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单个病人的完善的多组学研究

做完初出茅庐的临床科研小透明,也是可以细心留意遇到了病例,哪怕只有一个病人,也可以做完善的病人多组学研究。...,DOI:https://doi.org/10.1016/j.annonc.2022.06.005 : 示意图很清晰,可以看到涉及到了传统转录组,单细胞转录组,还有肿瘤外显子技术: 多组学 当然,病人的病理情况...这里给病人制作了类器官模型,算是比较新的技术。...类器官培养前后作者不仅仅是看了上面的单细胞转录组层面的差异,其实也看了肿瘤外显子的somatic突变角度的一致性,如下所示: 肿瘤外显子的somatic突变角度的一致性 说明类器官的培养并没有过多的改变肿瘤本身的突变特征,类器官确实是肿瘤病人后续研究的绝佳替身...当然了,并不是对这个病人只有这些组学技术,其实还有甲基化等表观技术,但是并不是说技术越多越好,仍然是得解决实际问题。

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基于随机森林模型的心脏病人预测分类

作者:Peter 编辑:Peter 大家好,我是Peter~ 今天给大家分享一个新的kaggle案例:基于随机森林模型(RandomForest)的心脏病人预测分类。...每一行代表一个特征,横坐标为SHAP值 一个点代表一个样本,颜色表示特征值的高低(红色高,蓝色低) [008i3skNly1gywzvs0mt5j30jg0f73zj.jpg] 个体差异 查看单个病人的不同特征属性对其结果的影响...explainer.expected_value[1], shap_values[1], patient) [008i3skNly1gyx007daxtj31ou0rwq8m.jpg] 从两个病人的结果中显示...P3:预测准确率高达82%,更多的影响因素在sel_male=0,thalach=143等 通过对比不同的患者,我们是可以观察到不同病人之间的预测率和主要影响因素。

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探秘乳腺癌病人异质性

不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,很幸运聚集了五个小伙伴携手共进,我们承诺不间断更新5个月,把我们这两年的学习成果全部掏出来给大家,包括5个栏目: 文献速递(简短介绍,扩充知识面) 文献详解(图文并茂带来大家系统性学习...招募的乳腺癌患者基本情况 虽然只有11个病人的数据,但是涵盖了4种乳腺癌的分类 ER-positive (BC01 and BC02; luminal A) ER/HER2-positive (BC03...区分成功了肿瘤细胞与否,就能对每个病人的不同细胞类型进行比较,比如分组计算表达相关系数,结果如下; ? 同一个病人的肿瘤细胞及其非肿瘤细胞的区别变化范围很大,说明了其异质性。...很明显,对恶性细胞来做主成分分析后聚类发现每个病人都聚成自己独立的类,而对非肿瘤细胞来说,会根据细胞类型来聚类,不同的个体这样的影响因素很小,如下图: ? ?...计算一下signature scores 这里使用的是 ESTIMATE 算法: Tumour score Stromal score immune signature 这些计算都是为了说明同一个病人体内取到的单细胞的确应该分类

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脑机接口可以让闭锁病人意念发声

Knowable Magazine 加州理工学院计算和神经系统研究生萨拉·万德尔特(Sarah Wandelt)表示:“我觉得这项技术确实有潜力帮助那些失去最多的人,那些真的被锁住了,再也无法沟通的人。...这些方法虽然前景广阔,但通常都是侵入性的、费力的、昂贵的,专家们一致认为,要让闭锁病人发出声音,还需要进行更多的研究开发。 # 让大脑参与--但在哪里? 构建脑机接口的第一步是决定利用大脑的哪个部分。...她认为这些发现表明了一个重要的概念证明,尽管在一个被锁住的病人能够挫败邪恶的继母或获得一杯水之前,词汇还需要扩大。...她认为,这项研究结果标志着一个重要的概念验证,不过在被锁住的病人能够挫败邪恶的继母或获得一杯水之前(《基督山伯爵》中的场景),还需要扩大词汇量。...通过尝试用嘴说出罗马字母的每个字母所代表的单词,瘫痪病人可以拼出他们脑海中闪现的任何单词,并将这些单词串联起来,用完整的句子进行交流。

