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不同形式的基因排序方法会影响gsea富集分析结果

但是绝大部分情况下,其实应该是多个样品分组后的差异分析结果来对基因进行排序, 但是我们差异分析通常是会产生很多重要的指标。...= 10, pvalueCutoff = 0.99, verbose = FALSE) # 做gsea分析 其实不同形式的基因排序方法会影响...最后的结论是一个关键的参数是用于基因排名的度量标准,这个选择可能会影响最终的分析结果: 研究者使用了28个基准数据集,评估了16种不同的排名度量标准在基因集分析中的敏感性和假阳性率。...研究还测试了所选方法对样本大小的鲁棒性。 作者并没有明确指出单一的“最推荐”的算法,因为不同的排名度量标准(metrics)在不同的数据集和条件下表现各有优势。...在稳定性方面,文章指出: **|MWT| 和 |S2N|**:在不同的样本大小下,这两个度量标准显示出稳定的结果,这意味着它们对于样本大小的变化不敏感。

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单细胞不同基因集选择方法会怎样影响下游结果?

我们稳健基准管道的结果(扩展数据图2)对于研究人员整合他们自己的数据集或创建参考图谱很有信息价值,从而产生更好的社区资源和进一步的生物学见解。...Anticor 对人类内胚层数据集产生了意外错误。 Para_02 图4a展示了每个度量类别下的整体结果,按scVI整合的各数据集平均总体得分排序(扩展数据图5a)。...一对突出的是Seurat-VST和scanpy-SeuratV3,它们产生相同的集合。考虑到它们是同一方法的不同实现,这种重叠并不令人惊讶,但看到使用不同编程语言的软件包之间的一致性是令人放心的。...我们专注于无监督方法,其他监督技术可能会产生更稳定的结果;然而,监督特征选择仅在细胞标签可用时适用,这通常是在整合之前的情况。 triku方法也被高度排名,但显示出对批次校正的一些偏倚。...我们去除了没有细胞标签或被标记为双联体以及批次中少于 500 个细胞的细胞,因为这些导致某些指标产生不可靠的结果。

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    算法专题(动规):不同的定义产生不同的解法

    今天聊一道 4 键键盘问题,这个问题挺有意思,而且可以明显感受到:对 dp 数组的不同定义需要完全不同的逻辑,从而产生完全不同的解法。 首先看一下题目: ?...# C-A C-C 解释:全选和复制必然是联合使用的, 剪切板中 A 的数量变为屏幕上 A 的数量 同时消耗 2 个操作数 这样可以看到问题的规模n在不断减小,肯定可以到达n = 0的 base case...A 而已,很容易得到结果: // 按 A 键,就比上次多一个 A 而已 dp[i] = dp[i - 1] + 1; 刚才说了,最优的操作序列一定是C-A C-C接着若干C-V,所以我们用一个变量j...最后总结 动态规划难就难在寻找状态转移,不同的定义可以产生不同的状态转移逻辑,虽然最后都能得到正确的结果,但是效率可能有巨大的差异。...显然这种操作序列的结果不是最优的,但是我们并没有想办法规避这些情况的发生,从而增加了很多没必要的子问题计算。

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    join方法及其调用yield sleep wait notify方法会对锁产生的影响

    join方法 线程A执行了线程B的join方法,,线程A必须要等线程B执行完成后,线程A才能继续执行 感觉像是插队[捂脸] package org.dance.day1; import org.dance.tools.SleepTools...; /** * join方法的使用 */ public class UseJoin { // static class JumpQueue implements Runnable...{ private Thread thread;//用来插队的线程 public JumpQueue(Thread thread) { this.thread...System.out.println(Thread.currentThread().getName() + " terminate."); } } 接下来说一下调用yield sleep wait notify方法会对锁产生的影响...yield:   线程在执行yield以后,持有的锁是不会释放的 sleep:   线程在进入Sleep之后,锁也是不会释放的 wait:   调用wait方法之前,必须要先持有锁,调用wait方法以后

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    Excel揭秘23:公式结果产生的陷阱

    然而,这会带来一些潜在的问题。例如,在单元格B2中输入数值,在单元格B3中有一个公式,当B2中的值大于3时,输入B2中的值,否则输入空,如下图1所示。 ? 图1 可以看到,一切都很完美!...但是,修改单元格B2中的数值为1,此时的结果如下图2所示。 ? 图2 看到了什么?单元格B3中的值大于0,判断为TRUE;大于1000000,也判断为TRUE。这是怎么回事?...这也是在上图2所示的工作表中看到的其比1000000都还大的原因。 此时,如果我们在工作表中筛选大于0的值,那么由公式生成的空单元格也会包含在其中。...图3 当单元格B2中的值大于3时,B3中的值为B2中的值,否则为空(其实,此时该单元格中值为0,只是设置其字体颜色为白色,看不见而已)。

