1回答
R和Matlab结构
、、、
我对R知之甚少，但我需要将matlab中的层次聚类所产生的树状图转换为R树状图结构。下表显示了matlab函数中分层聚类产生的树状图；其中第一列和第二列是对象或分支的is，第三列是距离。
有没有办法把这个表(或matlab的树状图)映射成R树状图？
浏览 1提问于2016-01-18得票数 0
回答已采纳
我试图估计一个聚类树状图在R中的结构主题模型，我产生了98个主题。
我首先运行了以下程序，运行得很好：
res.hc <- eclust(scale(out_corr$cor), "hclust", nboot = 500)
然后，我尝试使用以下语法来可视化树状图：
fviz_dend(res.hc, rect = TRUE)
在这里，我收到了以下错误：.rect_dendrogram中的错误(dend，k= k，palette = rect_border，rect_fill = rect_fill，：k必须介于2到97之间)
这是因为我的模型中的主题数是98吗？如果是这
浏览 8提问于2022-04-01得票数 0
回答已采纳
编辑:我想明白了。只是不懂符号。
你好,
希望有人熟悉生物信息学工具箱中的聚类图。我对该函数的图形方面(树状图/热图)感兴趣，但由于它要求我使用Matlab的集群()函数，所以目前有缺陷。我更喜欢用我的个人算法进行聚类，然后允许Matlab为我可视化这一点。
我已经搜索了代码，但是对于面向对象的编程，特别是Matlab的版本，我非常无知。因此，我所知道的只是函数调用行'obj =obj.get群集‘，但是不知道如何编辑它，因此我使用自己的聚类算法而不是Matlab的聚类算法。
任何帮助都是非常感谢的！
编辑:我正在专门研究一种新的算法，因此我不需要pdist或链接。树状图是在聚类图函数
浏览 7提问于2010-10-20得票数 0
1回答
使用python的层次聚类树形图
、、、、
图论和数据挖掘是计算机科学的两个领域，我对它们还很陌生，所以请原谅我的基本理解。
我被要求绘制一个层次聚类图的树状图。我得到的输入如下:这个图的所有边的列表。
到目前为止，我已经能够从输入绘制图形。
下一步是对图进行聚类，然后根据聚类后的图绘制树状图。
我的问题是:有人能给我一个循序渐进的指导吗？在流程的两个步骤中，需要/返回什么输入/输出。(聚类，获取树状图)
注意：
到目前为止，我一直在使用图形工具来绘制图形，我还运行了我在互联网上从Scipy.clustering.hierarchy包中找到的测试代码，它似乎具有所有需要的功能。
浏览 0提问于2014-10-19得票数 1
3回答
我如何在Python中进行分层聚类(在本例中是针对基因表达数据)，以显示基因表达值矩阵和树状图？我的意思是像下面这样的例子：
在项目符号6(图1)之后显示，其中树状图绘制在基因表达矩阵的左侧，其中行已重新排序以反映聚类。
如何在Python中使用numpy/scipy或其他工具执行此操作？另外，用欧几里德距离作为度量，用大约11,000个基因的矩阵来做这件事，在计算上可行吗？
编辑:很多人建议使用聚类包，但我仍然不确定如何绘制上面在Python中链接的图像。例如，我如何使用Matplotlib将树状图覆盖在热图矩阵旁边？
谢谢。
浏览 0提问于2010-06-05得票数 3
2回答
在Python中，如何将树状图绘制在值矩阵的顶部，并适当地重新排序以反映聚类？下面是一个示例：
我使用scipy.cluster.dendrogram制作树状图，并对数据矩阵执行分层聚类。那么，我如何将数据绘制为矩阵，其中行已被重新排序，以反映在特定阈值下切割树状图所导致的聚类，并使树状图与矩阵一起绘制？我知道如何在scipy中绘制树状图，但不知道如何绘制数据的强度矩阵，并在其旁边使用正确的标尺。
在这方面的任何帮助都将非常感谢。
浏览 5提问于2010-06-06得票数 51
回答已采纳
