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2
回答
将-N选项与
qsub
一起使用时出错
、
、
我试图在Makefile中使用
qsub
-N "compile-$*",但它给出了以下错误,因为在本例中,$*等于"compile-obj/
linux
/flow“。我使用的整个命令是:-
qsub
-P bnormal -N "compile-obj/
linux
/flow" -
cwd</em
浏览 11
提问于2012-07-06
得票数 0
2
回答
如何使用sun grid engine
qsub
传递包含大括号的命令行参数?
、
但是,如果我运行
qsub
-b y -
cwd
python script.py aaa{,作业将失败并返回错误Missing }.;如果我运行
qsub
-b y -
cwd
python script.py aaa{},作业将成功,但会输出aaa。这不是我们想要的行为。我的假设是
qsub
对我的脚本进行了一些命令行参数的预处理,但我不希望它这样做。有没有办法让
qsub
按原样将命令行参数传递给我的脚本,而不管它们是否包含大括号?
浏览 58
提问于2019-03-03
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1
回答
SGE
qsub
使用bach定义变量?
/bin/bash totaltask=10 #$ -
cwd
显然,$myname是不会被认可的。
浏览 5
提问于2014-02-07
得票数 0
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1
回答
在SnakeMake中使用Conda环境解决SGE集群问题
、
、
、
、
dependencies:我使用以下命令运行SnakeMake:结果,我在SGE计算节点中得到了这个错误: /usr/bin/python3: No module named snakemake.
浏览 11
提问于2018-09-10
得票数 1
1
回答
如何从指定节点运行脚本并激活conda环境?
、
、
我想把它提交给
qsub
,但只是需要帮助。我的剧本是:我已经试过了:
qsub
qu=**node** scri
浏览 0
提问于2020-12-12
得票数 0
9
回答
等待一组
qsub
作业完成
我有一个批处理脚本,它从几个
qsub
作业开始,当它们都完成时,我想捕捉它们。 我不想使用-sync选项,因为我希望它们同时运行。每个作业都有一组不同的命令行参数。可以使用巴什陷阱,但我将如何与
qsub
?
浏览 8
提问于2012-07-17
得票数 41
1
回答
SGE
qsub
脚本中的共享库错误
、
、
、
/Project-Serial.sh
qsub
-l h_rt=28800 -l mem=1G -pe mpi-spread 4 -
cwd
./Project-MPI.sh 4
qsub
-l h_rt=19200 -l mem=1G -pe mpi-spread 8 -
cwd
./Pr
浏览 2
提问于2017-12-11
得票数 1
2
回答
使用python子流程通过管道向SGE的
qsub
提交作业
、
、
我想通过调度器SGE使用管道向计算机集群提交作业:(根据特定集群的不同在bash终端上运行此命令行在我可以访问的集群上工作,使用GNUbashVersion3.2.25、GEVersion6.2u5和
Linux
2.6 x86_64。"cmd = "date; sleep 2; date" echo
浏览 1
提问于2016-03-15
得票数 1
1
回答
让SGE公司做一条管道
、
、
qsub
-
cwd
touch a.txt现在,这将运行第二个作业(wc)后,第一个任务(触摸)完成。我试过了但它给了$ echo $myjid Your job 1062487 ("touch") has been submitted
浏览 2
提问于2015-03-26
得票数 2
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1
回答
qsub
作业数组(-t),等待完成预览任务
、
"
Linux
服务器“for i in *.sh; do echo "bash $i ZMV" |
qsub
-N ZMV -t 1-7 -
cwd
-l h_vmem=2G; done在“正常”情况下(没有-t),我使用-hold_jid,但在这种情况下,我不知道该怎么办。
浏览 1
提问于2018-03-09
得票数 0
1
回答
OGS HPC集群中的Perl运行时错误
、
、
一个问题:通过Open (OGS/GE 2011.11)向数百个节点
Linux
集群提交脚本。输出正常 $>
qsub
-
cwd
-q long.q .
浏览 4
提问于2018-12-12
得票数 0
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3
回答
如何正确地将环境变量传递给Sun Grid Engine?
、
根据
qsub
手册页,-v var应该可以做到这一点。echo "ERROR: \$i not set" echo "SUCCESS: \$i is set"我按如下方式提交作业(在与上面的export命令相同的会话中):Your job 4606 ("test_env") has been submitted$ cat test_en
浏览 0
提问于2012-03-15
得票数 4
1
回答
Python:带有子进程的echo
、
、
、
我试图从python脚本中将任务分配给
qsub
。到目前为止,我一直在使用这样的表达式来提交
qsub
:我试图在python中复制这个命令: command = 'echo"python sub_master_script.py ' + str(i) + ' ' + path + '" |
qsub
-pe make 5 -N Teaching_'
浏览 4
提问于2017-02-09
得票数 1
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1
回答
qsub
路径shell脚本
、
、
第一个问题与“
qsub
”有关。这是我的当前文件夹在此文件夹中,我使用
qsub
-q public_~~~
浏览 1
提问于2013-04-11
得票数 0
1
回答
尝试使用Sun Grid Engine编写bash脚本
、
我尝试在一个bash脚本中使用整数变量来提交给Sun Grid Engine (使用
qsub
)。有人能解释一下为什么这不起作用吗?
浏览 19
提问于2016-07-22
得票数 1
回答已采纳
2
回答
SGE:在批处理提交(
qsub
)中运行interacitve会话(qrsh)
、
但是,当从交互式会话(qrsh)或通过
qsub
运行时,我从相同的代码中得到了非常不同的结果。大多数情况下,许多代码无法从
qsub
运行(没有任何警告或错误)。是否在批处理提交中设置交互会话(在
qsub
中运行qrsh )?-
cwd
qrsh`
浏览 8
提问于2019-10-17
得票数 1
1
回答
使用变量作为
qsub
脚本中的参数
、
、
home/sahil/Codes/bistable/modelsecho $numModels #$ -
cwd
任何建议/替代方法都是受欢迎的,但它们必须使用
qsub
的数组作业功能。
浏览 1
提问于2014-09-12
得票数 2
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1
回答
强制外壳程序从SunGrid引擎中的conda变量使用python
、
、
、
print_functionimport numpy as np print('Hellooo')
qsub
-V -b n -
cwd
-pe mp 3 playground.pyfrom: can't read /var/mail/__future__ import: unable
浏览 7
提问于2019-07-03
得票数 1
1
回答
使用putty -m选项会给出‘未找到命令’
、
、
如果我使用:putty -load session_name在机器中打开一个外壳程序,然后执行一个命令将一个作业添加到
linux
系统(
qsub
-
cwd
-b hostname)上的网格队列中,一切都会正常工作但是,如果我将命令添加到文本文件中,然后执行putty -load session_name -m file.txt,则会得到
qsub
: command not found 如果我后退并将文本文件简化为仅为命令我是
linux
系统的新手,这似乎是一个简单的修复方法,可以告诉你'
qsu
浏览 0
提问于2013-10-29
得票数 0
1
回答
SGE集群-提交后脚本失败-在终端中工作
、
、
、
、
我有一个脚本,我正试图提交给一个SGE集群(在Redhat
Linux
上)。脚本的第一部分将完整
CWD
路径中的当前文件夹定义为下游使用的变量:##$ -A username#$ -j y#$ -N testresult="${PWD##*/}" echo $result
浏览 16
提问于2016-09-20
得票数 0
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