往期回顾
层次聚类(hierarchical clustering)就是通过对数据集按照某种方法进行层次分解,直到满足某种条件为止,常用的方法有UPGMA、ward.D2等。...聚类树是层次聚类最常用的可视化方法,我们可通过比较聚类来确定最佳分类,详见往期文章层次聚类与聚类树和比较聚类。...群落结构
通过层次聚类我们可以对微生物群落进行聚类并以聚类树的形式进行展示,但是要分析其生态学意义,我们需要结合更多的数据来对聚类簇进行解读。...=hclust(otu_dist, method="average")
#确定最佳聚类簇数目(这里省略,我们选聚类簇数目为3)
#聚类结果绘图
layout(matrix(c(1,2,3), 1, 3,...=hclust(otu_dist, method="average")
#确定最佳聚类簇数目(这里省略,我们选聚类簇数目为3)
#聚类结果绘图
layout(matrix(c(1,2,3,1,4,5),