4 samples=samples, 95 raise RuntimeError("fastq-dump
浏览 12提问于2022-01-25得票数 2
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我有一堆.sra文件，我想使用SRAtools中的fastq-dump将其转换为.fastq格式。它们都存储在同一个目录中，所以我非常希望运行一个bash脚本来遍历它们，并使用不同的方法应用fastq-dump函数。然而，我不能完全理解正确的语法。FILES=/home/sam/Documents/Readsdodone
这抛出“Unary
浏览 10提问于2017-02-11得票数 1
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并在终端使用了以下代码： for n in {141..188}; do prefetch "SRR5577$n"; done 后来，我使用以下命令转换为fastq文件： for n in {141..188}; do fastq-dump
浏览 30提问于2020-07-15得票数 1
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下面是一个接一个运行的命令我强调了分号。for i in *.sra; do fastq-dump --split-files $i & done # "&" onlyfor i in *.sra; do fastq-dump
浏览 1提问于2017-05-31得票数 1
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/fastq-dump --split-files /Users/medsmit/ncbi/public/sra/SRR3501908.sra但肯定是犯了一些愚蠢的错误，因为它不起作用。有谁能帮帮我吗？谢谢你，Suparna
浏览 3提问于2018-05-23得票数 0
我的代码：$fastq-dump I --split-files ERRXXXXX.sra.因此，我想知道如何将多个.sra制作成一个.fastq文档？谢谢你的好意。
浏览 1提问于2017-10-26得票数 0
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请注意，prefetch和fastq-dump是从数据库下载文件的调用，而_shrink是我为缩小获取的文件而编写的C++程序(由于存储有限)。g++ -std=c++11 shrink_files.cpp -o _shrink
prefetch SRR837459rm SRR837459.fasta
echo "SRR837459" >> list_of_d
浏览 0提问于2021-03-18得票数 2
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[1] 4408 Running /apps1/sratoolkit/2.3.5-2/bin/fastq-dump --split-files SRR1660.sra&
[2] 4415 Running /apps1/sratoolkit/2.3.5-2/bin/fastq-dump --split-files SRR1661.
浏览 0提问于2015-03-24得票数 0
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SRR13143.sraSRR23424.srafor FILE in "file.txt";prefetch --max-size 300G $FILE
fastq-dump
浏览 1提问于2019-01-30得票数 0
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sra_convert: "rna/{id}.sra" "rna/fastq/{id}.fastq" "fastq-dumpfastq/{id}.fastq" "Converting from {id}.sra to {id}.fastq" "fa
浏览 3提问于2019-05-17得票数 2
/usr/bin/env bashhead -n 2000000 SRR531199_1.fastq > SRR531199_1.500k.fastqfastq > SRR531199_2.500k.fastqdo
fastq-dump
浏览 0提问于2019-11-07得票数 2
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这是我正在使用的脚本：for (( i = 696; i <= 773; i++ )) fastq-dump --split-3 --accession SRR546
浏览 0提问于2019-02-12得票数 2
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: "{sample}" "fastq/{sample}.fastq.log"
"fastq-dump
浏览 0提问于2019-04-12得票数 3
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ssridsingle = lambda wildcards: samplesData_single.loc[wildcards.names_srrID_single, "run"] "fastq-dump
浏览 11提问于2020-03-17得票数 0
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-osformat fasta > $FAsamtools faidx $FAfastq-dump-osformat fasta > $FAsamtools faidx $FAfastq-dump: seqret: command not found
myscript.sh: line 20: samtools
浏览 0提问于2019-03-31得票数 1
prefetch $ACCESSION
fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-files ${WORKSPACEFINAL
浏览 3提问于2021-01-28得票数 1
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quality control before cleaning reads # convert .fastq to .sra
fastq-dump
浏览 4提问于2014-10-17得票数 0
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