我有一个小的python程序,它使用h5py模块创建hdf5文件。我想编写一个python模块来处理hdf5文件中的数据。我怎么能这么做呢?
更具体地说,我可以将numpy数组设置为PyArrayObject并使用PyArg_ParseTuple读取它们。这样,我就可以在编写python模块时从numpy数组中读取元素。如何读取hdf5文件以访问单个元素?
更新:感谢你下面的回答。我需要从C中读取hdf5文件,而不是从Python中-我知道如何做到这一点。例如:
import h5py as t
import numpy as np
f=t.File('\tmp\tmp.h5'
最近,我尝试安装tensorflow-gpu跟随这个视频
但是,当我试图导入tensorflow (或keras)时,我的内核会死掉,给出以下错误消息。
C:\Users\ovin\Anaconda3\envs\GPU\lib\site-packages\h5py\__init__.py:40: UserWarning: h5py is running against HDF5 1.10.5 when it was built against 1.10.4, this may cause problems
'{0}.{1}.{2}'.format(*version.hdf5_b
这里是Python新手。
我试图使用lz4压缩将一个大的数据帧保存到HDF文件中,使用to_hdf。
我使用Windows 10,Python 3,Pandas 20.2
我得到错误“OverflowError: Python太大,无法转换为C”。
没有一个机器资源接近它们的极限(RAM,CPU,交换使用)
前面的文章讨论了dtype,但是下面的示例显示还有一些其他问题,可能与大小有关?
import numpy as np
import pandas as pd
# sample dataframe to be saved, pardon my French
n=500*1000*10
我无法在R中处理hdf文件。我相信R包hdf5将是我处理这些文件所需的,但我在安装它时遇到了困难。我得到以下警告:
> install.packages("hdf5")
Installing package(s) into ‘C:/Users/ME/Documents/R/win-library/2.15’
(as ‘lib’ is unspecified)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
package ‘hdf5’ is available as a source pack
我正在尝试在装有Python2.5的Windows XP上安装PyTables 2.3.1。我得到以下错误:
Could not find a local HDF5 installation.
You may need to explicitly state where your local HDF5
headers and library can be found by setting the HDF5_DIR
environment variable or by using the --hdf5 command-line option.
我对HDF5库的安装感到有点困惑。我从下载了名为
这是给你的HDF5和多处理大师..。首先,我知道python和多处理模块并不一定彼此喜欢,但是我得到了一个我无法理解的错误。我正在处理的脚本创建了一个临时内存中的hdf5文件,将来自(泡菜)输入文件的数据存储在内存文件中,然后多处理池对来自临时HDF5文件的数据执行(只读)操作。
我已经能够隔离导致错误的代码,下面是一个简化的代码片段。当我在生成器函数中创建内存中的hdf5文件,然后使用该生成器为多处理池生成参数时,我会得到一系列HDF5错误。下面是一些尽可能简单的代码,以便重新创建错误:
import h5py
from multiprocessing import Pool
from it