ggplot2向散点图添加滚动均值的标准差 - 腾讯云开发者社区

箱线图展示的就是分位数，中间的线表示的是中位数，也就是50%分位数，如果非要在箱线图上画上表示平均值的线段也是可以实现的，今天介绍一下实现代码示例数据集我们用R语言的内置数据集PlantGrowth...image.png 首先是画一个最普通的箱线图 df<-read.csv("PlantGrowth.csv") library(ggplot2) library(tidyverse) p1<-ggplot...ggplot_build(p1)$data[[1]] image.png 我们利用原始数据计算一下平均值，然后将数据集的平均值添加到这组数据中 df %>% group_by(group...>% rename("group_1"="group") %>% cbind(ggplot_build(p1)$data[[1]]) -> df1 然后利用geom_segment()函数添加品均值的线段...不知道有没有比较好的办法（猜测geom_boxplot函数里应该是有一个步骤计算中位数的，试着看看源代码，看能不能把中位数的代码改为平均值）还有一个问题是如果是分组的箱线图那么应该如何来实现呢？

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R语言ggplot2散点图添加拟合曲线和回归方程的简单小例子

本篇推文来自于公众号读者的投稿最近在画散点图的时候使用lm函数进行线性回归拟合之后，想将拟合的方程与R2加入到绘制的图片中。在百度中翻了半天，终于在一个外国网站上找到了方法。...基本的散点图并添加拟合曲线 library(ggplot2) p <- ggplot(data = df, aes(x = x, y = y)) + geom_smooth(method = "lm...添加拟合方程和R2 这里他的办法是自定义了一个函数，这个函数看起来还挺复杂的，先不用管这个函数的意思了，直接复制过来用就可以了 lm_eqn <- function(df){ m 的R包 ggpmisc 加载R包，模拟数据集 library(ggplot2) library(ggpmisc) df <- data.frame(x = c(1:100)) df$y...<- 2 + 3 * df$x + rnorm(100, sd = 40) head(df) 这里添加拟合方程用到的是 stat_poly_eq()这个函数 library(ggplot2) library

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跟着Nature学作图:R语言ggplot2散点图并给指定的点添加颜色

，争取把有原始数据的图都用R语言来复现一下 41586_2023_5710_MOESM4_ESM (1).xlsx 今天的推文复现一下论文中的Fig1a image.png 部分示例数据 image.png...最基本的散点图 library(tidyverse) fig1a<-read_delim("data/20230521/Figure1a.txt", delim = " ")...library(ggplot2) ggplot()+ geom_point(data=fig1a, aes(x=log2(FC_Replicate_1),...，内容可能会存在错误，请大家批判着看，欢迎大家指出其中的错误示例数据和代码可以给推文点赞，然后点击在看，最后留言获取欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享...：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！

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Day7：R语言课程 (R语言进行数据可视化)

我们将从new_metadata数据框为例，绘制的一个samplemeans和age_in_days的散点图，。ggplot2默认输入是数据框。...用+运算符向图上添加geom ggplot(new_metadata) + geom_point() # note what happens here 即使添加一个图层geom_point，也会报错...映射的例子包括：位置（即在x和y轴上）颜色（“外部”颜色）填充（“内部”颜色）形状（点数）线型尺寸首先，必须添加x轴和y轴的位置，因为geom_point需要有关散点图的最基本信息，即要在...ggscatter5 注意：可以使用example("geom_point")来探索可添加到绘图中的众多不同的映射和图层。滚动浏览不同的图，记住代码的修改方式。...这些异常值表示意外的观察结果。使用geom_boxplot()图来绘制Wt和KO基因型之间样本均值的差异。给图添加标题。

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箱线图的生物学含义

四分位数不受异常值影响，并保留了中央数据和分布的信息。因此，对于不对称或不规则形状的种群分布以及具有极端异常值的样本，优于平均值和标准差。...用四分位数绘制箱形图的是一个公认的惯例：永远不应使用箱子或线来显示平均值、标准差或标准误。中位数不一定在箱子中心，两边延伸的线也不一定是对称的。...四、箱线图的优点与不足 1.箱线图能直观展现样本的分布从下图中可以看出箱线图的统计描述比均值和标准差更直观的展现了数据集的统计分布。 ?...直方图、散点图和箱线图比较上图展示了三个样本量为20的正态分布数据，其中标准差都为1，AB均值为1，C均值为3。...图a比较了选取不同基线切割y轴对直方图高度的影响；图b是当样本量大于3时，标准差和95%置信区间的散点图适合比较集中趋势的数据；图c的箱线图能同时结合均值和95%置信区间，在相同的空间上能展示更多与样本相关的信息

