HiC-Pro软件非常灵活，不仅可以处理各种不同建库方式的Hi-C数据，也可以处理capture Hi-C数据。软件安装过程如下
众所周知，Web 服务器是 Web 开发中不可或缺的基础服务，在开发中经常会用到。耳熟能详的开源 Web 服务器有久负盛名的 Apache、性能强劲的 Nginx。而我们今天要介绍的开源项目是采用 Go 编写的 Web 服务端“后起之秀”：Caddy 它拥有下载无需安装就能用、零配置实现 HTTPS 等特点，从而在强者如云的 Web 服务器中占据了一席之地。
Go语言是Google新推出的结合了动态语言和静态语言优势的一个新兴的语言。下面介绍一下如何在Mac系统下安装和使用这个语言。
文件泄露, 根据泄漏的信息敏感程度, 在WEB漏洞中可以算是中危甚至高危的漏洞, 本篇文章就来 介绍下一些常见的泄漏, 主要分为由版本管理软件导致的泄露, 文件包含导致的泄露和配置错误导致的泄露.
这是使用gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程图，整个流程是用Snakemake写的，这个图片也是Snakemake生成的。然后就被jimmy大佬点名了，受宠若惊，所以就有了本文。我是2016年从转录组学习小分队开始正式接触生信技能树，并走上了生信工程师的道路，我被jimmy大佬无私奉献的精神所折服，借此机会表示对jimmy大佬和生信技能树由衷的感谢！如果你也想从转录组开启你的生物信息学学习之旅，不妨考虑一下生信技能树的爆款入门：生信爆款入门-全球听（买一得五）（第4期），你的生物信息学入门课！
Control-Freec 既可以检测拷贝数变异CNV，还可以分析杂合性缺失LOH。官网如下
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大家好，我是李剑峰，生信技能树论坛的VIP小编，目前在上海交通大学医学院附属瑞金医院进行研究生阶段的学习，主要研究方向是生物信息学、医学信息学、大数据综合分析、临床诊断数据分析、DNA-seq， RNA-seq数据分析。很高兴又和读者朋友见面啦，有心的同学应该还记得我的上一篇教程： Pecan Data Portal 系列教程（一） 很不幸，该网站被我们伟大的长城给屏蔽了，所以系列教程暂时夭折，不过，分享的脚步不会停下，下面介绍我的一个R包！ 简介 configr 是我上传到CRAN的第一个R包，主要功能是
configparser模块在Python中是用来读取配置文件的，配置文件的格式跟windows下的ini配置文件相似，可以包含一个或多个节点（section），每个节可以有多个参数（键=值）。
如果你不需要 brotli 压缩，请删除--add-module=/root/ngx_brotli
题目：The nf-core framework for community-curated bioinformatics pipelines
.hg源码泄漏 漏洞成因： hg init的时候会生成.hg e.g.http://www.example.com/.hg/ 漏洞利用： 工具：dvcs-ripper rip-hg.pl -v -u
Terry-Mao/gopush-cluster 是一个支持集群的comet服务（支持websocket，和tcp协议）。 特性 轻量级 高性能 纯Golang实现 支持消息过期 支持离线消息存储 支持单个以及多个私信推送 支持单个Key多个订阅者（可限制订阅者最大人数） 心跳支持（应用心跳和tcp keepalive） 支持安全验证（未授权用户不能订阅） 多协议支持（websocket，tcp） 详细的统计信息 可拓扑的架构（支持增加和删除comet节点，web节点，message节点） 利用Zookee
在渗透测试过程中，由于网站配置不当，或者代码逻辑错误，往往会泄露一些敏感信息，本文对此做一个总结，欢迎各位补充。
不知觉间，距离我写下第一篇关于 WGS 数据分析系列的文章已经过去了三年多（WGS系列文章），时间真的快啊。
最近换了光纤，装了光猫，型号是HG220GS-U，软件版本E00L3.01。改光猫自带wifi功能，和路由器一样，经过简单的设置就可以上网了。本来用的挺好，但是家里电子设备不少，后来发现ipad不能上网了。猜测有可能是光猫连接数量有限制。另外，以后打算在家里搭建NAS，免不了要桥接，正好一次性完成。
备注：docker运行的操作系统，推荐为Linux，windows，macOS系统改下docker可能部分功能（网络）不能正常运行
开发机配置如下：Linux内核是2.6，Centos版本为6.9，应该差异不大。