因此，我使用带有SciPy的fastcluster来进行聚集群集。我可以做dendrogram来获得聚类的树状图。我可以使用fcluster(Z, sqrt(D.max()), 'distance')来对我的数据进行很好的聚类。如果我想手动检查树状图中的一个区域，比如k=3 (集群)，然后我想检查k=6 (集群)，该怎么办？如何在树状图的特定级别上获得聚类？
我看到所有这些函数都有公差，但我不明白如何从公差转换为簇的数量。我可以通过链接(Z)并一步一步地将集群拼凑在一起，使用简单的数据集手动构建集群，但这对于大型数据集是不现实的。
浏览 2提问于2013-07-12得票数 8
回答已采纳
1回答
在scipy的分级聚类中，可以从链接矩阵Z开始构建聚类。例如，
fcluster(Z, 6,criterion='maxclust' )
会截断树状图，这样最终会有6个簇。有没有办法得到每一个星团中心的坐标？中心的位置将根据用于构建树状图的度量和方法而有所不同，但我希望获得与用于构建Z的特定方法相对应的中心。
浏览 2提问于2017-05-31得票数 0
我想使用Hmisc包中的varclus()函数执行变量聚类。然而，如果我将树状图划分为10个变量簇，我不知道如何将变量簇放入表中。
我以前用过
groups <- cutree(hclust(d), k=10)
来削减个体的树状图，但对变量不起作用。
浏览 17提问于2011-09-08得票数 3
我正在创建一个闪亮的应用程序，它以谷类数据集为例展示了不同的聚类技术，例如分层聚类和k-means聚类。我使用"factoextra“包中的fviz_dend函数来创建我的树状图。然而，当我这样做时，树状图不会将谷物的名称显示为标签，而是显示数字表示。有没有办法把数值改成标签？我在下面附加了一张使用fviz_dend函数的当前树状图的图片和一张我使用base R中的plot函数创建的树状图的图片。请注意，由plot函数创建的树状图具有我需要的谷物的标签(这是我试图实现的)。 使用fviz_dend创建的树状图： ? ### Code for dendogram using fvi
浏览 709提问于2019-10-16得票数 0
我有4个不同城市的不同数据帧，但变量相同。我想在for city的数据集之间创建一个层次聚类。我已经尝试了以下代码在R中创建一个层次聚类：
hc <- hclust(dist(df))
hcd <- as.dendrogram(hc)
但是这段代码生成了一个数据帧的树状图。我想做的是做一个不同城市之间的树状图，所以我想聚类不同城市之间的行。我在互联网上搜索了很多，我找不到任何关于它的东西。有人知道如何解决这个问题吗？
我也尝试过合并数据集，但它也会生成具有相同城市的聚类。我想在不同城市之间进行聚类
下面是我的数据集的一个示例：
我有4个不同城市的不同数据帧，但变量相同。我想在for
浏览 1提问于2016-05-24得票数 0
假设我们有一个树状图(分层聚类树)，我们是否可以在K簇中定义一个数据分区，方法是在树根节点下面的某个层次上切割该树的分支？
浏览 0提问于2020-12-19得票数 1
1回答
我有一组大小不同的9张有向图，我想使用图聚类来创建一个树状图，说明它们的结构相似性，类似于在NetConfer网络比较工具中所做的工作。(我不只是使用这个工具的原因是，目前它只能处理8个图形，我希望能够使用其他技术来确定图的相似性，而不是它所使用的“边缘-Jaccard”方法，而且我希望能够在R中为可再现性而这样做)。
据我所读，图核似乎是一种公认的量化图之间相似性的方法，而包图核使得许多图核方法在R ()中可用。该包承诺“使用由包计算的内核矩阵，我们可以轻松地执行诸如classifi阳离子、回归和对图结构样本的聚类等任务”1。
但是，我不知道如何通过聚类方法使用内核矩阵输出，也找不到任何关于它
浏览 1提问于2020-06-24得票数 0
2回答
我想要进行聚类，但我不知道前面有多少簇。但我希望每个集群至少有40个数据点。如何将此应用于sklearn.agglomerative集群？我应该用树状图并以某种方式剪掉它吗？我不知道如何把树状图和它联系起来，然后把它切掉。任何帮助都将不胜感激！
