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LAMMPS installation

LAMMPS / Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator / 大规模原子分子并行模拟器。...apt update # 安装 docker, nvidia docker sudo apt install nvidia-docker # 拉取镜像 docker pull nvcr.io/hpc/lammps...Download an executable for Linux — LAMMPS documentation $ sudo add-apt-repository ppa:gladky-anton/lammps...$ lmp_stable -in in.lj $ sudo apt-get update $ sudo apt-get install lammps-stable-doc $ sudo apt-get...install lammps-stable-data $ sudo apt-get install openkim-models # 如需卸载 # sudo apt-get remove lammps-stable

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LAMMPS教程(一)建模命令

LAMMPS的命令行 LAMMPS基于C++程序语言编程，没有类似其他商用软件的直观的用户交互界面。因此，模拟体系的建模、能量控制、粒子间相互作用、初始位置与速度和计算迭代都需要通过输入命令行实现。...熟悉LAMMPS的输入命令是学习分子动力学模拟的基础。...利用LAMMPS进行分子动力学模拟的主要命令可以分为五类，本文主要介绍了第一类“粒子与盒子建模”命令的使用方法，包括命令：units, atom_style, boundary, lattice,...LAMMPS命令分类：粒子与盒子建模初始位置与速度相互作用势函数粒子运动控制计算量与输出 1. units命令语法 unit style style可能是：lj, real, metal,

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LAMMPS教程(二)初始条件命令

LAMMPS软件中有丰富的命令可供用户使用。

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LAMMPS教程(三)势函数相关命令

因此，LAMMPS势函数命令是学习的重点。 LAMMPS中的pair_style, pair_coeff和pair_modify三个命令设置了势函数的类型和参数。...因此，本文将详细地介绍以上七个命令，并通过实例帮助您快速掌握LAMMPS势函数命令。...在LAMMPS中，对势函数定义了截断半径内原子对的相互作用，随着原子间距离的变化，原子对间相互作用也不断变化。...在LAMMPS中，对势函数和多体势函数统一由pair_style命令设置，为描述方便，下文统称势函数，区别于键长bond、键角angle等分子内的相互作用。 ?...下文将对LAMMPS的内置势函数进行概述，帮助您尽快找到适合的势函数类型：

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使用WELSIM生成LAMMPS求解器输入文件

、分子和宏观颗粒的系统，可以在Windows和Linux操作系统上运行。...为了更好的支持开源求解器与仿真社区，WELSIM近期支持了LAMMPS的前后处理，用户可以快速的生成LAMMPS计算所需的输入文件。...可以读取LAMMPS计算生成的log文件log.lammps，和结果文件dump.lmps。并以云图显示计算结果。总结本文介绍了使用WELSIM生成LAMMPS计算文件，和联合求解的设置。...得益于优异的GUI，用户可以快速生成高质量的LAMMPS输入文件。 LAMMPS使用GPL开源协议，WELSIM的安装包中不含LAMMPS求解器。用户需要自行下载求解器。...WelSim与作者不隶属于LAMMPS。和LAMMPS开发团队与机构没有直接关系。这里引用LAMMPS仅用作技术博客文章与软件使用的参考。

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WELSIM发布2025R1版本，支持分子动力学计算

新增支持开源求解器LAMMPS新版本增加了LAMMPS求解器的前后处理模块，用户可以快速的生成LAMMPS计算所需的输入文件，也可以直接通过WELSIM调用LAMMPS进行求解。...可以读取LAMMPS计算生成的log文件log.lammps，以及计算结果文件dump.lmps。并显示计算结果。新增的粒子显示模块，可以高效率的渲染粒子的轨迹变化与颜色。...WelSim与作者不隶属于LAMMPS, TecPlot, 3DConnexion。和以上开发团队与机构没有关系。...这里引用LAMMPS，TecPlot和3DConnexion 仅用作技术博客文章与软件使用的参考。

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lammps教程：薄膜渗透模拟（3）–不同孔隙率对过滤效果的影响

lammps自带delete_atoms可以随机删除一定比例的原子，如果对孔隙或空位的形状、尺寸等有特殊需求，需要用编程的方法删除原子。...boundary s p p pair_style lj/cut 2.5 neigh_modify every 1 delay 5 check yes #读取模型文件 read_data data.lammps

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星融元HPC高性能计算测试方案（附PDF下载链接）

本次方案部署WRF开源气象模拟软件和LAMMPS原子分子并行模拟器来进行数据测试。...WRF应用部署 LAMMPS安装部署： LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular MassivelyParallel Simulator，大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作...安装GCC-7.3 安装OpenMPI 安装FFTW 安装LAMMPS 随着云计算技术的成熟，HPC正在从应用于大规模科学计算场景，转变为适用各种科学和商业计算场景。

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【材料化学工具汇总】开源科学大模型；材料分析Python库；分子并行模拟器；自动材料探测

