image.png 首先是画一个最普通的箱线图 df<-read.csv("PlantGrowth.csv") library(ggplot2) library(tidyverse) p1ggplot...(data=df, aes(x=group,y=weight))+ geom_boxplot(aes(fill=group)) p1 image.png 通过ggplot_build...()函数可以获取画箱线图用到的数据 ggplot_build(p1)$data[[1]] image.png 我们利用原始数据计算一下平均值，然后将数据集的平均值添加到这组数据中 df %>%...(p1)$data[[1]]) -> df1 然后利用geom_segment()函数添加品均值的线段 p1+ geom_segment(data=df1, aes...不知道有没有比较好的办法 （猜测geom_boxplot函数里应该是有一个步骤计算中位数的，试着看看源代码，看能不能把中位数的代码改为平均值） 还有一个问题是如果是分组的箱线图那么应该如何来实现呢？
axis.text.x=element_text(angle=90)) ) ) ) plot of chunk unnamed-chunk-40 高亮交集（查询query） 和UpsetR中的...query差不多，查询符合条件的交集，然后高亮显示。...图形拼图的： p1 ggplot(mtcars,aes(factor(cyl),mpg))+geom_boxplot(aes(fill=factor(cyl)))+ theme_bw() (...OK，这就是complexUpset全部的功能，看完之后，果然如最开始所说：具有UpsetR的所有优点，且完全支持ggplot2语法！...不出意外，这个包以后应该是我以后画upset plot的首选包了，功能甚至比UpsetR包还要强大，对ggplot2语法的支持，完全把其他同类型包甩在身后！ 以上就是今天的内容，希望对你有帮助哦！
一、简介 上一篇中我们介绍了ggplot2的基本语法规则，为了生成各种复杂的叠加图层，需要了解ggplot2中一些基本的几何图形的构造规则，本文便就常见的基础几何图形进行说明； 二、各基础图形 2.1...abline()、hline()与vline() 在R的基础绘图系统中我们可以在已绘制的图床上通过abline来添加线条，在ggplot2中当然也有类似的方法： geom_abline()： ...我们主要使用两个参数控制线条的位置，slope控制斜率，intercept控制截距，下面是一个简单的例子，我们在散点图层上叠加截距为20，斜率为2的直线： library(ggplot2) p <-...~cut) p 2.8 curve()与segment() 有时候我们需要在已绘制的图形中添加线段、曲线、小箭头之类的注解，这时候就可以用到ggplot2中的geom_curve()与geom_segment...中的小提琴图同样优美的图形，因为涉及的内容比较复杂，我准备在之后单独开一篇来介绍，下面仅展示一张简单的小提琴图： library(ggplot2) data <- mtcars p ggplot
，改进一下呢 # 将p1转换为列表以便逐个应用主题 # 循环遍历p1中的每个子图，并将经过主题设置的子图添加到plots_list中 for (i in 1:length(p1)) { p <- p1...H 作者接下来的大部分篇章都是着眼于ISG来的，遗憾的是并未提到ISG基因集的来源（也有可能是我粗心的问题），总之我去2019年一篇nature 子刊上找到了一个ISG基因集合➡A protein-interaction...size=4.5)+ #显著性符号的大小 geom_segment(data=location...(position = position_dodge(width = 0.9), alpha = 0.5) + geom_boxplot(position = position_dodge(width...size=4.5)+ #显著性符号的大小 geom_segment(data =
