2.==在比对引用类型时,如果二者引用的是同一个对象,则返回true,否则返回false。
2.2、设计思路: 场景一:最直接的方案是引入外部jar包,如PDFBox( https://pdfbox.apache.org/index.html)。PDFBox是Apache下的一个开源项目,我们可以通过 PDFBox读取、创建PDF文档,加密/解密PDF文档,从PDF和XFDF格式中导入或导出表单数据 等,实现代码如下:
一、使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法。 (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25)。下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/download。 (3)在GATK使用过程中(见下面图),有些步骤需要用到已知变异信息,对于这些已知变异,GATK只提供了人类的已知变异信息,可以在GATK的FTP站点下载(GATK resource bundle)。如果要研究的不是人类基因组,需要自行构建已知变异,GATK提供了详细的构建方法。
首先对拿到的原始测序数据(fastq或fastq.gz格式)进行质控检测,直接用fastqc软件,再加上multiqc将多个检测结果一起展示。 如:
HLA-VBseq 利用全基因组测序的数据,可以提供8位的HLA分型结果,其文献链接如下
Jalview是一个用于多序列比对编辑、可视化和分析的免费程序。使用系统发育树和主成分分析 (PCA) 图对序列进行分析,并探索分子结构和注释。
俗话说:三句不离本行,对于程序员这个可爱的群体来说也是一样,即使面对无休无止的编程工作,程序员们依旧任劳任怨的埋头苦干,梦想着用自己码下的代码改变世界。
RNA-seq 序列比对 对 RNA-seq 产出的数据进行变异检测分析,与常规重测序的主要区别就在序列比对这一步,因为 RNA-seq 的数据是来自转录本的,比对到参考基因组需要跨越转录剪切位点,所以 RNA-seq 进行变异检测的重点就在于跨剪切位点的精确序列比对。 文献 systematic evaluation of spliced alignment programs for RNA-seq data 中对 RNA-seq 数据常用的 11 款比对软件进行了详细测试,包括 STAR 2-pass,
haibing,携程研发能效经理和SRE,关注自动化测试,能效提升方向的工具技术。
本篇仅介绍基础版核身SDK Android端的调用流程,涉及需合作方服务端开发的接口请参考另一篇文章人脸核身APP接入-服务端Python demo。
肿瘤或者家系的WES,WGS等DNA测序样品的fastq数据,需要比对到参考基因组并且找变异并且注释,我们仅仅是收取一个计算机资源的费用,800-8000元人民币(根据样品数量不同收费不一样)即可,并且提供全套代码。不管是公共数据集还是你自己的实验测序数据,一样的费用!我们会代替你跑如下所示的流程:
在计算机科学中,队列(queue)是一种特殊类型的抽象数据类型或集合(可以用链表实现,也可以用数组实现)。集合中的实体对象按顺序保存,可以通过在序列的一端添加实体和从序列的另一端移除实体来进行修改。
所有系统发育推断方法都需要同源数据集作为输入。因此,当核苷酸序列用于系统发育分析时,第一步通常是推断不同类群序列中的哪些核苷酸彼此同源,以便这些核苷酸之间的差异仅源于序列进化中发生的变化。不同序列的核苷酸之间的同源性推断最常通过属于“多序列比对”类别的方法来完成。
在Java项目中,通常会使用加密算法来保护敏感数据的安全性。然而,当需要进行模糊查询时,加密后的数据就会成为一个问题,因为加密后的数据不再是明文的原始数据,无法直接进行模糊匹配。本文将介绍如何在Java项目中对加密后的数据进行模糊查询。
1、先建立一个简单的java项目📷2、新增创建webapp及WEB-INF目录严格按照图中名称内容结构创建📷3、新建web.xml在WEB-INF在新建web.xml文件复制对应服务器下的web.xml文件内容📷删掉除除图中内容的其他内容如果你是tomcat10一下的服务器 version版本是4.0📷4、在webapp下创建index.html文件📷 5、构建项目点击项目结构(project Structure)📷重点配置这两个地方,没有汉化的自己比对位置(不建议用汉化,容易依赖)📷添加web结构📷
每次服务的代码更新部署,难免会存在数据库结构的变更以及字典数据的添加,手动执行更新脚本是一个耗时耗力的工作,而且还会出现遗漏或者其他状况,SpringBoot内部集成了一个自动执行数据库脚本的第三方依赖Flyway来解决这个繁琐的问题。
在 Android Studio 中创建一个 Library,将官网下载的 OpenCV 导入后,就可以直接调用 OpenCV 中 Java 类的方法。
秒杀的场景有很多,比如:抢购、抢票、抢红包等等。总之,就是在极短时间内有大量的请求。
String在java领域中使用的应该说是最广泛的了。相信刚开始学习Java的伙伴们经常使用==来进行比对的
QualiMap 是一款主要由Fernando Garcı ́a-Alcalde、Konstantin Okonechnikov 开发的用于评估高通量测序数据质量的工具。主要用于分析和可视化测序数据的质量指标。
前言: 关于kaptcha简介以及spring整合kaptcha,我在另一篇文章中已详细讲解,请参考:spring整合kaptcha验证码。 本文将介绍springboot整合kaptcha的两种方式。 开发工具及技术: 1、idea 2017 2、springboot 2.0.2 3、kaptcha 正式开始: 方式一:通过kaptcha.xml配置 1、用idea新建一个spring Initializr 2、添加kaptcha的依赖: <d
特别申明:本文根据生产变更编写,所有ip、用户名、文件路径和文件名等敏感信息已做替换删除或打码处理。
栈长面试经常会遇到面试官问 Zookeeper 的选举原理,我心想,问这些有啥用吗?又不要我造火箭!