浏览 0提问于2017-07-07得票数 1
1回答
树状图使用什么数据结构？
、、、、
我一直在寻找如何高效地实现树状图，用于描述层次聚类。目前，我使用一个正则表达式来解析和显示它，就像树结构一样，如下所示。
[[2,1],[3]]
这意味着有三个文档，级别1包含两个簇，一个包含文档2和1，另一个只包含文档3。因为我们在特定级别上剪切树状图后得到了簇。剪切所示的正则表达式是困难的，并且并不总是给出适当的聚类。
我们应该使用什么数据结构和表示，以便从树状图中获得聚类相对容易。
浏览 1提问于2014-03-05得票数 1
2回答
有没有什么相当直接的方法可以把两个树状图“背靠背”放在r中？这两个树状图包含相同的对象，但聚类方式略有不同。我需要强调树状图的不同之处。因此，类似于包所做的事情，但可能涉及较少，以土壤科学为导向？
如果能够对树状图进行线条划分，以最大化对象之间的直线数量(见上文)，这将突出树状图之间的任何差异，这将是很棒的。
有什么想法吗？
浏览 1提问于2012-09-17得票数 9
我想要绘制一个由行和列组成的海运集群地图。我不想画树状图。
设置row_cluster=False或col_cluster=False会删除树状图，但也会停止群集。
，我如何仍然是二维簇，但抑制树状图？
提供了将树状图线的宽度设置为0的方法。此黑客在海运0.7.1中不起作用。
浏览 7提问于2017-02-23得票数 27
回答已采纳
1回答
我想写代码来绘制一个树状图在python。有没有一种简单的方法。
我已经编写了标识点数据集中的聚类的代码，并希望生成一个树状图，以显示每次迭代产生的聚类的数量
例如，当我在此数据集上运行代码时，第一次迭代得到1个聚类
并在第二次迭代中进行2个聚类
所以我想制作一些东西来展示这一点。但是我真的不知道从哪里开始
每个点都有一个“label”属性，它是每次迭代后该点所在的每个集群的列表。
即，在该示例中，一些点标签属性是[0,0]，而其他点标签属性是[0,1]。那么，如果我使用scipy树状图，我将如何将其转换为链接格式？
浏览 0提问于2012-03-11得票数 9
1回答
我想知道，在文献中是否有一种聚类算法，其输出(分区、树状图、软赋值等)不变性：
数据点中的排列(通常许多层次聚集聚类不是这样)
由于引导特征而引起的扰动
我很高兴在文献中找到这样一个算法的切入点！
准确地说，我知道聚类的公理式，例如Kleinberg的不可能性定理()或聚类分类法()的开始，
但他们似乎没有考虑过这两项属性。
浏览 4提问于2015-01-21得票数 0
回答已采纳
2回答
最终合并高度
、、、
当使用hclust函数在R中执行分层聚类时。你怎么知道最终合并的高度？
因此，为了澄清一些R的默认数据：
hc <- hclust(dist(USArrests))
dendrogram1 = as.dendrogram(hc)
plot(hc)
将产生一个包含所有聚类信息的变量hc。
而树状图：
正如在树状图上所看到的，最终的合并发生在高度> 200 (约300)处。但是树状图是怎么知道的？此信息既不在hc.height变量中，也不在dendrogram1变量中。提到最多的合并是169。
如果dendrogram1变量不包含此信息，绘图函数如何知道合
浏览 1提问于2014-09-04得票数 1
回答已采纳
因此，我研究了一种分层聚类算法，以确定哪些项最相似，哪些属性最重要。我有两张桌子：
表1:包含一系列项目代码，以及它的属性(品牌、风味、销售等等)。它看起来像是：
Item_code | Brand | Flavor | Caloric_content | ... | sales
006891313 | Coke | Original | 0 | ....
002349823 | Fanta | Orange | 200 | ...
