第一个“#”表示是这一行是注释 第二个“!”表示这一行不是普通注释，而是解释器路径的声明行 后面的“/usr/bin/perl”是perl解释器的安装路径，也有可能是：“/usr/local/bin/perl”，如果那个不行，就换这个 use strict是严格检查语法
Perl 是一种功能丰富的计算机程序语言，运行在超过 100 种计算机平台上，适用广泛，从大型机到便携设备，从快速原型创建到大规模可扩展开发。在生物信息分析领域，Perl 主要是做数据预处理、文本处理和格式转换、对算法效率要求不高的分析软件开发，系统管理和 pipeline 搭建等工作。这里对 Linux（主要是 CentOS）、Windows 下 Perl 的安装做一个备忘。
centos7不支持mysql，内部集成了mariadb， 而安装mysql的话会和mariadb文件冲突，所以需要先卸载mariadb， 以下为卸载mariadb，安装mysql的步骤
circos对于小伙伴们应该都不会陌生，现在应用场景非常的广泛。小编在工作的时候也为了做出惊艳的circos曾大伤脑筋。为了能够让小伙伴们不再做重复性的基础工作，小编系统的整理分享perlcircos 的安装、配置和使用。perl 版本的circos 是Martin Krzywinski在2009年发表在Genome Research 上的一篇题为“Circos: An information aesthetic for comparative genomics”开发的软件。从发表到今天（2019/05/03）引用次数竟高达4296次。很多作图都是非常好看，甚至让人惊艳的。下边小编从官网转过来一些，请大家鉴赏。
在linux/unix环境下使用perl当然很方便了，常用的Vim就能搞定。但毕竟工作的机器使用的是Windows，又不想嫌麻烦去安装虚拟机(机器又会变慢)，所以就想在windows下跑perl了
目前最新版本是1.1.1，可以通过修改版本号的方式下载最新版本，最新版本可以在这个网站下载：https://www.openssl.org/source
对于经常使用SQLplus的网友来说，SQLplus没有提供类似DOS工具的翻页功能，故不能实现SQL语句的来回翻动。现在我们有了Uniread， 减轻了代码的反复输入的工作量，真是让人大快人心。下面是安装方法。 一、所需的安装文件(你可以Google这些文件，或给本人留言留下Email) IO-Tty-1.07.tar.gz Term-ReadLine-Gnu-1.16.tar.gz uniread-1.01.tar.gz 二、查看刚刚下载的安装文件，下面是本人的路径： [root@linux ~]# ll /robinson
安装CentOS步骤略。其中注意：安装默认选择Minimal，可以选择Desktop，或者选择现在自定义，添加一些必要的组件，注意如果选择以后自定义，虚拟机可能因为缺少组件上不了网，虽然后期可设置，但对于菜鸟来说，想配置好有点麻烦，因此这里选择自定义，添加一些必要的组件。Perl是必选的，否则无法安装VMware Tools，system managerment tools，network tools必选的，否则无法上网，其他的看着选吧。 ----------------------------------
1、下载安装包“mysql-5.6.33-linux-glibc2.5-x86_64.tar.gz”
需要Linux版本：centos7 64位 好，我们开始了 1、下载安装包“mysql-5.6.33-linux-glibc2.5-x86_64.tar.gz” # 安装依赖 yum -y install perl perl-devel autoconf 2、把下载的安装包移动到/usr/local/下。 3、解压 tar zxvf mysql -5.6.33-linux-glibc2.5-x86_64.tar.gz 4、复制解压后的mysql目录到系统的本地软件目录 cp mysq
使用方法: gen_crc.pl 输入数据位宽 多项式 多项式输入方法： 从低位向高位依次输入，以USB TOKEN为例，x^5 + x^2 + 1，从低到高位输入为101001 usb token的crc生成方法： gen_crc.pl 8 101001 usb data的crc(x^16+x^15+x^2+1)生成方法： gen_crc.pl 8 10100000000000011
当需要一次执行多个命令的时候，可以同时输入，不同命令之间可以使用分号“；”隔开，示例如下：
CustomLog ” /var/log/httpd/access_log” combined
Web工作者构建网站就需要用到Nginx Web服务器，可是还有小伙伴不会在Linux上安装Nginx，毕竟我们开发的项目都是要在服务器上运行的，今天就来讲讲如何在CentOS7环境使用源码进行安装Nginx。
不必太纠结于当下，也不必太忧虑未来，当你经历过一些事情的时候，眼前的风景已经和从前不一样了。——村上春树