不同的比对软件会输出不一样的比对格式;比对后分析用到的软件对输入格式的要求也不一样。比如序列比对我习惯使用MAFFT。MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 ALTER http://www.sing-group.org/ALTER/ 来完成比对格式转化的任务。如果分析的序列不是很多,可以选择网页版;如果序列条数比较多可以选择安装本地版 https://github.com/sing-group/ALTER;按照安装步骤执行即可,自己的安装过程没有遇到报错;
image.png begin to intersect at node c1. Notes:
黄文杰,携程酒店研发部高级测试经理,主要从事测试框架和平台的研发,现在负责自动化与工具平台,热衷于研究技术提升测试工作效率。
GATK4 官方针对不同的变异类型,给出了好几套用于参考的pipeline。所有的pipeline有一个共同点,就是数据预处理部分。数据预处理的目的,是将原始的fastq或者ubam 文件,经过一系列处理,得到用于变异识别的bam文件,具体的示意图如下:
1 HISAT2官网下载 人类和小鼠的索引有现成的,HISAT2官网可以直接下载进行序列比对。如下图所示:选择hg19和mm10的index,文章中RNA-Seq测序数据,可以包括人类和小鼠的数据,因此需要小鼠和人类的索引。
· fetch 远程分支到本地某分支:git fetch origin <orginname>:<localname>
个人简介:Java领域新星创作者;阿里云技术博主、星级博主、专家博主;正在Java学习的路上摸爬滚打,记录学习的过程~
--split-3 把双端测序数据拆分成两个文件,对单端测序数据不起作用.fastq-dump默认会把双端测序结果保存到一个文件里
初入java,想用java来实现游戏脚本功能,但是奈何刚刚入门。于是我就将其分为了几个板块:1屏幕截图,2图片比对获取关键坐标,3对关键坐标进行操作。
文档比对技术是一种用于比较两份文档之间差异的先进技术。具备较大的技术难点和场景价值。下面将对其技术难点和使用场景进行详细探讨。
给定两个排序后的数组 A 和 B,其中 A 的末端有足够的缓冲空间容纳 B。编写一个方法,将 B 合并入 A 并排序。
Felix,携程高级测试经理,关注无线测试、DevOps、测试框架方面的技术和动态。
学习目标 1. 学习Spark配置,掌握Spark集群部署; 2. 学习RDD和Scala,掌握Spark调优和应用开发; 3. 掌握Spark Streaming、Spark Sql使用技巧; 4. 学习MLib、SparkR和其他Spark生态组件; 学习对象 计算机专业背景的学生; 大数据工程师; 讲师介绍 罗老师,12年开始从事hadoop领域技术研究,14年专职从事spark技术研究与开发,目前在企业里从事spark相关工作,同时负责企业的内训,主讲spark部分。在14年夏做为Hadoop培训讲
megan,Metagenome Analyzer Microbiome analysis using a single application。是一款综合性的微生物物种分类工具,将多款物种分类的工具集合到一个软件中。mega 不仅可以完成物种分类,同时还包括非常强大的可视化功能,可以用户物种分类结果的可视化,只需点点鼠标即可完成其他软件复杂的图。我们几乎可以将任何软件物种分类的功能表输入到megan 中进行数据可视化。
点击上方“芋道源码”,选择“设为星标” 管她前浪,还是后浪? 能浪的浪,才是好浪! 每天 10:33 更新文章,每天掉亿点点头发... 源码精品专栏 原创 | Java 2021 超神之路,很肝~ 中文详细注释的开源项目 RPC 框架 Dubbo 源码解析 网络应用框架 Netty 源码解析 消息中间件 RocketMQ 源码解析 数据库中间件 Sharding-JDBC 和 MyCAT 源码解析 作业调度中间件 Elastic-Job 源码解析 分布式事务中间件 TCC-Transaction
