geom_tile按变量作图的y轴阶数

是指在可视化中使用geom_tile函数时，将变量作为y轴，并将其分成几个离散的阶数。这个过程可以帮助我们更好地理解数据的分布和关系。

通过将变量作为y轴阶数，我们可以将数据进行分组和聚合，以便更好地展示出数据的模式和趋势。每个阶数代表了数据的一个范围或类别，可以使用不同的颜色或填充来表示不同的阶数。

geom_tile函数是ggplot2包中的一个图层函数，用于创建矩形图。它可以根据x轴和y轴的变量值在图中绘制矩形，并使用填充颜色来表示变量的值大小。当将变量作为y轴阶数时，矩形的高度将被划分成不同的阶数。

应用场景：

数据可视化：当我们想要将数据按照某个变量的阶数进行分组和展示时，可以使用geom_tile按变量作图的y轴阶数来实现。例如，可以用于展示不同年龄段的人口分布情况，或者不同学历水平下的薪资情况等。

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《python数据分析与挖掘实战》笔记第3章

为了消除少数极端值的影响，可以使用截断均值或者中位数来度量数据的集中趋势。截断均值是去掉高、低极端值之后的平均数。（2）中位数中位数是将一组观察值按从小到大的顺序排列，位于中间的那个数。...() 计算数据样本的总和（按列计算） Pandas rolling_mean() 数据样本的算术平均数 Pandas rolling_var() 计算数据样本的方差 Pandas rolling_std...(5) plot(logx = True) / plot(logy = True) 功能：绘制x或y轴的对数图形。...使用格式：D.plot(logx = True) / D.plot(logy = True) 对x轴(y轴)使用对数刻度(以10为底)，y轴(X轴)使用线性刻度，进行plot函数绘图，D 为 Pandas...D为Pandas的DataFrame或Series,代表着均值数据列，而error则是误差列，此命令在y轴方向画出误差棒图；类似地，如果设置参数xerr = error,则在x轴方向画出误差棒图。

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将数据集按特征|列分割为解释变量 X & 响应变量 Y 的几种方法

X = dataset[:,0:13] Y = dataset[:,13] 波士顿房价预测特点：回归问题，解释变量唯一利用条件 from pandas import read_csv...= "price"] Y = dataset[:,dataset.columns == "price"] 船舶航迹预测特点：回归问题，解释变量为 lat lon from pandas import...timestamp #dataset.iloc[行,列] #这里指 [所有行，bool] X = dataset.iloc[:, [True,False,False,True,True,True]] Y...= "lat"] #上面的只适合一元响应变量的特征输入，很可惜携程下面这样就无法通过编译了 X = dataset.iloc[:, dataset.columns !...= "lon"] #原因如下上面提到的双条件判断出现了[True,False,False,True,True,True]与[False,True,True,False,False,False]判断，出现了多组值的判断

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ggplot2实现一幅自己叫不上来名字的图

通常用ggplot2做热图会用geom_tile()函数首先是geom_tile()函数的一个例子参考 https://www.r-bloggers.com/how-to-make-a-simple-heatmap-in-ggplot2...想到一个解决办法是将Metric4，3，2，1 分成四份数据集，分别使用geom_tile()函数作图，然后在将图拼接起来。...接下来调整图片的一些细节：去掉x轴的文字标签；去掉x轴和y轴的小短线；去掉边框 p1<-ggplot(df1,aes(x=A,y=B))+ geom_tile(aes(fill=D))+ scale_y_discrete...B))+ geom_tile(aes(fill=D))+ scale_y_discrete(expand = c(0,0))+ labs(x="",y="")+theme_bw()+ scale_fill_manual...B))+ geom_tile(aes(fill=D))+ scale_y_discrete(expand = c(0,0))+ labs(x="",y="")+theme_bw()+ scale_fill_manual

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R语言ggplot2科研数据数据可视化实用手册~第八章热图（heatmap）

