LAMMPS / Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator / 大规模原子分子并行模拟器。...apt update # 安装 docker, nvidia docker sudo apt install nvidia-docker # 拉取镜像 docker pull nvcr.io/hpc/lammps...Download an executable for Linux — LAMMPS documentation $ sudo add-apt-repository ppa:gladky-anton/lammps...$ lmp_stable -in in.lj $ sudo apt-get update $ sudo apt-get install lammps-stable-doc $ sudo apt-get...install lammps-stable-data $ sudo apt-get install openkim-models # 如需卸载 # sudo apt-get remove lammps-stable
LAMMPS的命令行 LAMMPS基于C++程序语言编程，没有类似其他商用软件的直观的用户交互界面。因此，模拟体系的建模、能量控制、粒子间相互作用、初始位置与速度和计算迭代都需要通过输入命令行实现。...熟悉LAMMPS的输入命令是学习分子动力学模拟的基础。...利用LAMMPS进行分子动力学模拟的主要命令可以分为五类，本文主要介绍了第一类“粒子与盒子建模”命令的使用方法，包括命令：units, atom_style, boundary, lattice,...LAMMPS命令分类： 粒子与盒子建模 初始位置与速度 相互作用势函数 粒子运动控制 计算量与输出 1. units命令 语法 unit style style可能是：lj, real, metal,
LAMMPS软件中有丰富的命令可供用户使用。
因此，LAMMPS势函数命令是学习的重点。 LAMMPS中的pair_style, pair_coeff和pair_modify三个命令设置了势函数的类型和参数。...因此，本文将详细地介绍以上七个命令，并通过实例帮助您快速掌握LAMMPS势函数命令。...在LAMMPS中，对势函数定义了截断半径内原子对的相互作用，随着原子间距离的变化，原子对间相互作用也不断变化。...在LAMMPS中，对势函数和多体势函数统一由pair_style命令设置，为描述方便，下文统称势函数，区别于键长bond、键角angle等分子内的相互作用。 ?...下文将对LAMMPS的内置势函数进行概述，帮助您尽快找到适合的势函数类型：
lammps自带delete_atoms可以随机删除一定比例的原子，如果对孔隙或空位的形状、尺寸等有特殊需求，需要用编程的方法删除原子。...boundary s p p pair_style lj/cut 2.5 neigh_modify every 1 delay 5 check yes #读取模型文件 read_data data.lammps
本期介绍的是材料化学领域的工具资源： *Pymatgen：材料分析 Python 库 *PubChemPy：化学工具包 *Bert-loves-chemistry：化学建模 *LAMMPS：大规模原子分子并行模拟器...资源地址： https://github.com/seyonechithrananda/bert-loves-chemistry LAMMPS：大规模原子分子并行模拟器 Large-scale Atomic...资源地址： https://github.com/lammps/lammps NIMS-OS：自动材料探测 NIMS-OS (NIMS Orchestration System) 是一个 Python
本次方案部署WRF开源气象模拟软件和LAMMPS原子分子并行模拟器来进行数据测试。...WRF应用部署 LAMMPS安装部署： LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular MassivelyParallel Simulator，大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作...安装GCC-7.3 安装OpenMPI 安装FFTW 安装LAMMPS 随着云计算技术的成熟，HPC正在从应用于大规模科学计算场景，转变为适用各种科学和商业计算场景。
本文继续介绍lammps模拟薄膜过滤的案例代码。 在前面推文中，已经介绍了模型的建模过程。 薄膜建模方法 模型经过minimize能量最小化之后，进入弛豫阶段。
