生物信息的学习离不开Linux系统，不管自己写命令处理数据，还是使用现有的工具。Linux对我们来讲最重要的是它强大的命令行功能，可以快速、批量、灵活的处理数据的提取、统计和整理等耗时耗力的重复性工作。事实上在日常生信分析中，多数整理工作也都是用Linux命令的组合完成的，相比于写完整的Python或Perl程序更简便快捷；另外，生信分析用到的工具大都只在Linux下运行，而Linux发行版众多，更新速度不一，软件的安装是一个令人头大的事情。
CentOS7 的防火墙配置跟以前版本有很大区别，CentOS7这个版本的防火墙默认使用的是firewall，与之前的版本使用iptables不一样
关于Java、Python这两个目前“斗”的最狠的编程语言，我相信很多人都并不陌生，每一个拿出来将都是长篇大论，所以我就长话短说，希望帮助你在未来的编程生涯中，有一些帮助。
正文: 今天为大家分享一篇文章“宝塔面板卸载方法，如何删除残留文件！”宝塔面板是目前比较火热的Linux服务器面板，管理网站非常轻松简单，但是有很多人想更换面板，卸载宝塔，并删除残留文件，如何操作那？下面我们就详细为大家讲解。
图片高频Linux命令的学习：一、显示当前路径pwdprint working directory 显示当前路径二、创建指令mkdirmake directory 创建空目录三、显示列表指令ls 显示列表，不管是目录还是文件都能显示四、 删除指令rm根据操作对象可分为三类（1）删除文件rm（2）删除空目录rmdir（3）删除非空目录rm-r 这三个命令后面要跟上要删除的目录名rm-rf/权限高的人使用这个代码会将服务器清空，是（3）命令的改进-r 递归，多级目录一并删除-f 强制删除，没有任何提示五
由于换行符（为不可见字符），在 Windows 为 CR+LF（Carriage-Return+Line-Feed：回车加换行），而在 Linux/Unix 上为 LF（换行）。因此在linux 编辑的文本，在windows 显示会是没有换行的。
linux 命令行概述 生信星球linux 基础操作 显示当前路径-pwd pwd 路径显示为：/home/username 创建空目录-mkdir mkdir project #存放文件 命令为mkdir；project为空目录的名称; #注释，帮助理解 显示列表-ls ls 可以看删除后命令是否执行，当前目录下还有哪些子目录 删除—rm rm 1.txt #删除文件 rmdir project #删除空目录 rmrm -r src #删除非空目录 -r #多级目录一并删除≈删除整个文件夹 -f #
是个操作系统（OS） 类似Windows这种，但是简单，占地方小指令易操作，可以同时连通多个服务器
Clam AntiVirus（ClamAV）是免费而且开放源代码的杀毒软件，软件与病毒码的更新皆由社群免费发布。目前ClamAV主要是使用在由Linux、FreeBSD等Unix-like系统架设的邮件服务器上，提供电子邮件的病毒扫描服务。ClamAV本身是在文字接口下运作，但也有许多图形接口的前端工具（GUI front-end）可用，另外由于其开放源代码的特性，在Windows与Mac OS X平台都有其移植版。
怎样登陆服务器？——xshell(windows用户)，需要账号密码IP及网络四大条件
启动新服务器时，会创建一个默认帐户命名为root。此用户具有完整系统的访问权限，应仅用于管理任务。作为根用户，这个账户对你的系统都没有限制，虽然root用户管理权限很强，但是它不够安全。
windows用xshell，操作流程：https://www.jianshu.com/p/8a340b103a41（生信星球）
功能：为文件或目录改名或将文件由一个目录移入另一个目录中。该命令如同DOS下的ren和move的组合。
Alias是一个自定义快捷方式，用于表示一组命令或使用特定选项运行的单个命令。只需要一个字符，我们就可以使用Alias来执行经常使用的进程。
tar和gzip提供一个标准界面，用于在Linux上创建存档和压缩文件。这些实用程序占用大量文件，将它们一起保存在存档中，并压缩存档可以节省空间。tar不会自己压缩文件，与gzip结合使用，可以压缩归档文件以减少磁盘空间。生成的归档文件具有文件扩展名tar.gz，有时称为“tarball”。
可以理解为类似于windows和mac一样的操作系统，但是它不区分设备，据了解很强大，但具体强不强大，等我学学看。
