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如何计算文本字符串的多序列比对
、、、、
我正在写一个程序，它必须计算一组字符串集的。我正在考虑用Python来做这件事，但如果更实用的话，我可以使用外部软件或其他语言。数据不是特别大，我没有很强的性能要求，我可以容忍近似(即。我只需要找到一个足够好的对齐方式)。唯一的问题是字符串是常规字符串(即，UTF-8字符串(可能包含应被视为常规字符的换行符)；它们不是DNA序列或蛋白质序列。
我可以找到大量的工具和信息，用于生物信息学中的常见情况，具有特定的复杂文件格式和许多我不需要的功能，但出人意料地很难找到用于简单字符串情况的软件、库或示例代码。我可能会重新实现解决这个问题的众多算法中的任何一个，或者将我的字符串编码为DNA，但肯定有更好
浏览 1提问于2011-04-28得票数 22
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app.js 是用来监听 8765端口的 在小程序会话阶段又编辑了一次 app.js 是替换还是追加
页面截图
问题所在页面
标题：基于 CentOS 搭建微信小程序服务 - 腾讯云实验室
地址：https://cloud.tencent.com/developer/labs/lab/10004/console
浏览器信息
Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; WOW64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/49.0.2623.221 Safari/537.36 SE 2.X MetaSr 1.0
浏览 735提问于2017-12-26
此屏幕截图来自控制台中的State.Firestore.ordered.trainings。假设exampleA.js有以下代码
firestoreConnect([
{
collection: "trainings",
])
而exampleB.js具有以下代码：
firestoreConnect([
{
collection: "trainings",
orderBy: ["dateTime", "asc"],
where:[["trai
浏览 6提问于2019-12-01得票数 1
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目前，我正在与GnuPG合作我的一个新项目。了解手册中没有描述的两件事是非常有用的：
GnuPG中对称密钥的最大输入大小是多少？
GnuPG使用什么键派生函数？
浏览 0提问于2017-07-08得票数 2
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我收集了几千个字符串(DNA序列)。我想通过排除非常相似的序列，将其减少到几百个(确切的数字并不重要)。
我可以通过使用"Levenshtein“模块进行匹配来实现。它可以工作，但速度很慢，我很确定一定有更快的方法。这里的代码是相同的方法，但应用于单词，以使其更具可测试性；对于我来说，使用这种截止点，它需要大约10秒，并收集大约1000个单词。
import Levenshtein as lev
import random
f = open("/usr/share/dict/words", 'r')
txt = f.read().splitlines()
浏览 1提问于2014-02-27得票数 0
我需要一个用于Matlab的近似字符串匹配函数。我通过调用nwalign()发现了生物信息学工具箱中的。唯一的问题是它只对氨基酸序列起作用。因此，当我尝试将字符串与数字和其他符号进行比较时，我得到一个错误消息：“两个序列都必须是氨基酸。”
有没有办法让nwalign()函数接受任何类型的序列，或者有没有另一个matlab函数可以执行近似的字符串匹配，而不限于生物信息学？
浏览 1提问于2011-10-01得票数 1
运行"jshint:all“(jshint)任务
modules/codes/client/config/codes.client.config.js
6 | function menuConfig(menuService) {
^ 'menuConfig' was used before it was defined.
