Pigz是一款快速压缩文件的工具,它能够使用多个CPU核心进行压缩,使得压缩速度得到了极大的提升。在本文中,我们将介绍如何在Linux上使用Pigz来更快地压缩文件。
由于换行符(为不可见字符),在 Windows 为 CR+LF(Carriage-Return+Line-Feed:回车加换行),而在 Linux/Unix 上为 LF(换行)。因此在linux 编辑的文本,在windows 显示会是没有换行的。
建议使用centerOs 7.9 以上的版本,内核基本上可以满足Docker的需求。
离线文件 load -i 后,打上 tag 推送到镜像仓库,然后本地删除这个镜像,然后拉取还是像上面这样卡住,部分小镜像拉取没问题,所以不可能是 docker data-root 的挂载 option 影响。环境信息如下:
本系列文章主旨在于使用docker来搭建实际可用的基础服务,具体到每一步的操作和设置。
下载完解压缩,其中names.dmp和nodes.dmp两个文件很重要,是后续提取子库的基础
估计宿主污染至少80%左右,因而就想通过一些方法,例如kraken、bowtie等把宿主污染去除。
依据大家上传数据的习惯,绝大多数生物信息学数据都是可以从NCBI上下载到,当然也可以通过DDBJ,EBI去下载。另外,部分科研人员也将数据传到github等其他平台。
在经过基因组组装或转录组差异基因表达量分析之后,对其结果进行注释是比较重要的一步,如何注释以及如何得到精确的注释结果?
压缩在数据传输和存储过程中经常扮演着十分重要的角色,因此提高压缩的效率可以帮助我们节省时间和降低存储成本。本文介绍了压缩算法的优化在构建部署平台的应用,能够帮助研发团队提高研发和交付效率。
Docker 是一个开源的容器化平台,它允许你构建,测试,并且作为可移动的容器去部署应用,这些容器可以在任何地方运行。一个容器表示一个应用的运行环境,并且包含软件运行所需要的所有依赖软件。
连续两次求贤令:曾经我给你带来了十万用户,但现在祝你倒闭,以及 生信技能树知识整理实习生招募,让我走大运结识了几位优秀小伙伴!大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战,其中几个小伙伴让我非常惊喜,不需要怎么沟通和指导,就默默的完成了一个实战!
因为整合了 k8s 的编排功能, 并且有着非常友好的操作界面,所以在目前的容器技术圈中有着很大的影响力
CBL 代表 Common Base Linux,Mariner 的目标是用作微软工程团队的内部 Linux 发行版,以构建云基础设施和边缘产品和服务。
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作者:reneeyang(杨韧) 腾讯光子技术服务工程师 导语|秦时明月世界手游已经上线一段时间了,运营稳定,整个上线过程达到了预期的效果。现复盘整理如下,如果能通过些许经验,让其他业务躺平且少走弯路,就是我本文的初衷。 为什么普遍现网环境限制coredump? Coredump也叫核心转储,是应用程序在运行过程中由于各种异常或者bug导致退出,在满足一定条件下产生了一个core文件,这个core文件包含了程序运行时内存、寄存器状态、堆栈指针等信息。Core文件就像一个案发现场,提供了第一手的现
首先把usearch申请下载到工作目录,然后docker挂载到home,当然如果linux就直接省了这一步了,可以下载(安装)好直接使用。
Docker 的设计目标的是简化应用的管理操作,提升应用组织协作与生命周期的管理效率
Databend 旨在成为一个开源的弹性可靠云仓库,它提供极快的查询,并结合了云的弹性、简单性、低成本,旨在使数据云变得容易。
一、rar使用 1.安装 cd /usr/local/src wget https://www.rarlab.com/rar/rarlinux-x64-5.5.0.tar.gz tar -xzvf rarlinux-x64-5.5.0.tar.gz cd rar make cp rar /usr/bin/ chmod +x /usr/bin/rar 2.使用 rar a -m5 -o+ -hp123456 test.rar dir1 dir2 # 参数说明 a 添加文件到压缩文件
https://mrvollger.github.io/StainedGlass/
Git说明:https://www.runoob.com/manual/git-guide/
GTEx数据库(https://gtexportal.org/home/datasets)中有人体各个器官和组织的转录组。之前的有关ACE2教程,都是用这个数据库中的数据完成的。当然数据是开放下载的,Xena研究机构提供了标准化以后的数据(下载链接是https://toil.xenahubs.net/download/gtex_RSEM_gene_tpm.gz, https://toil.xenahubs.net/download/GTEX_phenotype.gz )这个数据下载解压以后有大小有3G+,一般笔记本是无法打开的,用内存大一点的服务器读入也需要一段时间。这个也成为很多小伙伴使用这个数据库的痛点。看过下面这些画图教程的小伙伴应知道:
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程!
# 在centos7上手动安装k8s1.9.9参考#https://www.cnblogs.com/peterinblog/p/8124746.html
MetaPhlAn 是用于二代测序物种分类的工具,只需一条命令即可得到宏基因组物种分类的列表,以及相对丰度信息,使用起来非常方便。目前最新版本是 metaphlan3.0。
gzip是当前应用非常广泛的文件压缩格式,golang 中也有内置的compress/gzip对其提供原生支持。今天我们要介绍的pgzip是一款完全兼容 gzip 的插件,并能提供相较于compress/gzip上百倍的性能提升!
