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blast+本地化中blastp操作(基于PDB库)—linux

blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便，blast+是将blast模块化，分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库...ncbi-blast-2.9.0+-x64-win64.tar.gz 对安装包进行解压: [wangh@master Softbacks]$ tar -zxvf ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz...master ncbi-blast-2.9.0+]$ source ~/.bashrc #刷新你的环境配置文件，使得系统识别你刚加入的环境变量(也可以关闭当前终端再次打开，系统自动刷新环境配置文件) blastp...待格式化处理的fasta文件(一般是从PDB/NCBI里下载所有的相关或者整个库中的序列); -dbtype: 数据库类型，prot或者nucl; -out: 输出的数据库名; 蛋白质比对蛋白数据库(blastp...): blastp –query name.fasta –out name.blast –db PDB –outfmt 6 –evalue 1e-5 –num_threads 11 –max_target_seqs

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blast的应用

#筛选共有基因 #建立索引 makeblastdb -in ref.faa -dbtype prot -parse_seqids -out ref.faa #blastp比对 blastp -query...install -y diamond #现在预编译程序 wget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v2.0.13/diamond-linux64.... tar.gz tar xzf diamond-linux64.tar.gz 2 选项参数 https://github.com/bbuchfink/diamond/wiki/3....-Command-line-options 功能选项： makedb ：建立索引 blastp：blastp 模式比对 blastx：blastx 模式比对...比对 #建立索引 diamond makedb --in ref.faa --db ref diamond 比对 diamond blastp -q query.faa -d ref -o blastp.txt

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2️⃣ 双序列比对(2)：BLAST详细操作:web版和linux版

图1 BLAST blastn:核酸搜核酸数据库 blastp：蛋白质搜蛋白质数据库 blastx：DNA用所有可能的阅读框翻译成翻译成蛋白后搜蛋白数据库 tblastn：查询的蛋白序列搜索核酸数据库中...---- 二： LINUX下BLAST的安装与运行优点：速度快，灵活性大，可自己配置库缺点：序列数据库下载量大，并且更新麻烦，需要重新下载 1 安装配置BLAST 1.1 利用conda安装，关于...Length: 241992963 (231M), 68087643 (65M) remaining (unauthoritative) ncbi-blast-2.8.1+-x64-linux.tar...deltablast makeblastdb rpsblast tblastx blastdbcheck blastp...psiblast tblastn 2 运行要进行序列比对，得有以下几个条件第一，有查询序列，并有特定格式第二，有目标序列库，蛋白库还是DNA库第三，确定查询工具，blastn,blastp

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比对NR库看看物种分布【直播】我的基因组88

mkdir blast && cd blast wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gztar...ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz 比对分为好几种，blastn, blastp,blastx,tblastn,运行的方法都是一样的 blastp -query seq.fasta...-out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8 blastp: protein...protein query -> nucleotide sequence database blastx: nucleotide query -> protein sequence database blastp

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生信菜鸟团博客2周年精选文章集(6)三个最基础生信软件教程

站点里面可以找到blast++的下载链接 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz...2，比对分为好几种，blastn, blastp,blastx，tblastn，tblastx blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt...ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz tar xzf sratoolkit.current-centos_linux64...fastqc软件的使用一：下载安装该软件具体搜索其地址下载，fastqc是一个java软件，下载后可以直接使用，但是需要自行配置好java环境，具体配置方法，见linux下java配置。 ?

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BLAST—序列相似性搜索必备神器

新版本的改进包括：将 blastn、blastp、blastx 等工具拆分为独立程序，取代了原有的 blastall -p blastn 这种调用方式。...BLAST 常用程序网页端：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 网页端命令查询序列数据库适用场景 blastp 蛋白质蛋白质蛋白功能预测、同源比对...可以本地下载再上传到服务器 wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.16.0+-x64-linux.tar.gz...##文件大小 246M 3月 9 22:51 ncbi-blast-2.16.0+-x64-linux.tar.gz ##解压,软件包为预编译的二进制包，解压就能使用 tar -xf ncbi-blast...-2.10.0+-x64-linux.tar.gz 解压即可基本使用构建数据库 makeblastdb -in genome.fasta -dbtype nucl -out .

