一、安装JAVA环境 这一步个人并非按照xiaoming老师的步骤所做，而是直接输入sudo apt-get install default-jre完成，因为并不确定该方法是否会造成某些问题，大家姑且当做优先级较低的那一个吧...二、FastQC的安装 step 1:下载安装包 输入wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7....zip得到安装包，wget命令下载的文件默认是保存在当前目录下，实在找不到的同学可通过图形界面中文档自带的搜索功能进行搜索找到安装包的路径。...step 2：解压安装包 解压（根据你自己的路径进行解压），我的是输入unzip ~/seqs/fastqc_v0.11.7.zip -d ~/Biosofts step 3：更改fastqc权限 如果直接运行...执行环境变量source ~/.bashrc,尝试fastqc -h成功即可 三、试运行FastQC 创建一个文件夹result，mkdir result 运行FastQC，fastqc -f fastq
1、下载fastqc wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip 2、解压...unzip fastqc_v0.11.5.zip 3、 给予执行权限，否则执行的时候会显示没有权限 cd FastQC chmod 755 fastqc 4、加入到PATH export...PATH=/home/h/FastQC/:$PATH 5、测试 fastqc –help 使用例子 fastqc -o ..../tmp.result/fastQC/ -t 6 ./ tmp.data/fastq/H1EScell-dnase-2014-GSE56869_20151208_SRR1248176_1.fq #...-o –outdir FastQC生成的报告文件的储存路径，生成的报告的文件名是根据输入来定的 # -t –threads 选择程序运行的线程数，每个线程会占用250MB内存，越多越快咯 FastQC
/bin/bash for fastq_file in ~/Seqs/fastq/* do fastqc $fastq_file mv ~/Seqs/fastq/*fastqc.html...~/Seqs/fastq/*fastqc.zip ~/results done echo "Ok!"...(注：我的fastq文和fastq.gz文件存放在~/Seqs/fastq下） 4 写完之后退出保存，更改fastqc.sh文件的权限为可执行 chmod 777 fastqc.sh 5 运行脚本 sh...fastqc.sh 或者 ..../fastqc.sh 运行及结果： ? ? 全文结束,欢迎在评论区讨论~
工欲善其事，必先利其器 1FastQC 跨平台应用程序，支持 WIN、MAC、Linux 平台。...FastQC与特定的测序技术无关，因此可以用于查看各种组学的测序数据（包括不限于 WGS、WES、RNAseq、ChIP-seq、BS-Seq等） 3下载安装 如果可以Conda安装，我们一般默认推荐采用...conda安装 ## 首先创建一个RNAseq分析小环境 conda crean -n rnaseq ## 激活小环境 conda activate rnaseq ## 安装软件 conda install...fastqc 当然你也可以下载二进制或源码编译安装 4最小化使用 FastQC的使用非常简单 fastqc seqfile1 seqfile2 .. seqfileN ## fastqc命令+输入文件...'nohup fastqc [] &' > fastqc.sh 6RNAseq流程的Fastqc结果怎么看？
本期解读转录组上游分析中MultiQC对质控软件FastQC处理后的结果。 FastQC是一款能够对高通量测序数据进行质量评估的软件，对每一个样本生成一个报告。...https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ 我们通常使用FastQC对raw_data和clean_data做质控，拿到的结果大致相同...MultiQC MultiQC的报告分为General Stats和FastQC两部分，其中FastQC又分为11个小部分，接下来我们依次解读。...fastqc报告的结果 fastqc报告中，横轴为位置，纵轴为碱基含量，正常情况下每个位置每种碱基出现的概率是相近的，四条线应该平行且相近。...如果观测到的分布偏离理论太远，FastQC将称为“失败”。 下图的fastqc报告来自非常高质量的RNAseq数据，但FastQC仍然认定为“警告”，因为它比理论曲线窄。
判断测序数据质量的工具有很多，今天教大家用FastQC 检测测序数据的质量。...## 下载FastQC wget -c http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.8.zip ## 解压...unzip fastqc_v0.11.8.zip ## 进入目录 cd FastQC ## 运行FastQC ..../fastqc seq1.fq.gz seq2.fq.gz -ooutput_dir -t threads -o：输出文件目录 -t：线程数 运行完FastQC以后，输出目录下会产生一个fastqc.html...FastQC产生的结果文件中主要包含以下几个指标： ? 其中绿色代表通过质控（质量高），橙色代表警告（质量一般，数据还可以用），红色代表未通过质控（质量差，需要确定一下该指标未通过的原因）。
day3-linux环境下的软件安装linux如何安装软件？...第三步，安装和配置miniconda第四步，使用miniconda，也就是查看已安装的软件、安装、卸载软件，以fastqc为例。第五步（选修），不同的生信实战项目，需要定制conda的分身。...step 1 了解conda其实就是linux的app store，只是miniconda适用于生信领域。...conda install fastqc -y安装fastqc软件，其中-y的意思是安装过程中一直回答yes花花老师友情提醒默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本，如果要指定版本号...，可以conda install fastqc=0.11.7 -yfastqc --help查看fastqc的帮助文档，这说明fastqc已经安装成功conda remove fastqc -y卸载fastqc
