可变剪接（Alternative splicing；又称“选择性剪接”）是一种在真核生物中非常普遍的基因表达方式，具体表现为一个基因的外显子以不同的组合方式剪接形成不同的成熟RNA，从而在不同的时空环境和状态下形成不同的蛋白质，执行不同的生物学功能。常见的可变剪接软件包括rMATS，Asprofile以及miso等。本文主要介绍rMATS软件的使用，并对结果利用rmats2sashimiplot可视化。
有时候，只是为了一行数据，用户超级多，命名非常乱，一个一个整理，还要汇总为总表，可想而知，管理员得有多么地抓狂。
数控编程、车铣复合、普车加工、Mastercam、行业前沿、机械视频，生产工艺、加工中心、模具、数控等前沿资讯在这里等你哦
mats软件只要你运行成功， 结果还是喜人的， 不过目前TCGA数据库的可变剪切都是一个java软件，叫做spliceseq。我们下次再分享spliceseq咯，这次先让学徒带领大家摸索一下mats软件哈！
rMATS最近刚现在出了rMATS 4.0.1版，相比之间的rMATS 3.2.5版，其用C，Python，Cython重写了该软件，运算速度提升了100倍，并且可支持多线程执行（明显感觉到计算速度的提升），并且新版的安装也简便好多了。PS.老版的rMATS我那时都是用bioconda安装的，不然太折腾了。。
cut 是一种在 Linux 系统中实现文本处理的命令，主要用于提取文件中指定列的内容。它是一个非常有用的命令，可以帮助用户快速获取需要的信息。然而，在实际使用过程中，我们经常需要将输出结果保存到文件中，以便进行后续分析和处理。为了实现这个目标，我们需要掌握输出重定向符号的使用方法。本文将介绍 cut 命令的基本概念、进阶使用技巧和输出重定向符号的使用方法。
ASprofile是一款识别可变剪切事件的软件，该软件可以直接将同一个基因的多个转录本进行比较，从而鉴定可变剪切事件，官网如下
rmats是目前使用的最广泛的可变剪切分析软件，该软件不仅可以识别可变剪切事件，还提供了定量和组间差异分析的功能，功能强大，网站链接如下
cut命令用于Linux和Unix系统中，从文件的每一行剪切字节、字符和字段并将这些字节、字符和字段写至标准输出。
由于测序仪机器读长的限制，在构建文库的过程中首先需要将DNA片段化，测序得到的序列只是基因组上的部分序列。为了确定测序reads在基因组上的位置，需要将reads比对回参考基因组上，这个步骤叫做mapping。
你好，这里是Java方向盘，我是方向盘(YourBatman)，坐稳扶好，开始发车。
官方文档：https://github.com/tj/commander.js/blob/master/Readme_zh-CN.md
相信大家都用Excel处理过数据，对于使用R的人来说，更是经常需要从Excel中把数据读入到R中做进一步处理。虽然Excel统计和绘图也很强大，但是还是是有一些局限性的。
定义映射模式时，我们可以使用nmap、imap、vmap来定义映射仅在normal、insert、visual模式有效
最优秀的自由软件，，高度可定制的文本编辑器之一，俗话说：上到用vim改sh、python脚本，下到用vim改txt文本。只要会玩，定位关键词、跳行、搜大小.....【简单理解类似于Windows上的文本和notec++软件】
核心功能说明： 设置剪切板内容并指定所有者：clipboard.setContents(); 当所有者为程序本身时才能监听到剪切板的变动，每次系统执行复制或剪切动作时会自动的更改剪切板的所有者，所以每次监听完成都要重新指定所有者才能保证不断的进行监听。
1 HISAT2官网下载 人类和小鼠的索引有现成的，HISAT2官网可以直接下载进行序列比对。如下图所示：选择hg19和mm10的index，文章中RNA-Seq测序数据，可以包括人类和小鼠的数据，因此需要小鼠和人类的索引。
今天跟大家简单介绍下几个常用的R数据操纵技巧——导入（xlsx）、导出及长宽转换！ 数据导入（xlsx） 之前写过一篇关于R导入不同类型数据的方式，但是其中只涉及到.csv、.txt以及直接从剪切板复制。 之所以当时没有介绍xlsx是因为，excel数据文件属于富文本类型，结构相对复杂，需要解除特殊包的支持以及java环境，当时电脑上还没有配置合适的java环境。 后来倒腾一个上午，才算弄完（主要是因为R语言系统版本与Java环境版本需严格一致，否则R语言无法自动探测到Java路径，R语言中的Rjava包便
有些基因的一个mRNA前体通过不同的剪接方式（选择不同的剪接位点）产生不同的mRNA剪接异构体，这一过程称为可变剪接(或选择性剪接， alternative
