函数与参数 形式参数与实际参数 形式参数99%可以删除 图片 命名新的函数 > jimmy <- function(a,b,m = 2){ + (a+b)^m + }。...> m2d=function(x){+mean(x)+2*sd(x)} #sd()是标准差 不会是一个值 > m2d(rnorm(10)) [1] 1.738949 R包 介绍 R包都在哪里 ####...") #ls是展示出该包中的函数 R语言中的函数 （）前的是函数 [] 是取子集，一定是个数据 【】里有“，”->向量或矩阵 [[]] 前的通常是个列表 列表取子集 $ 数据框取子集 <-...否定 { } 用于容纳多行代码 #注释 " " 字符型数据 ：：包：：函数 #文件名必须带引号，且在能识别文件名称的函数括号里面，实际参数位置上 文件的读写 csv格式 > read.csv("ex3...#表格文件读到R语言中，就得到了一个数据框，对数据框进行的修改不会同步到表格文件，需重新导出 分隔符 常见的分隔符：逗号、空格、制表符（\t) 将表格文件读取到R语言中 read.table() #
R语言包安装问题： ?...这是一类包的安装问题： R包install失败：cannot open URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/PACKAGES' Warning: unable...://stackoverflow.com/questions/25599943/unable-to-install-packages-in-latest-version-of-rstudio-and-r-version...-3-1-1 注：重启R后又会变回原来的https的......然后要改个R studio设置： Tools -> Global Options -> Packages and unchecking the "Use Internet Explorer library
1.函数与参数 （1）形式参数与实际参数 （2）写函数的函数 2.R包（R package）介绍 R包可以理解为是多个函数的打包存放，包含函数、数据、帮助文件、描述文件等。...3.R包都在哪里 （1）CRAN网站 （2）Bioconductor （3）github 4.xxR包怎么安装 从哪里来/怎么安装 不知道从哪里来的？...安装包——加载包——使用包里的函数 ## library（）没有error 是检查是否安装成功的标准 （2）已经安装的 R包，可以用：：快速调用里面的函数 7.常见疑问 （1）提示信息 检查是否有...denied 权限问题：管理员方式重新打开Rstudio，重新运行代码 8.R包如何使用-获取帮助 （1）快速查看函数帮助文档 ？...+函数名称 （2）找R包介绍界面（直接搜） （3）Vignettes ls("package:lima") #列出一个包里都有哪些函数数据 R语言中的符号 解决问题的思维（报错时）
() 可以查看默认值, 例如sort()函数的默认值为decreasing=F二、R包介绍1)⚠️下载原始方法：install.packages(" ") 适用于大部分的R包生信相关包：BiocManager...("开发者用户名/R包名称") ‼️要首先下载devtools包，install.packages("devtools")2)R包的使用每次使用前必须library() 相应的包不然会报错。...Biobase、BioGenerics后，再次library(GEOquery)即可成功2、package not availble for this version of R图片可能原因1：包名写错可能原因...2:安装命令写错，install.packages和BioManager::install()都试一下可能原因3：本机R语言版本与R包不符可能原因4:包过时了3、更新问题图片all /some/ no...5）R包安装成功的标志图片图片补充：列出一个R包内的函数和数据> ls("package:stringr") [1] "%>%" "boundary" "
交流群有人询问一个包（oncoPredict）的安装问题，说是R版本问题，需要 大于4.1.0。 我下意识的认为他应该是有其它错误，但是看大家在群里讨论的热火朝天， 我就去试了试。...version 4.0.2) 确实是失败了，然后去 官网查看：https://cran.r-project.org/web/packages/oncoPredict/index.html ，果然是其DESCRIPTION...文件里面的R版本依赖 Depends: R (≥ 4.1.0) ，如下所示： oncoPredict: Drug and Biomarker Discovery Bridges in vitro drug...install.packages : installation of package ‘oncoPredict’ had non-zero exit status 虽然这次仍然是报错了，但是这个很容易解决，仅仅是缺几个依赖包而已...（计算器） 多种数据类型（数值，字符，逻辑，因子） 多种数据结构（向量，矩阵，数组，数据框，列表） 文件读取和写出 简单统计可视化 无限量函数学习
