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你不会以为它们的免疫评分都是自己算的吧

但是接下来大家又想问,同样的想比较两个分组的免疫评分的差异,但是免疫评分的工具太多了,比如有一个2019的综述文章:《Comprehensive evaluation of transcriptome-based cell-type quantification methods for immuno-oncology》比较了常见的免疫细胞比例推断工具的表现,另外一个2018的综述《Quantifying tumor-infiltrating immune cells from transcriptomics data》提到工具更多,起码十几款了。大家也不可能一一研读,下载,测试,使用它。但是又确实看到了大量数据挖掘文章都使用了这些免疫评分信息啊,比如:新鲜出炉(2021年6月)的文章:《Identification of a Ferroptosis- Related LncRNA Signature as a Novel Prognosis Model for Lung Adenocarcinoma》 ,就对比了 ESTIMATE, TIMER, MCP counter, CIBERSORTx,和ssGSEA ,如下所示:

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MCP-count包计算肿瘤微环境中各类细胞丰度

微环境细胞种群计数器(MCP-count)方法,该方法允许从转录组数据对组织中八种免疫细胞和两种基质细胞种群的绝对丰度进行量化。离体免疫组织化学数据支持该方法的有效性。因此此MCP-counter可以用于绘制人类健康组织和非造血人类肿瘤的免疫浸润的全局图。MCP-counter也提供R包。从基因表达矩阵中,它为每个样本生成 CD3+ T 细胞、CD8+ T 细胞、细胞毒性淋巴细胞、NK 细胞、B 淋巴细胞、源自单核细胞(单核细胞谱系)的细胞、髓样树突细胞、中性粒细胞以及内皮细胞和成纤维细胞。MCP-counter 是“单样本”分数,因为它们是在每个样本上独立计算的。然后,这些分数可用于直接比较队列中样本中相应细胞类型的丰度。通过使用石蜡包埋组织切片上免疫组织化学细胞定量对 MCP 计数器进行了定量验证。结果说明了它在 47 种健康组织类型和 32 种非血液系统恶性肿瘤中评估组织浸润的成功应用。

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