我拥有的另一个表是我运行聚类算法时所使用的表。它是一个NxN矩阵(其中N是上一个表中不同的item_
浏览 0提问于2019-02-25得票数 1
1回答
我正在寻找一种有效的方法来绘制从数据中获得的树状图，但与原始数据相比，它与相应的距离矩阵相邻。我一直好奇如何不同的文件来显示这一点，似乎他们所做的只是分别绘制热图和树状图，并在图像编辑软件中处理它们。希望下面的代码能说明我想要什么。假设我生成以下数据，并使用Pearson的相关性作为距离度量，并以完整的链接作为聚类：
library(gplots)
set.seed(2)
x <- matrix(rnorm(100), nrow = 5)
dist.fn <- function(x) as.dist(1-cor(t(x)))
hclust.com <- function(x)
浏览 6提问于2020-06-26得票数 0
回答已采纳
我希望使用具有链接之间相似性的分层聚类来构建一个树状图，其中每片叶子都是来自原始网络的链接，分支使用MapReduce中的分层聚类来表示链接社区。任何参考方法算法将不胜感激。
浏览 2提问于2014-12-20得票数 0
2回答
我正在尝试创建使用分层凝聚聚类对文档进行聚类的程序，程序的输出依赖于在这样一个级别上削减树状图，以便获得最大纯度。
下面是我现在正在研究的算法。
Create dedrogram for the documents in the dataset
purity = 0
final_clusters
for all the levels, lvl, in the dendrogram
clusters = cut dendrogram at lvl
new_purity = calculate_purity_of(clusters)
if new_purity > p
浏览 4提问于2014-03-11得票数 0
我已经创建了一个热图，其中包含基于层次聚类的相应树状图，使用 pheatmap 包。现在，我想要更改树状图中树叶的顺序。最好使用 最佳叶子 方法。我到处寻找，但没有找到任何关于如何改变实现这一点的解决方案。 我非常感谢关于如何使用最优叶子方法改变叶子顺序的建议。 下面是我的随机数据示例代码： mat <- matrix(rgamma(1000, shape = 1) * 5, ncol = 50)
p <- pheatmap(mat,
clustering_distance_cols = "manhattan",
cluste
浏览 71提问于2019-02-19得票数 3
回答已采纳
2回答
用树状图和样品标签绘制热图
、、、、
使用heatmap函数made4，我从示例文件中创建了这个热图树状图：
data(khan)
heatplot(khan$train[1:30,], lowcol="blue", highcol="red")
如何为热图边缘的样本添加一个标签面板，如下图所示？
本例中的标签是与热图第一次和顶部行相邻的正方形，用于表示每个样本的标签，以便人们可以看到标签是否与热图/树状图所显示的聚类相对应。在这个特定的图中，他们选择使这些标签与树状图簇的颜色完全对应，但不必是这样，我正在寻找的方法只是在样本中添加一个通用的列和一行标签，这可能与应用树状图的特定阈值导致的
浏览 1提问于2013-07-25得票数 4
回答已采纳
2回答
如何更改r中的树状标签
、、、、
我在R中有一个树状图，它基于层次聚类，使用hclust。我对不同颜色的标签进行了着色，但是当我尝试使用dendrogram = dendrogram %>% set("labels", dataframe$column)更改我的dedrogram的标签(集群所基于的数据帧的行)时，标签会被替换，但位置不对。例如：
我的树状图是这样的：
___|___
| _|_
| | |
| 1 0
2
现在，当我尝试像上面指定的那样更改标签时，标签会被更改，但它们会按数据格式从左到右的顺序应用。如果我们假设我的原始数据文件看起来像这样
df:
浏览 4提问于2015-11-09得票数 6
回答已采纳
我已经使用heatmap.3生成了这个热图。聚类是基于树状图执行的，但为了演示的目的，我想重新排序节点，以便在维护树状图的同时，使深蓝色位于左侧，深红色位于右侧。我读过关于重新排序的文章: newdendro<-reorder(as.dendrogram(myclust(mydist(heatdata.scaled))),10:1，agglo.FUN=colSums)
但colSums(heatdata.scaled)并未存储在树状图中。如何1)使用colSums(heatdata.scaled)对节点重新排序2)在热图中调用此更新的树状图。3)？
浏览 0提问于2016-05-30得票数 1
