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宏基因组：从海量基因组到物种目录的构建、注释与亚型解析

桶内精确去冗余: 对每个小规模的桶，独立运行 dRep 进行高精度的 95% ANI 物种聚类。全局代表合并: 合并所有桶的代表基因组，再进行一次最终的 dRep 去冗余，消除分桶边界的重复。...步骤二：dRep 桶内精确去冗余与全局合并软件作用 dRep 基于更精确的 fastANI 算法，在每个桶内部执行 95% ANI 的物种聚类，并根据我们预设的质量评分，选出每个物种簇（SGB）中唯一的...软件用法桶内并行 dRep 需要编写一个循环或使用 GNU Parallel 来为上一步生成的每个 bin_*.txt 运行 dRep。...# 示例：处理一个桶 bin_1.txt dRep dereplicate drep_bin_1 \ -g bin_1.txt \ -p 24 \ --S_algorithm fastANI...对这个已经显著缩小的集合再运行一次 dRep dRep dereplicate drep_FINAL \ -g ALL_REPS/*.fa \ -p 48 \ --S_algorithm

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宏病毒组分析：病毒基因组的质量评估、纯化与vOTUs构建

软件工具：dRep (主流推荐) / CD-HIT (备选方案) dRep (De-replication) 是目前处理基因组去冗余和聚类的黄金标准工具。...创建并激活Conda环境 mamba create -n drep_env -c conda-forge -c bioconda drep conda activate drep_env 软件核心用法...# 运行dRep进行病毒基因组去冗余 dRep dereplicate /path/to/drep_output \ # 输出目录 -g /path/to/checkv_hq_viruses.fasta...输出数据与结果解析 dRep会在指定的输出目录 /path/to/drep_output 中生成多个文件和子目录。...但由于它不是基于ANI，对于基因组级别的“物种”定义不如dRep精确，且无法自动评估和选择最佳代表序列。因此，**对于病毒vOTUs的构建，强烈推荐使用dRep**。

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区块链颠覆性的财富再分配密码 DEP DAO

Dep-DAO基于DREP底层公链发起的DAO组织生态，旨在打造一个去中心化组织，实施社区共建生态协同自治，在此基础上DEP应运而生，搭载web3.0技术，集DeFi2.0、swap和DAO于一体的多功能生态平台

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跟着NC学宏基因分析流程-冠状病毒与人类微生物组之间相互作用

2.MAGs的聚类和去冗余使用软件dRep对MAGs进行species-level genome bins (SGBs)上的聚类，然后使用软件GTDB-Tk基于Genome Taxonomy数据库对MAG

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Linux·Linux

Linux 文件系统目录说明 bin 存放二进制可执行文件 sbin 存放二进制可执行文件，只有 root 才能访问 boot 存放用于系统引导时使用的各种文件 dev 用于存放设备文件 etc...是超级管理员 localhost 表示主机名 ~ 表示当前目录（家目录），其中超级管理员家目录为 /root，普通用户家目录为 /home/chan $ 表示普通用户提示符，# 表示超级管理员提示符 Linux...test.tar.gz 文件搜索命令 locate：在后台数据库搜索文件 updatedb：更新后台数据库 whereis：搜索系统命令所在位置 which：搜索命令所在路径及别名 find：搜索文件或文件夹用户和组 Linux

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原创 Paper | 利用 SSPI 数据报上下文 bypassUAC

secStatus = InitializeSecurityContext（&hCredClient, NULL, NULL, ISC_REQ_DATAGRAM, 0, SECURITY_NATIVE_DREP...secStatus = AcceptSecurityContext（&hCredServer, NULL, &negotiateDesc, ASC_REQ_DATAGRAM, SECURITY_NATIVE_DREP...MAX_MESSAGE_SIZE）; secStatus = InitializeSecurityContext（NULL, &clientContextHandle, NULL, 0, 0, SECURITY_NATIVE_DREP...secStatus = AcceptSecurityContext（NULL, &serverContextHandle, &authenticateDesc, 0, SECURITY_NATIVE_DREP

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【Linux】Linux文件

Linux文件操作 Linux中，一切皆文件(网络设备除外)。硬件设备也“是”文件，通过文件来使用设备。目录(文件夹)也是一种文件。...boot:这里存放的是启动Linux时使用的一些核心文件，包括一些连接文件和镜像文件。...deb:deb是Device(设备)的缩写，该目录下存放的是Linux的外部设备，在Linux中访问设备的方式和访问文件的方式是相同的。...系统会自动识别一些设备，例如U盘、光驱等，当识别后，Linux会把识别的设备挂载到这个目录下。...---- Linux文件的操作方式文件描述符fd fd是一个大于等于0的整数。每打开一个文件，就创建一个文件描述符，通过文件描述符来操作文件。

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【Linux】Linux文件IO

---- O_SYNC 缓存同步为了保证磁盘系统与缓冲区内容一致，Linux系统提供了sync,fsync,fdatasync三个函数。...---- Linux文件IO流程图内核中会有一个线程，不断地将高速页缓冲区中的数据写入到物理磁盘中。

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Linux：Linux权限解析

一、Linux下的用户分类在Linux下，有两种用户，一种是超级用户，一种是普通用户超级用户：可以再linux系统下做任何事情，不受权限限制（制定规则，但不需要遵守规则）普通用户：在linux...2、Linux中的所有用户都要有自己的密码，无论是root还是普通用户，并且root的密码和普通用户的密码尽量不要一样！！...二、Linux权限的概念什么叫做权限呢？？通俗一点说就是一件事情是否允许你做！ ...后缀无意义但需要 Linux系统中，文件名后缀没有没有直接的意义。 ...所以Linux中的文件是否需要使用后缀，具体看用户的需求！！