任何一项集合容器的使用都有着特定的场景,记得我们刚开始学习HashSet这样的集合时,总会记得那句话"HashSet集合的元素是不重复的",然而,过了很久也是这样去记得,但是为什么是不能重复的?是如何保证不能重复的?却在自己的心里打上一个问号?也就有了这篇文章最初想写的想法了。
package com.yawn.security; import java.security.MessageDigest; import java.util.Base64; public class Encrypter { public static String md5Encrypt(String str) throws Exception { MessageDigest md5 = MessageDigest.getInstance("MD5"); // MD5 编码 byt
对于每个java程序员来说class文件应该是每天都会接触的,一个class文件都对应着唯一的一个类或接口的定义信息,但是对应class文件的具体存储结构并不一定很清楚,所以本文就梳理下class文件的结构
现在流行的Java EE容器有很多:Tomcat、JBoss、Resin、Glassfish等等。下面对这四种Java EE容器进行了一番简单的比对。 1. Tomcat是Apache鼎力支持的Java Web应用服务器,由于它优秀的稳定性以及丰富的文档资料,广泛的使用人群。 现在流行的Java EE容器有很多:Tomcat、JBoss、Resin、Glassfish等等。下面对这四种Java EE容器进行了一番简单的比对。 1. Tomcat是Apache鼎力支持的Java Web应用服务器(注:serv
抽象类BaseView中定义抽象方法,每个继承的View都必须实现,为自己的界面定义一个唯一的int常量,作为比对依据
由于三代 nanopore 测序质量比较低,原始数据中存在大量测序错误,即使拼接前进行了纠错,组装结果中仍会存在错误,用长读长或短读长的数据对组装结果进行矫正可以,提高准确率,减少 Miscalls,Indels,改善由错装(mis-assemblies)导致的低比对区域。因此,序列拼接完需要对拼接结果进行优化,根据文献报道,经过 polish 之后,拼接结果与真实基因组(其他测序数据拼接结果)的一致性可以达到 99.99%以上。即使组装工具带有纠错功能,仍建议再次进行一轮或多轮的矫正。
之前下载V1.0使用的可以选择新建一个项目把V2.0下载使用,也可以直接覆盖。推荐使用第一种方式,虽然很多方法做了改进,但是我的写法不一定是最好的,仅供参考。
面我的题开发都用不到,你为什么要问?可能这是大部分程序员求职时的经历,甚至也是大家讨厌和烦躁的点。明明给的是拧螺丝的钱、明明做的是写CRUD的事、明明担的是成工具的人!
前言:这些天学习效率比较慢,可能是手头的事情比较多,所以学习进度比较慢。 在之前的Hibernate学习中,我们无论是CURD,对单表查询还是检索优化,我们好像都离不开session,session我们之间也简单的说过,它是一个缓存,这一篇文章就就Hibernate的缓存进行一些介绍,我们将从以下几点进行: 缓存的分类 一级缓存 快照 二级缓存 EHCache配置 二级缓存内容配置 总结 一丶缓存的分类: Hibernate中缓存分为一级缓存和二级缓存,像我们之前经常用到的session是一级缓存,二级缓
本文重点介绍下SAM文件中比对部分的含义,比对部分的信息是\t分隔的11列文件,每列的含义如下
写在前面:『思考问题的熊』专栏上次更新还要追溯到4月19号的 Variant 分析阶段小结1-基础碎碎念,过去接近一个月的时间里我分别经历了两次长途出差和电脑无法连接特定网络的持续尴尬。特定网络正是所有以 qq.com 结尾的网站,当然包括微信公众平台,所以文章都编辑不了。身体和心理的双重袭击让我只能选择围笑:)
这两天快被这些搞的头大了,tomcat重配了几次,老出现闪退的问题(直接下的tomcat8.0压缩包免安装),总结下来有三个方面,大家如果也遇到这个问题,可以试试下面三个办法:
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