4回答
使用发布的代码，我创建了一个很好的分层集群：
假设左边的树状图是通过这样的操作创建的
Y = sch.linkage(D, method='average') # D is a distance matrix
cutoff = 0.5*max(Y[:,2])
Z = sch.dendrogram(Y, orientation='right', color_threshold=cutoff)
现在，如何得到每个有色簇成员的索引？可以简化这种情况，忽略顶部的聚类，只关注矩阵左侧的树状图。
此信息应存储在树状图Z存储的变量中。有一个函数应该执行我想要的fcl
浏览 0提问于2011-10-05得票数 19
回答已采纳
我正在使用来自生物信息学工具箱(Ver3.7)的对象。MATLAB版本R2011a。
我想获得行的置换向量和集群图中的列，就像我可以使用函数那样：
x = magic(10);
>> [~,~,permrows] = dendrogram(linkage(x,'average','euc'))
permrows =
9 10 6 7 8 1 2 4 5 3
>> [~,~,permcols] = dendrogram(linkage(x','a
浏览 4提问于2012-06-13得票数 4
回答已采纳
1回答
我想绘制一个聚类结果的树状图。现在，我正在使用Elki0.7.5中的ElkiBuilder进行集群。
在最好的情况下，我想直接绘制一个树状图。
如果不可能，我想从集群中提取信息(距离)，以便与另一个库创建树状图(例如。使用newick格式)
因此，我的问题是：
有可能用ELKI创建树状图吗？
是否可以访问群集期间计算的距离？(两个集群合并时使用的距离)
现在，我正在使用以下代码进行集群：
public Clustering<?> createClustering() {
double[][] distanceMatrix = new double[][]{
浏览 1提问于2019-08-21得票数 0
回答已采纳
1回答
在进行层次聚类之后，我使用scipy.cluster.hierarchy as sch绘制了一个树形图。问题是聚类发生在树状图的顶部，在0.8到1.0之间，这是y轴上的相似度。我如何才能“剪切”从0到0.6的所有图形，在这些图形中没有任何“有趣的”图形发生？
浏览 1提问于2013-09-30得票数 2
我有用Java编写的聚类代码，我可以用它创建一个嵌套树结构，例如，下面展示了树的一小部分，其中两个"isRetired“对象在第一次迭代中被聚在一起，而这个组在第五次迭代中被聚为"setIsRequired”。圆括号中显示了集群中对象之间的距离。
|+5 (dist. = 0.0438171125324851)
|+1 (dist. = 2.220446049250313E-16)
|-isRetired
|-isRetired
|-setIsRetired
我更喜欢用一种更传统的树状图的方式来展示我的结果，看起来R有一些不错的功能，
浏览 3提问于2011-05-10得票数 3
回答已采纳
1回答
聚类分层聚类技术
、、、
今年早些时候，我的人工智能讲师教我们凝聚层次聚类和K均值聚类，但他的解释被遗忘了，我正试图弄清楚他是如何利用下表中的数据创建树状图的。那就太好了。
他提出了下表，其中概述了相似之处：
Animal pairs Similarities
Bear & Tiger 4
Bear & Dog 3
Bear & Giant Squid 2
Bear & Cat 3
Tiger & Dog
浏览 2提问于2016-05-11得票数 4
回答已采纳
我已经使用plot()函数生成了一个树状图，并使用hclust()进行分层聚类。我正在寻找生成一个相同的scree图。有什么建议吗？
浏览 4提问于2017-02-20得票数 3
1回答
我有一个包含大约5000个条目的距离矩阵，并且使用了use的分层聚类方法来对矩阵进行聚类。我为此使用的代码如下所示：
Y = fastcluster.linkage(D, method='centroid') # D-distance matrix
Z1 = sch.dendrogram(Y,truncate_mode='level', p=7,show_contracted=True)
由于所有这些数据的树状图都会变得相当密集，所以我使用truncate_mode对其进行了一些修剪。所有这些都是可行的，但我不知道如何才能找到最初的5000条条目中的哪一个属于树
浏览 2提问于2012-04-24得票数 13
1回答