本系列教程将完整的讲解整个Linux相关的知识，这是楼主学完兄弟连的Linux教程之后重新对Linux知识体系的整理。个人感觉兄弟连的Linux教程可以很好的入门，从最基础的知识开始，对于一个完全不懂Linux系统的人，相信在看完整个系列教程之后，都能对Linux有一个完完全全的了解。那么废话不多说，本篇博客作为整个教程的第一讲，我们就先来对Linux有个简单的整体介绍。
## 不需要安装任何东西，自带terminal，直接使用；或者使用界面更好看的iterms
下面通过一个例子来演示以上 3 个命令的具体用法。首先，我们新建一个 demo.txt 文件并打开，键入一行内容，例如：
Linux命令中有一些常用符号，看到时不一定好查询它们的功能和含义，这里列举一些常见的符号和解释，欢迎大家补充完善。
vim 有三种模式，注意：这三种模式有很多不同的叫法，我这里是按照鸟哥的linux书中的叫法。
SFTP代表SSH File Transfer Protocol。顾名思义，这是一种使用加密SSH连接将文件传输到服务器的安全方式。尽管名称如此，但它与FTP（File Transfer Protocol）完全不同，尽管FTP已经得到了客户的广泛支持。
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目录相当于windows的文件夹，linux系统没有C/D/E/F盘，文件系统呈树状。由于用户不唯一，像类似“我的电脑”这种级别的文件，用户是无法访问的，每个用户能到达的最高级目录“宿主目录”，即用户登录时所在的目录，宿主目录放在home目录下。
这是由 萌咖 大佬使用 Golang 基于新的API写的一个效率很高的 OneDrive 上传工具 OneDriveUploader ，同时也修复了各种Shell版本遗留下来的小问题，该版本特点就是授权简单，无需依赖，单文件。同样的也可以配合Aria2一起自动上传，这里就再分享下，方便下有需求的人。
虽然mysqldump工具是数据库系统的首选备份方法，但它仅在数据库服务器可运行时才有效。如果无法启动数据库或无法访问主机系统，我建议直接复制数据库。
vi编辑器是Linux系统新安装时都自带的代码编辑器，但其不具有主动的以字体颜色辨别语法的正确性的功能
Vesta Control Panel是一个免费的开源控制面板，具有网站搭建，数据库，邮件管理等功能。在本教程中，您将在Ubuntu或CentOS服务器上安装控制面板，更新默认管理界面端口，并了解如何从现有安装迁移用户数据。
CentOS 7默认安装了Python 2.7，系统本身也使用它来启用系统命令例如‘yum’
Python是一种灵活多样的编程语言，可用于许多用例，包括脚本，自动化，数据分析，机器学习和后端开发。1991年首次出版，其名称灵感来自英国喜剧组织Monty Python，开发团队希望使Python成为一种有趣的语言。快速设置，并以相对简单的方式编写并立即反馈错误，Python是初学者和经验丰富的开发人员的绝佳选择。Python 3是该语言的最新版本，被认为是Python的未来。
GNU nano，简称nano，是大多数Linux发行版的基本内置编辑器。GNU nano是一个小巧友好的文本编辑器. 与基本的文本编辑相比，nano提供许多额外的特性，例如：交互式的查找和替换，定位到指定的行列，自动缩进，特性切换，国际化支持，以及文件名标记完成。本教程中，我们将介绍一些帮助您入门的基本知识。
TLS/SSL是用于将正常流量包装在受保护的加密包装中的Web协议。得益于此技术，服务器可以在服务器和客户端之间安全地发送流量，而不会被外部各方拦截。证书系统还可以帮助用户验证他们正在连接的站点的身份。在本教程中，我们将向您展示如何在Ubuntu 18.04上设置用于Apache Web服务器的自签名SSL证书。
本文内容需要一台已经设置好可以使用sudo命令的非root账号的Ubuntu服务器，并且已开启防火墙。没有服务器的同学可以在这里购买，不过我个人更推荐您使用免费的腾讯云开发者实验室进行试验，学会安装后在购买服务器。
今天是学习小组学习的第一天，主要是学习了解linux的基本概念、如何使用以及基本操作
2016年10月19日，披露了Linux内核中的权限提升漏洞。该漏洞被昵称为Dirty COW，因为底层问题是内核处理写时复制（COW）的方式。Dirty COW已经存在了很长时间 - 至少自2007年以来，内核版本为2.6.22 - 所以绝大多数服务器都处于危险之中。