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肿瘤病人的单细胞转录组数据不做整合就能体现出来恶性癌细胞的病人异质性吗

那么肿瘤病人应该是第一层次降维聚类分群就不harmony吗?...可以看到其它类似的肿瘤病人的单细胞转录组数据如果第一层次降维聚类分群就不harmony那么结果也是病人独立成群,比如《Single-cell analyses of renal cell cancers...high grade serous ovarian cancer》: 不会有病人特异性独立成一个群的现象 也就是说harmony在抹除病人异质性这方面的效果是杠杠的,比如2021的NC文章里面的25...个病人也是被整合的非常干净:《An N-Cadherin 2 expressing epithelial cell subpopulation predicts response to surgery,...chemotherapy and immunotherapy in bladder cancer》 25个病人也是被整合的非常干净 上皮细胞里面的有一些细分亚群是恶性的肿瘤细胞,需要跑inferCNV

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Java 模块系统

Java 模块系统(Modularity) 目前笔者还未接触过使用模块系统的真实项目,也没有使用经验,在学习模块系统之后粗略总结出两个作用: 增加控制能力(在包和类之上) 减少 jdk 大小(剔除非必要包和类...,梳理内部类的依赖关系) 1.1 增加控制能力 访问修饰符 public、protected、default、private 使得类(class)和包(package)有访问权限,但这种控制级别在大型系统中是略显不足的...比如 java.awt.* 在服务器应用中用不上,此时就需要剔除这个特性 Java 模块系统Java 和 JVM 以及 IDE 的一部分,其在编译时和虚拟机中都强制执行封装和依赖。...自己的程序也要考虑使用 Java 模块系统,而不是使用传统的类路径上的 jar 文件,因为: 强封装性:我们可以控制哪些包是可访问的,无需操心维护不想开放给公众访问的代码 可靠的配置:我们可以避免诸如类重复或丢失这类常见的路径问题...文件(IDE识别到此文件则以模块化程序运行,否则以java8 非模块运行) module-info 文件的格式如下: module 模块名 { // 导出包 exports com.howl

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我国“神经疾病人工智能研究中心”成立

12月22日,神经病学专家、国家神经系统疾病临床医学研究中心副主任、天坛医院常务副院长王拥军教授描绘了人工智能将在医疗领域带来的变革。当日,全球首家“神经疾病人工智能研究中心”在北京天坛医院挂牌成立。...成立仪式现场 人工智能系统可达“主任医师”水平 王拥军表示,神经细胞的损伤具有不可逆性,因此,神经系统疾病的早发现、早诊断、早干预,是影响治疗效果的关键。...北京天坛医院是世界三大神经外科研究中心之一,也是我国唯一的国家神经系统疾病临床医学研究中心。...并且数据采集、识别、诊断均在医院快速完成,无须上传医疗数据,防止了病人隐私的泄露,杜绝了医院医疗数据流失的安全风险。...王拥军表示,随着中心工作的全面开展,未来将展现出更多的人工智能应用场景,比如神经病理切片人工智能判断,脑神经疾病病人的智能护理,依据病人医疗数据智能制定治疗方案,神经系统疾病的肢体及语言康复训练等。

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解析食管鳞癌化疗病人的单细胞转录组

:2021-10-26 期刊:Oncogenesis 链接:https://www.nature.com/articles/s41389-021-00359-2 一句话概括 分段式作文:5个常规治疗病人和...5个化疗病人得到的单细胞数据,先初步分成上皮、基质和免疫,然后每一类继续细分,分别探讨 首先是初步的分群 三大群:上皮、基质和免疫,然后基质又细分一下:内皮和成纤维细胞;免疫又细分为T、NK、B、髓细胞...、肥大细胞 选择的样本:5个病人underwent surgery alone (SA-ESCC) + 5个病人underwent preoperative paclitaxel plus platinum...(尤其是T、B细胞)比例很高,但它的上皮细胞和基质细胞比较少,说明NACT病人的宿主抗肿瘤免疫应答反应被激活 图E展示了几个通路的关键基因的热图: cytokines和NF-kB相关基因(TNFSF13B..., IL6, and NKFB1)在monocytes上调,说明monocytes与食管癌发生相关 hypoxia genes (e.g., LDHA, HIF1A, and EPO)在SA-ESCC病人中高于