今天是学习小组学习的第3天，主要是学习了解linux如何安装软件1. conda--“linux的应用商店”Miniconda是最方便快捷的软件下载和管理器，相当于应用商店，大多软件都能搜到，一键安装。...学习linux要丢弃之前的图形界面思维图片来自微信公众号生信星球2....bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 安装 enter和yes继续source ~/.bashrc来激活conda 输入conda出现满屏信息则成功添加镜像3...安装软件 conda install fastqc -yc.确认fastqc软件是否安装成功输入fastqc --help，出现软件帮助文档文字则说明安装成功卸载软件 conda remove fastqc...版本是3，安装软件fastqc、trimmomaticconda info --envs #查看当前新增环境，发现还是默认baseconda activate rna-seq #激活环境，这时默认的
Linux中安装和管理软件的教程总结1. Conda的介绍Conda类似于Linux的应用商店，一个方便的软件管理工具，适用于生物信息学软件，建议使用Miniconda2....运行下载好的脚本bash Miniconda3-版本号-Linux-x86\_64.sh进行安装遵循提示完成安装，看到Thank you for installing XXX表示成功安装安装完成后，运行...安装新软件：例如，conda install fastqc -y或conda install fastqc=版本号 -y检查软件是否安装成功：运行fastqc --help，成功则有大段文字。...卸载软件：conda remove fastqc -y。5....强调学习Linux和使用命令行的重要性，放弃图形界面的思维，适应命令行操作。
linux环境下的软件安装下载miniconda到服务器step 1：查看服务器位数uname -awget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/...miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #复制的链接# wget 是Linux用于从web上下载的命令，支持通过 HTTP、HTTPS、FTP协议下载step...miniconda安装bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #版权信息Enter跳过 #成功标志：Thank you for installing Miniconda3...（以安装fastqc为例）conda install fastqc -y #-y表示yesyesconda install fastqc=0.11.7 -y #指定版本下载，默认是最新版验证是否安装成功...fastqc --help #成功即出现大片文字（实际为帮助文档）卸载软件conda remove fastqc -y
作用就相当于App store，能搜到90%以上的软件，一键安装。而日常生信我们使用Miniconda即可。学习Linux一定要抛弃图形界面的思维！...---微信公众号 生信星球2.下载miniconda百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（conda的镜像网站） 查看自身Linux位数（输入命令uname -a）安装最新版本复制下载链接地址wegt...链接地址即可下载 3.安装和配制miniconda命令bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh按“Enter”或“yes”跳过看到下图示意安装成功图片4.激活conda...图片4.使用miniconda（以fastqc为例）查看安装的所有软件列表（输入命令conda list）安装软件fastqc（输入命令conda install fastqc -y）用命令fastqc...--help确认软件是否安装成功卸载软件（输入命令conda remove fastqc -y）
linux软件安装目录第一步，了解conda--“linux的应用商店”第二步，下载conda第三步，安装conda第四步，配置conda镜像第五步，使用miniconda 查看已安装的软件 安装软件，...以fastqc为例第六步（选修），用小环境管理不同项目所需的软件conda--“linux的应用商店”Miniconda 生信日常使用，小而精。.../anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#### 3，安装minicondabash Miniconda3-latest-Linux-x86...conda list安装软件conda install fastqc -y #-y是yes，安装过程中conda问的问题全部回答yes默认安装最新版本，但是有的软件新版本有bug，可能需要用到老版本，...要指定版本号conda install fastqc=0.11.7 -y确认fastqc软件是否安装成功输入fastqc --help，出现了帮助文档，表明安装成功。
下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 拿到原始数据后我们首先采用fastqc程序进行质控，看原始数据质量情况，fastqc会生成一个html结果报告，根据图形化界面，我们可以判断下机数据情况是否符合分析要求...FastQC的官网：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ 一、软件安装 使用conda安装 conda install fastqc...二、fastqc的用法 安装完成以后，可以使用fastqc -h来查看软件的帮助文档。...三、软件运行命令 fastqc -t 6 -o ./02.fastqc/ ./01.raw_data/*fastq.gz 命令参数解读： -t 6 # 设置线程数为6 -o ./02.fastqc...结果解读 FastQC会对每⼀个输入的fastq.gz⽂件生成1个html⽹页和⼀个zip的压缩包。
FastQC质检 对于新下机的原始数据，我们可以使用软件FastQC来对其测序质量进行可视化，软件地址： http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects.../fastqc/ FastQC使用方法如下： fastqc -oqt fastqfile 其中参数-o设置结果文件输出路径，默认为当前路径；-q为安静模式运行；-t设置所使用的核数，根据服务器情况而定，...更多命令行选项使用命令fastqc -h来查看。...对引用标准输入还可使用xargs函数： ls rawdata/*fq | xargs -n 1 -P 5 fastqc -o fastqc -q -t 10 #有时候一个项目有大批量样品甚至大批量文库，...FastQC的标准是占全部reads的0.1%以上。