今天又有小伙伴微信问我perl模块安装的问题，因为ENSEMBL发布的大多数数据库以及软件都是基于perl的，尤其是分量很重的VEP，所以即使你再如何如何的讨厌perl，也不得不与之打交道。 这种细节问题问我，我当然无法直接给出答案咯。毕竟，我的知识积累都不是靠死记硬背的。所以需要取回过头查看一下我的博客，才意识到，我竟然已经写了7篇教程，关于perl的模块。目录如下： ubuntu服务器解决方案第七讲-perl安装模块 Perl用cpan在linux上面安装模块 Perl及R及python模块碎碎念 pe
为了更加方便、快捷的实现某些功能，Perl拥有很多其他的控制结构，这些结构也许不是必需的，但可以使程序更加简洁和具有逻辑性。
在linux下安装php时，（我安装的时5.2.6）phptar.gz压缩包解压缩之后。
Perl5是一种全功能的编程语言。它用于所有类型的生产项目，包括世界各地的商业业务系统。Perlbrew是Perl5的安装和版本切换工具，您可以安装，删除，并在之间切换Perl版本。
XAMPP（Apache+MySQL/MariaDB+PHP+Perl）开头的X代表X-OS，代表可以在任何常见操作系统下使用，包括Windows、Mac、Linux，开源平台。
1. XMAPP简介 ????? XAMPP（Apache+MySQL/MariaDB+PHP+Perl）开头的X代表X-OS，代表可以在任何常见操作系统下使用，包括Windows、Mac、Linux
yum install -y net-snmp-perl net-snmp-utils perl-ExtUtils-CBuilder perl-ExtUtils-MakeMaker
3.zlib 库提供了很多种压缩和解压缩的方式， nginx 使用 zlib 对 http 包的内容进行 gzip ，所以需要在 Centos 上安装 zlib 库。
在 Linux 中，你可以使用多种命令来统计文件的行数。以下是其中一些常用的命令：
《FFmpeg开发实战：从零基础到短视频上线》一书的“10.2 FFmpeg推流和拉流”提到直播行业存在RTSP和RTMP两种常见的流媒体协议。除此以外，还有比较两种比较新的流媒体协议，分别是SRT和RIST。
前言： Awstats 是在 SourceForge 上发展很快的一个基于 Perl 的 WEB 日志分析工具，一个充分的日志分析让 Awstats 显示您下列资料： 访问次数、独特访客人数, 访问时间和上次访问, 使用者认证、最近认证的访问, 每周的高峰时间(页数,点击率,每小时和一周的千字节), 域名/国家的主机访客(页数,点击率,字节,269域名/国家检测, geoip 检测), 主机名单,最近访问和未解析的 IP 地址名单 大多数看过的进出页面, 档案类型, 网站压缩统计表(mod_gzip 或者 mod_deflate), 使用的操作系统 (每个操作系统的页数,点击率 ,字节, 35 OS detected), 使用的浏览器, 机器人访问(检测 319 个机器人), 蠕虫攻击 (5 个蠕虫家族), 搜索引擎，利用关键词检索找到你的地址, HTTP 协议错误(最近查阅没有找到的页面), 其他基于 URL 的个性报导,链接参数, 涉及综合行销领域目的. 贵网站被加入"最喜爱的书签".次数. 屏幕大小(需要在索引页补充一些 HTML 标签). 浏览器的支持比例: Java, Flash, RealG2 reader, Quicktime reader, WMA reader, PDF reader. 负载平衡服务器比率集群报告.
本次LAMP架构搭建实验所需安装包： 链接：https://pan.baidu.com/s/1SlveRWBTil1nM5jy2euJlQ 提取码：3mpt
LAMP架构是目前成熟的企业网站应用模式之一，指的是协同工作的一整台系统和相关软件，能够提供动态web站点服务及其应用开发环境。 LAMP是一个缩写词，具体包括Linux操作系统，Apache网站服务器，MySQL数据库服务器，PHP（或perl，Python）网页编程语言。
卸载旧的epel仓库，重新安装epel仓库，删除冲突软件包，重装rpmconf并执行rpmconf，在交互界面一直输入Y和回车即可
Nginx (“engine x”) 是一个高性能的 HTTP和反向代理服务器，也是一个 IMAP/POP3/SMTP 服务器。 正向代理：
MySQL目录概要 MySQL的几个常用安装包：rpm、源码、二进制免编译 cd /usr/local/src //切换到下载源码包的目录 wget http://mirrors.sohu.com/mysql/MySQL-5.6/mysql-5.6.35-linux-glibc2.5-x86_64.tar.gz tar zxvf mysql-5.6.35-linux-glibc2.5-x86_64.tar.gz //解压 mv mysql-5.6.35-linux-glibc2.