长格式数据和宽格式数据，ggplot2作图的输入数据都是长格式数据，长格式数据如下，一列x，一列y，还有一个数据宽格式数据截图如下这个长宽格式转化是ggplot2作图必须理解的一个概念...geom_tile(aes(fill=expr_value),color=NA) 热图经常遇到的操作是调整坐标轴的顺序，这个可以通过赋予因子水平来实现 library(readxl)dat01<-...，y轴左右，x轴是上下 library(readxl)dat01<-read_excel("example_data/08-heatmap/03_heatmap_example.xlsx")head(dat01...= "right")+ theme(axis.text.x = element_text(angle=60,hjust=0,vjust=1)) 去掉整个的灰色背景和坐标轴的小短线 library..."B"='white'))+ theme_bw() 8.3 ggplot2气泡热图图如果x 和 y都是离散的，把热图函数geom_tile()换成geom_point()函数，然后用表达量的值映射点的大小

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跟着Nature Communications学作图:R语言ggplot2热图（heatmap）并添加文字标签

Figure4b ggplot2做热图并添加文本标签 image.png 论文中没有直接提供这个作图数据，需要运行一系列代码获得，这里我不介绍前面获取作图数据的代码了，感兴趣的可以自己去找来代码试试，...image.png 用来调节因子水平的文本我也放到了一个文件里 image.png 作图代码 df1<-read_csv("fig4b1.csv") df1$Genus<-factor(df1...NULL)+ theme(axis.text.y = element_text(face=fig4b1face)) p1 image.png 这里一个小知识点是y轴的文本标签有斜体有正常字体，这个是可以设置...theme(axis.text.y = element_text(face=fig4b1face))face的值是可以设置多个的，但是会有警告信息，可以忽略第二个图的示例数据和代码都是一样的 df2<...),"mi|Ag|BD|SH"), "plain","italic") p2 <- ggplot(df2, aes(Amplicon, Genus)) + geom_tile

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R数据科学|5.5.2内容介绍及课后习题解答

5.5.2　两个分类变量要想对两个分类变量间的相关变动进行可视化表示，需要计算出每个变量组合中的观测数量。...)) 【注】图中每个圆点的大小表示每个变量组合中的观测数量。...相关变动就表示为特定 x 轴变量值与特定 y 轴变量值之间的强相关关系。 ?...geom_tile(mapping = aes(fill = n)) 【注】如果分类变量是无序的，那么可以使用seriation包对行和列同时进行重新排序，以便更清楚地表示出有趣的模式。...解答更好的做法是使用带有更多类别的分类变量，或者在y轴上较长的标签。如果可能的话，标签应该是水平的，因为这样更容易阅读。并且，切换顺序不会导致标签重叠。

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跟着Science学画图：R语言ggplot2作热图展示基因存在缺失变异（PAV）

Figure S2c image.png 论文中提供的代码用到的作图数据没有找到，推文中用论文中提供的数据 numeric_pan_matrix.csv试试首先是读取数据并查看数据维度 df<-read.csv...mutate(pav=case_when( value == 0 ~ "Absence", TRUE ~ "Presence" )) -> dfa dfa %>% count(pav) 作图...variable))+ geom_tile(aes(fill=pav))+ scale_fill_manual(name="Pan-Genes (n=103033) Presence or Absence...element_blank(), axis.text.y=element_text(angle = 0, hjust...，原因是x轴的基因顺序没有按照论文中的图排序（这里我不知道他是如何排序的）这里的新学到的一个知识点是可以给坐标轴的文本添加颜色，虽然会遇到警告信息 image.png 这个警告可以暂时忽略推文示例数据和代码可以在后台回复