modules/codes/client/config/codes.client.routes.js
6 | function routeC
浏览 1提问于2017-01-06得票数 0
我在我正在构建的站点Parse.com Javascript中有一个简单的例子。
这些类如下
_User结构：
objectId
用户名
密码
名称-字符串
员额结构：
objectId
postName - string
postMsg - string
postAuthor - Pointer< _User >(指向用户类的指针)
注释结构：
objectId
msg -字符串
post - Pointer< post>(指向post类的指针)
用户- Pointer< _User >(指向
浏览 4提问于2016-03-14得票数 5
1回答
嗨，伙计们，这里是场景-我正在构建一个web应用程序，基本上为所有用户创建帐户。目前它的文件结构是这样的：
root/index.php
root/someotherfile.php
root/images/image-sub-folder/image.jpg
root/js/somejs.js
当用户创建帐户时，他们选择一个固定的组名，然后用户就可以加入该组。最初，我想在登录屏幕上有一个额外的文本框来输入用户所属的组。BUt在本例中，我希望使用类似于虚拟文件夹的内容：
root/group-name/index.php
我听说可以用apache mod重写来完成，但我不确定该怎么做--这里有
浏览 1提问于2010-04-27得票数 1
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假设我有一个字符串模板，例如，
string="This is a {object}"
现在我通过格式化这个字符串来创建两个(或更多)字符串，即，
string.format(object="car")
=>"This is a car"
string.format(object="2020-06-05 16:06:30")
=>"This is a 2020-06-05 16:06:30"
现在我不知何故丢失了原来的字符串。有没有办法使用我现在拥有的两个新字符串来找到原始字符串？
注意:我有这些字符
浏览 0提问于2020-06-05得票数 5
我有一个大约有80000个事件序列的数据集。 每个序列是在时间步t处发生的事件的列表。 example_sequences = [['Start Event','Event 1','Event 5','Event 4]
['Start Event','Event 1', 'Event 7', 'Event 4','Event 3']] 序列的长度在~ 10-20个事件之间变化。 作为预处理步骤，我希望在训练神经网络进
浏览 32提问于2020-08-25得票数 0
1回答
在python中使用regex列表搜索和替换1 1GB文件中的一些特殊字符。
def myreplace(text, dic):
for i, j in dic.iteritems():
text = text.replace(i, j)
return text
rep={"&":"and","-":"",'?':''}
achive=map(lambda x: myreplace(x, rep), achive)
目前在1 GB的测试文件中性能良好。我想知道
浏览 3提问于2014-09-17得票数 0
1回答
使用knockout.js -我需要排序一个绑定到超文本标记语言表格的observableArray。单击列标题将对数组进行ASC或DESC排序，这是非常常见的任务。
问题是排序会冻结UI大约5秒。我知道这是因为JS是单线程的。
我的问题是--对于耗时的淘汰排序，有什么解决办法吗？我的意思是如何显示一些装载器指示器或类似的东西？
浏览 4提问于2013-03-07得票数 1
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在浏览器中使用Rust时，我可以获取JavaScript对象并在Rust中使用它们(例如，使用中的js!宏)。
在使用这些对象时，性能是否会受到影响？我应该总是将它们复制到Rust structures吗？
浏览 0提问于2018-07-06得票数 0
我的应用程序允许用户在地图上选择两个点，并使用谷歌地图Apiv3的方向服务找到它们之间的路线。然后，沿此路线的坐标必须保存到数据库中。我可以成功地编写所有代码来实现这一点。然而，我被遗漏了一个问题。
我知道在StackOverflow- ，中还有其他几个问题，但我认为他们或我肯定遗漏了一些东西。
示例代码：
function getCoordinates(result) {
var currentRouteArray = result.routes[0]; //Returns a complex object containing the results of the
浏览 0提问于2013-03-30得票数 13
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2回答
对于“内联JavaScript”，我和我的程序员有两个不同的视图。
我说内联JavaScript是指直接放置在.JS文件中的JavaScript，而不是.JS文件。
我的程序员的意思是内联JavaScript在1行上是JavaScript，就像<button onclick="alert('test')">一样
我告诉他，内联JavaScript也是"onclick='alert(...)"，因为它又像我的解决方案#1，所有的JavaScript都加载在HTML中，而不是JS中。
谁是对的？
我们有一个HTML