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。 提到R语言，总会想到它强大的绘图包ggplot2，甚至于其他语言中也有它的痕迹(例如，python中的matplotlib模块就有ggplot样式)。...三、ggplot2中的数据变换 一、基本绘图 ggplot2绘图是逐步叠加式的，由+号进行连接，每个函数控制着自己的部分。...此外，修改图例的顺序还可以通过scale_fill_discrete(breaks=c())等命令(但是它是将原图例和新的图例一起呈现的 (6) 多图汇总 当需要结合多组图片进行说明时，就需要将其放置一张画布上呈现...而普通设置画布的方式par(mfrow=c(n,m))，在ggplot中是不起作用的。以下，介绍两种多图呈现的方式。使用的数据集为鸢尾花 I....图片p3占画布第二行的第二个位置 通过编写自定义函数，可以实现对图片指定位置摆放 三、ggplot2中的数据变换 通过上述的介绍，我们可以知道，其实ggplot中图例的出现是由于aes
继续“一图胜千言”系列，箱线图通过绘制观测数据的五数总括，即最小值、下四分位数、中位数、上四分位数以及最大值，描述了变量值的分布情况。...箱线图能够显示出离群点（outlier），通过箱线图能够很容易识别出数据中的异常值。 ? 本文利用R语言的ggplot2包，从头带您绘制各式各样的箱线图。...2）修改异常点的属性 设置outlier的 color, shape and size ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_boxplot(...1)分组更改箱线的颜色 pggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len, color=dose)) + geom_boxplot() p ?...三 图例，标题设置 1）设置legeng Legend是对箱线图的解释性描述，默认的位置是在画布的右侧中间位置，可以通过theme()函数修改Legend的位置 p + theme(legend.position
A 主要知识点 学会如何导入图形，并将其并排展示； 学会设置自定义主题，简化代码，统一主题，方便绘制其他图形使用； 学会使用 ggplot2 包内置参数添加文字已经其他其他修饰图标。...（"text"），使用 geom_segment() 添加线段。...添加子图； 使用 ggforce 包中的 geom_regon() 函数绘制修饰图形； 使用 expression() 函数添加带有特殊符号的公式。...使用基础包的 data.frame() 和 rep() 整理和转化数据； 使用 geom_boxplot() 绘制箱线图并添加第三个变量； 使用 position = position_jitterdodge...使用 scale_size()修改散点的大小范围； 使用 viridis 包中的配色样式 scale_fill_viridis()； 使用 theme(legend.position = )修改图例位置
ggplot2 更改图例的顺序 箱线图添加误差线这个自己老是记不住，每次作图都得现查，今天的推文记录一下实现代码，方便自己以后查看。...stat_boxplot()函数 ggplot(data = dfa, aes(x=Species,y=value,fill=Species))+ geom_boxplot()+...boxplot的前面，然后加一些基本的美化 ggplot(data = dfa, aes(x=Species,y=value,fill=Species))+ stat_boxplot...theme_bw() image.png 这里还有一个小知识点是更改图例的顺序，现在图例从上到下依次是 setosa versicolor virginica,如果要反过来可以加一行代码guides...()函数和geom_boxplot()函数里分别加上position = position_dodge(0.5)参数，目的是使误差线和箱子的位置对应上 如果不加这两个参数，效果如下 image.png
ggplot2-绘制非洲地区新冠肺炎（COVID19） 最近接触COVID的项目，目前COVID已经在世界上普遍大流行，而且WHO官网及霍普金斯大学等都有相对应的全球COVID19监测平台。...然后通过 covid中的country与africa中的country进行数据关联。 cd=left_join(africa,COVID)，将covid数据关联到africa sf数据库中。...这里提一下，在ArcGis中，可以选择几何分段，jenks分段，等间距分段对连续性数值进行转换。得到分类的图例数据。...参考GGPLOT LEGEND TITLE, POSITION AND LABELS 3.更改图例颜色 更改颜色及顺序用到scale_fill_manual函数，这里是分类变量的设定。...Tanzania 与Nigeria，将他们标在地图上，并用细线标注。 这里需要注意的是，我们用geom_segment来表示点之间的细线。