Crystalline Solids），论文中通过图像处理搭建了分子动力学和深度学习之间的桥梁，能够对多晶材料、梯度结构等裂纹扩展的路径做出预测，挺有意思的一个工作，具体如下： 分子动力学与图像处理之间的关系：采用lammps...采用深度学习预测的裂纹扩展路径与分子动力学模拟得到的结果基本一致，具体如下图所示： 附：工作的重点主要体现：1、批量提交多个任务；2、对于每个任务如何批量获取想要的信息（ovito）（自动保存成图片），跟王博士沟通后，个人感觉在lammps
总的来说，英特尔声称人工智能工作负载提高了2-3倍，内存吞吐量提高了2.8倍，DeepMD LAMMPS人工智能推理工作负载提升了2.9倍。
从某一方面来将，有限元计算软件ABAQUS和分子动力学软件LAMMPS具有相似性，把计算软件当成一个非线性方程组求解器。 UEL（User definedelement）——用户自定义子单元。
科学计算、数值模拟、数学规划 Matlab、Mathematica、Octave、Gurobi… 电磁场仿真 HFSS、CST Studio Suit、Feko、安捷伦… 分子动力模拟、冷冻电镜图像重构 Lammps
虽然仍处于 alpha 阶段，但 ZLUDA 已被证实可以与各种原生 CUDA 应用程序（如 LAMMPS、NAMD 和 OpenFOAM）一起使用。...虽然SCALE不是开源的，但文档表明，基于Linux的系统可以免费获得其版本（无论是.deb包还是tarball）。
随后还进行了预模拟检查，在不到 4 小时内（205 分钟）确定了有 18,770 个 MOFs 成功生成了 LAMMPS 输入文件。...为了减少 LAMMPS 的模拟次数，研究人员训练了一个 CGCNN 模型对 MOFs 的吸附性能进行了筛选。...LAMMPS：Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，大规模原子分子并行模拟器 CGCNN 模型训练过程：使用 hMOF 数据集中的
此外，PLUMED能和当前很多非常流行的MD模拟软件对接，如Amber、GROMACS、LAMMPS、CP2K等。希望以后有机会可以和大家分享一些PLUMED的相关内容。...使用Intel MKL库时需事先安装并导入MKL的环境变量： source /opt/intel/compilers_and_libraries/linux/mkl/bin/mklvars.sh intel64...export LD_LIBRARY_PATH='/opt/intel/compilers_and_libraries/linux/mkl/lib/intel64':$LD_LIBRARY_PATH Intel...MKL的安装可以参见《Linux下安装Intel oneAPI》一文。
资源地址： https://github.com/seyonechithrananda/bert-loves-chemistry LAMMPS：大规模原子分子并行模拟器 Large-scale Atomic...资源地址： https://github.com/lammps/lammps Cameo：辅助生物代谢工程和优化 Cameo 是一个高级 Python 库，可用于生物代谢工程中的菌株设计。
此外，北鲲云超算平台还预装了如GROMACS、Amber、LAMMPS、NAMD、CP2K等300+应用软件，研究人员可在北鲲云超算平台直接使用这些软件，这也是传统超算中心与公有云厂商都无可比拟的优势。
LAMMPS 大规模原子分子并行模拟器 版本：2018 支持多GPU和GPU集群 ? ?
三个已知的应用程序是： LAMMPS，经典分子动力学软件； PyFR，解决对流扩散问题的应用； Octopus，ab initio从头算虚拟实验应用。
Linux 文件系统 目录 说明 bin 存放二进制可执行文件 sbin 存放二进制可执行文件，只有 root 才能访问 boot 存放用于系统引导时使用的各种文件 dev 用于存放设备文件 etc...是超级管理员 localhost 表示主机名 ~ 表示当前目录（家目录），其中超级管理员家目录为 /root，普通用户家目录为 /home/chan $ 表示普通用户提示符，# 表示超级管理员提示符 Linux...test.tar.gz 文件搜索命令 locate：在后台数据库搜索文件 updatedb：更新后台数据库 whereis：搜索系统命令所在位置 which：搜索命令所在路径及别名 find：搜索文件或文件夹 用户和组 Linux
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
ICP备案
对象存储
即时通信 IM
实时音视频