内部过程： 通过截图工具截图后，图片是保存在windows的剪切板中的，通过AutoHotKey监听按键，触发按键时启动脚本运行Java程序，Java程序将剪切板中的图片上传到指定图床，然后得到该图片在云平台的url，将url加工后（构造成markdown识别的图片url）复制到剪切板，然后ctrl+v即可。
实际上这些年针对RNA-seq找可变剪切的工具软件发展迅速，发表在December 2019的综述：《Systematic evaluation of differential splicing tools for RNA-seq studies》
虽然大家用了多年的Windows系统，但其中隐藏的很多实用小功能并没有被太多人所发现，尤其是Win10系统，有着很多优秀实用的功能，个个都很强大，清楚之后，能够让我们的工作效率翻倍的增长！
某些快捷键可能与操作系统或其它软件的全局快捷键是冲突的，则按下会无效或执行其它命令，可以在Intellij IDEA的设置的Keymap中修改为其它按键。
cp 文件名 路径 cp hello.csv ./python/ml：把当前目录的hello.csv拷贝到当前目的python文件夹里的ml文件夹里
很多朋友在看我的《java IO总结系列》之前觉得创建文件、文件夹删除文件这些基础操作真的是太简单了。但看了我的文章之后，有小伙伴找到我说：“没想到这么基础的知识里面还有这么多的门门道道，用起来很容易，真的用好也不容易”。哪一个方法用起来简单，哪一个方法在异常处理方面更加健壮，不看我的总结你可能还真的不知道。
Snapde，一个专门为编辑超大型数据量CSV文件而设计的单机版电子表格软件；它运行的速度非常快，反应非常灵敏。
java语言的多态性让我们可以把某些只能在运行时确定的类型在编译时使用父类或者父接口表示，这确实解决了很多问题。但有时程序员在声明某些变量时不知道它的具体父类或父接口，只能选择公共父类Object类型，这很不方便。
我本来也不想讲这个东西，但是我的下篇文章里面要用这个地下，所以此处要讲一下。
先来看看效果： 测试一： 原图： 效果图： 测试二： 原图： 效果图： 代码部分： 1 /** 2 * 3 */ 4 package com.b510; 5 6 imp
RNA-seq 序列比对 对 RNA-seq 产出的数据进行变异检测分析，与常规重测序的主要区别就在序列比对这一步，因为 RNA-seq 的数据是来自转录本的，比对到参考基因组需要跨越转录剪切位点，所以 RNA-seq 进行变异检测的重点就在于跨剪切位点的精确序列比对。 文献 systematic evaluation of spliced alignment programs for RNA-seq data 中对 RNA-seq 数据常用的 11 款比对软件进行了详细测试，包括 STAR 2-pass，
声明：非常感谢Carina投稿，全文由Carina撰写，主要对生信的可变剪切相关内容作了一定的梳理。
1.帮助命令 可以通过此命令了解更多命令 hdfs dfs -help 2.根目录详情 hdfs dfs -ls / 3.文件上传到hdfs的根目录下 hdfs dfs -put a.txt /a.txt 4.剪切文件到hdfs的根目录下 hdfs dfs -moveFromLocal a.txt /aa.txt 5.从hdfs根目录下载文件到指定位置 hdfs dfs -get /a.txt /root/aa.txt 6.在hdfs下创建文件夹 hdfs dfs -mkdir /hq 7.在hdfs下强制
昨晚突然想给我的毕设系统的后台首页上加一个轮播图，加完之后运行也成功了，是下面这个样子
在 Android 中，由于 Android 操作系统规范或 Android 操作系统提供的功能，难以确保应用实现的安全性。 这些功能被恶意第三方滥用或用户不小心使用，始终存在可能导致信息泄露等安全问题的风险。 本章通过指出开发人员可以针对这些功能采取的风险缓解计划，将一些需要引起注意的主题挑选为文章。
检索关于TCGA可变剪切的相关文献。虽然总的数量并不是很多，但是其在2019年猛增为49，在2020年的上半年发文数量也达到了2019的一半，说明可变剪切研究在生信方面的热度有上升的趋势。