在使用scipy执行层次聚类时，文档中说scipy.cluster.hierarchy.linkage将一维压缩距离矩阵或观察向量的二维数组作为输入。然而，我用pandas Dataframe生成了一个简单的(对称)相似度矩阵，scipy将其作为输入，没有任何问题，生成的树状图很好。
有人能解释一下这是怎么回事吗？我是不是有过时的文档或者...？
浏览 0提问于2021-04-06得票数 1
1回答
我有一个与层次结构聚类相关的问题。我有一个相对复杂的数据集，有2000个项目/样本。我使用scipy对项目进行聚类，并给聚类不同的分界值，例如，从0.1到0.9
from scipy.cluster import hierarchy as hac
Z=hac.linkage(distance, single,'euclidean')
results=hac.fcluster(Z, cutoff,'distance')
我如何检查/跟踪某个项目，比如x组中的截止值为0.1，y组中的截止值为0.2等
我考虑过展示树状图，但从树状图中跟踪2000个样本中的1个项目会不
浏览 3提问于2014-11-11得票数 2
1回答
我遇到了一个问题，我有一个n个单词的列表，其中包含了真正的k个不同的单词(k是未知的)，因为有些单词可能是错误的或收缩的。我想自动将它们聚在一起。
我想用像树状图这样的词间距(我不知道哪一个)，如何有效地处理这个问题？
浏览 0提问于2021-04-12得票数 0
2回答
我已经创建了一个热图，并使用树状图进行了聚类，以获得以下结果：
你在行树形图上看到的亮点基本上就是我想要区分的。我需要一种方法来获取这些特定行的值，或者找到一种方法来获取与这些行相关联的所有行名。或者，是否可以为每一条线设置特定的颜色。我不知道有什么方法可以做到这一点。
这样做的原因是我创建了一个与热图相关的散点图。本质上，每一行(未包括在热图中的名称)将是散点图上的一个点，并且每个突出显示的树状图集群将在散点图上被分配一种颜色。因此，散点图上将有6种颜色属于与每个聚类相关联的行。
下面是一些其他人正在做的例子：
这不是给树状图着色，而是添加了一个条形
这会将颜色添加到树
浏览 1提问于2013-08-17得票数 1
3回答
我正试图用Python巧妙地创建一个集群热图(带有树状图)。他们在他们的网站上做的不是很好的扩展，我已经找到了各种各样的解决方案，但大多数是在R或JavaScript。我正在尝试创建一个热图，其中只包含来自热图左侧的树状图，显示跨y轴的集群(从分层聚类)。一个非常好看的例子就是这个例子：。我的目的是创建这样的东西，但只有左边的树状图。如果有人能用Python实现这样的东西，我会非常感激的！
让数据是X = np.random.randint(0, 10, size=(120, 10))
浏览 15提问于2021-03-09得票数 3
回答已采纳
5回答
我已经编写了自己的聚类例程，并希望生成一个树状图。要做到这一点，最简单的方法是使用scipy树状图函数。但是，这要求输入的格式与scipy链接函数生成的格式相同。我找不到一个这样的输出如何格式化的例子。我想知道外面有没有人能给我点启发。
浏览 3提问于2012-03-23得票数 51
回答已采纳
6回答
默认情况下，R的heatmap将对行和列进行集群：
mtscaled = as.matrix(scale(mtcars))
heatmap(mtscaled, scale='none')
我可以禁用群集：
heatmap(mtscaled, Colv=NA, Rowv=NA, scale='none')
然后树状图就消失了：
但是现在数据不再是聚集的了。
我不希望显示树状图，但我仍然希望将行和/或列聚集在一起。我该怎么做？
我想要的例子：
浏览 1提问于2015-04-27得票数 10
回答已采纳
如果我有一个距离矩阵，比如说，函数pdist。现在，我想绘制这个距离矩阵的热图，并重新排序它的行和标签，这样就可以在热图的顶部/它的一侧显示距离矩阵的层次结构/聚类。
注意:我没有使用clustergram()来对原始数据进行聚类。这里我只有距离矩阵。
Matlab树状图()函数只绘制一棵树，而heatmap函数只绘制一个热图。
有什么想法吗？
浏览 1提问于2017-05-30得票数 0
回答已采纳
4回答
我已经实现了一个算法来解决图中的聚类问题。我使用python库"python- graph“来表示图形。现在，在我的计算的每一步(算法是迭代的)，我必须绘制树状图的一部分。实际上，该算法是分裂的，因为从原始图开始计算聚类。现在，我不知道用什么来绘制树状图(有人建议使用PIL，但我正在寻找简单的东西，我不知道如何使用PIL)……你能给我一些建议，并告诉我如何用它来进行绘图吗？
注意:我读了其他问题，但似乎所有问题都使用了自动计算集群的方法……这不是我想要的:我需要手动绘制树状图，或者至少找到一种方法来表示要绘制的计算集群。
谢谢!
