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tRNAscan-SE:预测基因组上的tRNA基因

/configure --prefix=$(pwd) make 编译成功后，需要设置如下的环境变量 export PERL5LIB=/soft/tRNAscan-SE-2.0/lib:$PERL5LIB...另外，该软件依赖infernal，需要将infernal的可执行程序拷贝到bin目录下 wget http://eddylab.org/infernal/infernal-1.1.2-linux-intel-gcc.tar.gz...tar xzvf infernal-1.1.2-linux-intel-gcc.tar.gz cp infernal-1.1.2-linux-intel-gcc/binaries/* bin 为了确保程序的正确运行

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perl模块安装大全

目录如下： ubuntu服务器解决方案第七讲-perl安装模块 Perl用cpan在linux上面安装模块 Perl及R及python模块碎碎念 perl模块终极解决方案-上 perl模块终极解决方案-...perl -MNet::Server -e1 上述步骤适合于 Linux/Unix下绝大多数的Perl模块。...当然每次写程序添加这个也实在是太麻烦了，其实你也可以直接打开 ~/.bashrc，然后写入下面的内容 PERL5LIB=$PERL5LIB:/PATH_WHERE_YOU_PUT_THE_PACKAGE...PATH="/home/jmzeng/perl5/bin${PATH:+:${PATH}}"; export PATH;PERL5LIB="/home/jmzeng/perl5/lib/perl5${PERL5LIB...:+:${PERL5LIB}}"; export PERL5LIB;PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/home/jmzeng/perl5${PERL_LOCAL_LIB_ROOT:+:${PERL_LOCAL_LIB_ROOT

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您找到你想要的搜索结果了吗？

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OrthoMCL鉴定物种同源基因（安装+使用）

安装和使用统一配置环境变量，一劳永逸把export PERL5LIB=${PERL5LIB}:~/perl5lib/加到~/.bashrc中把export PATH=${PATH}:~/bin 加到...PERL5LIB配置：在系统中新建目录 ~/perl5lib，将其完整路径加入到环境变量。...orthomclSoftware-v2.0.9.tar.gz cd orthomclSoftware-v2.0.9 ln -s `pwd`/bin/* ~/bin/ ln -s `pwd`/lib/perl/* ~/perl5lib

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OpenSSL的linux-aarch64交叉编译脚本

Perl模块路径问题 # 由于交叉编译工具链中的perl.real版本是5.34.3，但系统perl库是5.30.0，需要确保使用一致的perl环境 # 通过设置PERL5LIB和替换工具链中的perl...为系统perl来解决版本冲突 export PERL5LIB="/usr/share/perl/5.30.0:/usr/lib/perl/5.30:/usr/share/perl5/site_perl/...5.30.0:/usr/lib/perl5/site_perl/5.30.0${PERL5LIB:+:$PERL5LIB}" # 设置使用系统默认perl而不是工具链中的perl，以避免版本冲突 export...-qtisdk-linux/bin:/home/uncle/code/uncle/3.5/vendor/toolchain/aarch64-oe-linux/sysroots/x86_64-qtisdk-linux...-qtisdk-linux/usr/bin/aarch64-oe-linux:/home/uncle/code/uncle/3.5/vendor/toolchain/aarch64-oe-linux/sysroots

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执行perl xttdriver.pl报错Cant locate GetoptLong.pm in @INC

而在目标环境Linux6.8 + Oracle 11.2.0.4 就正常，起初我没多想这个问题，以为是10g的自带perl版本过低不支持，第一轮测试使用了系统自带perl可执行。...需要设置PER5LIB环境变量： perl xttdriver.pl fails: Can't locate Getopt/Long.pm in @INC (文档 ID 1912400.1) 临时设置PERL5LIB...环境变量： $ export PERL5LIB=$ORACLE_HOME/perl/lib 再次使用Oracle自带的perl执行xttdriver.pl不再报之前的错误，这里测试没加参数，就正常列出了

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基因组分析中多物种同源基因的鉴定和筛选

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使用Opatch工具应用过渡性Patch

把下载的patch解压后，可以使用opatch调用安装，示范如下： $ opatch apply 2990321 PERL5LIB=/opt/oracle/product/9.2.0/Apache/perl.../opatch_modules; export PERL5LIB /opt/oracle/product/9.2.0/Apache/perl/bin/perl ..../opatch_modules; export PERL5LIB /opt/oracle/product/9.2.0/Apache/perl/bin/perl ....bash-2.03$ opatch lsinventory PERL5LIB=/opt/oracle/product/9.2.0/Apache/perl/lib/5.00503:..../opatch_modules; export PERL5LIB /opt/oracle/product/9.2.0/Apache/perl/bin/perl .

