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    HPA数据库更新脑图谱、血液图谱与代谢图谱

    原来的HPA数据库主要包含组织图谱、细胞图谱与病理图谱,分别包含内容如下: 组织图谱: 某蛋白在机体不同组织脏器中的表达情况。 细胞图谱: 某蛋白在细胞内的定位情况,如核内、细胞膜上等。...病理图谱: 某蛋白在不同肿瘤中的表达情况。...最近,HPA数据库更新了脑图谱、血液图谱与代谢图谱,让我们一起来看看他们包含了哪些内容吧: 脑图谱 脑内最重要的功能单元就是神经元了,神经元的胞体和树突富含微观结合蛋白2 (MAP2),而轴突富含低分子量...可以看到血液图谱目前仅有RNA信息,没有蛋白信息。 ? ? ? ? 不同数据集中表达情况,可以发现该基因在所有白细胞中均表达。 ? 其余三类信息待补充。...代谢图谱 代谢图谱主要是手工整理了胞内的代谢通路,确定了各类代谢反应及其胞内定位,具体如下: ? 不同代谢通路,如组氨酸代谢和磷酸戊糖途径。 ? 胞内不同部位,如线粒体、胞浆、内质网、核内等。 ?

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    知识图谱还是数据图谱? | 清华AI Time

    数据图谱?知识图谱? 吴信东首先对知识图谱的认识问题做出了纠正。...图谱就是概念的关系的连接,这个说法是错误的,节点之间以边相连,这只是图谱,比如我给张三打电话,“打电话”连接我与张三,这叫图谱,但不叫知识图谱。...现在大部分知识图谱还停留在数据图谱上,是对个人了解以后生成的个性化推荐,知识图谱也可能有,也可能还没有认知这一层。这是对认知图谱、数据图谱和知识图谱的大致理解。...明略科技年底会做出动态知识图谱,这个图谱会根据内容变化,静态图谱中间形成的一帧一帧的图谱变化是有视觉模型的,也有时间和空间作为引导。...不过这只是把图谱和推理杂糅起来了,即使如此,认知图谱肯定是知识图谱,图谱被扩充了,常识性的知识和推理的模型也被加进去了。

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    小鼠细胞图谱

    上期推荐了一个数据库:人类细胞图谱 - 单细胞数据和 Marker 信息,那这次我们来看一个小鼠细胞图谱数据库。...Mouse Cell Atlas http://bis.zju.edu.cn/MCA/ 截至目前,MAC (小鼠细胞图谱, Mouse Cell Atlas) 有四个版本的图谱数据: MCA 1.0:分析了来自...图谱 (Atlas) 以最新的 MCA 3.0 为例,可以全局查看,也可以根据需求选择相应的组织,Cluster,和基因。...搜索 (Search) 包含两种搜索方式:组织搜索和图谱搜索。在组织搜索中,可在选定样本中搜索基因,将返回该基因表达柱状图。...在图谱搜索中,可在完整 MCA 数据集中搜索基因,将返回该基因在前 20 种细胞类型、组织和发育阶段中的表达柱状图。

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    细胞图谱 | NatMed | 人类血管细胞的器官型图谱

    Basic Information 英文标题: An organotypic atlas of human vascular cells 中文标题:人类血管细胞的器官型图谱 发表日期:20 November...通过生成来自 19 个器官和组织的整合多器官人类血管细胞图谱,我们定义了 42 个具有共享和组织特异性特征的血管群体。...因此,通过使用互补的单细胞和单核 RNA 测序技术,从更多器官和组织以及额外个体扩展这一血管图谱将进一步提高其准确性和全面性。...这将有助于未来版本的人类血管图谱的分析,包括年龄、性别、祖先和地理多样性等协变量。 Para_04 跨多个血管床识别共享和特定的分子特征可以为广泛的和局部的血管细胞药物靶点提供信息。...至关重要的是,这个多组织健康血管细胞图谱可以进一步用作参考,以了解血管细胞对疾病的影响,并指导开发针对特定器官血管床的靶向治疗策略。

