密度图和直方图 sunqi 2020/8/3 Density Plot Density Plot：也称作核密度图 函数和参数 geom_density() color, size, linetype:...颜色、大小和线的类型 fill：填充 alpha：透明度 绘图 # 需要的包 library(ggplot2) theme_set( theme_classic() + theme(legend.position...aes(color = sex)) + # 这个函数很熟悉吧 scale_color_manual(values = c("#868686FF", "#EFC000FF")) # 更改线的颜色和填充颜色和垂直线...=ls()) # 需要的包 library(ggplot2) theme_set( theme_classic() + theme(legend.position = "top") )...结束语 核密度图和直方图一般在论文中使用的很少，这也就注定是一个数据探索阶段的绘图，所以修的再漂亮也没什么用 love&peace
0.25), + axis.text.x=element_text(size = 13,colour="black",angle = myAngle)) 4.png 2绘制不带空心的玫瑰图...+ axis.text.x=element_text(size = 13,colour="black",angle = myAngle)) image.png 3绘制带空心的玫瑰图
在用ggplot画图的过程中，我们常常希望能够循环某个变量同时画很多图。如我们的数据是testdata ?...ggplot里面的其他变量也要改成字符串的形式，即可以很容易的实现循环出图。 即 ? 写成一个function，适用于下次直接进行基因表达查询 ?
哑铃图（Dumbbell Chart），也叫DNA图。当我们想要比较不同指标不同组的情况可用多个“哑铃”表示。另外，如果想表示某一组在不同条件下的变化情况也可以用这种方法。哑铃图如下图所示： ?...在R中实现可以考虑用ggalt这个包（基于ggplot2）。...yend=Area), color="#b2b2b2", size=1.5)+ # 设置哑铃的两端点的颜色和大小...最后加上 coord_flip() 可以将图片翻转为竖着的哑铃图。
计算Bonferroni校正后的显著性阈值。这是通过将0.05除以GWAS数据中的行数（即测试的总数）来实现的，用于调整多重比较的影响。
安装： install.packages("ggforce") 加载： library(ggforce) 先看一个正常的图： ggplot(iris, aes(Petal.Length, Petal.Width
重写、重载和隐藏是经常在开发中用到的知识点，今天我们在这里来讲一下他们三个的区别。...零、重写 所谓重写，就是在继承中，子类重新定义父类的方法，这里需要注意的是： 必须在有继承关系的类中重写； 子类重写的方法名和参数列表必须与父类的方法名和参数列表一致； 父类方法用 virtual 修饰...； 子类方法用 override 修饰； 重写一般用于接口实现和继承类的方法改写； 不管访问父类还是子类的方法，都是调用的子类的方法。...这个跟重写不同。...我们在使用隐藏的时候需要注意以下几点： 隐藏的方法的标志必须要和被隐藏的方法的标志完全匹配； 隐藏的方法的返回值必须和被隐藏的方法的返回一致； 隐藏的方法所抛出的异常必须和被隐藏方法的所抛出的异常一致，
❝本节来介绍如何使用「ggplot2」来绘制嵌套圆形图，图形绘制倒也简单主要是细节的调整结果仅供参考❞ 加载R包 library(tidyverse) 导入数据 bytes_total <- read_csv
在实际使用中，如果HashMap中的key是自定义的类，一般我们都会重写hashcode()和equals()，这是为什么呢？？...首先我们先回顾一下Object中hashcode()和equals()两个方法的默认实现。...1. hashcode()和equals()是在哪里被用到的？什么用的？ HashMap是基于散列函数，以数组和链表的方式实现的。...本来不就有hashcode()和equals()了么？干嘛要重写，直接用原来的不行么？ HashMap中，如果要比较key是否相等，要同时使用这两个函数！...如果只重写hashcode()不重写equals()方法，当比较equals()时只是看他们是否为 同一对象（即进行内存地址的比较）,所以必定要两个方法一起重写。
前面介绍了一些ggplot绘图，ggplot2|从0开始绘制直方图，ggplot2|从0开始绘制箱线图，ggplot2|从0开始绘制折线图，这次介绍一下当数据为发散性正负值的时候，几种比较合适的展示方式...二 Diverging bars Diverging bars是一种可以同时处理负值和正值的条形图。...注意为了使柱状图创建柱形图而不是直方图，需要确保： （1）设置stat=identity （2）在aes()中同时提供x和y，其中x是字符或因子，y是数值。...三 Diverging Lollipop Chart Lollipop Chart与上述类似，而是使用 geom_point 和 geom_segment 来获得想展示的图。...四 Diverging Dot Plot 同样可以用点图传达相似的信息，圈圈里面加上具体的数值。
工作的时候画出来这么一张图： p 图并没有变化。...最后发现可以直接再加一个图层，将这一组重新画一组点图即可： compare_gencode <- compare_runs[1:8661, ] p + \ geom_point(data = compare_gencode
下面是墨眉 《共享我们的大脑 》 的投稿 全部的代码都是复制粘贴即可运行 在数据展示时为了体现各因素的比重（百分比），有时会用到堆叠柱状图，这里介绍下用 ggplot2 画堆叠柱状图的代码和相应的美化方法...二、ggplot2作柱状图 作图前有个很重要的前置动作，要把宽矩阵转换为长矩阵（具体名词解释可以百度，关键原因是计算机和人的识别习性是不同的） library(reshape2) data_plot =...library(ggplot2) p = ggplot( data_plot, aes( x = name, weight = percent, fill = attitude))+ geom_bar...四、观测值和样本排序 然后是排序的问题，如果我想调整不同类型柱子的顺序，让他们按大小排序，可以用factor 函数 order_x = apply( data_percent[,1:7], 2, sum...最后，展示下参考jimmy老师教程做的一些免疫浸润的图 过程和代码参考自：https://mp.weixin.qq.com/s/rK7FFQuEPKpEU6qYbVB4Rw ? ? ? ?