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安装VEP及其注释数据库

gist. export cd=$HOME/vep export VEP_DATA=$HOME/.vep mkdir $VEP_PATH $VEP_DATA; cd $VEP_PATH export PERL5LIB...=$VEP_PATH:$PERL5LIB export PATH=$VEP_PATH/htslib:$PATH ## 这一块代码就创建文件夹和下载数据，理论上不会出错，取决于网速 perl -e '{...binary down the same path, and make it executable: curl -L http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86

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linux工作中软件运行安装常见问题

https://blog.csdn.net/haluoluo211/article/details/77752331 本文主要内容是使用linux软件安装以及运行时常出现的一些问题，主要如下：...caffe_test/caffe-caffe-0.15/.build_release/lib/:$LD_LIBRAYA_PATH LD_LIBRARY_PATH: native code libraries (on Linux...PERL5LIB: Perl libraries (e.g. /usr/local/lib/site-perl:/usr/lib/perl:/usr/share/perl).

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没root账号，如何安装perl包

perl5`' >> ~/.bashrc; 此处perl包的安装目录是/data/10.xuxiong/software/perl5，其实这步是在~/.bashrc的配置文件里面配置了环境变量PERL5LIB

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ASM 翻译系列第三十二弹：自制数据抽取小工具

find_block.pl find_block.pl是一个perl脚本，脚本里集成了dd或kfed命令来从ASM磁盘中抽取一个块，脚本可以在Linux和Unix的ASM版本下工作，且不管是单实例还是RAC...这个脚本可以运行在任意节点上，在运行脚本前，请检查ASM的环境变量，确定ORACLE_SID, ORACLE_HOME, LD_LIBRARY_PATH设定正确，而且对于10G和11GR1版本，需要设置PERL5LIB...环境变量： export PERL5LIB=$ORACLE_HOME/perl/lib/5.8.3:$ORACLE_HOME/perl/lib/site_perl 可以以如下的方式运行脚本： $ORACLE_HOME...+DATA/cat/datafile/users.259.783204313 SQL> 以上我们造取了两条数据，并且定位到了数据所在的文件和BLOCK号，切换到ASM环境，注意设置正确的环境变量PERL5LIB...，然后运行脚本： $ export PERL5LIB=$ORACLE_HOME/perl/lib/5.8.3:$ORACLE_HOME/perl/lib/site_perl $ $ORACLE_HOME

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数据库PostrageSQL-在Windows上从源代码安装

编辑buildenv.pl文件，并且增加一个 PERL5LIB 变量指向解压得到的归档中的lib子目录。例如： $ENV{PERL5LIB}=$ENV{PERL5LIB} .

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PATH和path，傻傻分不清

以Linux为例：我们要查看一个在自己家目录下的文件 I_am_home.txt，那登录后，直接可见： YSX@ehbio:~$ tree . ├── I_am_home.txt └── train...以上就是Linux系统的环境变量设置，Windows系统的环境变量择日再推一期，喜欢的话不妨多多关注。...其它被忽略的事情软件可执行属性其它环境变量环境变量PATH：定义可执行程序的目录 LD_LIBRARY_PATH：定义动态库的目录 PYTHONPATH：定义Python包的目录 PERL5LIB...软件安装 Linux - 命令运行监测和软件安装 Linux - 应用Docker安装软件 Linux - Conda软件安装方法 Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼手把手教你生信分析平台搭建...Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows Bioconda软件安装神器：多版本并存、环境复制、环境导出

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XTTS系列之一：U2L迁移解决方案之XTTS的使用

newxx --源端AIX上传rman-xttconvert_2.0.zip至/exp/newxx cd /exp/newxx unzip rman-xttconvert_2.0.zip --目标端Linux...tmp mkdir -p /exp/newxx/dump mkdir -p /exp/newxx/backup_incre chown -R ora11g:dba /exp/newxx --目标端Linux...cd /exp/newxx --full_backup.sh脚本内容如下 export ORACLE_SID=sourcedb export TMPDIR=/exp/newxx/tmp export PERL5LIB...exp/newxx --增量备份脚本incre_backup.sh内容如下 export ORACLE_SID=sourcedb export TMPDIR=/exp/newxx/tmp export PERL5LIB...4.3 目标端开启闪回目标端Linux开启在导入元数据前开启闪回 SQL> alter system set db_recovery_file_dest_size=100g scope=both;

