下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 通过mobaxterm这个工具可以直接在服务器里安装运行IGV，因为mobaxterm支持X11，在运行IGV时可以接弹出一个窗口 具体安装方法如下...： # 下载liunx版IGV wget https://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/2.9/IGV_Linux_2.9.4_WithJava.zip...# 解压 unzip IGV_Linux_2.9.4_WithJava.zip # IGV包只需要解压，不需要安装，运行解压出的文件igv.sh bash igv.sh ?...不仅仅可以通过mobaxterm安装IGV，如果没有root权限，也可以通过这个mobaxterm安装R studio等之类的工具 安装方法： 首先把condarc里面的国内镜像全部停用，因为清华没有这个...r的镜像，接着安装的话，我们为了避免污染环境，选择独立创建一个环境 mamba create -n rstudio -c r -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda
背景 展示感兴趣的基因附近的ChIP-seq、DNase/ATAC-seq或RNA-seq的bigwig信号图，不使用IGV或UCSC genome browser那种截图，画出同款矢量图，接着可以用AI
文件格式 IGV推荐使用格式是：BAM以及SAM格式。 除了BAM，GOBY、VCF、PSL、BED、TDF等格式IGV也支持。...Sort和Index BAM文件在载入IGV前，需要进行sort 和index。Index会生成一个以“.fai”结尾的辅助文件，这个文件会根据文件名自动关联序列比对数据（.bam），导入IGV中。...当IGV窗口放大到reads 可视化阈值大小（默认为30KB）时，这个track会以灰色条形图显示每个位点的测序深度。如果某核苷酸与参考序列不同（超过20%reads）时，IGV会标出不同的颜色。...结构变异（Structural Variants） IGV使用颜色和其他的标记来显示变异：SNP、SV、异倍体（aneuploidy）。 IGV使用reads透明度来表示其质量。...本文简单介绍了使用igv查看序列比对的情况，还有其他模式如Bisulfite Mode，详细可看原文网页（http://software.broadinstitute.org/software/igv/
目的 IGV 经常被用于可视化检查 NGS 测序数据。由于它可以非常直观地展示突变信息，所以它被大量应用于肿瘤诊断行业以及 NGS 相关的科研领域中。...在肿瘤诊断领域，对自动化流程检测出来的突变进行 IGV 人工复核是保证突变检测真实性的一大关键步骤。随着 NGS 检测手段的进化，umi 技术被越来越多地应用在了临床上。...不过，在默认情况下，我们通过 IGV 复核突变时却无法直观地区分突变的 reads 是来自于 duplex reads、simplex reads 或 single reads。...这里我介绍一种 IGV 本身提供的一种方法，来对不同的 reads 进行个性化的标记。...方法 IGV 提供了一个自定义的颜色标签 YC，可以针对某一条 read 设定其 RGB 值，比如 YC:Z:255,0,0。 代码如下： #!
igv各个版本.png 1 下载windows版本，安装到本地进行可视化 下载地址：http://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/2.4.../IGV_Win_2.4.13.zip 安装后解压缩， ?...igv24_hm.png igv.bat打开，稍等便可打开。...2 下载linux版本，命令行打开 # 进入IGV官网，并下载相应的软件包，有Windows，Mac，和LINUX，这里我下载Linux二进制包 $ cd ~/src $ wget http://data.broadinstitute.org...~/.bashrc PATH=$PATH:~/biosoft/IGV_2.3.97 $ source ~/.bashrc # 运行IGV，Linux直接运行igv.sh可以开启IGV窗口，但是会比较慢
基因组浏览器有很多种，常见的几种列表如下 UCSC Genome Browser Ensembl Genome Browser JBrowse IGV 其中前三者都是基于网页的，而IGV则提供了独立的安装包...，基因组注释等多种类型的数据，除了本地化安装外，也提供了web服务，网址如下 https://igv.org/app/ 无需下载安装，只需联网，打开浏览器即可使用。...支持Windows, Mac, Linux多种平台，同时还提供了命令行版本的运行工具igvtools。软件的安装非常简单，直接下载对应平台的安装包即可。安装好之后，双击图标即可启动，界面如下 ?...在IGV中，各种类型的信息以行为单位进行展示，每一行称之为track, 不同类型的数据其可视化方式不同。用IGV展示数据，基本步骤如下 1....以上就是IGV的基本用法。IGV在chip_seq, m6AATAC等文章中使用广泛，可以很好的展示reads的分布情况，示例如下 ?