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    MYSQL 一个特殊需求在不同的MYSQL配置产生不同的结果 与 update 0 是否需要应用程序判断

    配置中会产生什么样的结果,不同的结果开发是否能接受的问题。...MYSQL innodb_lock_wait_timeout =3 和 innodb_deadlock_detect = OFF 的情况 在不同场合下,MySQL 在这两边有不同的设置可能性,在一些早期的...这里需要在不同的情况下来分析,同样的设置给应用程序带来的不同的问题。 这里先从互联网的方案来说,死锁探测为0 innodb_lock_wait_timeout = 3 当然有的地方更短设置成1秒。...具体什么成因这里就不讨论了,同时这里还有一个不同就是隔离级别,我们在每次测试使用不同的隔离级别来看看会有什么影响。...数据还在的情况下,你会获得update 对应结果的结果,如果相关的行不在的情况下,获得结果也是UPDATE 0 的结果。

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    wordpress 搜索结果去除 Simple Urls 插件产生的短链接

    朋友的 wordpress 使用了 simple urls 插件来做外链转内链的工作,确实很方便,但是有一个弊端,就是在博客中搜索关键词的时候,搜索结果中就会出现 simple urls 插件生成的短连接...,这样的搜索结果不是用户想要的,所以用户体验很差。...为了避免这个问题魏艾斯博客找到了@欲思博客提供的一段代码,可以去除 wordpress 搜索结果中 Simple Urls 插件产生的短链接。...如果想要去除 Simple Urls 插件产生的全部短链接,可以使用下面代码: //搜索结果排除所有页面 function search_filter_page($query) { if ($query...通过以上的方法终于去除了 wordpress 搜索结果中 Simple Urls 插件产生的短链接,之前朋友被搜索结果中的短连接搞的很苦恼,已经在考虑手动添加代码来实现外链转内链功能了,用了这段代码以后

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    中美谈判结果对锂电产生的危机与机遇

    近日,由美国高官组成的谈判团队访华,就近来发生的贸易战与我国展开谈判。中美经贸磋商的结果是,双方在有些领域达成了一些共识,但在一些问题上还存在较大分歧。...时至今日,我国已拥有全球最多的动力电池企业,统计结果显示,目前我国动力电池企业已超200家。据福布斯新闻网报道,预计到2020年全球电池市场,中国将占超7成的份额。...所以,隔膜的品质将直接影响动力锂离子电池的容量、寿命以及安全性能等特性,品质越好,性能越优的隔膜,电池的综合性能就越好。...虽然没有芯片制造那么复杂,但高端隔膜技术具有相当高的门槛,不仅要投入巨额的资金,还需要有强大的研发和生产团队、纯熟的工艺技术和高水平的生产线,并非短时间能够突破。...例如,在正负极浆料制备过程中,如果存在原材料一致性差,物料配比和固液比不精确的问题,将致使活性物质、导电剂、粘结剂不能充分混合并分散均匀;环境的差异以及搅拌工艺、搅拌速度、搅拌温度、搅拌时间的不同都会影响浆料的分散性

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    EasyGBS云端录像查询结果跟实际的查询结果不同调整方法

    近期我们一直在对EasyGBS的云端录像做测试,其中一个重要原因就是广大用户对云端录像的要求不断提高,因此对于云端录像的检查仍然是必不可少的一个环节。...在测试过程中,我们就发现在云端录像的查询结果跟想要查询的结果不同。 原本代码如下: 分析该段代码后我们猜测可能是由于EasyGBS根据通道ID查询结果不唯一,因为通道是自定义的可能会有重复。... data.rows;         this.total = data.total;       });     }, 但是这样修改代码只能点击搜索一次,之后如果设备ID变了,通道ID不变,查询的数据则不会变...,所以要在watch中监听设备ID,代码如下:  Serial: function() {       this.load();     }, 最后形成预览如下,查询的设备无通道的情况下正常显示无信息