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Python每日一谈｜No.26.实例.7-Bioinfor.1-Blast-Python调用

•蛋白质序列对蛋白质序列库比对（blastp）：直接将输入的蛋白质氨基酸序列与数据库中的氨基酸序列进行比对。...原文链接：https://blog.csdn.net/g_r_c/article/details/8477924 实例： blastall -p blastp -i eg.fasta -d path/......: out_file ='/path/to/myresult.txt' ...: my_query ='/path/to/eg.fasta' ...: program_name ='blastp...' -a 2 -F F -e 1e-10') ...: b = time.time() ...: print(b - a) /path/to/blastall -p blastp...[5]: print(command%(blast_path, program_name, my_query, data_path, out_file)) /path/to/blastall -p blastp

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生信基础 | 使用BLAST进行序列比对

# 下载Blast wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz...## 解压 tar -xvzf ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz 在进行序列比对前，我们首先需要构建数据库。...blastp：将氨基酸序列比对至氨基酸数据库。 blastx：将核苷酸序列比对至氨基酸数据库。 tblastn：将氨基酸序列比对至核苷酸数据库。

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生物信息学初识篇——第二章：序列比对（3）

因此BLAST可以分为BLASTp，BLASTn，BLASTx，tBLASTn和 tBLASTx（图2.38）。...图2.38 各种 BLAST 示意图（一）、NCBI BLASTp 在 BLASTp 输入界面里（图2.39）：1）输入待搜索的蛋白质序列，这条序列可以在示例文件 blast.fasta 里面找到。...图2.39 NCBI BLASTp 输入界面上半部分在输入界面的下部（图2.40）选择：1）被搜索的数据库。...图2.40 NCBI BLASTp 输入界面下半部分图2.41是搜索结果。最上面是第一部分搜索任务描述部分。输入界面里设置的各种参数都会在这里列出。...SMART-BLAST 可谓是标准 BLASTp 的简约强化版。操作极其简单，简单到只需要输入序列（图2.48）。

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序列比对：双序列比对与BLAST

该工具使用方法如下所示： blastp -query test.faa -out nr_blast.out -db nr -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 20 参数说明...（可以使用blastp -help查看）： -query：输入文件的文件名，即基因组预测的基因蛋白序列 -db：Blast数据库的名字及其路径 -out：输出文件的文件名 -evalue：设置输出结果的...，默认包含qacc sacc pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore，也即如下两种设置是等效的： blastp...-outfmt 6 blastp -outfmt '6 qacc sacc pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue...还有一款常用的工具DIAMOND（Double Index Alignment of Next-generation sequencing Data），该工具为基于BLAST的快速序列检索比对工具，但目前仅支持blastp

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原核非已知转录因子结合位点和可能结合的基因预测

转录因子未知 2 原核生物尤其这个物种的数据库很少 ---- 理论基础，转录因子本质是蛋白质，结合在TSS上游的启动子序列（有的在gene内部） 1.由该TF的DNA序列得到其最大ORF 2.NCBI blastp...MPVANVFSRTAAQRPAPLHTVVIALNVMKEMGVPAEVLLRGTGISPEEIEQANAMVTHAQEMVLFANALEATGNSAIGLHIGSSIPVTAYGLRGHAMLVSPTLGDAMRLAYEHPLMAISYFQITLGVNVDLARVTVGGYTYRADLLVLNTDMCLAAVRREIIDLIGRVPTFRRVGLAFPPPAHASVYSDIFDCEVTFDTEENFLEFDADLLDIRLPLAHSIEFEISRRACEKREFELSHWVPADLVGRLFGIMYDNPTCQDVVKLTGKLGMSPRSLQRKLKEMGTSFSALHDLVRRDIASRYLSENKSTKEIAARLGYKNTSAFSRAMKRWSKLAGD 2.NCBI blastp

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Nat. Biotechnol. | 使用深度学习来注释蛋白质宇宙