BiocManager安装R包失败——Bioconductor version cannot be validated; no internet connection 目录 前言1. 报错内容2....安装R包模板3.1 镜像设置3.2 下载方式设置3.3 安装R包4. 永久保存镜像设置后记 前言 最近因为需要安装ChIPseeker这个R包，需要使用BiocManager进行安装。...过去使用BiocManager安装R包就是手到擒来，轻轻松松。但是最近好像知识更新的有点快了，装个R包居然遇到了很多困难。 这里简单记录下。 1....然后再安装R包即可。 3. 安装R包模板 这里顺便记录下相关的代码。...永久保存镜像设置 为了更方便的安装R包，不用每次都进行设置。
我们很多时候都很好奇作者的r包是如何写出来的，手痒的时候就想学习一下源码，顺便改一 问题来源 为什么要写今天这个推文呢？...find . | grep "R$" | xargs grep -n "DoHeatmap" --color=auto 发现， DoHeatmap函数在visualization.R 和mixscape.R...都出现了，感觉是visualization.R定义了DoHeatmap函数。...('~/gzh/seurat_codes_learning/seurat-release-5.0.2/R/visualization.R') 最后就顺利找到了源代码，可以看到DoHeatmap的画图功能其实来自于另外一个函数...SingleRasterMap，同时作者还是用其他几个自定义的函数，最终达成了DoHeatmap的画图功能。
问题 你想知道包里有什么。 方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist <- objects(packageName)...===========\n") cat("Objects: \n") cat(objectlist$name[objectlist$object]) cat("\n") } 以 base 包作为示例测试...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
如果不想要在全局直接访问包内的函数，在导入时设定attach=FALSE。...那么，利用GitHub page加上这里介绍的use()函数构建一个可实时获取的代码库是可能的。对于小的脚本函数， 写一个文件总是比写一个包简单轻量。...基于上面的思想，我将去年写的R包安装以及TCGA样本名重过滤等几个函数单独通过GitHub page进行了部署。...这里一个对绝大部分读者有用的函数是install()，它之前被放在R包wfun中。我前几天把它重新进行了迁移和修改。...代码核心其实 就是各种情况的检查，优先使用适合的包和函数进行下载、安装。它的存在就是方便国内使用者，特别是 初学者简便地下载、安装包。
()或require() (括号内指定包的名字） 这里我们可以指定参数character.only = T 从而让library 函数接受字符串作为参数，从而方便的使用apply 族函数实现批量加载R...所加载的所有包所在的路径 ：.libPaths()这个其实还挺好用的，比如说有的时候，这个路径没有设置好，导致下载的R 包无法被library，都可能和这个路径有关。...更新 update.packages() (括号内指定包的名字） 卸载 remove.packages()(括号内指定包的名字 已加载环境的包和从环境中卸除 # 查看已加载的包 (.packages...有的时候有的包的更新所依赖的包如果加载在环境中的话，会导致报错。这时候可以detach 掉他萌～（其实更暴力的就是重新打开R proj） 还是我的R 包 我为什么要用还呢？...和R 包的版本号，是个好习惯～ 详细介绍，可以参见我的github主页。