浏览 2提问于2013-10-27得票数 11
1回答
因此，在数组中有以下数组：
日志请求：
console.log(cleanArray);
输出：
[Array[2], Array[5], Array[2], Array[2], Array[5], Array[8], Array[7], Array[2], Array[3], Array[2], Array[2], Array[2], Array[2], Array[2], Array[3], Array[3], Array[2], Array[4], Array[5], Array[2], Array[6], Array[6], Array[20], Array[2], Array[13]
浏览 2提问于2016-02-10得票数 2
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我已经写了一个powershell脚本来捕获McAfee AVDate，它也给出了输出。但这里的问题是，我在脚本中添加了另一行，如果McAfee AVDate日期比当前日期早2天，则应该以红色显示McAfee AVdate，但这在这里不起作用。
有谁能帮我改正这个错误吗？
$AVDate = (Get-ItemProperty -Path "HKLM:\SOFTWARE\Wow6432Node\McAfee\AVEngine").AVDatDate
$AVDatDate = $AVDate
$thedate = get-date -date $(get-date).addda
浏览 1提问于2017-08-30得票数 0
1回答
如何根据小序列(<=40残基)在初始蛋白质中的位置来表示它们的分布？
我有几个序列如下。第一列是当前序列的编号。第二列是起始位置，第三列是当前序列在其初始蛋白质中的停止位置。
1 18 34
2 39 55
3 30 46
4 20 36
5 22 46
6 22 46
7 25 50
8 33 50
9 46 63
这些序列并不都来自相同的蛋白质，它们来自不同长度的蛋白质。
考虑到蛋白质并不都有相同的长度，将这些序列映射到横坐标上，看看它们是更多地位于蛋白质的开头，还是更多地在蛋白质的末端，或者更多的
浏览 1提问于2014-04-03得票数 0
1回答
有没有一种已知的算法来组合字符串，以便将大多数输入字符串的共同点放在结果字符串中？我的意思是：
input-1: "This is a Tsst"
input-2: "This is Test"
input-3: "Thi5 ia a Test"
result: "This is a Test"
输入的单词和字符的长度是不同的，这给我带来了问题。
浏览 0提问于2017-09-22得票数 0
2回答
大家好，我正在做一个项目，根据给定的标准(姓名、年龄、性别或家乡)对具有大量记录的文件进行排序，并以原始文件的格式写入输出文件。然而，我正在讨论什么是最快的方法。该文件包含如下记录：
Name Age gender hometown
Adam 28 Male New york
Kevin 42 Male Boston
...
我的想法是读取文件并创建struct的链表：
struct record
{
char * SortCriteriaString;
int SortCriteriaInt;
char * Name;
int Age;
char * Gender;
char
浏览 1提问于2017-11-16得票数 0
2回答
好的，我正在为一个项目编写一个js库，我有一个问题。像大多数其他库一样，为了保护我的变量作用域，我将我的代码包装在下面：
(function() {
// my code here
})();
现在我的问题是:我注意到jQuery传入了window对象并设置了自己的document对象，如下所示：
(function(window) {
var document = window.document;
})(window);
有人知道他们为什么这么做吗？
浏览 2提问于2011-01-12得票数 13
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1回答
我对“氨基酸使用”和“氨基酸同一性”这两个术语有一点混淆。如何计算氨基酸的使用量？我听说过"CodonW“。我们还有其他选择吗？
其次，我们是否可以像在氨基酸同一性中所做的那样，使用氨基酸用途来建立系统发育关系？
谢谢
浏览 1提问于2018-08-10得票数 0
2回答
假设您有以下复杂对象：
var object1 = .... // (something complexed)
这会占用JS应用程序中的x内存量。现在假设您有一些引用object1的其他对象
var otherObject = { something: true, value: 'yes', object: object1 };
var anotherObject = { color: '#FFF', object: object1 };
我是否将object1最初占用的内存量增加了两倍？或者对object1的引用不会增加所用内存的开销？
我不确定自己如何测试
浏览 1提问于2013-05-28得票数 25
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1回答
我使用的是visual studio c++。我希望能够在double和long long之间切换。如何在下面的程序中使用#ifdef？我想使用一个更简单的解决方案来处理多个printf的情况。
//#define TYPE_SWITCH
#ifdef TYPE_SWITCH
typedef double myType;
#else
typedef long long myType;
#end
.
.
.
