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    中国核酸数据库GSA数据提交指南

    为确保与国际同类数据库系统的兼容性,GSA遵循INSDC联盟的数据标准,GSA元数据类别主要包括项目信息(BioProject,归档于生物项目数据库)、样本信息(BioSample,归档于生物样本数据库)、实验信息(Experiment)、以及测序反应(Run)信息。项目信息是用来描述所开展研究的目的、涉及物种、数据类型、研究思路等信息;样本信息是指本研究涉及的生物样本描述,如样本类型、样本属性等;实验信息包括实验目的、文库构建方式、测序类型等信息;测序反应信息包括测序文件和对应的校验信息。各类数据之间采用线性、一对多的模式进行关联,从而形成“金字塔”式的信息组织与管理模式(图1)。

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    MetaLogo|序列比较工具

    我们在研究基因或者病毒的时候,经常会得到一堆未知的序列来进行分析。比如要比较不同的 COIVD 病毒的序列相似性,或者查看某一个蛋白家族序列之间的相似性。这类的分析的话,一般都可以进行进化分析来进行展示。之前我们介绍过如果解读一个进行树 [[为什么要做进化分析]] ,同时也介绍了 [[如何下载数据构建进行进化分析]],另外也介绍了一个 [[一站式进化分析]] 工具。 对于上面那个工具,在我们只是想简单的看一眼多个序列之间的差异的时候就显得有一些麻烦了。所以今天就介绍一个简单好用的的工具 MetaLogo: a heterogeneity-aware sequence logo generator and aligner: http://metalogo.omicsnet.org/about

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    领券