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叫号系统排队系统挂号系统实现(JAVA队列)

比如医院的挂号系统,银行里的叫号系统,食堂里的排队打饭等等。市场上又这样的排队取号的设备。...他们的功能基本如下: 1、系统可联网联机统一发号; 2、系统可无线对接,也可有线连接; 3、系统支持100种业务以上; 4、系统支持多个等候区提示等候信息,各等候区语音及显示可独立; 5、个性化语音可呼叫客户所办理的业务名称...(医院版可呼叫病人姓名)等信息; 6、号码可在不同服务类别的柜台窗口之间相互转移,顾客不必重复排队; 7、具备登录操作功能和退出操作功能:工作开始前,输入员工登陆号进行登录,工作结束后,退出排队系统,这对统计非常准确...; import java.util.concurrent.TimeUnit; /** * @see 模拟银行叫号系统 * @author Herman.Xiong * @date 2014年11...} } Center.java package com.test; import java.util.Random; import java.util.concurrent.BlockingQueue

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java 旅游管理系统

旅游系统设计分为前后网站和后台管理系统,功能点包含旅游景点信息分类展示、景点详情(地理位置、特色景点概述等)、下单预订、记录分享等功能。...:游客预定景点等操作需要先将账号密码进行注册,根据注册的账号密码登录到前端子系统中对功能模块进行操作。...3.查看景点功能模块:根据访问地址进入到系统后可以按照景点的类型、搜索景点等操作查看景点的图片信息、景点路线信息等,加速游客对景点信息的了解。...二:后端子系统功能需求分析 1.后台登录功能模块:管理旅游养老系统的管理人员通过输入账号密码进行登录到旅游养老管理系统的后台功能界面中进行操作系统后台的功能。...3.景点信息功能模块:景点信息功能模块中可以对景点信息进行添加,系统已有的景点信息可以进行查询景点、删除景点信息、修改景点信息等功能操作。

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小细胞肺癌(SCLC)病人的scRNA-seq数据分析

该指标越低,表明该cluster越由某个病人占主导,异质性越高;越高,表明平均由多个病人来源组成。...如上图结果可以看出SCLC的Shannon entropy指标低于LUAD,表明具有相对更高的病人异质性。...2、SCLC分子亚型鉴定,为后续深入分析打基础 过去针对SCLC的研究,根据4个driver基因的表达水平,可将SCLC病人归为4个亚型之一。...于是作者从25个SCLC亚群中,如下图所示,发现了cluster22具有最高的Shannon entropy指标(多个病人来源),于是重点关注这个亚群的特征。...再结合病人的生存数据,表明PLCG2基因高表达,以及较高的该cluster占比与病人较低的预后生存时间相关 5、SCLC的免疫微环境(immune TME)低于LUAD SCLC被认为是一种immune-cold

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COVID-19病人支气管免疫细胞单细胞测序分析

.shtml)将病人划分成普通型(moderate)、重型(severe)、危重型(critical)。...用于scRNA-seq研究的有9名病人,其中普通型有3个(M1-M3),重型有1个(S1)、危重症有5个(S2-S6),他们平均年龄57岁,其中6名男性3名女性。它们的人口调查数据在附表一。...为了评估细胞因子和趋化因子水平,检查了其他几名病人的支气管肺泡灌洗液(S7-S10,他们的人口调查数据在附表四) 来自维基百科: 细胞因子(英语:cytokine,又稱细胞介素、细胞激素、细胞素、细胞活素...针对9个病人的表达矩阵的质控阈值是:基因数量200-6000,UMI count大于1000,线粒体含量小于10%。...这也被认为是1918年流感大流行、2003年SARS事件、2009年H1N1流感大流行,以及H5N1高致病性禽流感中病毒致死的原因 当免疫系统对抗病原体时,细胞因子会引导免疫细胞前往受感染处。

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