Linux是一个多用户的操作系统。每个用户登录系统后,都会有一个专用的运行环境。 通常每个用户默认的环境都是相同的,这个默认环境实际上就是一组环境变量的定义。 环境变量是全局的,设置好的环境变量可以被所有当前用户所运行的程序所使用。 用户可以对自己的运行环境进行定制,其方法就是修改相应的系统环境变量。 环境变量有很多,需要重点理解的就是PATH,很多时候大家看到教程某些软件的使用,比如 mkdir -p ~/tmp/chrX_Y/hg19/cd ~/tmp/chrX_Y/hg19/#conda inst
可重复的生信分析一直是未来的趋势。如果实现可重复的生信分析,关键在于分析软件版本的控制,一致的环境设置还有良好的分析流程的记录。Conda可以说是版本控制和生信工具安装的一大神器。相信大家对它了解肯定不少,但是又该怎么样利用它,进行可重复的分析呢?今天继续讲第二部分 Conda的介绍。
理论上在个人Windows电脑上面做生物信息学数据分析是不实际的,因为太多的生物信息学相关软件的开发者对windows并不熟练,没办法提供完善的基于windows操作系统的软件。 而且个人Windows电脑配置肯定不会太高,一般的组学测序数据都是10~500G一个样本,而且很多软件运行的时候对内存要求很高,最后这些数据的分析过程会非常耗时,个人电脑在硬盘,内存,cpu方面均不足以承担这个重任。
Linux系统主要应用于服务器领域,平常人在日常使用中并不多使用,接触最多也就是开发人员,所以在Linux软件安装教程上,我们也主要是一些服务器软件的安装配置,以及环境变量配置等信息,在安装教程中统一使用Xftp和Xshell两款工具来进行操作,Xftp主要用于上传文件,Xshell主要用于远程连接操作系统,两款工具的安装教程如下教程,也可在软件目录之中查找
Silvestro G. Conticello教授及其团队3月3日发表在BioRxiv上的文章。文章发现了新冠状病毒RNA进入人体细胞以后被编辑的证据,虽然没有生化试验验证,但可以推测参与RNA编辑的APOBECs与ADARs参与到编辑新冠病毒RNA的过程。另外,作者公开了分析流程的代码。
第 5 章 计算资源及编程 5.1 硬件配置 理论上在个人Windows电脑上面做生物信息学数据分析是不实际的,因为太多的生物信息学相关软件的开发者对windows并不熟练,没办法提供完善的基于windows操作系统的软件。 而且个人Windows电脑配置肯定不会太高,一般的组学测序数据都是10~500G一个样本,而且很多软件运行的时候对内存要求很高,最后这些数据的分析过程会非常耗时,个人电脑在硬盘,内存,cpu方面均不足以承担这个重任。 所以一般建议使用配置比较高的服务器,而且建议给服务器安装linux系
安装部分 准备工作 下载各平台对应的安装包,各平台安装包下载链接如下: Windows macOs Linux 安装过程 安装过程在此不给出具体过程,可参照官方给出教程,各平台对应教程如下: Windows中Anaconda安装教程 macOS中Anaconda安装教程 Linux中Anconda安装教程 常用命令 查看安装版本 conda --version 查看帮助信息 conda --help conda -h 卸载conda # Linux/macOS conda -rc ~/anaconda3 查
Conda 是一个包管理器,类似于手机上的 AppStore 或电脑上的软件管家,可以方便地安装各种软件,并且能够为每一个软件创建自己的运行环境,互不干扰。
宝塔面板是一款对小白十分友好的一款服务器管理面板,是一款上云友好的服务器管理面板,可以使不精通计算机的小伙伴们轻松搭建起自己的服务器环境与网站。
版权声明:本文为博主原创文章,遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明。
MongoDB 有两种可用的版本: 社区版 和企业版。 提示: 手册中的本章节包含的是安装MongoDB的相关信息。关于将当前部署的MongoDB升级至4.0版本的介绍,请参见升级步骤 。 Mongo
-添加镜像源:conda config -add conda config --show
之前魏艾斯博客写过一个宝塔服务器管理助手 Linux 面版-安装教程,这个教程是 3.X 版本的,基于宝塔面板每周三更新的频率,现在的 4.X 版本安装方式和之前有了变化,速度也快了很多,为了建站新手考虑,老魏重新写了一次宝塔 Linux 面板 4.X 版本安装教程。 老魏写本文时候更新到宝塔 Linux 面板 – 6 月 14 日更新 – 4.5 版,不排除宝塔 Linux 面板的安装方式以后还会有变化。 安装要求: Python 版本: 2.6/2.7 内存:128M 以上,推荐 512