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Linux·Linux

Linux 文件系统目录说明 bin 存放二进制可执行文件 sbin 存放二进制可执行文件，只有 root 才能访问 boot 存放用于系统引导时使用的各种文件 dev 用于存放设备文件 etc...是超级管理员 localhost 表示主机名 ~ 表示当前目录（家目录），其中超级管理员家目录为 /root，普通用户家目录为 /home/chan $ 表示普通用户提示符，# 表示超级管理员提示符 Linux...test.tar.gz 文件搜索命令 locate：在后台数据库搜索文件 updatedb：更新后台数据库 whereis：搜索系统命令所在位置 which：搜索命令所在路径及别名 find：搜索文件或文件夹用户和组 Linux

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【Linux】Linux文件

Linux文件操作 Linux中，一切皆文件(网络设备除外)。硬件设备也“是”文件，通过文件来使用设备。目录(文件夹)也是一种文件。...boot:这里存放的是启动Linux时使用的一些核心文件，包括一些连接文件和镜像文件。...deb:deb是Device(设备)的缩写，该目录下存放的是Linux的外部设备，在Linux中访问设备的方式和访问文件的方式是相同的。...系统会自动识别一些设备，例如U盘、光驱等，当识别后，Linux会把识别的设备挂载到这个目录下。...---- Linux文件的操作方式文件描述符fd fd是一个大于等于0的整数。每打开一个文件，就创建一个文件描述符，通过文件描述符来操作文件。

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一文带你学会Linux系统的环境变量

背景由于 Linux 命令行没有图形化界面，因此，所有的设置都采用文本的方式来完成，而其中最重要的用户设置则为 bashrc 文件，bashrc 配置文件非常重要，相当于图形化界面的设置选项...二、PS 部分 2.1 修改 PS 变量 Linux 系统中的 PS变量用来控制命令行设置，其中PS 即是Prompt String,命令提示符的意思，可以看到有 PS1，PS2，PS3，PS4...Linux 命令行终端颜色是通过一些数字来显示的。.../:/usr/bin:$PATH" export PATH="$PATH:/Software/bin/:$PATH" export PERL5LIB="/Software/biosoft/tRNAscan-SE...Linux 系统中常见的软件找不到“command not found...”多是因为 PAHT 变量没有设置成功引起的。

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【Linux】Linux文件IO

---- O_SYNC 缓存同步为了保证磁盘系统与缓冲区内容一致，Linux系统提供了sync,fsync,fdatasync三个函数。...---- Linux文件IO流程图内核中会有一个线程，不断地将高速页缓冲区中的数据写入到物理磁盘中。

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Linux：Linux权限解析

一、Linux下的用户分类在Linux下，有两种用户，一种是超级用户，一种是普通用户超级用户：可以再linux系统下做任何事情，不受权限限制（制定规则，但不需要遵守规则）普通用户：在linux...2、Linux中的所有用户都要有自己的密码，无论是root还是普通用户，并且root的密码和普通用户的密码尽量不要一样！！...二、Linux权限的概念什么叫做权限呢？？通俗一点说就是一件事情是否允许你做！ ...后缀无意义但需要 Linux系统中，文件名后缀没有没有直接的意义。 ...所以Linux中的文件是否需要使用后缀，具体看用户的需求！！

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Linux: linux 匿名管道

相信很多在linux平台工作的童鞋, 都很熟悉管道符 '|', 通过它, 我们能够很灵活的将几种不同的命令协同起来完成一件任务.就好像下面的命令: echo 123 | awk '{print $0+123...EAGAIN 如果所有管道写端对应的文件描述符被关闭，则read返回0 如果所有管道读端对应的文件描述符被关闭，则write操作会产生信号SIGPIPE 当要写入的数据量不大于PIPE_BUF时，linux...当要写入的数据量大于PIPE_BUF时，linux将不再保证写入的原子性。

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执行perl xttdriver.pl报错Cant locate GetoptLong.pm in @INC

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