安装SRA tools Linux环境下按照以下步骤怎样获得一个自己的服务器请看以下教程“站长，没钱买高配置电脑咋做转录组分析？” 下载SRA toolswget "ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz"解压tar -xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz添加环境变量export PATH=$PATH:~/downlo
漏洞成因： 在运行git init初始化代码库的时候，会在当前目录下面产生一个.git的隐藏文件，用来记录代码的变更记录等等。在发布代码的时候，把.git这个目录没有删除，直接发布了。使用这个文件，可以用来恢复源代码。
首先通过hicup_truncater识别原始序列中的junction reads, 最典型的Hi-C的reads如下所示
BigWig文件可以使用wigToBigWig程序从wiggle（wig）格式文件转换得到
将代码中的配置项抽取到配置文件中，修改配置时不需要涉及到代码修改，避免面对一堆令人抓狂的 magic number，极大的方便后期软件的维护。
我曾经写过一个用 Python 发送 html 邮件及附件的程序，分享在了网络上，里面的收件人没有做隐藏处理，用的是我自己最常用的邮箱。然后，苦恼随之而来：我会不停的收到测试邮件（垃圾邮件）。问了其中一个发件人才知道有培训机构用这个教学，学员什么都不改直接运行，于是我就不停的收到邮件。
大家好，我是邓飞，对于动植物育种而言，我之前写过PRS和MAS以及GS的关系，有老师评论说PRS更类似GS，因为它可以利用已有的GWAS信息，直接预测候选群的表型，如果按照动植物的GS方法，几十万几百万的样本做GS显然不现实，而PRS提供了这种思路，就可以利用已有的GWAS结果，通过一些质控，来预测候选群的表现（目标群体的风险得分）。
现在只对常读和星标的公众号才展示大图推送，建议大家把潇湘信安“设为星标”，否则可能看不到了！
一般来说我们都是用浏览器自带的书签功能来收藏网站，不过如果我们没有登录账号并同步的话，收藏的网站很容易丢失；找了很久 但是似乎只有 LinkAce 这一款 UI 还算好看的书签管理器？ 终于找到了LinkAce 这款书签管理器。下面我就开始搭建 LinkAce
1、生成配置文件 ''' 生成配置文件 ''' import configparser config = configparser.ConfigParser() # 初始化赋值 config["DEFAULT"] = {'ServerAliveInterval': '45', 'Compression': 'yes', 'CompressionLevel': '9'} # 追加 config['DEFAULT']['ForwardX11'] = 'yes
本文将详细介绍在Ubuntu16.04 LTS上对OpenJDK8进行编译，为了方便大家快速搭建起OpenJDK8的调试开发环境，我还录制了对应的视频放到了B站上，大家可以参考。
STAR 天下武功唯快不破，STAR就是这样一个神器，人家mapping几个小时，STAR只要15分钟~~~~ 干货的流程 安装 如果你按照下面的教程已经获得了一台云服务器，那么按照如下操作进行。10元转录组分析：这次真的是干货了~灰常干 cd ~/binhttps://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.5.3a.tar.gztar -xzf 2.5.3a.tar.gzcd STAR-2.5.3aln -s ~/bin/STAR-2.5.3a/bin/Linux_x8
根据标识来识别每一个事件， 针对指定的事件进行取参埋点。而事件的标识与参数信息都写在配置表中，通过动态下发配置表来实现埋点统计。
['bitbucket.org', 'topsecret.server.com']
也就是说我搜索到了一个4小时前的教程，取代了之前的一个月前的教程，这，生活太苦了。
在运行git init初始化代码库的时候，会在当前目录下面产生一个.git的隐藏文件夹 这个文件夹包含所有的 Git 存储和操作的对象记录，如代码的变更记录等等 主要有以下内容：
bed格式文件至少包括前3列，分别是：染色体的名字、染色体上的起始位置、染色体上的终止位置。这一步无论用写字板、excel、R等进行处理都可以，文件的后缀名也不重要，因为强行将文件后缀改为bed时，在后面的Linux系统中进行bedtools处理时也会报错。所需的bed格式文件参见下图。