今天我们介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本校正，聚类，可变剪切分析，定量和差异分析为一体的工具 - FLAIR。来自加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（University of California，Santa Cruz）的Angela Brooks团队（图1）开发的全长可变转录本（isoform）分析工具FLAIR （Full-Length Alternative Isoform analysis of RNA），于2020年03月18号发表在《Nature Communications》杂志上，题目为 Full-length transcript characterization of SF3B1 mutation in chronic lymphocytic leukemia reveals downregulation of retained introns。该工具可用来鉴定高可信度转录本，差异剪切事件分析和差异转录本异构体（isoform）分析。
本节介绍最基本的变换，例如平移、旋转、缩放、剪切、变换级联、刚体变换、法线（normal）变换（不太normal）和逆计算。对于有经验的读者，它可以作为简单变换的参考手册，对于新手，它可以作为对该主题的介绍。这些材料是本章其余部分和本书其他章节的必要背景。我们从最简单的变换开始——平移。
ng-csp 描述：修改内容的安全策略 实例： 修改AngularJS 中关于"eval"的行为方式及内联样式； <body ng-app="" ng-csp> 定义和用法 ng-csp 指令用于修改AngularJS 的安全策略。 如果使用了ng-csp指令，AngularJS 执行eval 函数，但允许注入内联样式。 设置ng-csp 指令为no-unsafe-eval
有时候 Eclipse 会发神经，好端端的 project 就这么编译不了了，连 Hello World 都会报“找不到或无法加载主类（Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError:xxx）”的错误，我已经遇到好几次了，以前是懒得深究就直接重建project了，但遇到次数多了必须深究下了，现总结几种解决方案，大家根据自己的情况逐一尝试即可。 1、是因为.java文件不在项目的src路径内，也就是说源代码未被eclipse编译，字节码不存在
3、 实际开发当中，尽量不剪切、也不缩放，因为剪切或缩放了，就有可能导致图片失帧。
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！ 下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 在高通量测序分析中用于下游分析的关键信息是比对到每个genomic feature（外显子、基因等）中的read数目，而计数的过程称为read summarization featurecounts是一款使用于RNA-seq和DNA-seq的read summarization工具，应用
STAR是一款RNA_seq数据专用的比对软件，比对速度非常快，最大的优势是灵敏度高，GATK推荐采用STAR比对，然后进行下游的SNP分析。软件的源代码保存在github上，地址如下
其中file可以是一个新文件，也可以是原有文件。这样的命令执行后将打开编辑器，显示文件file的内容。如图所示：
一切开始前，我们先来认识一下苹果 Mac 键盘上几个陌生的按键，比如 ⌘ (Command / Cmd)、⌥ (Option)、⌃ (control)、⇧ (shift)等等。
前言 现在大部分的前端开发者,都是使用VSCode进行开发,一个工具用的六不六全靠快捷键知道的多不多,用的好不好!今天就给大家整理十几个常用快捷键命令. 常用快捷键 Ctrl + Shit + F 会激活这个⼯具栏的全局搜索功能 Ctrl + F 局部搜索, 搜索当前⽂件中的内容 shift+alt+A 多⾏注释 Ctrl + G 输⼊⾏号可以跳转到指定的⾏ ! + Tab 空⽩html⽂件⾥输⼊⼀个英⽂感叹号！ ，然后按Tab 键会⽣成html模板⻚⾯ 元素或属性名+Tab 会⾃动⽣成
什么是父子结构呢，父子结构就是maven里面的同时有一个父项目和多个子项目的项目结构，并且子项目可以使用父项目的pom配置以及依赖的版本号等等。
这些年从事编程开发以来，我好像发现了大部分研发那些不愿意干的事，都成就了别人。就像部署服务麻烦，有了Docker、简单CRUD不想开发，有了低代码、给方法代码加监控繁琐、有了非入侵的全链路监控。
今天我就遇到以一个问题，就是我用java生成的html文档是不规范的，但是我需要将文档规范化排查一些问题。
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
ICP备案
对象存储
腾讯会议
实时音视频