Integrative Genomics Viewer (IGV)作为一个高性能的可视化工具，可以交互式的察看综合的基因组相关数据，也友好的支持多种数据类型，自然是生信工作者必须使用的利器之一。...输入数据准备 IGV可以导入多种类型的数据，详见下文的数据导入介绍，此处主要说的是排序后的 bwa 的比对文件：bowtie2/BWA + samtools (samtools view>samtools...数据导入 当数据通过 导入时，IGV通过导入文件的扩展名来确认数据格式 (file format)，进而确定数据类型 (data type)，再确定数据展现的 Track 形式 (track...参考资料 IGV应用教程 原文许多超链接内容（下划线部分）由于外链原因无法点击，同时图片清晰度可能不够高，因此推荐阅读原文。
linux下，如何安装rpm命令？ 更新时间：2019-05-20 07:50 最满意答案 rpm默认就安装在了发行版本里，比如RedHat和centos。...RPM是一种用于互联网下载包的打包及安装工具，它包含在某些Linux分发版中。它生成具有.RPM扩展名的文件。与Dpkg类似。 RPM文件在Linux系统中的安装最为简便。...RPM是一种用于互联网下载包的打包及安装工具，它包含在某些Linux分发版中。它生成具有.RPM扩展名的文件。与Dpkg类似。 RPM文件在Linux系统中的安装最为简便。...RPM是一种用于互联网下载包的打包及安装工具，它包含在某些Linux分发版中。它生成具有.RPM扩展名的文件。与Dpkg类似。 RPM文件在Linux系统中的安装最为简便。...rpm软件包的信息 2 查询rpm软件包安装文件的信息 3 安装rpm软件包到当前linux系统 4 从linux系统中卸载已安装的rpm软件包 5 升级当前linux系统的rpm软件包 (1)#rpm
的下载地址 https://mirrors.edge.kernel.org/pub/software/scm/git/ http://mirrors.jenkins.io/war-stable/ 找到对应想安装的版本...下载下来 git使用make命令进行编译，可以指定路径也可以不指定目录 默认安装到了，usr/local/bin下面了，然后在root下加上软连接 ln -snf /usr/local/bin/git
新版的Windows IGV分发包中包含了Java运行环境，点击链接http://data.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/IGV_Win_2.3.93....zip即可下载，解压后，点击igv.bat文件即可启动。...IGV具体使用如下： ? 如果基因组未存在于当前列表中，则选择更多从Broad IGV获取对应的基因组信息。若所研究的物种没有被Broad IGV收录，则需要自己构建基因组信息。...具体参见前面发过的文章 （在公众号后台输入 IGV基因组索引 即可获取）。 ? ? ? IGV展示所用的bw文件可以直接从bam文件得来。下面列出几个工具和相应的代码辅助转换。...使用Tools - Run Batch Script - 选择bedtools igv的输出结果，即可以看到动画般的截屏界面。完成后，就可以一张张的浏览图片或者传给没有安装IGV的老师或朋友查看。 ?
如果你没有安装 https://github.com/FusionInspector/fusion-reports 工具，就会报错： cd ~/miniconda3/envs/rna/share/fusion-inspector...载入IGV即可，当然了，这个时候需要对IGV有一点认识才行！ ? 如果要批量检验全部样本的star-fusion结果呢 就需要写自动化批量处理的脚本了。...需要认真学好linux，参考我在 《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》 设定的linux入门6个阶段 ，一般来说，每个阶段都需要至少一天以上的学习： 第1阶段：把linux系统玩得跟...第3阶段：元字符，通配符及shell中的各种扩展，从此linux操作不在神秘！...第4阶段：高级目录管理：软硬链接，绝对路径和相对路径，环境变量 第5阶段：任务提交及批处理，脚本编写解放你的双手 第6阶段：软件安装及conda管理，让linux系统实用性放飞自我
Linux的使用相信大家都要用到java吧！...在使用java前我们得先安装jdk以及配置环境变量等工作；下面小编给大家分享关于Linux安装jdk的详细步骤： 一、登录虚拟机进入终端切换到root用户，输入：su 接着输入密码 再输入：cd … 回到...root用户 二、查看Linux系统是否有自带的jdk： 1、输入：java -version 2、发现有输入：rpm -qa | grep java 检测jdk的安装包，（注意：rpm命令符没有时记得下载一个输入...六、下载完后用FileZilla文件传输器，把jdk安装包传到虚拟机对应的文件夹当中；或者直接在Linux下载即可 七、在终端进入对应的文件的目录，进一步解压，输入tar -zxvf...、输入：javac 3、输入：java 到此Linux安装jdk就完成啦！
linux安装Node.js（详细）Node.js安装教程 文章目录 linux安装Node.js（详细）Node.js安装教程 1：下载 2：解压 3：移动目录 1：创建目录 2：移动目录并重命名 4...：设置环境变量 5：刷新修改 6：安装完成，查看版本号 1：下载 wget https://nodejs.org/dist/v14.17.4/node-v14.17.4-linux-x64.tar.xz...更多版本选择： ===》更多nodejs版本下载 2：解压 tar xf node-v14.17.4-linux-x64.tar.xz 可以查看当前目录下的文件，执行：ls （命令） 解压成功后可以选择删除压缩包...：rm -rf node-v14.17.4-linux-x64.tar.xz 其中：-f 会提醒是否删除 ；-rf 会强制删除，不会提醒。...5：刷新修改 source /etc/profile 6：安装完成，查看版本号 node版本号： node -v npm版本号： npm -v 注意：配合pm2使用npm可以让程序在后台运行。
