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生信(一)BED文件进行排序

关键词:bed; sort; cmp; key; alpha-numeric 问题 在处理NGS数据时,经常要对BED文件进行排序。假设BED文件长这样,分隔符是’\t’: ?...这是因为sort默认按照字典排序规则字符串进行排序。比如,字符串”10”的第一个字母是”1”,比字符串”2”的第一个字母”2”小,所以字符串”10”小于字符串”2”。...我们要想按照数值大小进行排序,正确的做法是要给sort加上”-n”选项。 ? 这样就会得到预期的结果了。 第二个子问题 如何染色体编号进行排序呢?用上面的”-n”选项可以吗?...最初的问题 有了两个子问题的答案,让我们回到文章开始的问题:如何BED文件进行排序?我们给出如下命令: ? 其中-k选项是指定第几列。...这样的话文章开头提到的那个BED示例文件经过排序后就会变成 ? 这样问题就得到了圆满解决! Python版本 这里我们也分享一种PythonBED文件进行排序的方法。

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    LUAMap进行排序

    Lua中最常见的数据结构就是Table, 用Table表示Map很容易, 但早期Lua没有提供一个针对Map数据结构的排序方法,下面用Moonscript实现了一个Map型数据结构排序函数方法。...比如,我们在统计某些元素的个数时,[["a", 100], ["b",10],["c",1]]这种数据结构,元素的个数都比较少的,简单的排序算法都可以解决,数据变大时,我们可能会采用更复杂的算法去实现。...其实实现的原理比较简单,就是用两个Table,分别存储Map的Key与Value,用比较简单的冒泡排序或是选择排序Key的Table结构进行排序,在排序的过程中移动Table中Key的存储位置的同时,...也安对应的下标移动Value数组的位置,这样当Key排序好的同时,Value也被排序好了。...降序排序: ? 升序和降序的方法比较简单,直接将与max比较的“>”大于号,改成小于号,或是想反。 升序排序: ?

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    map集合进行排序

    今天做统计时需要对X轴的地区按照地区代码(areaCode)进行排序,由于在构建XMLData使用的map来进行数据统计的,所以在统计过程中就需要对map进行排序。...map是键值的集合接口,它的实现类主要包括:HashMap,TreeMap,Hashtable以及LinkedHashMap等。...Comparator可以对集合对象或者数组进行排序的比较器接口,实现该接口的public compare(T o1,To2)方法即可实现排序,该方法主要是根据第一个参数o1,小于、等于或者大于o2分别返回负整数...运行结果如下: d:ddddd c:ccccc b:bbbbb a:aaaaa 上面例子是根据TreeMap的key值来进行排序的,但是有时我们需要根据TreeMap的value来进行排序。...value排序我们就需要借助于Collections的sort(List list, Comparator c)方法,该方法根据指定比较器产生的顺序指定列表进行排序

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    linux下使用core文件程序进行debug

    一.简单介绍什么是core文件以及他的作用 在linux编写的C/C++可执行程序往往会出现如下图的错误,一个core dumped。...由于刚开始linux的认识不足,就忽略了这样一个重要的调试信息。...随着学习的深入,其实core文件linux下是一种ELF格式的文件,有关于什么是ELF格式大家可以自行查阅相关的内容。 实际上core文件就是可执行文件执行时的映像,也可以叫做内存的快照。...core文件对于程序员诊断和调试程序是非常有帮助的,因为对于有些程序错误是很难重现的,例如指针异常,而core文件可以再现程序出错时的情景。结合gdb的调试命令可以对core文件进行调试。...二.如何保存core文件。 在linux下,默认的情况是core dumped并不产生core文件,因为此项功能默认是被关闭。使用ulimit -c命令可以查看是否启动core文件

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    Python中list进行排序

    很多时候,我们需要对List进行排序,Python提供了两个方法 给定的List L进行排序, 方法1.用List的成员函数sort进行排序 方法2.用built-in函数sorted进行排序(从2.4...开始) 这两种方法使用起来差不多,以第一种为例进行讲解: 从Python2.4开始,sort方法有了三个可选的参数,Python Library Reference里是这样描述的 cmp:cmp specifies...stable sort >>>A.sort() >>>L = [s[2] for s in A] >>>L >>>[('a', 1), ('b', 2), ('c', 3), ('d', 4)] 以上给出了6中List...排序的方法,其中实例3.4.5.6能起到以List item中的某一项 为比较关键字进行排序....L是仅仅按照第二个关键字来排的,如果我们想用第二个关键字 排过序后再用第一个关键字进行排序呢?

