一、测序数据比对 高通量测序数据分析一共有测序数据分析主要有两条路径：一条是进行基因组拼接，得到基因组序列；另一条则是不经过拼接，直接与参考序列进行比对。...因此，测序数据比对是高通量测序分析中最核心的操作。 二、数据比对的意义 测序数据比对到参考序列上，得到一种“堆叠”的效果。这种效果是将测序数据比对到参考序列上。...2.2 变异检测 测序数据比对一个重要的应用就是变异检测，例如当前的人基因组变异检测，检测 SNP，indel，SV，CNV 等都是通过该方法得到的。...该方法不仅可以用于定性，同样也可以进行定量研究，可以得到一个样品中物种的组成以及丰度。 2.11 基因组成环鉴定 如果测序数据可以同时比对上基因组的首位两端，则认为基因组成环。...2.14 生成一致性序列 与组装结果纠错类似，如果是测序数据与近源参考序列进行比对，则可以根据每个位点的比对情况生成一条一致性序列，该方法用于病毒基因组的拼接中。
MonacoEditor用来做代码比对 Monaco Editor 不仅是一个功能强大的代码编辑器，它还内置了一个代码比对组件（DiffEditor）（如下图）。...在 Vite 环境下，Monaco Editor在官方文档已经给出了配置方法，我们可以选择在应用入口引入如下代码： // Since packaging is done by you, you need.../ts.worker.bundle.js'; } return '..../editor.worker.bundle.js'; } }; PS：如果你使用的是Webpack，MonacoEditor也给出了相关说明。...，由 DiffEditor 组件提供，可以通过monaco.editor.createDiffEditor创建，并通过setModel接口设置需要比对的代码片段。
·1.参考基因组准备·2.比对：Hisat2 Salmon1.参考基因组准备参考基因组数据库常用参考基因组数据库Ensembl:www.ensembl.org #用得最多数据库完善有基因对应的IDNCBI...Hisat2，Subjunc·基因比对：1建索引 2比对参考基因组 3sam转bamHisat2图片----1.构建索引# 进入参考基因组目录cd $HOME/database/GRCh38.105...# 进入比对文件夹cd $HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/Mapping/Hisat2## 单个样本比对，步骤分解index=/home/t_rna/database...-o SRR1039510.Hisat_aln.sorted.bam SRR1039510.Hisat_aln.sam##----depth统计测序深度# 得到的结果中，一共有3列以指标分隔符分隔的数据...）10个样本 转录组估算使用空间：一个样本1.5G大小 *101、质控：cleandata 1.5GG*102、比对： sam 13G10 2（膨胀），bam 2G*10共约 410G简单粗暴 转录组数据多大
前端js解析json数据的方法 本文以一段示例代码来讲解js解析json数据的方法。
今天我们要研究的是,ABAP中的求和方法....传统sql方式 在OPENSQL 中 存在像传统sql的求和分组函数使用方式,这种方式也是百里经常使用的,因为语法和sql相似,不用考虑过多内容.而且用inner join 关联取数内表也可以快速关联数据...使用此种方式,不仅可以使用透明表数据,同时也可以内表当做取数表,进行二次'加工',需要注意的是,本种方式存在弊端,即关联条件最好准确,取数源最好不要重复....此种方式是abap中经常使用的求和方式,对于字段少,主键明确的内容,使用此种方式,可以速获取对应字段的求和内容.简单理解是：如果非数据字段值相等，那么数值字段值相加....即数据类型为 I, P, F . 总结 以上内容为在工作中abap 常用到的求和方式, 其实还有一种为at new of 和at end of 使用,但是不怎么常用.