int main()
{
myType a;
#ifdef TYPE_SWITCH
printf ("my value
浏览 2提问于2013-02-04得票数 2
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2回答
我正在使用jcrop在我的网站上裁剪图片。用户可以拥有图片的任何纵横比。有没有什么js库(或者用jcrop实现的方法)可以限制宽高比，这样用户就不能选择f.ex了。图片太单薄了？
浏览 3提问于2011-04-21得票数 1
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1回答
在进行成对序列比对时，序列文件的典型大小是多少？我们能把生物体的整个基因组统一起来吗？
浏览 4提问于2014-04-06得票数 0
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1回答
我开始一个新的项目，有严格的要求，冷启动时间必须是最小的。我们说的是亚秒响应时间。我还没有发现用语言和运行时版本来比较冷启动时间。
是否有人知道一个基准，例如，C#冷启动时间比Node.js快，反之亦然？运行时v1与v2之间的关系如何？
在这里：，它说
另外，需要注意的是，在我们的2.0运行时中运行的任何语言都处于预览阶段，而且还没有进行充分的优化。
但这究竟意味着什么呢？v1有多快？这是否有可能在未来发生改变，以造福于v2？
浏览 0提问于2018-04-08得票数 3
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2回答
我对NSPredicate有个问题。我想不出怎么写它，也找不到类似的东西。我有这个谓词：
[NSPredicate predicateWithFormat:@"followedBy.username like %@", username];
这将返回给定用户之后的所有用户。我想扩展这个谓词，它还将在NSSet中返回user with in‘。
UserIDSetExample = @"1，15，14，17，...“
所以最后，我希望这个谓词返回集合中user加上users后面的ids。
任何指导或帮助都将不胜感激！提前感谢！
浏览 0提问于2013-05-23得票数 0
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我写了这个帖子，因为我已经和这个问题斗争了整整三天了！
基本上，我有一个程序，它收集一个大的CSV文件，并将其用作本地SQLCE数据库的输入。对于这个CSV-file中的每一行(它代表某种对象，让我们称它为" dog ")，我需要知道这个dog是否已经存在于数据库中。如果它已经存在，不要将它添加到数据库中。如果它不存在，则在数据库中添加一个新行。
问题是，每次查询大约需要60毫秒(在开始时，数据库是空的)，当数据库大约有1000行时，查询时间会增加到大约80毫秒。当我必须遍历1000行时(在我看来这不是很多)，这大约需要70000毫秒=1分10秒(只是为了检查数据库是否是最新的
浏览 1提问于2012-10-05得票数 4
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2回答
我想在PyMOL中对齐配体，就像对蛋白质结构进行对齐一样，但我得到了一个错误消息：
ExecutiveAlign: mobile selection must derive from one object only
我还将配体复制到单独的PDB文件中，将HETATM条目重命名为ATOM，但仍然收到此错误。我想知道为什么PyMOL在排列这些小分子时会有问题。
PS:这些配体具有相似的结构，只是配位不同。
浏览 14提问于2013-05-14得票数 5
1回答
我是个学生，在玩滑梯和梯子游戏。我不得不用100个空格制作电路板，在电路板上放置10个随机的滑道和梯子，我还必须打印10*10个电路板。到目前为止，一切都在工作，直到打印电路板部分。当我使用print方法时，我的电路板打印所有需要打印的东西，但排列不整齐。关于如何排列所有的打印输出，有什么建议吗？
import java.util.Random;
public class ChutesAndLadders {
String[] board;
Random ran = new Random();
public void setBoard(String[] b) {
b
浏览 0提问于2013-01-31得票数 0
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我需要找到一个或多个序列，这些序列应该在Fasta中给出结果(命中)，而不是在Blast中，反之亦然。
我有点迷路了。
在搜索此序列时，我应该查找什么？
浏览 6提问于2014-10-22得票数 0
2回答
我是序列分析的新手，我正在做一些练习来帮助我学习使用pysam和samtools进行WGS数据分析。我想做的一件事是检测(相当大的) 2D牛津纳米孔数据的删除(大读取)。为此，我从E.coli基因组中提取了第一个10kb，以及覆盖该区域的测序读数。调用原始基因组A，然后通过在A的中间插入1kb的序列来创建基因组A‘，并使用A’作为参考来对A的读数进行比对，以模拟序列中的缺失。我现在想写一个程序来检测我的“删除”的位置。我的问题是，我阅读的雪茄串不符合我的期望，我想这一定是错的。我发现sam文档中的信息相当不完整，并希望对以下内容进行解释。
假设我有一个序列....GTTGCA -1kb删除-
浏览 19提问于2017-04-14得票数 1
我有一个名为"client“的dynamodb表，其中包含以下列：-userId(分区键)-clientId(排序键)- status(true/false)。 我想使用node.js从"client“表中获得status=为”true“的所有记录。
浏览 19提问于2019-02-06得票数 0
我在数据库的一个表中有5列，其中两列是唯一的(一个是整数，另一个是字符串)。
整数类似于
1,5,6,7,9,0和string类似于http://exmaple.com/Book-on-the-self-no-2。
现在应该使用哪一列来搜索行？它会对性能产生怎样的影响？数据库是sql还是mysql？
谢谢..