Docker-CE指Docker社区版,由社区维护和提供技术支持,为免费版本,适合个人开发人员和小团队使用。 Docker-EE指Docker企业版,为收费版本,由售后团队和技术团队提供技术支持,专为企业开发和IT团队而设计。 相比Docker-EE,增加一些额外功能,更重要的是提供了更安全的保障。 此外,Docker的发布版本分为Stable版和Edge版,区别在于前者是按季度发布的稳定版(发布慢),后者是按月发布的边缘版(发布快)。 通常情况下,Docker-CE足以满足我们的需求。后面学习主要针对Docker-CE进行学习。
通过上面文章,我们大概知道了什么是Docker,但那都是文字功夫,具体想要理解,还得实操,于是这篇文章带着大家来手动安装Docker。
本文主要对处理HiC数据的Juicer程序进行一个简短的介绍,并展示如何利用Juicer进行基因组组装中染色体挂载的第一步。
VM下载地址:【https://download.csdn.net/download/feng8403000/83025738】
下载地址:https://www.wlrjy.com/Soft/89658.html
thr0cyte,Gr33k,花花,MrTools,R1ght0us,7089bAt,
下载地址:https://www.oracle.com/java/technologies/javase/javase-jdk8-downloads.html
中午的时候有网友问老蒋有在网站中提到学习建站有可以使用到FTP软件,我一般使用的是SFTP,和我们常用的XSHELL SSH软件一并下载的。但是这个同学使用的是MAC系统电脑,所以我提到的这两款软件没有MAC版本,对于SSH软件可以使用MAC自带的客户端,但是FTP软件还没有,于是我建议他选择FileZilla。
写在前面:《一篇文章学会ChIP-seq分析(上)》《一篇文章学会ChIP-seq分析(下)》为生信菜鸟团博客相关文章合集,共九讲内容。带领你从相关文献解读、资料收集和公共数据下载开始,通过软件安装、数据比对、寻找并注释peak、寻找motif等ChIP-seq分析主要步骤入手学习,最后还会介绍相关可视化工具。 第一讲:文献选择与解读 文献;CARM1 Methylates Chromatin Remodeling Factor BAF155 to Enhance Tumor Progression and
安装bcbio框架 软件安装 配置参考基因组 流程配置 手动创建 脚本创建 简单实战 总结 当我跑完一些分析流程,比如说RNA-Seq,重测序分析以后,我就想到一句名言 能自动化的都要自动化,不能自动化的要实现半自动化 高通量数据分析发展到现在,大部分上游分析,比如说qc, alignment, snp-calling等都已经实现了自动化,这些部分如果再自己一行一行输命令,不但浪费时间,而且缺少重复性。因此,我希望有那么一个框架,能够帮我完成所有的上游分析,从而集中精力解决生物学问题。 bcbio是一个
CIRCexplorer是一款环状RNA预测软件,专门用于预测exonic circRNA,网址如下
最近,自己用Java WEB完成了一个网站,然而,不知道如何部署到云服务器上。百度了很多,也没有完整的,后来自己摸索,完成了部署。本文,将介绍如果将web项目部署到腾讯云服务器上。
BusyBox 是一个集成了三百多个最常用Linux命令和工具的软件。BusyBox 包含了一些简单的工具,例如ls、cat和echo等等,还包含了一些更大、更复杂的工具,例grep、find、mount以及telnet。有些人将 BusyBox 称为 Linux 工具里的瑞士军刀。简单的说BusyBox就好像是个大工具箱,它集成压缩了 Linux 的许多工具和命令,也包含了 Linux 系统的自带的shell。
进入installer_v3.5目录下 , 运行installer进行安装进程(这里需要注意的是,需要退出root权限,在用户模式下进行安装):
为了能更好地学python,本来打算装个双系统,用Linux写python,不过发现双系统切换起来麻烦了点,然后就发现有虚拟机这东西。花费了一些时间,最后成功通过VMware Workstation Pro 14虚拟机安装了ubuntu,在此将安装教程整合一下,供需要者参考。
可能许多小伙伴都对 Linux 有一定的兴趣,但是又不想在实体机上安装,所以想在虚拟机上安装试试水。这篇文章则会教你如何在虚拟机上安装自己 Linux 系统(以 Ubuntu 18.04 为例)。