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    知识图谱项目前端可视化图论库——Cytoscape.js简介

    前言 知识图谱项目是一个强视觉交互性的关系图可视化分析系统,很多模块都会涉及到对节点和关系的增删改查操作,常规的列表展示类数据通过表格展示,表单新增或编辑,而图谱类项目通常需要关系图(力导向图:又叫力学图...在之前的两个图谱demo项目中我一直是使用的D3.js这个前端最流行的可视化图库。...直到我遇见了Cytoscape.js——一个非常适合做知识图谱的前端可视化图库。...官方介绍 Cytoscape.js是一个用原生JS编写的开源图论(又名网络)库。你可以使用Cytoscape.js进行图形分析和可视化。 Cytoscape.js允许你轻松显示和操作丰富的交互式图形。...你可以在Node.js上无头使用Cytoscape.js在终端或Web服务器上进行图形分析。 Cytoscape.js支持许多不同的图论用例。

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    细胞图谱 | Nature | 人类胚胎骨骼发育的多组学图谱

    Basic Information 英文标题: A multi-omic atlas of human embryonic skeletal development 中文标题:人类胚胎骨骼发育的多组学图谱...在这里,我们对大约336,000个核滴进行了配对转录组和表观遗传学分析,并结合空间转录组学,建立了从受精后5到11周的人类胚胎关节和颅骨发育的多组学图谱。...这项工作形成了一个详细且动态的骨骼和软骨成熟的调控图谱,推进了我们对人类骨骼发育中细胞命运决定的基本理解。...源数据 Discussion Para_01 我们展示了一个多组学细胞图谱,该图谱捕捉了人类滑膜和缝合关节形成过程中第一孕期的空间分辨细胞分类。...我们跨区域的多模式人类发育骨骼图谱是理解第一孕期人类软骨和骨骼发育的基础资源。 它还具有告知体外努力以分化成骨细胞和其他间充质细胞状态的潜力。

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    细胞图谱 | Nature 的人类细胞图谱基础模型,SCimilarity 框架

    SCimilarity作为单细胞谱系的基础模型,使研究人员能够在整个人体范围内查询类似的细胞状态,为从人类细胞图谱中生成生物洞见提供了强大的工具。...这展示了SCimilarity如何提供一个强大的框架,用于跨器官、系统和条件进行可扩展的细胞搜索,从而从人类细胞图谱中生成生物学见解和可实验验证的假设。...利用这一能力,我们构建了一个包含30个人体组织的图谱(补充表2),并将它们的嵌入作为SCimilarity分布的一部分共享。...随着更大的 SCimilarity 表征基于不断增长的人类细胞图谱进行训练,该模型将允许对扩展的人类生物学领域进行查询和搜索。...8和人类肺细胞图谱72,并且经过了与程序下载的数据集相同的预处理步骤。

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    知识图谱构建

    www.jianshu.com/p/99cbfc1779c6 bootstrpping 半监督学习,语义容易漂移,操作简单不不需要人工标注和斯坦福大学的deepdive差不多,属于半监督关系抽取,抽取非结构化文本构建通用知识图谱...tableaux运算;datalog语法推理 推理工具fact++;能和protage集成;RAFox推理机;jean推理 http://www.example.org/kse/finance# 已经做好的知识图谱例子...基于知识图谱的电影自动问答系统 https://blog.csdn.net/qq_30843221/article/details/54884151 农业领域的知识图谱构建 https://blog.csdn.net.../kjcsdnblog/article/details/79747460 公开知识图谱数据 中文 1复旦知识工厂 2wikidata中文 3zhishi.me 国外 freebase DBpedia...wolframalpha 启示 界定好范围,明确好场景和问题的定义 知识的定义比较关键,根据场景进行相关领域定义,定义出领域概念层次结构,以及概念之间的关系类型定义 数据是基础,利用好已有数据(百科,以及通用知识图谱

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