CoreOS是一个Linux发行版，专注于利用Docker容器和服务查询快速启动集群环境。但是，Docker镜像可能占用Docker主机上相当多的磁盘空间。普通映像的大小可以达到数百MB，自定义映像也可以随便就达到1 GB。如果您的应用程序有许多新的Docker镜像版本，它们可以轻松地存储在服务器存储上；如果您不时清除旧的或未使用的镜像，则服务器可能会耗尽磁盘空间。
Solr是一个高性能，采用Java5开发，基于Lucene的全文搜索服务器。同时对其进行了扩展，提供了比Lucene更为丰富的查询语言，同时实现了可配置、可扩展并对查询性能进行了优化，并且提供了一个完善的功能管理界面，是一款非常优秀的全文搜索引擎。它对外提供类似于Web-service的API接口。用户可以通过http请求，向搜索引擎服务器提交一定格式的XML文件，生成索引；也可以通过Http Get操作提出查找请求，并得到XML格式的返回结果。 文档通过Http利用XML 加到一个搜索集合中。查询该集合也是通过http收到一个XML/JSON响应来实现。它的主要特性包括：高效、灵活的缓存功能，垂直搜索功能，高亮显示搜索结果，通过索引复制来提高可用性，提供一套强大Data Schema来定义字段，类型和设置文本分析，提供基于Web的管理界面等。
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Shiny是R编程语言的库，允许您在本机R中创建交互式Web应用程序，而无需使用HTML，CSS或JavaScript等Web技术。将Shiny应用程序部署到Web上的方法有很多种; 本教程使用Shiny Server在Linode上托管示例Shiny应用程序。
计划任务是系统的常见功能，利用任务计划功能，可以将任何脚本、程序或文档安排在某个最方便的时间运行。任务计划在每次系统启动的时候启动并在后台运行。在Linux系统中，当我们需要在服务器上定时执行一些重复性的事件时使用的，可以通过Linux计划任务程序来运行准备好的脚本、批处理文件夹、程序或命令，在某个特定的时间运行。
饥荒（英语：Don't Starve，直译为别饿死）是一款由加拿大公司Klei Entertainment开发的开放世界生存游戏。这个游戏围绕在一位名叫Wilson的科学家，他发现自己身处黑暗阴暗的世界，必须尽可能长时间生存。为此，玩家必须保持Wilson的健康、食物和精神稳定来避免了各种超现实和超自然的敌人杀死和吞噬他。
配置管理系统目的是让使管理员和运营团队轻松控制大量服务器。它们允许您从一个服务器以自动方式控制许多不同的系统。虽然有许多流行的配置管理系统可用于Linux系统，例如Chef和Puppet，但这些系统比较复杂。Ansible是这些选项的绝佳替代品，因为服务开销小很多，软件又非常易用。
为什么要用Linux系统 个人认为，Linux操作系统和类Linux操作系统的命令行界面是最适合进行生物信息分析的操作系统。原因有三点： 长期运行的稳定性 多数软件只有Linux版本 强大的Bash命令简化繁琐的操作，尤其是大大简化重复性工作 但对于初学者来说，接触和理解Linux操作系统需要一些时间和摸索。陡然从可视化点选操作的Windows进入到只有命令行界面的Linux，最大的陌生感是不知道做什么，不知道文件在哪？本文希望能通过几个示例帮助大家适应Linux系统。 如何获取Linux系统 如果自己的单
DokuWiki 是一个使用，用途多样的开源 Wiki 软件，并且不需要数据库。它因简洁易读的语法受到用户的喜爱。而容易维护、备份和整合则使它成为管理员的最爱。内置的访问控制列表和认证连接器使 DokuWiki 在企业环境下特别有用，由充满活力的社区贡献的众多插件则令它拥有比传统维基更广阔的应用范围。
对于初学者来说，怎样选择Linux教程是挺困惑的事。视频教程大多只是讲片面的知识点，比较零散，大部头书籍很难啃，虽然书籍会将知识分类，可庞杂的知识体系往往令人望而生畏，遇到一个坎时很难跨过去。 尤为重要的是，初学者很难分辨哪些知识是常用的，哪些是只需要了解即可。而对于教程编写者来说，也很难做这样的区分，同样的知识点，对于不同应用人群，重要程度是不一样的。 我作为一个Linux新手，深知在学习过程中遇到的各种坑。新手总是希望能有一本大宝典，囊括了所有的技能，只需要跟着学，就能成为高手。 可，这种想法是不现实的
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