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一文掌握小提琴图的所有画法

根据指定的均值和标准差创建正态分布的小提琴图的方法，这个函数可以用来表示假设的正态分布和置信区间。...data = d, aes(x = Distribution)) + geom_normalviolin(aes(mu = Distribution_mean, #mu是正态分布的均值...sigma = Distribution_sd), #sigma是正态分布的标准差 width=0.5,...palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"), #颜色 add = "boxplot" #小提琴加箱式图 ) 2.小提琴加散点图...color = "dose", palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"), add = "dotplot" #小提琴加散点图

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数据科学24 | 回归模型-基本概念与最小二乘法

值下残差平方的平均值变化可以看到?值变大向分布中心靠近时，残差平方的均值变小；?值从分布中心继续变大时，残差平方的均值重新变大。当?...图4.父母身高及相应的孩子身高的散点图这个图中有许多点被重复绘制，数据的频数信息没有被展示出来。...图7.添加回归线 ---- 基本概念 1. 经验均值定义经验均值为样本数据点减去平均值会得到均值为0的数据，定义，则的均值为0。这个过程称为"居中"随机变量。...均值是使最小的最小二乘解 2. 经验标准差和方差定义经验方差为定义经验标准差为，注意标准差与数据有相同单位的经验标准差为1，这个过程称为"缩放"数据。...标准正态分布定义标准正态分布，经验均值为0，经验标准差为1。将数据“居中”并“缩放”的过程称为“标准化“ 4.

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跟着Plos Biology学作图：R语言ggplot2散点图并添加误差线和带置信区间的拟合曲线

multiple bacterial species and antibiotic classes 数据代码链接 https://github.com/orgs/gradlab/repositories 今天的推文重复一下论文中的...Figure 1B image.png 论文提供的代码涉及到了map系列函数，这个我之前基本没有用过，功能很强大。...amplitude_ci.upper, sig = sig), .f = plot_use_model_func)) %>% pull(plot) -> f1b_plots 这里他的处理方式是将多个图保存到一个数据框的一列...使用ggpubr包中的函数拼图 library(ggpubr) f1b = do.call(ggarrange, c(f1b_plots, nrow = 2, ncol = 3, align = "...，如果有时间的话争取录视频逐行解释其中的代码。

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R语言之可视化①误差棒

本教程介绍如何使用R软件和ggplot2包创建带有误差棒的图形。...使用三种剂量水平的维生素C（0.5mg,1mg和2 mg）和两种递送方法[橙汁（OJ）或抗坏血酸（VC）]中的每一种： > library(ggplot2) > df <- ToothGrowth >...标准差用于绘制图形上的误差线。首先，使用下面的辅助函数将用于计算每组感兴趣变量的均值和标准差。...groupnames=c("supp", "dose")) # Convert dose to a factor variable df2$dose=as.factor(df2$dose) head(df2) 向条形图添加误差线...+/- SD可以添加为误差条或点范围： ?

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R语言之可视化②点图

主要内容：准备数据基本点图在点图上添加摘要统计信息添加平均值和中位数带有盒子图和小提琴图的点图添加平均值和标准差按组更改点图颜色更改图例位置更改图例中项目的顺序具有多个组的点图...，然后修改点的大小，然后翻转X，Y轴 library(ggplot2) # Basic dot plot p添加摘要统计信息，使用函数stat_summary（）可用于向点图中添加均值/中值点等。...第六步：添加平均值和标准差，使用函数mean_sdl。 mean_sdl计算平均值加上或减去常数乘以标准差。在下面的R代码中，使用参数mult（mult = 1）指定常量。...平均值+/- SD可以添加为交叉开关或点范围： p <- ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_dotplot(binaxis='y', stackdir

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ggplot Stripchart and line

ggplot Stripchart and line sunqi 2020/8/3 点带图 Stripcharts：一维散点图主要函数和参数 geom_jitter() color, fill, size...library(ggplot2) library(patchwork) library(tidyverse) # 绘图 p % ggplot(aes(x = dose...= position_jitter(0.2), size = 1.2) + # 添加均值和标准差 stat_summary( aes(color = dose...), size = 0.4, # mult=1表示加减一个标准差 fun.data = "mean_sdl", fun.args = list(mult = 1) )...# 添加分组线图，这里使用数据集2，用于绘制分组线图 p % ggplot(aes(x = dose, y = len, group = supp)) # 根据分组添加不同的线