ggplot_Violin Plot & dot plot sunqi 2020/8/2 概述 小提琴图用于可视化数据的分布及其概率密度。...它是箱式图和密度图的组合，密度图通过旋转放置在箱式图侧边，以显示数据的分布形状。小提琴图比箱形图显示更多的信息。...# 多组图 # supp通过颜色显示，并设立图例 p + geom_violin(aes(color = supp), trim = FALSE, position = position_dodge(0.9...结束语 小提琴图不是很常用，也在一些杂志中见到过，但是不是很多见，了解一下就可，毕竟数据分布，还要涉及到后续分析的内容，和自己后续的分析方案是否配套。...慎用吧 关于ggplot添加图层真是个好东西，这样的点和箱式图的组合，以前都是用prisma做。 love&peace
), 1000), ] ##查看数据情况 head(small) summary(small) #画图实际上是把数据中的变量映射到图形属性上。...p ggplot(data = small, mapping = aes(x = carat, y = price)) ##上面这行代码把数据映射XY坐标轴上，需要告诉ggplot2，这些数据要映射成什么样的几何对象...)) p+geom_point() 3、几何对象（Geometric） #在上面的例子中，各种属性映射由ggplot函数执行，只需要加一个图层，使用geom_point()告诉ggplot要画散点，于是所有的属性都映射到散点上...#不同的几何对象，要求的属性会有些不同，这些属性也可以在几何对象映射时提供，比如上一图，也可以用以下语法来画： p ggplot(small) p+geom_point(aes(x=carat,...，在我们熟悉前面语法的情况下，很容易画出： ggplot(small)+geom_density(aes(x=price, colour=cut)) ggplot(small)+geom_density
，如果使用ggplot2作图需要转换成长格式，这里本来想尝试一下tidyr包中的pivot_longer()函数了，帮助文档没有看明白。...没有搞定，还是直接使用reshape2中的melt()函数吧 library(dplyr) df %>% mutate(new_col=paste(Group1,Group2,sep="_"))...Group1")) %>% #arrange(Group1,Group2) %>% reshape2::melt(var.ids="new_col") -> df1 head(df1) ggplot2...作图 library(ggplot2) library(stringr) library(ggprism) x_level<-paste(df$Group1,df$Group2,sep="_") x_level...(df1,aes(x=new_col,y=value))+ stat_boxplot(geom = "errorbar",width=0.2)+ geom_boxplot(outlier.shape
开始前 主要为ggplot2 中的后四个部分的内容。 geometries 几何对象 不同的几何对象 image.png 几何对象的叠加 几何对象的本质，也就是画面上的不同图层。...也正因其代表不同的图层，因此也可以利用新的图层对旧的图层进行叠加（或覆盖）。 先后顺序 但也正和图层的叠加一样，R中ggplot 的叠加也有先后顺序，后来的图层会覆盖在原来的图层上。...))+ geom_boxplot(aes(color=Species))+ geom_point() image.png 全局与局部映射 我们可以设定整个图像中图层的参数，依靠设置 ggplot...散点图 jitter 通过为本来重叠在同一位置的点添加随机的“抖动”，使重叠的点产生错位，也因此能够完全地显示在图像里。 柱状图 dodge 可以让组中的直方图并列显示。...点图覆盖在箱线图上。后设定的图层在更靠近顶层的位置。
此外, 图形中还可能包含数据的统计变换(statistical transformation, 缩写为stats), 最后绘制在某个特定的坐标系(coordinate system, 缩写为coord...，要求的属性会有些不同，这些属性也可以在几何对象映射时提供，以下语法与上面的aes中是一样的。...同时箱线图能够显示出离群点（outlier），通过箱线图能够很容易识别出数据中的异常值。 #按切工(cut)分类，对价格(price)变量画箱式图，再按照color变量分别填充颜色。...#se 表示是否显示平滑曲线的置信区间，默认TRUE显示；level = 0.95 ggplot(mpg, aes(displ, hwy, color = class)) + geom_point(...八 分面（Facet） 分面设置在ggplot2应该也是要经常用到的一项画图内容，在数据对比以及分类显示上有着极为重要的作用， facet_wrap 和 facet_grid是两个经常要用到的分面函数。
