这里以Mysql为例。比如说我安装了Mysql，但是不知道文件都安装在哪些地方、放在哪些文件夹里，可以用下面的命令查看所有的文件路径。
忽略提示。先从第一行开始，一行行run，每run一行观察左下角窗口的输出信息，没有关键词 error 且返回一个大于号 > 再run下一行
关于光盘的挂载，之前我们已经讲过了，这里再深入介绍一点。之前我们挂载光驱使用的命令是: mount /dev/cdrom /media，我们使用ll /dev/cdrom 可以查看到，其实/dev/cdrom是一个软链接，它指向了同目录下的sr0，即/dev/s0，所以，真正的光驱设备文件是/dev/sr0。因此，我们也可以使用 mount /dev/sr0 /media实现光盘挂载。
芯片设计不断发展推陈出新，IDE也需要不断更新以支持最新的IC程序设计与仿真调试，TI公司在DSP及模拟技术领域的领导者地位不容置疑。
由于最近想自己摸索一些linux下的东西，开始玩起了Linux系统，在安装软件的过程中有诸多的不解和困惑，现在终于搞明白了具体是怎么样的安装步骤和过程，先分享给你们同时也方便自己复习查阅。
虽然使用源码编译安装可以具有提高速度个性化的定制等优点,但对于 Linux发行商来说,则不容易管理软件包,毕竟不是每个人都会进行源码编译的，如果能够将软件预先在相同的硬体与系统上面编译好在发布的话,不就能够让相同的 Linux 发行版,同时拥有相投的版本了吗,如果再加上简易的安装/移除/管理等机制的话,对于软体控管就会更加简单,大多数现代类 Unix 操作系统都提供了一个集中的软件包管理机制,以帮助用户搜索、安装和管理软件,而软件通常以「包」的形式存储在仓库「repository」中,对软件包的使用和管理被称为包管理,本章我们将介绍 RedHat 系统中为我们提供的解决方案,RPM和YUM包管理机制.
Code Composer Studio 是一个集成开发环境 (IDE)，简称CCS软件。支持 TI 的微控制器和嵌入式处理器产品的开发。Code Composer Studio 包含一整套用于开发和调试嵌入式应用程序的工具。它包括一个优化的C/C++编译器、源代码编辑器、项目构建环境、调试器、分析器和许多其他功能。直观的IDE提供了单个用户界面，可引导您完成应用程序开发流程的每个步骤。熟悉的工具和界面使用户可以比以往更快地上手。Code Composer Studio将Eclipse软件框架的优势与TI的高级嵌入式调试功能相结合，从而为嵌入式开发人员提供了引人注目的功能丰富的开发环境
网上很多Linux下载软件的方法，看了很多帖子感觉Linux下载软件的方式有很多，每个人都有自己的习惯，对于一个新手来说及其不友好，有时候会看的很蒙。在这里做出总结。
如果已经安装可以忽略，没有安装的请查看小明之前写好的文章 mac安装homebrew (opens new window)
很多时候，我们在Linux中安装了软件，但是却不怎么会卸载，Linux不像Windows可以直接在控制面板中卸载。这篇文章肯定会帮助到你。收藏好了。
如果已经安装可以忽略，没有安装的请查看小明之前写好的文章 mac安装homebrew
服务是一些特定的进程，自有服务就是系统开机后就自动运行的一些进程，一旦客户发出请求，这些进程就自动为他们提供服务，windows系统中，把这些自动运行的进程，称为"服务"。
首先要说明的是，此处安装的VCS2016和Verdi_2016版本均不支持Linux 4.x以上的内核，否则即使安装成功后也可能无法使用，并且由于Linux发行版之间的差异，在其他系统上进行安装时会有各种各样麻烦的问题（libpng12库依赖问题、/usr/tmp文件夹及权限问题、bash和dash脚本执行问题等），故此处采用CentOS 7系统（省心）。不过该版本的VCS和Verdi也能在Ubuntu16.04系统（非Linux 4.x内核版本？）上安装，Ubuntu下该软件安装教程可以参考：
广义的Debian是指一个致力于创建自由操作系统的合作组织及其作品，由于Debian项目众多内核分支中以Linux宏内核为主，而且 Debian开发者 所创建的操作系统中绝大部分基础工具来自于GNU工程 ，因此 “Debian” 常指Debian GNU/Linux。 非官方内核分支还有只支持x86的Debian GNU/Hurd（Hurd微内核），只支持amd64的Dyson（OpenSolaris混合内核）等。这些非官方分支都存在一些严重的问题，没有实用性，比如Hurd微内核在技术上不成熟，而Dyson则基础功能仍不完善。
工欲善其事必先利其器，这一节课主要以Windows系统为例，介绍了用Linux编程之前需要下载并安装的软件：Xshell，git，markdown，Winscp，幕布以及notepad++。介绍了如何下载并安装R及R的操作软件Rstudio，在Rstudio里进行了简单的命令演示以及如何安装并调用包，需要注意的是，所有软件推荐从官网进行下载，并且在安装的时候默认进行，基本不需要改动任何选项。对于Windows用户要把所有软件装在C盘，对于Mac用户则默认安装，安装软件时勿出现中文路径。
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-N5BsitFI-1573453126617)(runlevel.png)]