做生物信息的小伙伴对Linux操作系统应该并不陌生,因为它具有优秀的底层架构和卓越的计算性能。很多耳熟能详的测序数据分析软件,都只有Linux版本,像bwa,samtools, bedtools等等。
WorkerMan实际上就是一个PHP代码包,如果你的PHP环境已经装好,只需要把WorkerMan源代码或者demo下载下来即可运行。
构建Python环境有三个主要平台:、MAC和Linux。当然搭建python开发环境,有些是直接在手机上运行的。
解压成功后可以选择删除压缩包:rm -rf node-v14.17.4-linux-x64.tar.xz
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
关于hadoop的分享此前一直都是零零散散的想到什么就写什么,整体写的比较乱吧。最近可能还算好的吧,毕竟花了两周的时间详细的写完的了hadoop从规划到环境安装配置等全部内容。写过程不是很难,最烦的可能还是要给每一步配图,工程量确实比较大。
一款专门面向个人、团队和小型组织的私有网盘系统-kiftd。无论是在家庭、学校还是在办公室,您都能立刻开始使用它!
Xshell6是一个强大的安全终端模拟软件,它支持SSH1、SSH2以及Microsoft Windows平台的TELNET协议。Xshell通过互联网到远程主机的安全连接以及它创新性的设计和特色帮助用户在复杂的网络环境中享受他们的工作。Xshell还可以在Windows界面下用来访问远端不同系统下的服务器,从而比较好的达到远程控制终端的目的。
怎么部署自己的项目到服务器上并访问,首先呢,在开始之前,我们需要准备什么呢,一个能够运行的项目(Javaweb),一个服务器,这两个是必须的,还有可选的就是上传到服务器的软件以及远程连接工具,这两个是方便我们的操作的。至于服务器肯定需要有运行环境的,像jdk,tomcat,mysql等等,这些咱们在后面用到再说。
推荐时间1min30s,网上已有多关于cuda安装教程,但往往不是这有问题,就是那有问题。这里写一个简单易懂可行的cuda 安装教程。
摘要总结:本教程是安装二进制文件,以Windows10 64位操作系统为例,但是二进制文件对应其他Linux和mac os也同样试用。在开始安装之前,请注意以下前提条件。否则,会出现各种问题。在开始安装之前,请确定要安装的科学栈为目的科学栈(如想安装pandas),并确定要安装科学栈需要的前提(如需要NumPy,dateutil,pytz,setuptools)。然后安装目的科学栈。实际安装实例(以Windows10 64位下安装pandas为例):1.下载pandas对应的机器位数和Python版本。2.查看需要的前提。3.安装pandas二进制文件。如此,你可以安装任意的Numby,pandas,scipy,matpotlib等科学栈,只要根据提示安装前提的依赖即可顺利安装!
一般10M以下的文件上传通过设置Web.Config,再用VS自带的FileUpload控件就可以了,但是如果要上传100M甚至1G的文件就不能这样上传了。我这里分享一下我自己开发的一套大文件上传控件供大家参考。 此控件PC全平台支持包括mac,linux系统的文件上传,文章末尾将附上各种版本控件下载与教程链接
PuTTY: a free SSH and Telnet client (aliyun.com)
在前几篇的文章中分别就虚拟系统安装、LINUX系统安装以及hadoop运行服务器的设置等内容写了详细的操作教程,本篇分享的是hadoop的下载安装步骤。
现在因为疫情,就不去实验室了,小命要紧,居家办公,笔记本就不够看了。一遍操练下来,发现光看不练完全没用。。。学了不操练,等于没学。买服务器这一步我就不写了,直接进入正题。
其实听早就接触NVIDIA了,当初弄得时候,各种错误,也不好写博客误人子弟。但是后面还是会经常用到,出现问题,还是想办法解决一下吧,显卡弄不好,是病,得治!!!
一共三部分 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作1 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作2 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作3
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云