wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh安装minicondabash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh sh是脚本,类似软件安装包,需要运行bash 开始安装。安装过程会出现很多版权信息,可按q跳过,有提示需要按enter的地方要按enter,遇到问题回答yes。最后出现“Thank you for installing Miniconda3 !”说明安装成功。
Conda类似于Linux的应用商店,一个方便的软件管理工具,适用于生物信息学软件,建议使用Miniconda
5.添加镜像(镜像网站就相当于主网站的副本,conda主体在国外,因而在国内下载速度会很慢,因此配置镜像,从镜像网站下载,可以加快下载速度。)
D2说了Linux和Windows一样是个操作系统,那我们装完Windows以后干嘛了?是得整点我们用得上的软件吧?那我们当时不就是先整一个软件管家,然后什么浏览器、WPS、微信...咔咔咔就安上了,这样以后我们的电脑才能用了不是?所以我们要用服务器光有Linux光杆司令不行啊,我们得给他上装备啊。好,这时候就不得不请conda出山了,你可以把conda理解为Linux上的软件管家,有了它我们才能下载其他我们需要的软件噢~
linux环境下的软件安装下载miniconda到服务器step 1:查看服务器位数uname -awget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #复制的链接# wget 是Linux用于从web上下载的命令,支持通过 HTTP、HTTPS、FTP协议下载step 2: 进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/
在minicondon 清华镜像网站中下载最新的miniconda版本https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_23.10.0-1-Linux-x86_64.sh
这是一个RNA-seq分析的教学教程和工作演示流程,包括介绍云计算(不介绍了,直接从第二章开始)、下一代序列文件格式、参考基因组、基因注释、表达分析、差异表达分析、选择性剪接分析、数据可视化和解释。
今天是学习的第三天重点学习Linux环境下软件的安装,开始用我不怎么灵光的脑子努力学习,哈哈哈~
Conda用于管理Python的软件包,功能强大,涵盖许多领域。在生信领域,应用最多的是Miniconda。是最方便最快捷的软件下载安装工具。
=》进入: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 你会看到linux下面有64-bit(x86_64)、32-bit(x86)两种版本
Miniconda是最方便快捷的软件下载和管理器,相当于应用商店,大多软件都能搜到,一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可。学习linux要丢弃之前的图形界面思维
关于测序的入门,零基础的非常推荐【陈巍学基因】视频1,讲的很清晰,可以对二代测序有一个最基本的了解。
输入 uname -a 查看服务器是多少位的(查看过后是x86_64即64-bit) 进入biosoft cd biosoft wget 下载链接https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
1.进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
where:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
Linux的应用商店—CONDA 在Linux系统如何下载数据分析所需要的软件?答案:用conda。conda最Linux系统方便快捷的软件下载器,没有之一。它的作用就相当于App store,90%以上的软件都能搜到,一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可 ------微信公众号:生信星球图片Conda的下载Being/Google搜索“miniconda 清华”图片进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/,可以看
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh (这里用tab键的自动补全功能很方便) 一顿enter加yes就安装好了激活Minicondasource ~/.bashrc
conda install fastqc -y 安装软件fastqc (-y是yes,指安装过程中conda问你的问题全部回答yes)
Conda 是 linux 系统中最方便快捷的下载器,两个版本:建议安装miniconda版
【友情提示:可以放到家目录的bashrc下,方便以后修改。输入:/home/你的用户名/.bashrc。只不过这种安完以后需要再source ~/.bashrc激活环境变量】
命令:wget 接刚才复制的下载链接,下载网页上的Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh脚本文件
我们在安装完conda后,自动会创建一个名为base的基础环境,后面的*号说明我们目前处在这个环境中。
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
一直对linux有种莫名的恐惧感,或许是对于这种不能直接眼见为实的的操作有种害怕的感觉吧。但实际操作起来后,发现和R语言的操作非常类似,并且操作中积极暗示自己这种不可怕,很简单,居然出乎意料的好用。至少,今日的操作中相比很久前自学Linux的感觉截然不同,不得不说,一定要学会Tab键,可以改变心态!
网站:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
在长长的列表里,往下翻(或者用ctrl+f搜索关键词miniconda3-latest)找到:Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh找到之后右键,复制链接地址用wget -c进行下载
:就是进行不同项目(转录组,基因组组装等等)分析的时候,需要不同的软件和同一软件的不同版本,需要进行conda环境分开互不干扰。
(下载链接https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh)
之后会出现more,是还有更多,让enter翻页的意思,持续按enter,第一个enter下来是空白行,不要担心继续往下按,直到出现
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86\_64.sh
1.创建biosoft(mkdir biosoft),然后进入biosoft(cd biosoft)
按照更新时间查找最新版Linux的miniconda软件,通过命令 uname -a查看服务器是多少位的(我的是x86_64),复制相应的下载链接。
2.看样子是 64 位的,然后去找miniconda for Linux 64的最新版本,顺利下载到了 biosoft 目录下
miniconda只包含了conda、python和一些必备的软件工具,主要负责生信领域。
This is my day 3 homework of BIC by 生信星球.
进入:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
--第四步(重点),使用miniconda,也就是查看已安装的软件、安装、卸载(生信需要的)软件,我们以fastqc为例,其实安装软件很复杂,甚至有专门的一门课来讲这个,今天这里仅是入门操作。
文章目录 介绍 安装 使用 包管理功能 环境管理功能 渠道管理 实例 介绍 开源包管理系统和环境管理系统 ,包括多种语言的包安装,运行,更新,删除,最重要的是可以解决包依赖问题 支持语言包括 Python,R,Ruby,Lua,Scala,Java,JavaScript,C / C ++,FORTRAN 支持在Windows,macOS和Linux上运行 Conda可以构建不同的环境,同时可以对环境进行保存,加载和切换操作 conda包和环境管理器包含在所有版本的Anaconda和Miniconda中
文章《测序的世界》:https://www.jianshu.com/p/101c14c3a1d2
输入以下代码,开始安装,中间出现很多的版权信息,按q跳过,不行就回车;看到问no、yes一律回yes
选择对应的64位,.sh是脚本文件后缀;注:64-bit(x86_64)、32-bit(x86)
某位大神说过:我们都是被windows惯坏的人!确实如此,习惯了鼠标点点点,在没有双击只有代码的linux环境下真的非常陌生……每一步都有如履薄冰的感觉……如果有具体需要分析的数据以及实战经历的话可能更好理解呜呜┭┮﹏┭┮
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
找后缀.sh的点击并复制下载链接(一定要.sh而不是.exe,sh是脚本脚本的意思,我因为搞了个.exe一直错 笑哭)
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