目前最先进的注释方法是使用从手工制作的序列排列和评分函数建立的隐马尔可夫模型（pHMMs），或使用在大型标记序列集上进行成对排列的算法，如BLASTp7。...ProtCNN和ProtENN 在随机分割中，ProtCNN明显优于基于比对的方法Top Pick HMM（TPHMM）、BLASTp和phmmer， ProtENN是由19个ProtCNN模型组成的一个集成模型

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巨型病毒识别工具——GiantHunter教程

--query_cover QUERY_COVER The QC value set for DIAMOND BLASTP, setting to 0 means...reject REJECT 可选，设置一个阈值，如果某 contig 上比对成功的蛋白占比低于此值，则剔除，默认为0.1 --query_cover QUERY_COVER 可选，用于 DIAMOND BLASTP

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宏基因组功能注释（以COG为例）

1）使用DIAMOND软件将 Unigenes 与各功能数据库进行比对（blastp，evalue ≤ 1e-5） 2）比对结果过滤：对于每一条序列的比对结果，选取 score 最高的比对结果（one...HSP > 60 bits）进行后续分析 Function/DIAMOND/diamond blastp -q Unigenes_50.fa -d database/COG/cog_clean.fa

4.3K3 0

跟着NPJ学宏基因组分析流程-肠道微生物群通过调节胆汁酸代谢来影响奥贝胆酸对非酒精性脂肪性肝病的治疗效果

$PATH/MetaGeneMark_linux_64/mgm/gmhmmp -a -d -f 3 -m $PATH/MetaGeneMark_linux_64/mgm/MetaGeneMark_v1....SampleID_profile.txt emapper.py -i nr95_protein.fa -o eggNOG_annotation --cpu 0 --evalue 1e-5 diamond blastp

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生信自动化流程搭建 02 | 脚本

脚本可以是简单字符串或多行字符串，例如： process doMoreThings { """ blastp -db $db -query query.fa -outfmt 6 > blast_result...要解决此问题，请使用双引号字符串定义脚本，并通过在系统环境变量前添加反斜杠字符来对其进行转义\，如以下示例所示： process doOtherThings { """ blastp -db

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LncPep｜lncRNA编码肽检索数据库

Blast的结果主要是通过NCBI的BLASTP来进行分析的。

1.2K3 0

Linux·Linux

Linux 文件系统目录说明 bin 存放二进制可执行文件 sbin 存放二进制可执行文件，只有 root 才能访问 boot 存放用于系统引导时使用的各种文件 dev 用于存放设备文件 etc...是超级管理员 localhost 表示主机名 ~ 表示当前目录（家目录），其中超级管理员家目录为 /root，普通用户家目录为 /home/chan $ 表示普通用户提示符，# 表示超级管理员提示符 Linux...test.tar.gz 文件搜索命令 locate：在后台数据库搜索文件 updatedb：更新后台数据库 whereis：搜索系统命令所在位置 which：搜索命令所在路径及别名 find：搜索文件或文件夹用户和组 Linux

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为了加快蛋白质序列比对，研究人员开发了这一款比BLAST快10,000x的软件

快速比对：Diamond利用BLASTX、BLASTP、BLASTN和TBLASTN等多种比对算法，能够在几分钟内完成对数百万条序列的比对。

4791 0

生信自动化流程搭建 06 | 指令

例如： process big_job { cpus 8 executor 'sge' """ blastp -query input_sequence -num_threads $...例如： process basicExample { module 'ncbi-blast/2.2.27' """ blastp -query """ } 可以module...从而在一个指令中指定多个模块，如下所示： process manyModules { module 'ncbi-blast/2.2.27:t_coffee/10.0:clustalw/2.1' """ blastp...例如： process big_job { cpus 4 penv 'smp' executor 'sge' """ blastp -query input_sequence -...如果此变量不存在，它将使用Linux命令创建一个新的临时目录mktemp。

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blast+本地化中blastp操作(基于PDB库)—linux

blast的应用

2️⃣ 双序列比对(2)：BLAST详细操作:web版和linux版

比对NR库看看物种分布【直播】我的基因组88

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生信基础 | 使用BLAST进行序列比对

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生信自动化流程搭建 02 | 脚本

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生信自动化流程搭建 06 | 指令

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