使用过linux系统的运维应该都有在上面安装过软件包，有时候我们需要查询即将要安装的包有没有在这个系统上已经安装，如果不先查一下，或多或少会出现问题，比如版本不一致等等。
Miniconda是最方便快捷的软件下载和管理器，相当于应用商店，大多软件都能搜到，一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可。学习linux要丢弃之前的图形界面思维
anaconda=miniconda+150 high quality packages=conda+Python+base packages
今天学习的是linux环境下的软件安装，因为花花老师的教程特别棒，所以操作上基本没出现特别难的地方。
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
在Linux 操作系统中，有一个系统软件包，它的功能类似于Windows里面的“添加/删除程序”，但是功能又比“添加/删除程序”强很多，它就是 Red Hat Package Manager(简称RPM)。此工具包最先是由Red Hat公司推出的，后来被其他Linux开发商所借用。由于它为Linux使用者省去了很多时间，所以被广泛应用于在Linux下安装、删除软件。下面就给大家介绍一下它的具体使用方法。
相信大家对于linux常用的命令一定都不陌生，但是一些简单，好玩，有趣，虽然可能没有实际作用的命令，你又有了解多少呢？话不多说，本期文章为大家带来15个好玩的linux命令，希望大家能够喜欢！
linux很少用图形界面，都是用命令行，使用。可以把服务当成一台没有图形界面的自己的电脑。
此工具包最先是由Red Hat公司推出的，后来被其他Linux开发商所借用。由于它为Linux使用者省去了很多时间，所以被广泛应用于在Linux下安装、删除软件。下面就给大家介绍一下它的具体使用方法。
conda相当于是windows系统下的一个应用商店，可以在这个里面下载你想下载的软件，因为在Linux系统中下载软件要通过软件的官网源码安装，这个方式非常的慢而且下载好之后还有配置环境，有些软件是国外开发下载也相当不容易，于是我们使用conda这个“应用商店”就非常方便了
1.进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
基于阿里云服务器召唤出Linux后，接下来我们需要给Linux上装备，本节主要介绍，如何在Linux中安装软件
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
我们平时使用的手机上，都会有一个应用叫做“应用商店”，那大家思考一下，我们在应用商店里面去下载一些软件的时候，这些软件是从本地直接下载的呢还是从远端的服务器下载的？
答：杀死一个进程，应获得这个进程控制的权利，比如获得进程所属账户的权限；或者获得超级账户的权限。如果是peter账户，没有获得jason账户的权限，因此，杀死jason账户下运行的进程是被禁止的。
rpm 包格式: 软件名称-软件版本.系统版本.平台.rpm 如: vim-common-7.4.10-5.el7.x86-64.rpm
小二是公司新来的实习生，之前面试的过程中对答如流，所以我非常看好他。第一天，我给他了一台新电脑，要他先在本地搭建个 Java 开发环境。
：就是进行不同项目（转录组，基因组组装等等）分析的时候，需要不同的软件和同一软件的不同版本，需要进行conda环境分开互不干扰。
我们平时用手机与电脑的时候，如果想安装一个软件就需要去下载它的安装包（软件包），下载安装包的前提就是必须连接网络，这就说明安装包并不在你的本地上。 **那么软件包是在哪里的呢？**是在别人的电脑上（远端服务器/云服务器）。
通过这篇文章，我们将以简明易懂的语言风格，一步步引导你学会如何在 Linux 上安装和卸载软件。
在Linux 操作系统中，有一个系统软件包，它的功能类似于Windows里面的“添加/删除程序”，但是功能又比“添加/删除程序”强很多，它就是 Red Hat Package Manager(简称RPM)。此工具包最先是由Red Hat公司推出的，后来被其他Linux开发商所借用。由于它为Linux使用者省去了很多时间，所以被广泛应用于在Linux下安装、删除软件。下面就 给大家介绍一下它的具体使用方法。
RPM有点像Windows系统中的控制面板，会建立统一的数据库，详细记录软件信息并能够自动分析依赖关系。表1-1所示为一些常用的RPM软件包命令，此时还不需要记住它们，大致混个“脸熟”就足够了。
输入 uname -a 查看服务器是多少位的（查看过后是x86_64即64-bit） 进入biosoft cd biosoft wget 下载链接https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
由于最近想自己摸索一些linux下的东西，开始玩起了Linux系统，在安装软件的过程中有诸多的不解和困惑，现在终于搞明白了具体是怎么样的安装步骤和过程，先分享给你们同时也方便自己复习查阅。
初学者当安装模式为默认的 Server with GUI 即可，右侧额外的软件包不要选择，可以在后续学习过程中慢慢安装。生成环境一般为Minimal Install（最小化安装）。
关于光盘的挂载，之前我们已经讲过了，这里再深入介绍一点。之前我们挂载光驱使用的命令是: mount /dev/cdrom /media，我们使用ll /dev/cdrom 可以查看到，其实/dev/cdrom是一个软链接，它指向了同目录下的sr0，即/dev/s0，所以，真正的光驱设备文件是/dev/sr0。因此，我们也可以使用 mount /dev/sr0 /media实现光盘挂载。