conda--linux的应用商店相当于app store，能够下载需要的软件 下载并安装miniconda谷歌搜索miniconda清华根据服务器位数找到下载链接登录xshell，cd biosoftwget...下载的链接安装 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh激活 source ~/.bashrc，再输入conda添加镜像♂️ cnoda的使用越学越有意思，哈哈哈每天都期待早上十点的到来...conda list 查看服务器上安装的所有软件conda install fastqc -y安装fastqc软件fastqc --help，出现大片文字安装成功conda remove fastqc...-y卸载软件 conda环境conda ifo --envs查看有哪些环境，带*的是激活的例：处理转录组数据，建立rnaseq的conda环境，指定python版本是3，安装fastqc\trimmomatic...代码：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y创建完成，conda info --envs再次查看环境conda activate rna-seq
今天是学习的第三天重点学习Linux环境下软件的安装，开始用我不怎么灵光的脑子努力学习，哈哈哈~一、下载miniconda到服务器首先，进入“miniconda 清华”官网，我直接用了【生信星球】老师推荐的链接进入...https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/按照更新时间寻找，最新版Linux的miniconda软件，将其安装到服务器上，之后在服务器输入安装命令..._64.sh二、安装激活miniconda2.1安装步骤 命令+手动bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 把miniconda安装到服务器上后，需要手动安装，注意在提示下按回车...三、使用Conda3.1查看当前服务器上安装的所有软件列表conda list3.2安装软件conda install fastqc -y（-y就是yes的意思，现在输入就防止手动安装）3.3确认fastqc...软件是否安装成功fastqc --help（出现帮助文档则说明安装成功了）3.4卸载软件conda remove fastqc -y基于此，利用conda进行软件安装与卸载就学习了一遍。
一、下载https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/复制最新版本链接（64位）登录linux服务器cd ~/biosoftwget 链接二...、安装bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 安装成功可见：Thank you for installing Miniconda3!...查看当前服务器上安装的所有软件列表conda list2、安装fastqc软件conda install fastqc -y安装指定版本conda install fastqc=0.11.7 -y验证fastqc...软件是否安装成功fastqc --help输出内容，则安装成功3、conda environment查看：conda info --envs建立新环境conda create -n rna-seq python...=3 fastqc trimmomatic -y激活新环境conda activate rna-seq验证新环境fastqc输出信息，则证明已激活注意：1、左键复制，右键粘贴（windows）2、Tab
下载到服务器上百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）=》进入：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/你会看到linux..._64.sh图片安装minicondabash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh图片跟着操作，服务器让你按ENTER就按ENTER让你按YES就按YES图片图片出现此为安装成功最后还得激活...生信星球添加镜像：# 使用中科大的镜像图片使用condaconda list #查看当前服务器上安装的所有软件列表图片conda install fastqc -y #安装fastqc 默认安装最新版本...，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本 如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y生信星球3.确认fastqc软件是否安装成功输入fastqc --...因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档，就可以确定已经安装成功。4.conda remove fastqc -y卸载软件
怎样在Linux上安装conda？为了生信分析的需求，我们安装Miniconda即可。图片1....谷歌/百度搜索 conda 清华图片图片 查看自己的Linux系统信息，后续下载相应版本图片 在miniconda的下载页面，复制相应最新版本的下载链接图片2.将miniconda的安装包下载到..._64.sh # wget是一个linux系统自带的可在网络上进行下载的简单而强大的自由软件，wget + 下载链接 即可下载下来3.安装miniconda我们使用ls命令可以看到一个.sh后缀的文件，...conda list #首先我们可以先查看当前环境中安装了哪些软件conda install fastqc -y # 安装fastqc到当前环境中，-y参数表示同意安装过程中的所有询问，也可以不加 -y...参数，进行手动回答conda install fastqc=0.11.7 -y # 安装指定的fastqc版本conda remove fastqc -y #将fastqc从当前环境中卸载查看软件相关信息
Linux软件安装 Conda的安装与使用 conda、miniconda（推荐） 和 anaconda 下载 通常服务器在国内的选择清华或者北外（搜conda清华） 打开之后往下翻，找到miniconda....sh 官网地址： wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh1.运行miniconda的安装脚本...bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 重新激活环境 source ~/.bashrc 或者. ~/.bashrc 能够用conda -h输出conda的帮助文档就说明安装成功啦...如果要安装旧版本： 先看看有哪些可以安装的版本 conda search fastqc 安装指定版本的软件 conda install fastqc=0.11.7 添加-y参数跳过确认步骤 conda...• mamba repoquery search fastqc 这个更快 安装软件 mamba install fastqc mamba可以多线程地安装软件
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