Docker是一个开源的容器引擎,它有助于更快地交付应用。 Docker可将应用程序和基础设施层隔离,并且能将基础设施当作程序一样进行管理。使用 Docker可更快地打包、测试以及部署应用程序,并可以缩短从编写到部署运行代码的周期。
如果是Proxmox VE虚拟机或者容器是高可用配置(HA),则在升级corosync前需要关闭与之相关的服务。
前几天看到基因课的东哥提了一下kingfisher,一个看起来就是极度便利的公共测序数据下载工具。我非常感兴趣,但也确实没时间折腾,于是继续丢给师弟去看看(事实上,他肯定也有类似需求....)。结果如下,感觉不错。帮大伙踩坑测试,与大伙分享。- CJ - 陈程杰
在上一篇文章《Kubernetes和Docker的关系是什么?》和大家分享了关于Kubernetes的基本系统架构以及关于容器编排相关的概念,并总体阐述Kubernetes与Docker之间的基本关系。而要学习Kubernetes容器编排技术,首先要解决的就是学习环境问题,而由于Kubernetes本身具有一定的复杂性,且需要较大的系统资源环境,所以对于刚入门的读者来说如何快速部署一套Kubernetes学习环境就成了一件棘手的事情。
导读:众所周知,Kubernetes 是云原生领域的基石,作为容器编排的基础设施,被广泛应用在 Serverless 领域。弹性能力是 Serverless 领域的核心竞争力,本次分享将重点介绍基于 Kubernetes 的 Serverless 服务中,如何优化 Pod 创建效率,提升弹性效率。
大家好!今天跟大家分享的文献是2020年11月发表在Journal of Hepatocellular Carcinoma (IF=4.655)杂志上的一篇文章。文章利用TGCA数据库中肝细胞癌患者的转录组数据,分析并确定了患者的缺氧和免疫相关的特征并建立了预测模型,预测病人的预后状况。
往期周报汇总地址:http://www.armbbs.cn/forum.php?mod=forumdisplay&fid=12&filter=typeid&typeid=104 上周更新了一期视频教程
前两期周更我们通过一篇文章的复现整理了mRNA和lncRNA分析基本流程,但并没有涉及新lncRNA的鉴定,本周的推文本质上是我个人学习鉴定lncRNA的全套流程笔记,整合了我们公众号往期的资源,对代码进行了勘误更新,内容非常详实。
本杂志开源(GitHub: ShixiangWang/weekly[1]),欢迎提交 issue,投稿或推荐生信相关内容。
文 | 糖豆 图 | 来源网络 糖豆贴心提醒,本文阅读时间6分钟,文末有秘密! Linux cat命令 cat 命令用于连接文件并打印到标准输出设备上。 Linux chattr命令 Linux chattr命令用于改变文件属性。 Linux chgrp命令 Linux chgrp命令用于变更文件或目录的所属群组。 在UNIX系统家族里,文件或目录权限的掌控以拥有者及所属群组来管理。您可以使用chgrp指令去变更文件与目录的所属群组,设置方式采用群组名称或群组识别码皆可。 Linux chmo
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA229998,下载TSV文件
在许多UNIX说明文件里,都有RLF控制字符。当我们运用shell特殊字符">"和">>",把说明文件的内容输出成纯文本文件时,控制字符会变成乱码,col指令则能有效滤除这些控制字符。
文 | 豌豆 来源 | 菜鸟教程 豌豆贴心提醒,本文阅读时间5分钟,文末有秘密! Linux col命令 Linux col命令用于过滤控制字符。 在许多UNIX说明文件里,都有RLF控制字符
Linux对我们的生活有着很大的影响。对于新手来说,头一次入手Linux只会让你觉得不适。因为在Linux上,你通常应该使用终端命令,而不是只要点击启动器图像(就像你在Windows上操作那样)。不过别担心,本文介绍的这10个基本的Linux命令和重要命令会帮助你尽快入门。
在计算机操作系统的发展史上,Unix是一个重要的里程碑。Unix操作系统最早由贝尔实验室于1969年开发,并在1971年发布。Unix操作系统以其简洁、灵活和可扩展的设计理念而受到广泛的赞誉。它基于分时操作系统的思想,允许多个用户同时访问计算机系统,并提供了许多功能强大的工具和命令行界面。Unix的设计被广泛采用,并成为后来操作系统的重要影响因素。
https://www.cnblogs.com/davis12/p/14548367.html
在Linux操作系统中,路径之间的层级关系,用/表示:/tmp/hello.txt
本文介绍了Linux文本编辑器vim的使用方法,包括命令模式、插入模式和编辑模式,以及插入命令、定位命令、删除命令、复制和剪切命令、替换和取消命令、搜索和搜索替换命令、保存和退出命令等。同时还介绍了vim的高级操作和常用命令。
从Linux服务器上传或者下载文件到本地除了使用FTP外,还可以通过Linux命令来实现,Linux服务器与本地电脑之间传输文件的命令及使用方法:
回答: Linux是基于Linux内核的操作系统。它是一个开源操作系统,可以在不同的硬件平台上运行。它为用户提供了免费的低成本操作系统。这是一个用户友好的环境,他们可以在其中轻松修改和创建源代码的变体。
在执行任务时,我们都需要快捷方式。快捷键能帮助我们快速完成任务。Linux 自带的这些命令只有一到两个单词,使用这些命令,你可以在短时间内完成多项操作。作为初学者,你必须了解这些基本的 Linux 命令来完成操作。
随着现在互联网时代的爆发,越来越多的企业开始需要Linux工程师,相对应的Linux工程师的薪资待遇也越来高,那么Linux到底是什么?如何快速入门呢?今天我就为大家讲一讲如何快速入门学习Linux。
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