1、安装zookeeper，将zookeeper上传到三个服务器，保存在/usr/local/zookeeper目录下，解压tar包 tar -xzvf zookeeper-3.4.6.tar.gz...ZOOKEEPER=/usr/local/zookeeper/zookeeper-3.4.6 PATH=PATH:ZOOKEEPER/bin 并执行 source /etc/profile 6、安装成功
linux安装.net 下载.net https://dotnet.microsoft.com/download/thank-you/dotnet-sdk-2.1.4-linux-x64-binaries...下载安装包后执行命令： dotnet-sdk-2.1.302-linux-x64.tar.gz yum install libicu -y cd /root ln -s /data1/soft /data.../soft tar zxvf dotnet-sdk-2.1.302-linux-x64.tar.gz -C /data1/soft/dotnet/ echo 'export DONET_ROOT=$PATH
本章节我们将为大家介绍 Linux 的安装，安装步骤比较繁琐，现在其实云服务器挺普遍的，价格也便宜，如果直接不想搭建，也可以直接买一台学习用用，参考各大云服务器比较。...-1503-01.iso : 网络安装镜像（从网络安装或者救援系统） CentOS-7.0-x86_64-Everything-1503-01.iso: 对完整版安装盘的软件进行补充，集成所有软件。...64位Linux系统。...旧版本下载地址：https://wiki.centos.org/Download 接下来你需要将下载的Linux系统刻录成光盘或U盘。...注：你也可以在Window上安装VMware虚拟机来安装Linux系统。 ---- Linux 安装步骤 1、首先，使用光驱或U盘或你下载的Linux ISO文件进行安装。 界面说明： ?
官方下载: 最新版下载地址: http://nodejs.cn/download/ v14.3.x 下载地址： https://nodejs.org/download/release/v14.3.0/ 安装...Node环境 我们下载Linux 二进制文件进行安装： # 下载 wget https://nodejs.org/download/release/v14.3.0/node-v14.3.0-linux-x64....tar.gz ## 解压 tar -xzf node-v14.3.0-linux-x64.tar.gz ## mv node-v14.3.0-linux-x64 /usr/local/node 环境变量配置...NODE_HOME=/usr/local/node export PATH=$PATH:$NODE_HOME/bin 查看是否生效 source /etc/profile ## $ node -v v14.3.0 安装...安装方式如下: $ npm install -g cnpm --registry=https://registry.npm.taobao.org npm WARN deprecated request@
文章目录 一、下载Python包 二、安装依赖环境 三、安装Python3 四、建立Python3和pip3的软链 五、检查是否安装成功 ---- 【Python测试交流群:8140 78962】 --...所以这里建议通过国内镜像进行下载 例如：淘宝镜像 http://npm.taobao.org/mirrors/python/ ---- 大部分版本和各系统包都提供，这里的教程用Python3.9.6来举例： 1）Linux...可以通过wget命令进行下载（在任意目录执行下面的命令,如果找提示找不到wget可以使用yum -y install wget进行安装）： wget http://npm.taobao.org/mirrors.../python/3.9.6/Python-3.9.6.tgz ---- 2）如果没有wget又不想额外安装的话可以先通过网页下载到本地，然后上传到Linux服务器： ---- 二、安装依赖环境 1...gcc：yum install gcc 3.Python3.7版本之后需要安装libffi-devel：yum install libffi-devel -y ---- 三、安装Python3 1.创建
环境准备 IGV IGV 可以从 BROAD 网站安装。》...https://www.broadinstitute.org/igv/ MACS2 MACS2[2] 没有 R 包，但 MACS2 可在适用于 Linux 或 MacOS 的 Anaconda 包存储库中找到...安装 MACS2 的最简单方法是使用 R 包 Herper。Herper 允许您从 R 中管理和安装 Anaconda 包。...BiocManager::install("Herper") library(Herper) 安装 Herper 后，您可以使用 install_CondaTools 函数安装 MACS2。...在幕后，Herper 将安装最小版本的 conda（称为 miniconda），然后创建一个新环境来安装 MACS2。当您运行该函数时，它会打印出 MACS2 的安装位置。
环境准备 IGV IGV 可以从 BROAD 网站安装。...》 https://www.broadinstitute.org/igv/ MACS2 MACS2[2] 没有 R 包，但 MACS2 可在适用于 Linux 或 MacOS 的 Anaconda 包存储库中找到...安装 MACS2 的最简单方法是使用 R 包 Herper。 Herper 允许您从 R 中管理和安装 Anaconda 包。...BiocManager::install("Herper") library(Herper) 安装 Herper 后，您可以使用 install_CondaTools 函数安装 MACS2。...在幕后，Herper 将安装最小版本的 conda（称为 miniconda），然后创建一个新环境来安装 MACS2。当您运行该函数时，它会打印出 MACS2 的安装位置。
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