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跟我一起ggplot2（1）

ggplot2 R的作图工具包，可以使用非常简单的语句实现非常复杂漂亮的效果。...按color,size,shape的基本分类可视化 #1.1 简单的散点图（利用color分类，不同颜色的钻石由不同颜色的点代表） ? #1.2....,rlm,glm） (3) geom="boxplot" 绘制箱线图，当x为属性变量(factor)，y为数值变量时 II.单变量图 (4)...# 2.2：x为属性变量，y为连续变量，绘制boxplot qplot(color, price/carat, data=diamonds,geom="boxplot") ?...坐标系统(Coordinate)：坐标系统控制坐标轴并影响所有图形元素，坐标轴可以进行变换以满足不同的需要。 ? 图层(Layer)：数据、映射、几何对象、统计变换等构成一个图层。

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matlab中的曲线拟合与插值

多项式阶次的选择是有点任意的。两点决定一直线或一阶多项式。三点决定一个平方或2阶多项式。按此进行，n+1数据点唯一地确定n阶多项式。...例如，当数据点是某些实验测量的结果或是过长的计算过程时，就有这种情况。或许最简单插值的例子是MATLAB的作图。按缺省，MATLAB用直线连接所用的数据点以作图。...根据所作的假设，有多种插值。而且，可以在一维以上空间中进行插值。即如果有反映两个变量函数的插值，z=f(x, y)，那么就可在x之间和在y之间，找出z的中间值进行插值。...t = 10.2000 30.0000 30.9000 24.9000 interp1的缺省用法是由interp1(x, y, xo)来描述，这里x是独立变量(横坐标)，y是应变量(纵坐标)，xo是进行插值的一个数值数组...如要求在时间轴上有更细的分辨率，并使用样条插值，我们有一个更平滑、但不一定更精确地对温度的估计。尤其应注意，在数据点，样条解的斜率不突然改变。

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R语言入门系列之二

其中x为向量或矩阵，method为标准化方法，MARGIN=1按行处理，MARGIN=2按列处理： ①method="pa"，将数据转换为有-无（1-0）类型，若分析不加权的情况群结构下可以使用； ②method..."/yaxt="n"：禁用x/y轴的刻度线 xlim：xlim=c(a,b)将x轴刻度范围限定在a到b ylim：ylim=c(a,b)将y轴刻度范围限定在a到b xaxs：控制x轴显示范围，默认为“r...，而且次序为按行填放。...，mfg参数的后两个表示多图环境的行、列数，前两个表示要跳到的位置此外，par()里也可以设置坐标轴大小字体样式cex、font等。...%') 其中scale_y_continuous为设置y轴范围，geom_abline()添加标准线并在其两边绘图，geom_text()添加文本内容，作图结果如下：

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R语言绘图之ggplot2

2. ggplot2的绘图原理: ggplot2的核心理念是将绘图与数据分离，数据相关的绘图与数据无关的绘图分离，并按图层作图。...按变量组图（facet_等）真正的绘图命令（stat_，geom_，annotate），这三类就是实现一个函数一个图层的核心函数。...文本 geom_tile 瓦片（即一个个的小长方形或多边形） geom_vline 竖直线统计变换函数描述 stat_abline 添加线条，用斜率和截距表示 stat_bin 分割数据，然后绘制直方图...("text",x=23,y=200,parse=T,label ="x[1]==x[2]") labs : labs(x= "这是 X 轴", y = "这是 Y 轴", title = "这是标题"...coord_：调整坐标，控制了图形的坐标轴并影响所有图形元素. 调整坐标 coord_flip()来翻转坐标轴。

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Matlab绘图方法整理(超完整版)

