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笔记-NAMD-1

学术界免费,源代码公开 官方网站: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ 安装包: 直接从官网下载或者从我这里的百度云盘下载就好 百度云: 链接:https://pan.baidu.com...可以自己构建NAMD或下载适用于多种平台的二进制文件。...我们致力于并致力于进一步发展 安装: (1)直接下载文件 (2)解压缩 (3)无需编译,添加bin路径到环境路径 教程: (1)从官网下载或者直接从这里的百度云盘上下载 (2)泛素蛋白在水箱中的模拟:周期性边界条件...NAMD将仅在此距离内搜索可能通过静电或范德华相互作用进行相互作用的原子。这样,NAMD不必搜索整个系统。...如果未设置此命令,则NAMD将不会创建重新启动文件。此外,每次写入新文件时,NAMD都会存储前一个周期的文件。文件名后附加.old扩展名;它是在NAMD无法写入新的重新启动文件的情况下创建的。

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