本期介绍的是材料化学领域的工具资源： *Pymatgen：材料分析 Python 库 *PubChemPy：化学工具包 *Bert-loves-chemistry：化学建模 *LAMMPS：大规模原子分子并行模拟器...资源地址： https://github.com/seyonechithrananda/bert-loves-chemistry LAMMPS：大规模原子分子并行模拟器 Large-scale Atomic...资源地址： https://github.com/lammps/lammps NIMS-OS：自动材料探测 NIMS-OS (NIMS Orchestration System) 是一个 Python

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npj Comput. Mater. | MatGL：助力材料科学与化学的开源图深度学习库

此外，MatGL 集成了 PyTorch Lightning，支持高效模型训练，并与常用模拟软件（如 ASE、LAMMPS）兼容。近年来，机器学习（ML）已成为材料科学中的关键工具。...模拟接口提供了与 ASE 和 LAMMPS 的对接，可进行结构弛豫与分子动力学模拟。...分子动力学模拟性能研究人员利用 MatGL 构建的 MLIPs 在 ASE 与 LAMMPS 中进行了大规模分子动力学模拟测试： TensorNet 在效率上优于 M3GNet 与 SO3Net，尤其在大体系模拟中

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geostudio渗流教程_曲面静水压力计算

本文继续介绍lammps模拟薄膜过滤的案例代码。在前面推文中，已经介绍了模型的建模过程。薄膜建模方法模型经过minimize能量最小化之后，进入弛豫阶段。

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深度学习在断裂力学中的应用

Crystalline Solids），论文中通过图像处理搭建了分子动力学和深度学习之间的桥梁，能够对多晶材料、梯度结构等裂纹扩展的路径做出预测，挺有意思的一个工作，具体如下：分子动力学与图像处理之间的关系：采用lammps...采用深度学习预测的裂纹扩展路径与分子动力学模拟得到的结果基本一致，具体如下图所示：附：工作的重点主要体现：1、批量提交多个任务；2、对于每个任务如何批量获取想要的信息（ovito）（自动保存成图片），跟王博士沟通后，个人感觉在lammps

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UEL

从某一方面来将，有限元计算软件ABAQUS和分子动力学软件LAMMPS具有相似性，把计算软件当成一个非线性方程组求解器。 UEL（User definedelement）——用户自定义子单元。

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又双叒叕有公司想打破Nvidia垄断？这回让CUDA代码直接编译运行于AMD GPU

虽然仍处于 alpha 阶段，但 ZLUDA 已被证实可以与各种原生 CUDA 应用程序（如 LAMMPS、NAMD 和 OpenFOAM）一起使用。...虽然SCALE不是开源的，但文档表明，基于Linux的系统可以免费获得其版本（无论是.deb包还是tarball）。

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33 分钟生成 12 万种碳捕捉候选材料，美国阿贡国家实验室发布生成式 AI 框架，加速 MOFs 创新

随后还进行了预模拟检查，在不到 4 小时内（205 分钟）确定了有 18,770 个 MOFs 成功生成了 LAMMPS 输入文件。...为了减少 LAMMPS 的模拟次数，研究人员训练了一个 CGCNN 模型对 MOFs 的吸附性能进行了筛选。...LAMMPS：Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，大规模原子分子并行模拟器 CGCNN 模型训练过程：使用 hMOF 数据集中的

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英特尔Granite Rapids Xeon CPU缓存容量将提升至480MB，比上一代高出50%

总的来说，英特尔声称人工智能工作负载提高了2-3倍，内存吞吐量提高了2.8倍，DeepMD LAMMPS人工智能推理工作负载提升了2.9倍。

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从零开始安装CP2K 8.1 (patched with PLUMED)

此外，PLUMED能和当前很多非常流行的MD模拟软件对接，如Amber、GROMACS、LAMMPS、CP2K等。希望以后有机会可以和大家分享一些PLUMED的相关内容。...使用Intel MKL库时需事先安装并导入MKL的环境变量： source /opt/intel/compilers_and_libraries/linux/mkl/bin/mklvars.sh intel64...export LD_LIBRARY_PATH='/opt/intel/compilers_and_libraries/linux/mkl/lib/intel64':$LD_LIBRARY_PATH Intel...MKL的安装可以参见《Linux下安装Intel oneAPI》一文。

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【ScienceAI Weekly】「AI钢铁侠」黄仁勋在GTC大会聊英伟达布局科研；Overjet获牙科AI历史最大投资

资源地址： https://github.com/seyonechithrananda/bert-loves-chemistry LAMMPS：大规模原子分子并行模拟器 Large-scale Atomic...资源地址： https://github.com/lammps/lammps Cameo：辅助生物代谢工程和优化 Cameo 是一个高级 Python 库，可用于生物代谢工程中的菌株设计。

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NVIDIA Tesla V100在高性能应用中到底有多强？一文让你知道

LAMMPS 大规模原子分子并行模拟器版本：2018 支持多GPU和GPU集群 ? ?

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最新UltraLAB GR420M性能超DGX Station A100-图灵超算工作站介绍

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