而其也可以为复数变量，如下： y = [5,10,15,20] z = [100,200,300,400] x =y+z*i //这里的x经过此定义将会被认为是一个复数变量 //图像将会以实部即...若x是标量，则统计区间均分成x个小区间；若x是向量，则向量x中的每一个数指定分组中心值，元素的个数为数据分组数。x缺省时，默认按10个等分区间进行统计。...*sin(10*x) plotyy(x,y1,y2) 三维作图在上文的二维作图示例中我们可以知道二维作图的基本方法，而有时候二维的图形满足不了我们的需要，这个时候就需要做一些三维图像了，而三维图像里边除了包含曲线作图之外还包含曲面作图...*sin(t) z = t plot3(x,y,z) 对于plot3函数来讲，它的参数x，y，z不止可以是一维数组，实际上：参数x、y、z是同型矩阵时，以x、y、z对应列元素绘制曲线，曲线条数等于矩阵列数...subplot(2,2,4);surfl(x,y,z) 标准三维曲面 [x,y,z]=sphere(n) 产生3个(n+1)阶的方阵，采用这3个矩阵可以绘制出圆心位于原点、半径为1的单位球体。

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R语言ggplot2作图配色相关R包备选

R语言ggplot2作图的时候配色如果不知道如何选择，可以参考如下链接https://r-charts.com/color-palettes/ image.png image.png image.png...这里分别提供了连续型数据和离散型数据的配色，应该能够满足我们日常的科研作图需求了。...推文开头提到的链接中的颜色如果在ggplot2作图的时候想要使用的话需要安装R包paletteer，需要用到的函数是scale_color_paletteer_d()或者scale_fill_paletteer_c...(data, aes(X, Y, fill= Z)) + geom_tile() image.png 这里用到的fill填充颜色，连续型数值映射颜色，所以自定义的配色是用函数scale_fill_paletteer_c...)) + geom_tile()+ scale_fill_paletteer_c(palette="grDevices::PRGn") image.png image.png

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matlab解常微分方程组数值解法(二元常微分方程组的解法)

一阶微分方程求解(简单调用即可) 方程：y’=2*t 代码： tspan=[1 6]; %定义自变量x的取值空间为1-6 y0=0;%定义因变量的初值，当x=1（x取值空间的第一个数）时，y0=0 [...dydt=[y(2);(1-y(1)^2)*y(2)-y(1)]; 求解作图 tspan=[0 20]; %定义自变量x的取值空间为0-20 y0=[2;0];%定义因变量的初值，当x=0时，y1=2...:时间序列，就是θ；Rvw:因变量,Rvw(1)代表R,Rvw(2)代表v,Rvw(3)代表w %输出：dRvw:因变量的一阶微分,dRvw(1)代表dR,dRvw(2)代表dv,dRvw(3)代表dw...%% 初始化因变量的一阶微分，3×1的向量 dRvw=zeros(3,1); %% 参数初始化 r=0.01;u=0.1;g=9.8;M=10;m=1; %% 输入微分方程式 dRvw(1)=-Rvw...出错的基本上都是运行上面的dRvw=func（t，Rvw）这个函数的。说明一下，这是有参数的函数，不给参数不能直接运行的。下面的求解作图脚本才是需要运行的哈，它调用了函数，才得到的结果。

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R绘图-ggplot2(1)

以克拉(carat)数为X轴变量，价格(price)为Y轴变量。...p <- ggplot(data = small, mapping = aes(x = carat, y = price)) ##上面这行代码把数据映射XY坐标轴上，需要告诉ggplot2，这些数据要映射成什么样的几何对象...#当然你想提供也是可以的，通过stat参数，可以让geom_bar按指定高度画图，比如以下代码： ggplot()+geom_bar(aes(x=c(LETTERS[1:3]),y=1:3), stat...而柱状图是分类数据，按类别计数。我们可以用前面直方图的参数来画side-by-side的柱状图，填充颜色或者按比例画图，它们是高度一致的。...ggplot(small)+geom_boxplot(aes(x=cut, y=price,fill=color)) #geom_boxplot将数据映射到箱式图上，上面的代码，我们应该很熟悉了，按切工