最近在倒腾一些表格数据，遇到这么个问题：先前下载了一批数据，等再次更新下载时，数目却变少了，我需要快速定位到缺失的条目并探究原因。...如图，左侧 10 条数据是先前下载的，右侧少了 1 条（数据是随便编的）： ? ?...Python 操作 因为对 Excel 的函数操作不太熟，第一时间我是用 Python 来比对数据的：选取两份表格中的 id 列，分别复制到两份 txt 文档中，转化为 Python 读取 txt 文档数据...首先随便选定两个表格中的同列数据，放到一个表格中： ? ?...“少了”是自定义的提示信息，得到的结果与之前 Python 得出的 "5" 对应的数据是一致的。 ? 问题不大，也挺简单，琢磨琢磨也挺有意思的。
ChIPseq reads 比对 在评估读取质量和我们应用的任何读取过滤之后，我们将希望将我们的读取与基因组对齐，以便识别任何基因组位置显示比对读取高于背景的富集。...由于 ChIPseq 读数将与我们的参考基因组连续比对，我们可以使用我们在之前中看到的基因组比对器。生成的 BAM 文件将包含用于进一步分析的对齐序列读取。 2....比对 4.1. Rsubread 我们可以使用 Rsubread 包将 FASTQ 格式的原始序列数据与 mm10 基因组序列的新 FASTA 文件进行比对。...具体来说，我们将使用 align 函数，因为它利用了 subread 基因组比对算法。...", bt2Index = file.path("BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.mainChrs")) 然后我们可以使用 bowtie2() 函数对齐我们的 FASTQ 数据
STAR是一款RNA_seq数据专用的比对软件，比对速度非常快，最大的优势是灵敏度高，GATK推荐采用STAR比对，然后进行下游的SNP分析。...运行比对 STAR支持fasta/fastq格式的输入文件，如果序列文件是压缩之后的，需要用readFilesCommand参数指定文件解压缩的方法，对于gzip压缩的文件而言，有以下两种下写法 --readFilesCommand...单端数据比对的基本用法如下 STAR \ --runThreadN 20 \ --genomeDir hg19_STAR_db \ --readFilesIn reads.fq \ --sjdbGTFfile...hg19.gtf \ --sjdbOverhang 149 \ --outFileNamePrefix sampleA \ --outSAMtype BAM SortedByCoordinate 双端数据比对的基本用法如下...这种方法操作简单，适用于单个样本的2-pass 比对。 更多参数和用法请参考官方文档。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—
ChIPseq reads 比对在评估读取质量和我们应用的任何读取过滤之后，我们将希望将我们的读取与基因组对齐，以便识别任何基因组位置显示比对读取高于背景的富集。...由于 ChIPseq 读数将与我们的参考基因组连续比对，我们可以使用我们在之前中看到的基因组比对器。生成的 BAM 文件将包含用于进一步分析的对齐序列读取。图片2....比对4.1. Rsubread我们可以使用 Rsubread 包将 FASTQ 格式的原始序列数据与 mm10 基因组序列的新 FASTA 文件进行比对。...具体来说，我们将使用 align 函数，因为它利用了 subread 基因组比对算法。...mainChrs.fa", bt2Index = file.path("BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.mainChrs"))然后我们可以使用 bowtie2() 函数对齐我们的 FASTQ 数据
生信技能树学习笔记 subread 官网：http://subread.sourceforge.net/ 构建索引： subjunc：subread-buildindex 5款流行比对工具大比拼：https...运行结果 sam/bam应用 5.1 统计比对结果 # 单个样本samtools flagstat -@ 3 SRR1039510.Hisat_aln.sorted.bam...SRR1039510.Hisat_aln.sorted.bam SRR1039510.Hisat_aln.sorted.bam.bai ##----flagstat统计比对结果...Hisat_aln.sorted.bam SRR1039510.Hisat_aln.sam ##----depth统计测序深度# 得到的结果中，一共有3列以指标分隔符分隔的数据...reads，flag值的理解# (0x100) 代表着多比对情况，所以直接用samtools view -f 0x100可以提取 multiple比对的 情况
constructor指向了Array，所以跟Object判断就是错误滴 方式四: Object.prototype.toString.call() 在Object基本类定义的这个toString()方法...，是用来检测数据类型的； 跟字符串、数字、布尔等原型上定义的toString()方法基本用法都是转换字符串的。
这个专题分享点日常运维中用到的Python脚本 在做数据库迁移后，我们可能需要知道我们的表，索引，存储过程等对象是否迁移成功 这时可以用如下脚本来进行检查 ---- 环境准备 操作系统: Windows
透过这个方法我们就能够将数据整行取代了! sed 还有更好用的东西!...我们以前想要列出第 11~20 行，得要透过head -n 20 | tail -n 10之类的方法来处理，很麻烦sed则可以简单的直接取出你想要的那几行!是透过行号来捉的!...10.4 文件比对工具 什么时候会用到文件的比对啊?通常是『同一个软件包的不同版本之间，比较配置文件与原始档的差 异』。很多时候所谓的文件比对，通常是用在 ASCII 纯文本档的比对上的!...那么比对文件的指令有哪些?最常见的就是 diff ! 另外，除了 diff 比对之外，我们还可以藉由 cmp 来比对非纯文本档!...因为我们在比对新旧版的数据时是在同一个目录下，因此不需要减去目 录啦!