浏览 5提问于2011-06-26得票数 8
回答已采纳
1回答
我在试着把我的数据聚在一起。这是我的数据的例子：
genes param1 param2 ...
gene1 0.224 -0.113 ...
gene2 -0.149 -0.934 ...
我有一千个基因和一百个参数。我想根据基因和参数对数据进行聚类，并使用聚类图进行聚类。因为有很多基因，所以很难用图片来理解任何东西。现在我想要我的数据中的15到20个最大的基因簇的文本信息。我的意思是15-20个基因列表，它们属于不同的集群。我该怎么做？谢谢
这是我从我的数据中得到的集群图的例子：
这里有垂直和水平的树状图。因为有很多行，在垂直树状图上不可能看到任何东西(我只
浏览 2提问于2014-04-15得票数 2
回答已采纳
1回答
我试图在聚类之后创建一个矩阵的热图。
heatmap(r.matrix,
distfun = dist(r.matrix, method="euclidean"),
hclustfun = hclust(dist(r.matrix, method="euclidean"), method ="ward"))
我在heatmap的帮助消息之后使用了上面的命令，但是返回了以下错误消息：
Error in heatmap(r.matrix, distfun = dist(r.matrix, method = "
浏览 0提问于2013-11-13得票数 3
回答已采纳
3回答
我希望任何关于R的热图功能的dendogram (Colv，Rowv)的信息资料。例如聚类是如何工作的(这是欧几里得距离吗？)你不必发表冗长的解释，我已经对一些关键词感到高兴，这些关键词可以让我走上正确的轨道，这样我就可以做一些在线研究了。
这是帮助手册的一段摘录，让我有点困惑。在这种情况下，“尊敬”意味着什么?它与重新排序有什么不同？
如果Rowv或Colv是树状图，则它们将得到尊重(而不是重新排序)。
浏览 5提问于2013-03-13得票数 2
回答已采纳
1回答
我用{pheatmap}创建了一个基于层次聚类的具有相应树状图的热图。我想改变树叶在树状图中的顺序，手动的，基于我所看到的视觉。
首先，有人能确认这在统计上是正确的并且是允许的吗？(理论上，这不应该改变集群之间的距离，但也许我错了)。
第二，任何关于如何改变叶序的建议都将不胜感激！
具有虹膜数据的可复制示例：
data(iris)
pheatmap(iris[1:4], cutree_cols = 3)
浏览 12提问于2022-09-27得票数 1
回答已采纳
1回答
使用LAMP进行聚类分析
、、、
我正在寻找一种方法来做一些数据聚类分析。这超出了我的能力范围，但我知道这是可以做到的。我正在寻找一种方法来对我拥有的数据进行聚类，并以可视化的方式呈现它。脑海中浮现的是树状图，但我也对其他建议持开放态度。
是否有任何已经编写的脚本或类可以帮助我完成此任务？我更喜欢待在台灯里。
谢谢。
浏览 1提问于2011-06-29得票数 1
回答已采纳
扫码
添加站长 进交流群
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
相关资讯
热门标签
云服务器
ICP备案
对象存储
即时通信 IM
实时音视频活动推荐
腾讯云开发者
