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    生信入门第1课

    我写公众号的最初目的就是督促自己学习,分享一些教程,和专门搞生信的大佬们比起来,自己也就是菜鸟一枚,公众号更新也比较佛系,也不做推广,你能自行关注到,完全靠缘分。我就是分享一些生信基础的生信分析技能,以满足大家在科研工作中的生信需求。说实话,大家需要给你自己以定位,自己做纯生信的还是只是借助生信为大家在湿实验中提供思路,或者文章中添加一些生信内容。如果你是做纯生信,那也是分档次和研究方向的,如果只是分析别人的数据,比如预后模型这种,属于比较低端的水平。有的做开发,比如开发一个R包或者一些其他生信分析工具,又或者是建数据库,这些属于开发类。另外,这个也和研究领域有很大关系,植物的,人的,微生物的,是有区别的,当然,很多基础工具都差不多,但需要相关的知识背景。我自己主要是做药,癌症,所以我会的技能主要和自己研究方向相关的,我也不是什么都掌握,因为我觉得,具备基础知识储备后,自己用到什么就去现学现卖,而不是一下子学会很多东西等着以后用,我个人认为这是效率极其低下的。

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    R语言内存的管理

    R语言中内存是我们平时不怎么注意的一个方面,但是R语言的内存占有率还是很高的。尤其是在对大型数据的处理过程中,每当你复制你的变量或者创建新的变量都会占用新的内存空间。当然Windows系统中R语言会自动去调节自身的内存占用与释放。然而,当大量数据在调用批处理函数的时候内存的自动管理显得很是无力。R中的对象在内存中存于两种不同的地方,一种是堆内存(heap),其基本单元是“Vcells”,每个大小为8字节,新来一个对象就会申请一块空间,把值全部存在这里,和C里面的堆内存很像。第二种是地址对(cons cells),和LISP里的cons cells道理一样,主要用来存储地址信息,最小单元一般在32位系统中是28字节、64位系统中是56字节。

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