump --gzip --split-
sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR8494939/SRR8494939 Flye示例数据处理（sra转fastq) # pacbio示例数据处理（sra转fastq) fastq-dump...--gzip --split-3 pacbio.sra # nanopore示例数据处理（sra转fastq) fastq-dump --gzip --split-3 nanopore.sra Tips...：fastq-dump会将sra格式转化成fastq格式，同时--gzip参数会对fastq进行压缩，示例pacbio.sra最终会被转化为pacbio.fastq.gz Flye常用选项参数 --nano-raw
sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR8494939/SRR8494939 wtdbg2示例数据处理（sra转fastq) #pacbio示例数据处理（sra转fastq) fastq-dump...--gzip --split-3 pacbio.sra #nanopore示例数据处理（sra转fastq) fastq-dump --gzip --split-3 nanopore.sra Tips...：fastq-dump会将sra格式转化成fastq格式，同时--gzip参数会对fastq进行压缩，示例pacbio.sra最终会被转化为pacbio.fastq.gz wtdbg2常用选项参数 -i
计算基因表达量的输出文件夹 #批量解压文件 for i in ~/Sra/*sra do echo $i #判断sra文件时单端测序还是双末端测序 num=$(fastq-dump...| wc -l | grep [0-9]) if [ $num -eq 4 ];then echo "$i是单端测序" fastq-dump...fastq-dump --split-files $i mkdir 1Fastq_out mkdir 2Fastq_out
traces/sra72/SRR/019431/SRR19897633 若后续地址更新，原链接无法下载，建议自行到NCBI搜索下载 FastQC示例数据处理 # 将下载的测序文件添加.sra后缀，以便让fastq-dump...识别 ls | while read i ;do mv $i $i.sra;done # 将sra文件转化为fastq文件 fastq-dump --split-files SRR19897* Tips...：①wget下载的数据没有后缀，直接用fastq-dump处理会报错，因此需要对其重命名加上".sra"后缀；②"SRR19897*"中的"*"是正则表达式，表示"*"前面的元字符出现任意次数或不出现。...③fastq-dump会将sra格式转化成fastq格式，示例SRR19897777.sra会被转化为SRR19897777_1.fastq和SRR19897777_2.fastq；SRR19897633
在NGS基础：测序原始数据下载一文中提到可以使用SRA-toolkit中的命令fastq-dump从NCBI下载原始测序数据，命令如下。...nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5908360 & nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5908361 & 这个代码...，给我们4个提示： fastq-dump不只可以转换下载好的sra文件为fastq文件，还可以顺带下载sra文件。
下载后的数据使用fastq-dump命令可将sra数据转换成fastq。...fastq-dump --gzip --split-files -X 25000 -O fastqs_path SRR7722937 • --gzip：输出gz压缩格式的fastq文件 • --split-files
下载完成后，本地用fastq-dump提取fastq文件，用sam-dump提取SAM文件。 其次，如果上述方法不奏效，优先使用sratoolkit中的prefetch命令。...最后，使用sratoolkit中的fastq-dump和sam-dump命令下载，如果fastq-dump不稳定，推荐大家尝试Biostar Handbook中的wonderdump脚本。
更要命的是我把wget跟fastq-dump一起运行，而wget会给出一大堆的log日志把fastq-dump的报错日志给掩盖了。 此处请脑补我内心的呐喊！ ?...>/dev/null ;donels *sra |while read id; do ~/biosoft/sratoolkit/sratoolkit.2.6.3-centos_linux64/bin/fastq-dump...因为太熟练了，所以我把wget跟fastq-dump一起运行，很久没关心过log文件。 因为太熟练了，所以我对用了一千遍fastq-dump的命令产生了一万个放心。
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