但是最近接到大量初学者求助，R包安装困难，如下： ?...R包下载的时候联网失败 我们给出来的解决方案，仍然是；之前研发好的 url.method 这个配置的解决方案； options(download.file.method = 'libcurl') options...(url.method='libcurl') 然后在Windows电脑里面R语言的安装R包和下载文件就OK啦。...如果成功安装的R包，多次加载不会有警告信息也不会报错，如下： ? 成功加载 如果缺啥，就单独安装它，以此类推，直到全部成功为止。 ?...缺啥，就单独安装它 进阶的批量安装R包代码是 # 把你需要安装的包，填写在 list.of.packages 这个向量里面即可 list.of.packages <- c( "stringr"
「前言：」 ❝今天我用openxlsx包中的read.xlsx读取xls文件时，竟然报错了。我记得有一个包是可以读取Excel2003的，搜索了一下，发现不太容易查找，就写一遍博客记录一下。...❞ xlsx文件，是2007,2013,2016版本的Excel文件，R语言中可以通过openxlsx包进行读取。 1. 读取xlsx文件 > dd = read.xlsx(".....CHN65101423 1024 65113820 CHN65102226 110015 65114832 CHN11103630 1101086 65114831 CHN11103630 11070 2. openxlsx...读取xls文件报错 如果读取xls文件，报错： > dat = read.xlsx("计算遗传力.xls")Error in read.xlsx.default("计算遗传力.xls") : openxlsx...汇总 openxls通过函数read.xlsx读取xlsx文件 readxl通过函数read_xls读取xls文件 软件安装方法：install.packages("openxlsx") 以及 install.packages
体验网址：https://yanshenli.shinyapps.io/Desktop/
生信技能树函数和R包R包介绍（R packages）R包是什么？是多个函数打包存放，包含函数、数据、帮助文档、描述文件等。为什么装R包？相应包可以实现特定分析功能！学一个R包要多久？...-day4的R脚本中清华镜像CRAN清华镜像bioconductor清华镜像中科大镜像CRAN中科大镜像bioconductor中科大镜像R包安装和使用逻辑安装-加载-使用包里的函数已经安装的包可以用:...，用到ggplot2别人代买自己数据套，报错不会改大多数包规律一致，不需要单独学习，用哪个函数学习哪个函数少部分包有自学语法，比如ggplot2，dplyr等R包如何使用查看帮助文档搜索引擎搜R包介绍页面...ls("package:包名")该命令可以列出R包里的函数或数据R语言里的符号()前是函数 []前是向量数据框或矩阵取子集[[]]列表取子集 $数据框取子集，列表取子集 <-赋值 = 赋值，或连接形式参数和实际参数...否定 {}多行代码举例认清函数和数据ggstatsplot是一个功能强大的作图R包，这里使用ggbetweenstats和ggbarstat函数举例做图。
R 包也一样，有时候明明我需要用的是xx 包的xx 函数，却被R 误当作aa 包的xx 函数。虽然它们都叫做xx 函数，但功能却是大相径庭。 这时候有两种应对的思路。...开发者：R告诉你 你错了 我们如何避免这样的问题呢。其实作为R 包的开发者来说，最好还是显式调用： > tidyr::tibble(mat) 但有的时候，这样做也比较麻烦。...要是R 可以帮我们区分，环境中是否发生冲突就好了。即如果环境中有两个函数名相同，就告诉我们要显式调用。...而且，有得人开发的R 包使用的函数，很有可能跟你使用的其他函数撞名，直接去修改别人包中函数的源代码，成本就太大了： > showDatabaseCategory(CellChatDB) Error: Problem.../Versions/4.0/Resources/library) 这个时候加载的顺序也就是函数在环境中的优先级，可见dplyr 所在的位置优先级靠后，因此在使用函数时，R 首先认为是plyr 这个包中的函数
R提供了大量读入文件的函数，这些函数通常是以read.*开头，后面接文件扩展，例如read.csv，read.xlsx，read.spss 等。其中最常用的为 read.table。...读入文件之后，需要验证文件是否读入成功，通常使用 head 函数截取文件头部显示出来，判断格式是否正确，在 Rstudio 中也可以使用 View()函数将全部内容显示出来。...数据处理结束之后，需要将存储在变量中的结果保存到文件中，R 提供了大量写入文件的函数，这些函数通常与 read 系列都是对应的，用法也类似使用起来也并不难。...方法二：readr，xlsx，openxlsx 等包 R 中有大量可以读写 Excel 电子表格的包，使用方法与 read.table()函数类似，只需注意Excel 的电子表格分为工作簿与工作表...#安装 openxlsx 包 install.packages("openxlsx") #加载 openxlsx 包 library(openxlsx) #读入 excel 文件，指定 sheet 号