我们的转录组数据分析流程的脚本当然并不能是每次都对每个项目运行全部的环节的每个步骤，通常情况下就是选择性的跑几个步骤即可。有一些小伙伴也许会把流程里面的每个步骤拆分成为多个脚本，这样就绕过选择了。但如果全部是拆分，我们脚本管理起来难度很大。
因为很多实验都要在工作站上面运行，为了避免拿着装着数据的硬盘在自己电脑和工作站之间来回跑，我简单总结一下在windows和Ubuntu系统下远程访问Linux服务器的过程吧，也方便大家参考。
Cmder 是 Windows 下替换原有 cmd 的绝佳工具，但是与默认的 cmd 一样，都与 git 命令行存在一些兼容性问题，比如中文乱码问题。在 Cmder 安装目录下的 config/user-profile.cmd 中添加如下代码，可以解决中文乱码的问题。
对于同一个物种而言，会存在不同的基因组组装版本，以human为例，UCSC有以下多个版本
那下载哪个基因组呢？先了解一下： https://bitesizebio.com/38335/get-to-know-your-reference-genome-grch37-vs-grch38/
工欲善其事必先利其器，这一节课主要以Windows系统为例，介绍了用Linux编程之前需要下载并安装的软件：Xshell，git，markdown，Winscp，幕布以及notepad++。介绍了如何下载并安装R及R的操作软件Rstudio，在Rstudio里进行了简单的命令演示以及如何安装并调用包，需要注意的是，所有软件推荐从官网进行下载，并且在安装的时候默认进行，基本不需要改动任何选项。对于Windows用户要把所有软件装在C盘，对于Mac用户则默认安装，安装软件时勿出现中文路径。
首先从github官网上下载minimap2的二进制文件压缩包，minimap2-2.26_x64-linux.tar.bz2，然后上传到服务器上。
EBI (European Bioinformatics Institute) 和 NCBI (National Center for Biotechnology Information) 都是全球领先的生物信息学研究机构，它们提供了大量的生物信息学数据库和工具，对全球的科研工作者开放。
大家好！这里是 HelloGitHub 推出的《讲解开源项目》系列，今天给大家带来的一款基于 Electron 和 PHP 实现的桌面脑图工具开源项目——DesktopNaotu。
模块简介 该模块适用于配置文件的格式与windows ini文件类似，可以包含一个或多个节（section），每个节可以有多个参数（键=值）。 创建文件 来看一个好多软件的常见文档格式如下： [DEFAULT] ServerAliveInterval = 45 Compression = yes CompressionLevel = 9 ForwardX11 = yes [bitbucket.org] User = hg [topsecret.server.com] Port = 50022
测试数据来自2017年卫计委室间质评提供的bed文件（pipeline会自动下载）和测试数据，修改命名以匹配pipeline输入端，也可以替换为自己的数据文件，因为室间质评目前参考基因组还停留在hg19版本，所以本流程仍然使用hg19（GRCH37），如果要切换到hg38，可以将version_reference变量值设置为hg38，project_bed设置为Illumina_pt2_hg38.bed。pipeline会使用hg38（GRCH38）版本和对应的bed文件。
主流有3个，我只介绍了两个： 用crossmap代替liftover做基因组坐标转换 liftover基因组版本直接的coordinate转换 其实国际三大主流生物信息学数据库运营单位都出了自己的基因组坐标转换，它们分别是 (UCSC liftOver, NCBI Remap, Ensembl API) Ensembl’s Assembly Converter.是基于crossmap的，我觉得挺好用的，就介绍给大家！！！ This online tool currently uses CrossMap, w
如果有读者仔细看过RNA-seq结题报告，就会发现在定量分析以外通常还会有SNP和INDEL分析。目前，对人类测序数据找突变最常用的软件是GATK，除了速度慢以外，没有其他明显缺点（可以通过部署Spark提高速度；当然，如果有钱，可以购买Sentieon，快了15-20倍）。
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