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Linux Cgroup浅析

编者注:cgroup从2.6.4引入linux内核主线,目前默认已启用该特性。...cgroups是Linux下控制一个(或一)进程的资源限制机制,全称是control groups,可以对cpu、内存等资源做精细化控制,比如目前很多的Docker在Linux下就是基于cgroups...subsys 是一个指针数组,存储一指向 cgroup_subsys_state 的指针。...多个cgroup形成一个层级结构(树形结构),cgroup树上的节点cgroup是父节点cgroup的孩子,继承父cgroup的特定的属性。...小结 cgroups是Linux下控制一个(或一)进程的资源限制机制,cgroup通过关联单个/多个子系统定义了一套限制策略来限制CPU/内存等资源,子系统上限制策略相当于一套配置,需要内核中对应模块配合来完成资源限制功能

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    外显及全外显测序WES

    1 外显和外显 外显是蛋白质的编码区域,是这和生物基因的一部分。基因中的全部外显称为外显。人类基因大约有1.8*10^5个外显,30Mb,占人类基因的1%。...研究表明,人类85%以上的疾病基因都由外显碱基突变造成。 ?...exom 2外显测序技术的原理 Exome sequencing, 也叫 whole exome sequencing (WES) 包括三步: 外显序列的捕获富集 DNA测序 数据统计分析 ?...流程 2.1 外显的捕获富集 目前,主要通过(NimbleGen)和安捷伦(Agilent) 两种捕获芯片对外显序列进行富集。其基本原理是捕获,富集,高通量分析 ?...DNA片段与捕获芯片进行杂交,从而得到富集的目标片段;随机把目的片段连接成长链DNA片段 然后再次随机打 断并在其两端连接上测序接头 然后用与接头相匹配的序列为引物进行PCR扩增 经质量检测合格后的外显文库即可上机测序

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    docker容器技术基础之linux cgroup、namespace

    每个 cgroup 命名空间都有自己的一 cgroup 根目录。Linux 4.6开始支持。 cgroup 命名空间提供的虚拟化有多种用途: 防止信息泄漏。...linux 5.7内核开始支持 参考地址:TIME_NAMESPACES(7) ---- 三、关于Cgroup 从上面我们了解到当我们要运行一个容器时,docker等应用会为该容器创建一 namespace...一个 cgroup 可以由一个或多个进程组成,这些进程都绑定到同一限制。这些也可以是分层的,即可以继承父管理的限制。...Linux 内核为 cgroup 技术提供了对一系列控制器或子系统的访问。控制器负责将特定类型的系统资源分配给一一个或多个进程。...[root@i-k9pwet2d ~]# mkdir /sys/fs/cgroup/cpu/loop loop是CPU的,上面提到可以继承父管理的限制所以loop将继承对系统整个cpu的访问权限

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    Linux使用cgroup限制程序资源

    Linux Docker底层是基于cgroup来实现的,于是乎今天就想起来试试直接使用cgroup来限制进程资源。 下面就以要限制一个程序的内存为例,来看看怎么实现限制资源。...w--w- 1 root root 0 May 4 21:11 cgroup.event_control -rw-r--r-- 1 root root 0 May 4 21:11 cgroup.procs...必须大于或等于 memory.limit_in_byte; memory.oom_control:内存超限之后的 oom 行为控制,0 为开启此功能; memory.use_hierarchy:当设为 1 时,控制进程的内存占用也会计入父控制...,并上溯到所有 memory.use_hierarchy = 1 的祖先控制,默认为 0; 下面就看看怎样使用 cgroup 来限制进程内存。...首先在 /sys/fs/cgroup/memory 目录下创建一个 mem_test 目录,创建后会发下 mem_test 目录下会默认创建床很多文件,大多数和 /sys/fs/cgroup/memory

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    PostgreSQL使用Linux cgroup2控制资源消耗

    PostgreSQL使用Linux cgroup2控制资源消耗 多租户和共host是一个挑战性问题。运行多个PG实例可以帮助减少内部竞争点(可伸缩性问题)。...幸运的是Linux允许用户通过每个程序使用cgroups来控制资源消耗。Cgroup2替代了cgroup1,处理了版本1几乎所有的限制。...Linux的5.2.0及其之后版本的内核可以使用cgroup2。实际上,2022年及其之后的Linxu分支的及其很可能已经准备好了cgroup2。...检查Linuxcgroup1还是cgroup2,可以通过cgroup mount的个数进行检查: $ grep -c cgroup /proc/mounts 1 如果count值是1,那么就是cgroup2...如果Linux内核比较新并且仍旧使用cgroup1,那么可以使用boot参数:“systemd.unified_cgroup_hierarchy=1”。

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    Linux 进程资源限制 -- CGroup 的机制与用法