生信技能树学习笔记 比对过程： • 1.建索引 • 2.比对参考基因组 • 3.sam转bam 用到的软件——Hisat2 Hisat2主要是用来进行转录组数据的比对。...多个样本比对 这里需要用到管道符|串联 比对参考基因组 和 sam转bam两个步骤 这里的2代表下面这个程序中输出的过程，并将其重定向到样本对应的log文件中 关注点： • 总比对率：一般都能在80%以上...multiqc -o ./ SRR*log 结果 可视化结果 比对率过低可能 1.细菌污染 2.核糖体RNA 3.比对文件物种错误 比对结果文件：sam/bam格式 SAM(The Sequence...B源自binary) sam/bam头部 sam/bam主体区 比对结果部分（alignment section） 1.每一行表示一个read的比对信息。...Report），其以参考序列为基础，使用数字加字母表示比对结果，比如3S6M1P1I4M，前三个碱基被剪切去除了，然后6个比对上了，然后打开了一个缺口，有一个碱基插入，最后是4个比对上了，是按照顺序的
生产上，有个需要从MySQL异构复制数据到PG中的需求。...目前测试环境异构数据复制已经跑起来了，但是还需要做下二者间的数据校验。...当前的设计方法是直接select * ，这需要确保2端数据源的列名一致 start_time = time.time() mydb = mysql.connector.connect( host...stop_id = stop_id + configs.step stop_time = time.time() time_dur = stop_time - start_time print(f"比对...运行效果 走公网流量情况下，9k记录，在不同step下的耗时比对： step = 100 18.5s step = 500 5s step = 1000 3.7s step = 2000
判断js中数据类型方法总结 1....常用的方法与定义数据 typeof、instanceof、constructor、prototype、$.type()/jquery.type() 定义数据 ~ var a = "csxiaoyao...string"); // true console.log(typeof a == String); // false ~ 3. instanceof instanceof (判断已知对象类型的方法...jquery.type() jquery.type() (万能方法) ~ // 如果对象是undefined或null，则返回相应的“undefined”或“null” jQuery.type...总结 通常情况下用typeof判断，遇到预知Object类型的情况可以选用instanceof或constructor方法
JS动态加载数据绑定事件-委托delegate() 方法 ---- W3C规范定义 定义和用法 delegate() 方法为指定的元素（属于被选元素的子元素）添加一个或多个事件处理程序，并规定当这些事件发生时运行的函数...使用 delegate() 方法的事件处理程序适用于当前或未来的元素（比如由脚本创建的新元素）。...---- JavaScript动态加载的数据，同时给他加载绑定事件，我选用Jquwey中的 delegate() 方法 我的理解，delegate()方法属于异步式加载绑定，dom元素加载未完成之前，可以委托给...delegate() 方法来实现的绑定操作。...{ window.history.back(); }); }); ---- 第一个参数为 要点击的标签属性 第二个参数为 要绑定的事件 详情，请翻阅delegate() 方法
不支持的数据类型：blob、long、longraw、byta。 执行跨平台比较时数据类型布尔值的限制。...待比较的表必须有主键（没有主键会在比对的时候被自动跳过，日志中提示 Table xx has no Primary Key, skipping reconciliation） 如果target的行比...create database db1;\c db1;然后在db1里创建一些表，并写入测试数据。...其它：如果在执行完pgcompare后，数据库里面又增加或者减少了表，则需要重新执行 下面的操作：0、清空pgcompare下面的各个表（清掉后便于查看最新数据，不清的话则需要根据compare_dt时间戳来判断是哪一次执行的比对操作...1 | NULL | ready | NULL | NULL(3 rows)3、java -jar pgcompare.jar --batch=04、查看比对的结果
本文转载：http://www.cnblogs.com/StudyLife/archive/2013/03/11/2953516.html 本文不是基于B/S的 后台调用前台js方法，而是给你一段js方法字符串...首先要解析Js方法，可以用微软的msscript.ocx控件（Interop.MSScriptControl.dll）来解析js方法. 1.msscript.ocx下载的地址 http://www.microsoft.com...js方法，并调用js方法返回值。...using System; using MSScriptControl; using System.Text; //导入js文件，导入js 方法字符串，然后执行js方法。...假如有个js方法： function add(var a){return a+1;} 通过上面的ScriptEngine类调用 js:add 方法 ********************
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