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Linux: linux 匿名管道

相信很多在linux平台工作的童鞋, 都很熟悉管道符 '|', 通过它, 我们能够很灵活的将几种不同的命令协同起来完成一件任务.就好像下面的命令: echo 123 | awk '{print $0+123...EAGAIN 如果所有管道写端对应的文件描述符被关闭，则read返回0 如果所有管道读端对应的文件描述符被关闭，则write操作会产生信号SIGPIPE 当要写入的数据量不大于PIPE_BUF时，linux...当要写入的数据量大于PIPE_BUF时，linux将不再保证写入的原子性。

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Linux - Linux内存管理

为了解决内存紧缺的问题，Linux引入了虚拟内存的概念。为了解决快速存取，引入了缓存机制、交换机制等。...要深入了解Linux内存运行机制，需要知道下面提到的几个方面。首先，Linux系统会不时地进行页面交换操作，以保持尽可能多的空闲物理内存。...其次，Linux进行页面交换是有条件的，不是所有页面在不用时都交换到虚拟内存中，Linux内核根据“最近最经常使用”算法，仅仅将一些不经常使用的页面文件交换到虚拟内存中。...Linux虽然可以在一段时间内自行恢复，但是恢复后的系统已经基本不可用了。...Linux下可以使用文件系统中的一个常规文件或者一个独立分区作为交换空间。同时Linux允许使用多个交换分区或者交换文件。

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『Linux』配置 Linux 网络

在 Linux 系统中，网络配置是非常重要的，它涉及到网络接口、IP 地址、子网掩码、网关、DNS 等多个方面。...本文将介绍如何在 Linux 系统中配置网络，包括设置静态 IP 地址、修改主机名、配置 DNS 服务器等内容。...查看网络接口在 Linux 系统中，可以使用 ifconfig 命令来查看当前系统的网络接口信息。...其它的内容这里先暂且不讲，这里先继续根据在 windows 上搭建一台 Linux，这篇文章的内容来继续写，在这篇文章中，已经将系统搭建完成了，这篇文章主要就是调通网络。...这么一来，我们的网络就配置好了，然后我们可以在 Linux 系统中访问外部网络了。

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linux中wq(linux a)

Linux ESC :wq 和:wq!的区别 Linux ESC:wq 和:wq!...的区别发布者：IT人在线｜发表时间：2018-12-4 17:20:43 Linux ESC :wq esc(键退出)->:(符号输入)->wq(保存退出) wq(存盘并退出 write%quite

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linux linux安装.net

linux安装.net 下载.net https://dotnet.microsoft.com/download/thank-you/dotnet-sdk-2.1.4-linux-x64-binaries...下载安装包后执行命令： dotnet-sdk-2.1.302-linux-x64.tar.gz yum install libicu -y cd /root ln -s /data1/soft /data.../soft tar zxvf dotnet-sdk-2.1.302-linux-x64.tar.gz -C /data1/soft/dotnet/ echo 'export DONET_ROOT=$PATH

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【Linux】--- Linux权限概念

shell 对于Linux，有相同的作用，主要是对我们的指令进行解析，解析指令给Linux内核。反馈结果在通过内核运行出结果，通过shell解析给用户。...2.3 Linux中的用户 Linux下有两种用户：超级管理员（root）、普通用户。超级管理员(root)：可以再linux系统下做任何事情，不受权限约束普通用户：在linux下做有限的事情。...Linux具有组的概念，主要是在多人协作的时候，更好的进行权限管理！...而在Linux中不通过后缀区分文件类型！但并不是说Linux不用后缀。那通过什么区分呢？即ls -l第一个属性列。 Linux文件类型： -：普通文件。...很简单一个道理，Linux系统不以文件后缀作为区分文件类型的依据，但并不代表gcc不需要，Linux系统 != gcc。

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【Linux】Linux文件锁

文件锁前言 /proc是一个特殊的文件系统。该目录下文件用来表示与启动、内核相关的特殊信息。 /proc/cpuinfo——CPU详细信息 ...

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Linux知识--初始linux

从今天开始陆续分享Linux的知识因为服务器基本是Linux的所以Linux不学明白 Shell命令不熟会让你的办事效率大打折扣。一。...Linux文件系统 Linux文件系统是从Unix结构严进过来的。总结一下Linux顶层虚拟目录及其文件内容。 ?

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【Linux】Linux系统调用

Linux系统调用前言操作系统——管理计算机硬件与软件资源的软件，是用户和系统交互的操作接口，为它上面运行的程序提供服务。...例如Linux。 Linux操作系统——基于Linux内核的操作系统。通常由Linux内核、shell(特殊的应用程序，提供运行其他程序的接口)、文件系统和应用程序组成。...Linux的运行空间: Linux的运行空间:内核空间+用户空间 ---- 内核空间——存放的是整个内核代码和所有内核模块，以及内核所维护的数据。用户空间——用户程序的代码和数据。...Linux系统内核响应软件中断，从用户态切换到内核态，执行相应的系统调用。

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投融资汇总 | 本周（8.19-8.25）游侠汽车获得B+轮融资

DREP 去中心化声誉系统DREP获得战略融资，投资方包括360 innovation capital、Longlink Fund、科银资本、同舟资本等。...DREP通过建立用户信息池，提供声誉量化、变现、交易、投资以及数据共享的去中心化解决方案，并利用区块链技术保障信息的隐私和安全，同时将人、物和服务三方连接起来。

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【linux 】linux 命令：查看 Linux 服务器配置

发布者：全栈程序员栈长，转载请注明出处：https://javaforall.cn/129584.html原文链接：https://javaforall.cn

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