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    win和linux的php异或运算结果不同

    win和linux的php异或运算结果不同 作者:matrix 被围观: 3,383 次 发布时间:2015-06-17 分类:兼容并蓄 零零星星 | 3 条评论 » 这是一个创建于 2633...一个获取key的函数(模拟js的php代码)在本地测试成功,而在服务器上失败。 逐行die()之后发现问题在于b ^=4294967295;之前获取的b都没问题,可到了这里就结果完全不一样。 真是狗日的xor仙人板板。为什么换成xor结果和^又不同。 难道xor不是异或。。。 Q1:幸好我不是第一个发现。...php开启了GMP:gmp_xor()进行xor运算 Q2:无解 将^ 换成xor运算win和linux的结果都一样。...但是为毛线它又和^的结果不同。。。 应该也是整数溢出吧。。。

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    微生物群落差异丰度分析方法在38个数据集上产生不同结果

    ALDEx2和ANCOM-II在各研究中结果最一致,与不同方法结果交集最吻合,但建议研究人员采用多种差异丰度方法综合,确保生物学解释可靠性。...结果 显著ASV数量的高变异性 为研究不同DA工具对微生物组数据集生物学解释的影响,我们在38个不同的微生物组数据集(共9405个样本)上测试了14种DA测试方法(表1)。...图1:不同差异丰度方法和数据集下显著特征比例的变化 结果发现,在未过滤和过滤分析中,每种DA方法识别出的显著ASV百分比在不同数据集间差异很大,平均值分别在3.8%-32.5%和0.8%-40.5%之间...结果显示,不同工具识别出的显著属数量差异很大。...)方法表现优于随机预期,其中MaAsLin2 (rare)方法产生的结果最一致。

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    JavaScript 函数定义的几种不同方式

    ” 隔开 作用:因为在函数的内部,某些值不能固定,所以我们可以通过参数在调用函数时传递不同的值进去 注意:需要注意的是,前端中任何的符号,例如 逗号(,) 冒号(:)等 都是英文状态下的。...:输出正确结果 实参个数多余形参个数:只取到形参的个数 实参个数小于形参个数:多的形参定义为 undefined,结果为 NaN function sum(num1, num2) { console.log...(num1 + num2)}sum(1, 2) // 形参个数和实参个数相等,输出正确结果sum(1, 3, 2) // 实参个数多余形参个数,只取到形参的个数sum(1) // 实参个数小于形参个数...,多的形参定义为 undefined,结果为NaN 函数的返回值 函数只是实现了某些功能,最终的结果需要返回给函数的调用者 例如: // 在往后的工作或者学习中,函数中经常会用到 return,这个就是返回给调用者数据的...function getSum (num1, num2) { return num1 + num2}// 将结果打印出来console.log(getSum(1, 2)) 可以来看看 return 在工作场景中的真实例子

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    3D-Genome之如何衡量不同的TADs结果

    MoC 一致性度量 ( MoC ) 最早是为了比较聚类分区而提出的,现在可以用来衡量两种不同 TAD 调用工具得出的两个 TAD 分区有多相似。...MoC 的取值范围是从 0(完全不一致)到 1(完全一致),而且它有个很好的特点是对称的。...两个 TAD 列表的 MoC 是所有成对 MoC 值的总和,再除以总对数的平方根来做标准化处理。...用户还可以设置一些额外的参数,比如如何处理间隔和域的比较,或者是否根据 TAD 的数量加惩罚(具体的说明可以在源代码的注释里找到)。为了让计算更快,程序支持多线程运行(通过 nCpu 参数控制)。...下图显示了提到的四种 TAD 调用工具之间的两两对比结果。

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    概率统计——为什么条件概率的结果总和直觉不同?

    还是之前题目里的夫妻,还是那两个孩子(至少有一个是女孩)。不同的是,假设有一天我们在公园碰见了这一对夫妻。不过,与此同时,夫妻还带了一个孩子。...我们之前一通分析,用上各种公式进行计算,得到的结果明明是1/3,为什么这里就变成 1/2 了呢?这两道题难道不是一样的吗?...我们遇见一个女孩的条件下,两个都是女孩的概率是 ? 这里潜在的信息是,我们在公园遇见一个孩子,他是男是女的概率是不同的。我们遇见了女孩,会改变剩下一个孩子是女孩的概率。...这样理解都行得通,但还是没有解决我们之前的疑惑,为什么看起来完全一样的两件事,得到的结果不同呢?就因为我们看到了其中的一个孩子吗?可是我们看到孩子,与孩子的性别的概率应该无关才对。...我们看孩子之前,两个孩子是一体的,我们看了一眼之后,这两个孩子就区分开来了。我们看之前,这是两个孩子,看了之后,就成了我们看过的孩子和没看过的孩子。从物理学上来看,这两者的熵是不同的。

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