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ggplot2绘制散点图：进阶可视化技巧

欢迎关注R语言数据分析指南公众号 ❝本节来介绍如何使用ggplot2绘制进阶散点图，数据无实际意义，整个过程仅参考。希望对各位观众老爷能有所帮助。...「代码会整合上传到学习交流群」，购买过小编R数据可视化文档的朋友可在所加的交流群内获取下载，有需要的朋友可关注文中介绍加入学习交流群。...❞ 图形解读 ❝通过添加误差条来表示嘴巴长度和深度的标准差，可以直观地看到每个物种特征的变异程度，同时展示中位数点。..."#7294D4")) + scale_fill_manual(values = c("#FBA72A","#78B7C5", "#7294D4")) + theme_classic() 添加边缘图...ggMarginal(p, type = "densigram", groupColour = TRUE, groupFill = TRUE, alpha = 0.5) # 添加密度图到主图的边缘

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文末送书 | Python绘图，我只用Matplotlib

散点图散点图显示两组数据的值，如图1-1所示。每个点的坐标位置由变量的值决定，并由一组不连接的点完成，用于观察两种变量的相关性。例如，身高—体重、温度—维度。 ?...• s：散点图中点的大小，可选。 • c：散点图中点的颜色，可选。 • marker：散点图的形状，可选。 • alpha：表示透明度，在 0~1 取值，可选。...示例：绘制身高—体重的散点图 ? 运行脚本输出如图1-2所示的图形。 ? 图1-2 基本的散点图散点图主要演示两个变量的相关性：正相关、负相关、不相关。...图4-2 正态分布的钟形曲线正态分布有两个参数，即均值和标准差。均值是正态分布的位置参数，描述正态分布的集中趋势位置。概率规律为：取与均值越近的值的概率越大，而取离均值越远的值的概率越小。...标准差描述正态分布资料数据分布的离散程度，标准差越大，数据分布越分散；标准差越小，数据分布越集中。标准差也是正态分布的形状参数，标准差越大，曲线越扁平；反之，标准差越小，曲线越瘦高。

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跟着Nature学作图：R语言ggplot2分组折线图添加误差线

论文是 Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population 数据和代码的github主页链接 https:/....YmAcp4VBzic 今天的推文重复一下论文中的figure1b image.png 数据集 image.png 这里误差线的范围是平均值加减标准差，数据提前算好，整理到csv文件中读取数据...read_csv("newdataset/MockData_Fig_1B_microbiome_rarefaction_datatable.csv") head(dat01) 分组折线图 library(ggplot2...dat01,aes(x=nr,y=spec.nr.mn,color=Taxon))+ geom_line(size=1.5,linetype=dat01$linetype) image.png 添加误差线...ymax=spec.nr.mn+spec.nr.sd), size=1.05, colour="black") image.png 再叠加一层散点图

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Python 绘图，我只用 Matplotlib

01 散点图散点图显示两组数据的值，如图1-1所示。每个点的坐标位置由变量的值决定，并由一组不连接的点完成，用于观察两种变量的相关性。例如，身高—体重、温度—维度。 ?...s：散点图中点的大小，可选。 c：散点图中点的颜色，可选。 marker：散点图的形状，可选。 alpha：表示透明度，在 0~1 取值，可选。 linewidths：表示线条粗细，可选。...示例：绘制身高—体重的散点图 ? 运行脚本输出如图1-2所示的图形。 ? 图1-2 基本的散点图散点图主要演示两个变量的相关性：正相关、负相关、不相关。...图4-2 正态分布的钟形曲线正态分布有两个参数，即均值和标准差。均值是正态分布的位置参数，描述正态分布的集中趋势位置。概率规律为：取与均值越近的值的概率越大，而取离均值越远的值的概率越小。...标准差描述正态分布资料数据分布的离散程度，标准差越大，数据分布越分散；标准差越小，数据分布越集中。标准差也是正态分布的形状参数，标准差越大，曲线越扁平；反之，标准差越小，曲线越瘦高。