运行 ：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
VScode下载地址：https://code.visualstudio.com/Download
一、YUM 实验拓扑图： 实验要求： （1）配置网络，并连通。 （2）在1.10主机上安装ftp服务，搭建yum服务器，将系统安装光盘下的所有文件复制到/var/ftp/rhel6下，启动FTP 服务
包管理器是方便软件安装、卸载，解决软件依赖关系的重要工具，在不同发行版本的Linux系统中，有着不同的软件包管理器：
Conda 是 linux 系统中最方便快捷的下载器，两个版本：建议安装miniconda版
1.常用的RPM软件包命令 常用的RPM软件包命令 命令 作用 rpm -ivh filename.rpm 安装软件 rpm -Uvh filename.rpm 升级软件 rpm -e filename.rpm 卸载软件 rpm -qpi filename.rpm 查询软件描述信息
linux系统上软件包安装，系统都有自带神器：Red hat有yum，Ubuntu有apt-get。然而mac os上并没有自带的神器，我们该怎么办呢？ 不用担心，自然有第三方提供类似的包管理器，其中Homebrew是应用最广泛的工具。Homebrew简称brew，是Mac OSX上的软件包管理工具，能在Mac中方便的安装软件或者卸载软件，可以说Homebrew就是mac下的apt-get、yum神器。 不废话了，直接来看一下用法吧： 一、homebrew的安装，请参考官网安装步骤：http://brew.
在长长的列表里，往下翻（或者用ctrl+f搜索关键词miniconda3-latest）找到：Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh找到之后右键，复制链接地址用wget -c进行下载
rpm默认就安装在了发行版本里，比如RedHat和centos。安装软件基本的用法是 rpm-ivh xx.rpm。
Ansible YUM模块是Ansible中用于管理Red Hat系Linux发行版软件包的强大工具，它具有以下优点：
各系统中安装的文件 windows中，安装包双击的exe文件，也是二进制安装包，不能使用记事本或word这种文本文档工具去查看 linux中，安装包也是二进制文件，不能使用cat、less、head等工具去查看 安装软件包的方法 linux中安装软件包有三种方法 rpm工具 这种包就类似于windows中的exe比较相似，直接使用rpm工具就能将软件装上，不需要做过多的设置——>安装路径和文件名基本都是固定好的 yum工具 它是另外一种工具安装rpm包。 在centos和redhat下，这种
不同的分析需要的软件/软件版本不同，即环境不同，则需要不同的conda environment
【友情提示：可以放到家目录的bashrc下，方便以后修改。输入:/home/你的用户名/.bashrc。只不过这种安完以后需要再source ~/.bashrc激活环境变量】
前言：在了解完Linux基本指令和Linux权限后，我们有了足够了能力来学习后面的内容，但是在真正进入Linux之前，我们还得要学会使用Linux中的几个开发工具。而我们主要介绍的是以下几个：
在 Linux 下安装软件， 一个通常的办法是下载到程序的源代码， 并进行编译， 得到可执行程序。
包管理系统除了安装软件外，它还提供了工具来更新已经安装的包。包存储库有助于确保你的系统中使用的代码是经过审查的，并且软件的安装版本已经得到了开发人员和包维护人员的认可。
where：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
有些软件本来就是开源的，如果不想用别人直接发布好的软件，我们就可以把源代码下载下来，在我们的环境中编译，自己安装
在上一期的脚踏实地学中，我们介绍了如何在自己的Windows系统中安装虚拟机和CentOS系统，这个操作相当于模拟了一台远程服务器（注意，这是模拟哦。土豪的你可以考虑购买另一台物理机作为服务器，或者购买云服务，如阿里云，腾讯云等
虽然使用源码编译安装可以具有提高速度个性化的定制等优点,但对于 Linux发行商来说,则不容易管理软件包,毕竟不是每个人都会进行源码编译的，如果能够将软件预先在相同的硬体与系统上面编译好在发布的话,不就能够让相同的 Linux 发行版,同时拥有相投的版本了吗,如果再加上简易的安装/移除/管理等机制的话,对于软体控管就会更加简单,大多数现代类 Unix 操作系统都提供了一个集中的软件包管理机制,以帮助用户搜索、安装和管理软件,而软件通常以「包」的形式存储在仓库「repository」中,对软件包的使用和管理被称为包管理,本章我们将介绍 RedHat 系统中为我们提供的解决方案,RPM和YUM包管理机制.
选择对应的64位，.sh是脚本文件后缀；注：64-bit（x86_64）、32-bit(x86)
--第四步（重点），使用miniconda，也就是查看已安装的软件、安装、卸载（生信需要的）软件，我们以fastqc为例，其实安装软件很复杂，甚至有专门的一门课来讲这个，今天这里仅是入门操作。
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