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跟着Nature学作图：R语言ggplot2热图

s41586-022-05275-y.pdf 代码没有公开，但是作图数据基本都公开了，争取把每个图都重复一遍今天的推文重复论文中的extended Figure8 热图 image.png 这里是三个热图...，我们做三个图，然后将3个图拼接到一起论文中提供的数据如下 image.png 作图的话需要对数据进行简单的整理，比如第一个图的数据 image.png 加载需要用到的R包 library(readxl...y))+ geom_tile(aes(fill=value))+ scale_fill_gradient2(low="blue", high = "...y))+ geom_tile(aes(fill=value))+ scale_fill_gradient2(low="blue", high = "...y))+ geom_tile(aes(fill=value))+ scale_fill_gradient2(low="blue", high = "

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跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画图展示SNP位点的碱基类型

image.png 之前的推文已经介绍过上半部分的基因结果的画法，今天的推文介绍下半部分SNP位点的碱基类型的实现办法，背景颜色这里借助的是ggplot2包中的geom_tile()函数；表示碱基的文本借助的是...image.png 这个原图中有7个品种，我这边就不全部准备了，我这边只准备3个第一列是品种的名字第二列是snp的位置第三列是snp在图上的y轴位置，从-1开始，每多一个品种就减一第四列是碱基类型...) 第二步是准备作图数据 df<-read.csv("NG/waxy.gtf", header=F, sep="\t") waxy<-GRanges...(clip="off")+ ggnewscale::new_scale_fill()+ geom_tile(data=waxy_snp,aes(x=x_location,...mm'), nudge_y = 0.3) dev.off() 这个是最终的结果 ?

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主图注释怎么做？ggside来帮你！

的模式将几何图形添加到 x 轴或 y 轴上，接下来就让我们看看怎么使用吧！...`)) + geom_tile(aes(fill = `mean Price`)) ##添加注释 summariseDiamond % group_by...= `Cut Clarity`)) + geom_tile(aes(fill = `mean Price`)) + geom_ysidetile(aes(x = "sd of means", yfill...= `Cut Clarity`)) + geom_tile(aes(fill = `mean Price`)) + geom_ysidetile(aes(x = "max", yfill = after_stat...facet_wrap(Species~Species2) + labs(title = "FacetWrap") + guides(guide_axis(check.overlap = T)) 按A

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R语言ggplot2作图离散变量更改坐标轴范围

(ggplot2) library(see) ggplot(data=df,aes(x=gene_name,y=variable))+ geom_tile(aes(fill=value))+ scale_fill_social_c...() image.png 增加y轴的上下空白 ggplot(data=df,aes(x=gene_name,y=variable))+ geom_tile(aes(fill=value))+...,aes(x=gene_name,y=variable))+ geom_tile(aes(fill=value))+ scale_fill_social_c()+ scale_y_discrete...(expand=expansion(mult=c(1,0))) image.png 如果是要更改x轴左右的间距把scale_y_discrete()换成scale_x_discrete()就可以了...这个有啥用，其中一个用途是画环状热图的时候可以增加中间的空白区域比如默认环状热图 ggplot(data=df,aes(x=gene_name,y=variable))+ geom_tile(aes

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跟着BMC genomics学作图：R语言ggplot2+ggtree进化树拼接三角热图

image.png 有读者在公众号留言问这个图的实现办法，今天的推文介绍一下这个图的R语言实现代码这个图示物种的进化树，热图展示的是kaks的值首先是进化树的数据 image.png nwk格式的树文件...(tidyverse) library(patchwork) library(see) 左侧进化树作图 tree<-read.tree("sample.nwk") tip.group<-read.csv...sample1))+ geom_tile(aes(fill=kaks),color="grey")+ scale_fill_bluebrown_c() p2 df1 %>% filter...(sample == sample1) -> df2 p2+ geom_tile(data=df2,aes(x=sample, y=sample1...panel.background = element_blank(), legend.position = c(0.9,0.8)) p2.2 image.png 下侧进化树作图

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