    引言 此前的文章中,我们介绍了 docker 赖以实现资源隔离与限制的原理: docker 赖以实现资源隔离与限制的原理 在文章中,我们提到了 Linux 用来管理和限制 Linux 进程资源使用的...cgroup 纳入到 Linux 内核 feature 项目中。...在 2008 年 1 月发布的 Linux 2.6.24,这一功能被合并到了内核中。到 Linux 4.5 版本内核,CGroup v2 被合并到内核,这是一次在使用方式上的重大更新。...CGroup 机制的功能就是对 linux 的一进程进行包括 CPU、内存、磁盘 IO、网络等在内的资源使用进行限制、管理和隔离。 3....实战 6.1 查看 cgroup 子系统挂载点 通过命令 mount -t cgroup 就可以查看当前的所有 linux cgroups 子系统与挂载点: 6.2 创建隔离 例如我们要对某一进程的

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    单细胞转录测序联合外显测序

    可以发现,现在的研究已经从单一学的研究逐渐过渡到多组学联合使用,从基因,转录或蛋白等多层面共同解析生物学意义。...单细胞研究同样如此,单细胞转录学(scRNA)可以联合外显测序,从而从多个维度来解析单个细胞的生物学特性。...单细胞的CNV/SNP分析 单个细胞转录较bulk-RNA水平具有更高的精度和分辨率,对于拷贝数变异/碱基变异信息(CNV/SNP)来说也是如此。...学研究包括基因学、转录学、蛋白学、代谢学等。 ? ? ? 图3 在单细胞转录数据的基础上,结合全外显数据进行多组学联合分析。...首先,对于外显数据进行标准流程的分析从而得到变异信息,利用canopy等软件分析得到样本的克隆结构信息(图3,该图显示样本由4个亚克隆组成,比例分别为:0.786/0.149/0.044/0.021;

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    深入理解 Linux Cgroup 系列(一):基本概念

    CgroupLinux kernel 的一项功能:它是在一个系统中运行的层级制进程,你可对其进行资源分配(如 CPU 时间、系统内存、网络带宽或者这些资源的组合)。...什么是 cgroup ---- 术语 cgroup 在不同的上下文中代表不同的意思,可以指整个 Linuxcgroup 技术,也可以指一个具体进程。...cgroupLinux 下的一种将进程按进行管理的机制,在用户层看来,cgroup 技术就是把系统中的所有进程组织成一颗一颗独立的树,每棵树都包含系统的所有进程,树的每个节点是一个进程,而每颗树又和一个或者多个...在一颗树里面,会包含 Linux 系统中的所有进程,但每个进程只能属于一个节点(进程)。...每个用户会话都会在该 slice 下面创建一个 slice,如果同一个用户多次登录该系统,仍然会使用相同的 slice。

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    Linux 性能调优之资源限制(ulimit&Cgroup)

    ulimit 命令是用于限制用户级别资源的工具,它通常用于控制 shell 进程及其进程的资源使用。...3Systemd 使用Cgroup进行资源限制 Systemd 是 Linux 中第一个启动的进程,PID 为 1 ,可以看做是其他进程的引导进程,通过 systemd 可以实现下面三种种方式的资源限制...(Control Groups) Cgroup(Control Groups)最早由 google 开发,后来内置到了 Linux 内核中,是Linux kernel(Linux内核)的一项功能,目前是很多虚拟化容器技术的底层核心技术...通过将cgroup层级系统与systemd单位树捆绑, Linux 可以把资源管理设置从进程级别移至应用程序级别。 可以使用systemctl指令,或者通过修改systemd单位文件来管理系统资源。...为了控制重要的内核资源,systemd 会自动挂载/sys/fs/cgroup 目录实现 cgroup 分层架构,Linux 内核的资源管理器,也叫 CGroup 子系统,代表某一种单一资源(如 CPU

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    浅谈Linux cgroup机制与YARN的CPU资源隔离

    好在Hadoop 2.2版本之后,YARN通过利用Linux系统的cgroup机制支持了CPU资源隔离。本文先简单看看cgroup,然后分析一下YARN的CPU资源隔离的方案。...简单入门cgroup cgroup(control group)机制在Linux Kernel 2.6.24引入,主要用来限制与隔离进程的资源——包括CPU、内存、磁盘、网络等,也可以用于控制优先级、...cgroup被组织成树形结构,称为层级(hierarchy),使得cgroup可以继承父cgroup的部分控制属性。...举个例子,A的cpu.shares=1024,B的cpu.shares=2048,那么当两个cgroup中的进程都满负载运行时,B能占用的CPU资源就是A的两倍。...如果我们在cg_test目录下再新建cg_test_sub1、cg_test_sub2目录,那么这两个cgroup就是cg_test的节点,以此类推。 来操作一下吧。

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