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    Linux下如何目录中的文件进行统计

    统计目录中的文件数量 统计目录中文件的最简单方法是使用ls每行列出一个文件,并将输出通过管道符传递给wc计算数量: [root@localhost ~]# ls -1U /etc |wc -l 执行上面的...-1选项表示每行列出一个文件, -U告诉ls不对输出进行排序,这使 的执行速度更快。ls -1U命令不计算隐藏文件。...仅列出文件(包括隐藏文件), -maxdepth 1将搜索限制到第一级目录。...递归统计目录中的文件 如果想要统计目录中的文件数量,并包括子目录中的,可以使用 find命令: [root@localhost ~]# find /etc -type f|wc -l 用来统计文件的另一个命令是...总结 在本文中,将展示几种查找Linux目录中的文件数量的不同方法。

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    如何python的字典进行排序

    可是有时我们需要对dictionary中 的item进行排序输出,可能根据key,也可能根据value来排。到底有多少种方法可以实现dictionary的内容进行排序输出呢?...python容器内数据的排序有两种,一种是容器自己的sort函数,一种是内建的sorted函数。...: #按照key进行排序 print sorted(dict1.items(), key=lambda d: d[0]) 2 按照value值排序 #来一个根据value排序的,先把item的key...: # 按照value进行排序 print sorted(dict1.items(), key=lambda d: d[1]) 知识点扩展: 准备知识: 在python里,字典dictionary是内置的数据类型...到此这篇关于如何python的字典进行排序的文章就介绍到这了,更多相关python的字典进行排序方法内容请搜索ZaLou.Cn以前的文章或继续浏览下面的相关文章希望大家以后多多支持ZaLou.Cn!

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    MySQL | 如何查询结果集进行排序

    数据操作语言:结果集排序 如果没有设置,查询语句不会对结果集进行排序。也就是说,如果想让结果集按照某种顺序排列,就必须使用 ORDER BY 子句。 SELECT .........ASC 代表升序(默认),DESC 代表降序 如果排序列是数字类型,数据库就按照数字大小排序,如果是日期类型就按日期大小排序,如果是字符串就按照字符集序号排序。...默认情况下,如果两条数据排序字段内容相同,那么排序会是什么样子?...type);SHOW INDEX FROM t_message;ALTER TABLE t_message ADD INDEX idx_type(type);SQL 我们可以使用 ORDER BY 规定首要排序条件和次要排序条件...数据库会先按照首要排序条件排序,如果遇到首要排序内容相同的记录,那么就会启用次要排序条件接着排序

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    JavaScript 如何 JSON 数据进行冒泡排序

    在本文中,我们将探讨如何使用 JavaScript JSON 数据进行冒泡排序,以实现按照指定字段排序的功能。 了解冒泡排序算法 冒泡排序是一种简单但效率较低的排序算法。...解析 JSON 数据 首先,我们需要解析 JSON 数据并将其转换为 JavaScript 对象或数组,以便进行排序操作。...该函数将接受一个数组作为参数,并按照指定顺序对数组进行排序。冒泡排序的实现通常使用嵌套循环来比较和交换相邻元素。...如果要按照 JSON 数据中的特定字段进行排序,我们可以修改冒泡排序函数来比较指定字段的值。...、解析 JSON 数据、实现冒泡排序函数以及根据指定字段进行排序,我们可以使用 JavaScript JSON 数据进行冒泡排序

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