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R语言可视化——ggplot图表系统中的辅助线

接下来我以几个案例的形式对图表辅助线操作进行演示： library(ggplot2) library(reshape2) library(ggthemes) data的销售额均值以及单个公司销售额与均值的对比情况，需要在图表中添加一条平均线。...以上通过geom_hline图层为柱形图添加了均值辅助线，但是大家一定好奇为啥均值线那么低，低于所有公司的销售额，因为均值是季度均值，而销售额是年度累计销售额。接下来我们制作一个分季度的柱形图。...当然这种均值线在分面状态下也是可以添加的。...以上散点图没有很明显的分散趋势，不过为了演示散点图中的辅助线，我还是将散点像素画处理，给散点图加上均值十字线。

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《python数据分析与挖掘实战》笔记第3章

平均水平的指标是对个体集中趋势的度量，使用最广泛的是均值和中位数；反映变异程度的指标则是对个体离开平均水平的度量，使用较广泛的是标准差（方差）、四分位间距。...(2)标准差标准差度量数据偏离均值的程度 (3) 变异系数变异系数度量标准差相对于均值的离中趋势变异系数主要用来比较两个或多个具有不同单位或不同波动幅度的数据集的离中趋势。...3.3.1、基本统计特征函数统计特征函数用于计算数据的均值、方差、标准差、分位数、相关系数和协方差等，这些统计特征能反映出数据的整体分布。...(D, k),意思是每k列计算一次均值，滚动计算。...实例：绘制样本数据的箱形图，样本由两组正态分布的随机数据组成。其中，一组数据均值为0,标准差为1,另一组数据均值为1,标准差为1。绘制结果如图3-16所示。

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箱线图的N种画法

2 ggplot2 使用ggplot2来画箱线图是现在常用的方法 library(tidyverse)# 定义一种主题，方便后面重复使用theme_boxplot<- theme(panel.background...04 云雨图，它是密度分布图、箱线图、散点图的集合，完美的展示了所有数据信息 library(grid) # GeomFlatViolin函数的定义见https://github.com/EasyChart...同样的，我们可以对箱线图添加抖动点，但是分组之后，并不能直接添加抖动点，需要增加两列信息来辅助画抖动点 # 增加dist_cat和scat_adj ，用于画抖动点data% mutate...3 ggpubr (带显著性的箱线图) 生成数据 # 均值为3，标准差为1的正态分布c1的偏斜度2.2和峰度13c2ggplot2的语法添加显著性检验，并将wilcox.test 换成 t.test 2 # t.testggplot(data, aes(Conditon,Value))+ geom_boxplot

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命令行上的数据科学第二版：七、探索数据

按Up和Down可以上下滚动。按下Space向下滚动整个屏幕。水平滚动通过按Left和Right完成。按下g和G分别转到文件的开始和结束。按下q即可退出less。手册页列出了所有可用的键绑定。...对于每个特征（列），它显示：数据类型它是否有任何缺失值（空值）唯一值的数量适用于这些特征的各种描述性统计数据（最小值、最大值、总和、平均值、标准差和中值）如下调用csvstat: $ csvstat...如果您只对特定的统计数据感兴趣，也可以使用以下选项之一： --max（最大） --min（最小值） --sum（总和） --mean（均值） --median（中值） --stdev（标准差） --nulls...使用rush，你甚至可以创建复杂的可视化效果，我将在下一节向你展示。 7.4 创建可视化效果在这一节中，我将向您展示如何在命令行创建数据可视化。我将使用rush plot创建条形图、散点图和箱线图。...最好用散点图来形象化tip和bill之间的关系。

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生信代码：机器学习-训练模型

图1.caret包绘制训练集数据可以看到不同年龄、学历和工作行业与工资的关系的散点图矩阵。使用ggplot2包绘制数据 qplot(age, wage, data = training) ?...图4.添加线性回归线按不同的学历绘制年龄与工资的线性回归线。将工资变量分解为不同的类别，有时可以明显观察到不同类别具有不同的关系。...mean(training$capitalAve) [1] 5.207716 sd(training$capitalAve) [1] 30.09083 变量的平均值约为5.2，但标准差非常大。...，即必须使用训练集的均值和训练集的标准差来标准化测试集。...个相邻的值，通过取这K个值的函数值（一般会选取均值、中位数、众数等）来填补缺失值。

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R语言ggplot2做箱线图的时候如何添加表示平均值的线

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