介绍 gghalves可以通过ggplot2轻松地编写自己想要的一半一半（half-half plots）的图片。比如：在散点旁边显示箱线图、在小提琴图旁边显示点图。...默认为NULL，使用ggplot()中aes()指定的映射。 data 指定数据框。默认为NULL，使用ggplot()中的数据。...side 画半小提琴图的一侧。“ l”代表左，“ r”代表右，默认为“ l”。 nudge 在小提琴图和分配给x轴上给定因子的空间中间之间添加空间。...show.legend 逻辑值，默认为NA，若为FALSE，不显示该图层的图例； 若为TRUE，则显示该图层的图例。 它也可以是带有名称（图形属性）的逻辑向量，用来选择要显示的图形属性。...如show.legend = c(size = TRUE,color = FALSE)表示显示size对应的图例，而不显示color对应的图例。
展现标度的常见做法是绘制图例和坐标轴——它们实际上是从图形到数据的一个映射，使你可以从图形中读取原始的数据。标度包括位置、颜色、大小、形状、线型。...我们通常使用的是笛卡尔坐标系，但也可以将其变换为其它类型，如极坐标和地图投影。 图层（Layer）:图层的作用是生成在图像上可以被人感知的图形。...对比图10和图11，aes中color参数属性可以发现，如color对应变量为factor因子时，图10中图例分组显示不同颜色；但如factor对应的变量为数值，ggplot将其识别为连续变量，数值大小决定颜色深度...；对比12和图13，不论是在ggplot函数中定义color还是在几何对象中定义color，其具有相同的效果。...4、统计变换（Stat） 统计变换对原始数据进行某种计算，然后在图上显示出来，例如在散点图上加一条回归线。
引言 之前有和群里的小伙伴讨论说"将之前Python-matplotlib 绘制的图用R-ggplot2重新绘制"，也得到很多小伙伴的响应 ? ? 。...其中Type 中主要含有 Teain sample 和 Test sample 两种。...（2）数据可视化 R-ggplot2 绘制箱线图很简单，主要为 geom_boxplot() ,先采用默认的参数绘制 ，代码如下： plot_pir ggplot(data = box_data,...代码如下： plot_pir2_ed ggplot(data = box_data,aes(x = AOD_550nm,y = Type))+ geom_boxplot(aes(fill...欢迎在文末 读者讨论 或 进群进行交流讨论
在ggplot2 中，可以通过使用 geom_point() 来在箱线图上增加点，这些点可以代表分组中特定指标的出现率。...density: 密度参数，可能用于调整箱线图内密度图的显示。legend.h: 图例的高度。legend.x.pos 和 legend.y.pos: 图例在图表中的位置。...数据框的基础上添加文本标签，映射 Group 到 x 轴，position 到 y 轴，occ_lab 作为标签文本，不显示图例。...guides(color = "none")：设置颜色图例为不显示。theme_classic()：应用经典的 ggplot2 主题。...pl结果：带有显示Index在不同分组出现率的箱线图画图: prism主题结果：带有显示Index在不同分组出现率的prism风格的箱线图
研究者常常要比较两组数据是否有统计学差异，并且要将这种差异在图形上通过线和注释标注出来。 ? ggplot2包是一个很好的可视化包，ggsignif包是ggplot2包的一个扩展包。...今天来学习怎么在ggplot2包绘制的图形上添加显著性差异注释。 1....我们在图上添加3组数据两两比较的统计学差异P值。...y_position中的数字与comparisons中的组别一一对应。 如果我们要调整横线两端的小竖线长度怎么调整？我想要使每根小竖线的长度各不相同。...show.legend # 逻辑词，是否显示图例 comparisons # 长度为2的向量列表 test # 进行统计检验的方法名称，如t.test、wilcox.test、aov()、anova()
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