浏览 1提问于2011-07-21得票数 1
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最初，我想支持具有geo $near功能的mongo文本搜索。后来意识到这两者不能一起使用，因为两者都需要索引。
后来，我决定改用$geoWithin。但是，结果并不像$near那样按距离排序。
我想知道是否有办法按“距离”对$geoWithin返回的结果进行排序？
浏览 5提问于2016-03-14得票数 2
2回答
我在解析目录的字符串数组时遇到问题。最终目标是查询与global.MyDataDir绑定的路径& "\saved“，以获取此目录中的所有文件夹。然而，实际的文件夹名称，在最后一个索引"\“之后的最后一段文本保存了一个插件的名称，我需要将它与枚举的插件列表进行比较，以便获得更多的功能，我不会在这里介绍。这里的问题是我的最后一点代码不能工作。The Dim foldername as string = (etc...)，它返回一个错误，说明索引和长度必须引用字符串中的一个位置。参数名称: length。
你们这些巫师能不能帮帮我。非常感谢。
Dim dirList As S
浏览 0提问于2012-08-17得票数 0
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我正在寻找一个命令行，它可以更改文件夹及其子文件夹下所有文件的文件扩展名。有办法这样做吗？
我试过使用ren *.js *.txt，但这只会改变一个文件夹下文件的扩展名。
浏览 0提问于2014-04-14得票数 1
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2回答
我使用按钮从文本输入输入文本，并使用以下代码将其显示在文本区域中。
public function sendMessage():void
{
mytextarea.text = textinput.text;
textinput.text = "";
}
我面临的问题是，每当我添加新行或其他行时，它将替换以前的文本，我希望文本区域中的以前的文本留在那里。
有什么建议吗？
浏览 0提问于2011-10-01得票数 0
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2回答
我想从Rails路由文件中对齐这个片段，如下所示：
Rails.application.routes.draw do
get 'about' => 'static_pages#about'
get 'help' => 'static_pages#help'
get 'contact' => 'static_pages#contact'
get 'signup' => 'users#new'
get 'login
浏览 1提问于2014-12-06得票数 0
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我喜欢对象风格的清洁。
const Button = styled.button(
{
color: 'darkorchid'
},
props => ({
fontSize: props.fontSize
})
)
然而模板(？)样式似乎是支持比对象样式更多功能的主要接口。
const Button = styled.button`
color: hotpink;
`
在StyledComponent或Emotion.js中，css-string (模板)样式比对象样式更喜欢(或更有特色或更受支持)吗？
编辑
有一个不同之
浏览 3提问于2019-10-13得票数 2
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我有一个带键的对象，我想循环遍历它并保持它们的类型，避免“元素隐式地有一个'any‘类型，因为'ContactList’没有索引签名”。 我知道这已经在Typescript的GitHub页面上详细讨论过了，但我还没有找到任何解决方案来解决我在这里试图做的事情。同时使用枚举和联合进行了尝试，但我仍然得到错误。 枚举示例(playground enum Names {
Joe,
Bill,
Bob
}
type ContactList = {
[key in Names]: {
isFriend: boolean;
}
}
const contac
浏览 132提问于2019-03-06得票数 6
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假设您有三个SELECT元素，每个元素都有可变数量的选项。
<select id="a">
<option value="0">Zero</option>
<option value="1">One</option>
<option value="2">Two</option>
</select>
<select id="b">
<option value="0"
浏览 1提问于2014-09-18得票数 0
1回答
ReactJS S̶i̶n̶g̶l̶e̶壳页应用程序
没有服务器端呈现(SSR)，需要复制问题：
ReactJS + WebPack + React-Router
我在项目中使用了Yeoman生成器，没有SSR，在Startup.cs中禁用了HotReloading (或者可以运行生产模式)。
<路由component={布局}> <路由路径=‘/’components={ Home } /> <路由路径=‘/计数器’{components={ /> }/>；/*项目包括Home.tsx、Counter.tsx和其他组件/子页*/
Home.tsx
浏览 4提问于2016-10-17得票数 0
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1回答
我希望删除按钮在我的While循环中有一个If语句，这样当前用户就不能删除它的帐户，但是它总是有一个错误。该怎么办呢？这是我的if语句，顺便说一下；
<?php if($_SESSION["username"]!= $array[2]){
echo <a class="btn btn-danger delete_user" href="javascript:void(0)" data-id = '<?php echo $row['id'] ?>'>Delete</a>
}
浏览 4提问于2022-05-16得票数 -4
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