随着基因组和宏基因组的测序成本逐渐降低，直接获取环境中微生物的基因组变得越来越容易，大大促进了科学家们对微生物尤其是无法纯培养微生物的了解。当我们通过基因组测序或者宏基因组测序binning获得一个新的基因组时，我们如何判断其处于哪一个系统发育分支？也许搜寻其中的16S序列并与数据库进行比对是个可行的方法，然而宏基因组binning获得的基因组（bins）常常丢失16S序列。本文将介绍两个基于全基因组的系统发育分类工具PhyloPhlAn与GTDB-Tk。
B. 当IIS中的ASP仅用于后台，同时使用人数较少.前台页面主要以HTML静态页面展示，ASP用来做的事情较少，本身对系统的负担很轻
Linux 有一个显著的特点，在正常情况下，你可以通过日志分析系统日志来了解你的系统中发生了什么，或正在发生什么。的确，系统日志是系统管理员在解决系统和应用问题时最需要的第一手资源。我们将在这篇文章中着重讲解 Apache HTTP web server 生成的 Apache access 日志。
LAMP包含了四种东西，就是Linux+Apache(httpd)+MySQL+PHP的一个简写，Linux我们都很熟悉，它通常作为服务器操作系统，Apache则是一个提供Web服务的一个软件，它真正的名称是httpd。MySQL是数据库软件，存储的是一些数据、字符串、用户信息。PHP是一个脚本语言，和shell类似但是比shell复杂，如果接触过C语言的就知道PHP是用C语言开发的，它通常用来做网站，是前几年比较火热的一门语言，但是现在的趋势是向移动端互联网发展，在PC上访问网站的用户少于在手机上访问网站的用户，所以现在PHP的需求也没有以前高了。
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Nginx是C语言开发，建议在Linux上运行，当然，也可以安装Windows版本，本篇则使用Linux CentOS 7作为安装环境。
最近的MHA测试过程中，碰到了mysqlbinlog客户端的版本低于服务端版本的问题。即这个错误提示：mysqlbinlog is 3.2 (included in MySQL Client 5.0 or lower), but MySQL server version is 5.6.22-log. mysqlbinlog can not parse row based events。这个应该是个比较常见的错误。主要是由于在安装Linux期间通常在自带安装mysql相关rpm包，后来又安装了高版本的mysql而引发的一些版本问题。下面是这个问题的主要描述。
按照文章配置好后，打开phpMyAdmin修改用户密码时，提示 You do not have privileges to manipulate with the users!，但是我已经是root用户登录的，后来谷歌了一下需要在phpMyAdmin目录下的的的config.inc.php文件中添加一行代码见下，我添加了死活还是不行，后来发现必须把浏览器的缓存cookie全部清理，再打开phpMyAdmin进入账户选项卡，才会刷新出来密码修改选项卡。
linux的发行版非常多，其实本质上差别不大，哪怕是mac的OS应该是也是同样的管理操作模式。以下针对于ubuntu适用，当然ubuntu本身也有版本的区别，目前是16，我下面的操作是在12上进行的。 java1.7.0_03的安装 1、JDK官网上 http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html选择 2、将打开终端，建立目录： Sudo mkdir /usr/lib/java 3、将下载的jdk-7u3-linux-i5
1、rpm包安装的，可以用 rpm -qa 看到，如果要查找某软件包是否安装，用 rpm -qa | grep "软件或者包的名字"
CentOS 8操作附带一个定制内核，以确保其完整性和与支持的硬件的兼容性。CentOS 8 Linux中附带的内核版本为4.18。Linux内核包括基本内核本身和许多内核模块。
本章的内容描述从源代码发布安装PostgreSQL（如果你安装的是打包好的版本如RPM或Debian包，那么请略过这一章并且阅读打包者的指导）。
稍等20s后，就会自动在/root/sandboxes目录下生成一个类似msb_10_3_0的目录
LAMP架构是目前成熟的企业网站应用模式之一，指的是协同工作的一整台系统和相关软件，能够提供动态web站点服务及其应用开发环境
11.1 LAMP架构介绍 LAMP架构介绍 LAMP架构包含了 Linux+Apache(httpd)+MySQL+PHP ，简称LAMP Linux是操作系统，比如centos，Ubuntu都是linux操作系统 Apache提供web服务软件，其真正名字为 httpd，习惯称之为Apache MySQL存储软件，存的是数据、字符串，不是图片 PHP是脚本语言，和shell相似，但比shell复杂，PHP是由 C语言 开发的，通常用于做网站（主要）； 目前由于移动网络的影响，PHP现在不怎么受欢迎
Nginx 是 C语言 开发，建议在 Linux 上运行，当然，也可以安装 Windows 版本，本篇则使用 CentOS 7 作为安装环境。
Node.js 发布于2009年5月，由 Ryan Dahl 开发，是一个基于 Chrome V8 引擎的 JavaScript 运行环境，使用了一个事件驱动、非阻塞式 I/O 模型，让 JavaScript 运行在服务端的开发平台，它让 JavaScript 成为与 PHP、Python、Perl、Ruby 等服务端语言平起平坐的脚本语言。
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