从xlsx文件读入数据 要求：了解 对于平时更多使用excel软件的同学而言，xlsx格式的表格文件比csv要更常见，所以这里也提一下怎么把xlsx文件导入R语言（其实在excel软件包里面，大家可以直接把...在有些R语言教程中，推荐了R包xlsx，但是这个包依赖与xlsxjars和rJava包（关于R包的内容，请参考前期文章：挖掘GEO速成SCI文章系列教程（3）-R语言基础），以及一个正常工作的Java，...这里我给大家推荐一个不需要这些依赖的R包：openxlsx（openxlsx包的安装如图8）。...openxlsx包的帮助文档里介绍了三个写入数据和一个读取数据的函数，其中读取数据的函数read.xlsx()就能实现xlsx文件的读取。...这个函数的命名和用法都和read.table()非常类似（如图9），大家不妨自己尝试一下如何使用这个函数。 ? 图8:包openxlsx的安装 ? 图9:函数read.xlsx()的参数 4.
————————————————— 一、parallel包的使用方法 多数内容参考：R语言并行化基础与提高 parallel是base包，所以不用install.packages就可以直接调用。...但是这里面很从前不一样的是，如果有环境里面的外置变量（自己定义）那么需要额外插入，复制到不同核上面，而且如果有不同包里面的函数，都要额外加载、复制多份给不同的电脑核心。...R语言相关的报错处理函数可见：R语言-处理异常值或报错的三个示例 用tryCatch跳过： result = tryCatch( {expr}, warning...详情看：R语言︱大数据集下运行内存管理 以及 R语言之内存管理 —————————————————————————————————— 应用一：使用parallel包时，能不能clusterExport...R与并行计算 3、sparklyr包：实现Spark与R的接口，会用dplyr就能玩Spark 4、Sparklyr与Docker的推荐系统实战 5、R语言︱H2o深度学习的一些R语言实践——H2o包
1.函数与参数 图片 写函数的函数 fun <- function(a,b,m = 2){ (a+b)^m #a+b的m次幂 } #{}内部的为具体的函数运算 fun(a = 1,b = 2...="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") install.packages("tidyr") #安装R包的函数 install.packages('BiocManager...mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/ # 中科大镜像 # http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/ # http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/ #加载R包的函数...R包中存在依赖包，有时候安装R包报错了因为没有安装依赖包 图片 图片 网络问题可能会影响R包的安装 图片 因为权限问题无法安装 图片 图片 # 分情况讨论 if(!...("package:stringr") #列出R包中的函数，使用前需要先安装及加载这个R包 R语言中的符号 图片
R 提供了适用范围广泛的数据导入工具。 1.获取内置数据集 R 中的内置数据集存在于各个包中，其中基本包 datasets 里只有数据集，没有函数。...data(iris) 除了 datasets 包，R 中很多其他的包也带有数据集。如果不是运行 R 后自动加载的基本包，我们需要安装和加载这些包以后才能使用其中的数据。...还可以借助第三方包（例如 openxlsx 包、readxl 包和 gdata 包）直接读取 xlsx 或 xls 格式的数据文件。...以 openxlsx 包为例： library(openxlsx) write.xlsx(patients, "patients.xlsx") patients.data <- read.xlsx("patients.xlsx...foreign 包里的函数 read.epiinfo( ) 可以直接读取 EpiData 生成的 .rec 文件，但是建议先在 EpiData 中将录入的数据导出为 Stata 数据文件，然后在 R 中使用函数
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