对生信分析中得到的一些基因，进行KEGG富集分析，达到对基因进行注释和分类的目的。 本文利用R语言的ggplot2包，从头带您绘制文献级别的KEGG富集分析气泡图。...一 载入数据集和R包 library(ggplot2) pathway = read.csv("KEGG.csv",header=TRUE,check.names = FALSE) head(pathway...二 绘制KEGG气泡图 2.1初始化数据并绘制散点图 ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) + geom_point() ?...四 参考资料 ggplot2：数据分析与图形艺术 好了，更换成自己的数据集即可以自己动手绘制KEGG通路气泡图了。
前几天发现一个非常有意思的数据可视化小例子https://github.com/nanli-7/basketballdatavisualization，自带数据和代码，非常好的学习材料，自己重复了其中绝大部分内容..., 发现里面有一张图和自己没能画出来的非常像，才知道这类图叫计数图（Counts plot）,但是印象里ggplot2好像没有现成的函数来做这个事情，在不知如何下手之际突然想到之前看过一篇文章Top 50...ggplot2 Visualizations - The Master List (With Full R Code), 应该会有对应的内容，果不其然，发现了 ggplot2 包中的 geom_count...同样的数据集，图B看起来数据就多出来许多 代码 library(ggplot2) library(ggpubr) p1<-ggplot(mpg,aes(cty,hwy))+ geom_point()...，才意识到目标图片不是counts plot 目标图片是以惯用手和身高来分组计算击球率的平均值，点的大小反映的是HR的平均值，明白了目标图片传达的含义，那么作图也有了思路： 整理数据 library(dplyr
arrange(-age) %>% mutate(g_rank = row_number(), name = fct_reorder(name, age)) %>% ungroup() 绘制一个基础图
今天的推文是个 ggplot2 案例，不过也是一个动态图表，在开始敲今天的代码之前我们先了解一下什么是“赫罗图”？...赫罗图（Hertzsprung-Russell diagram，简写为 H-R diagram 或 HRD）是丹麦天文学家赫茨普龙及由美国天文学家罗素分别于 1911 年和 1913 年各自独立提出的。...) library(tidyverse) library(ggplot2) # 读入数据 # 发现这个数据使用 read_csv 读取的时候有点问题，ci 和 x 变量错位了，absmag 和 spect...也错位了，所以这里我们选择 spect 和 x，然后把 x 重命名为 ci，spect 重命名为 absmag catalog <- rbind( read_csv("hygdata_v3-1...结果（很大，请耐心等待，这里我给它转为 MP4 文件插入，附件中有转换的代码）： 把多个图片合成 GIF 图 可以使用终端命令 convert，如果你的电脑没有这个工具，可以使用 magick 工具，下载和使用方法可以阅读这里
❝本节来绘制一个简单的绘图案例；暂且称之为轨道图；下面小编就通过一个详细的案例介绍如何绘制此图；关于此图的实践应用以后在做介绍 加载R包 library(tidyverse) library(systemfonts
每个月接受10篇稿件，任何和科研内容相关的都可以，包括但不限于实验方案技巧，论文写作心得体会，期刊选择投稿经验，读研读博的感想随笔吐槽，任何科研软件的使用技巧，等等等等。欢迎大家投稿呀！...image.png 前几天有一个读者在公众号留言问上面这幅图应该如何实现，我想到一个办法是利用ggplot2分别画散点图和密度图，然后利用aplot包来拼图，aplot包是ggtree的作者新开发的一个包...y<-rnorm(500,0,2) df<-data.frame(x=x,y=y) head(df) 先做一个简单的散点图 library(ggplot2)ggplot(df,aes(x=x,y=y)...image.png y轴的密度分布也是这样画，下面就不重复了 接下来是拼图 library(ggplot2) library(aplot) p1<-ggplot(df,aes(x,y))+ geom_point...image.png 遇到的问题是：如何给密度图的右下角的一部分填充另外一个颜色，这个我暂时还不知道如何实现？大家如果知道如何实现欢迎留言呀！ 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本
❝本节来分享一个绘制哑铃图的小教程，里面细节满满;各位观众老爷细细品味，下面来看具体案例 ❞ 导入数据 read_tsv("data.xls") %>% distinct(country_name
欢迎关注R语言数据分析指南 案例图 仿图 绘图思路 ❝此图用R绘制难点有两处 (1)在于绘制连接处并进行渐变色填充 (2)绘制独立的甜甜圈图进行拼图 目前ggplot2 3.5已经能指定为图形进行渐变色填充...，那么连接处我们可以当做是旭日图的第三圈并独立对其进行渐变颜色填充，至于拼图个人建议还是AI编辑器实现更为简便。...目前会员文档(2023+2024)「已经更新上传了140+案例文档」，每个案例都附有相应的数据和代码，并配有对应的注释文档，方便大家学习和参考。...注释文档+文档清单」 library(tidyverse) library(geomtextpath) library(ggnewscale) load("da.Rdata") # 加载数据 绘制旭日图...element_blank(), panel.background =element_blank(), plot.background=element_blank()) 绘制甜甜圈图
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