5.2 如何获取目标基因的转录因子（上）——biomart下载基因和motif位置信息
先说说为什么开了这个专栏，我一个做嵌入式的，怎么又搞上了结构设计了？？哈哈，一般有人看到博主的博客都觉得很蒙，有Linux的、硬件设计的、嵌入式软件的、QT的、Java基础的、Web开发的等。其实也没什么意外的，博客这么五花八门，跟博主的工作内容、工作性质、工作环境、工作职责都有关系，但是都没有离开物联网这个大的领域。
这是linux中一个非常重要命令，请大家一定要熟悉。它的功能是为某一个文件或目录在另外一个位置建立一个同步的链接，类似Windows下的超级链接。 这个命令最常用的参数是-s，具体用法是： sudo ln -s 源文件 目标文件
包管理器是方便软件安装、卸载，解决软件依赖关系的重要工具，在不同发行版本的Linux系统中，有着不同的软件包管理器：
【注】Linux系统中诸如 /var/log/journal、~/.cache、/tmp 文件夹中也有许多可以删除的文件，可以看个人需要进行清理；但要注意许多 log、chk 文件对分析解决系统问题都很有帮助，建议在空间资源不紧缺的情况下还是保留为好。
linux一般使用RPM或源码包进行安装软件，上一篇文章写了《Linux 软件安装管理之--源码包安装》。
当我们使用服务器分析数据，我们使用miniconda，如果在自己的电脑上使用anaconda。Anaconda安装网上有很多教程，也可以在淘宝上买个安装服务（至少节省一上午时间）。
(1) 一篇看懂!详解-Linux系统中安装软件的三种方法 - 知乎. https://zhuanlan.zhihu.com/p/298288206.
openEuler是一款开源、免费的操作系统，由openEuler社区运作。当前openEuler内核源于Linux，支持鲲鹏及其它多种处理器，能够充分释放计算芯片的潜能，是由全球开源贡献者构建的高效、稳定、安全的开源操作系统，适用于数据库、大数据、云计算、人工智能等应用场景。
NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step)）、批次效应处理等内容。
Linux系统中，软件通常以源代码或者预编译包的形式提供。（1）软件源代码需要编译为二进制的机器代码才能够使用，安装比较耗时，不过您可以自行调节编译选项，决定需要的功能或组件，或者针对硬件平台作一些优化。（2）预编译的软件包，通常是由软件的发布者进行编译，您只要将软件拷贝到系统中就可以 了。考虑到预编译软件包的适用性，预编译软件包通常不会针对某种硬件平台优化。它所包含的功能和组件也是通用的组合。
Linux软件简介 Linux上几乎所有的软件都经过了GPL授权，因此几乎所有的软件都会提供源码。 而一个软件要在Linux上执行，必须是二进制文件，因此当我们拿到软件源码后，需要将它编译成二进制文件才能在Linux上运行。 软件编译过程 将源码编译成可供Linux运行的二进制文件一共需要两步： 1. 使用gcc编译器将源码编译成目标文件 2. 再次使用gcc编译器将目标文件链接成二进制文件 这过程看似简单，实则不然。一个软件的源代码往往被封装在多个源文件中，此外这些文件有错综复杂的依赖关系，
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh安装minicondabash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh sh是脚本，类似软件安装包，需要运行bash 开始安装。安装过程会出现很多版权信息，可按q跳过，有提示需要按enter的地方要按enter，遇到问题回答yes。最后出现“Thank you for installing Miniconda3 ！”说明安装成功。
where：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
比如我在Linux下安装了Mysql，但是现在我要卸载重装，提示卸载失败，有其它的服务或软件如php-mysql-5.1.6-3；mysql-server-5.0.22-2.1依赖于Mysql。我可以加–nopeds来卸载Mysql，但是依赖于Mysql的软件或服务是不是也要卸载？
@ 作者：达内 Python 教学部，吕泽 @ 编辑：博主，Discover304
RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别注释，并分类统计的软件，几乎用于所有物种。是研究基因组、非编码RNA、转座子和着丝粒领等相关领域的必备软件。很多small RNA, lncRNA与Repeat区有密切关系。 之前我在2013在PLOB发布过《RepeatMasker安装方法与使用 》，阅读近7000次。相关百度云中Repbase也被下载几千次。但目前软件和数据库均更新很多次，旧版在主流系统安装也会出一些问题，重复序列发现种类也已经翻倍，故重发新版软件安装和使用方法。 软件安装与配置
此外，Capture One Pro 2022 Mac版相较于之前的版本而言，它不但新增了一些新功能，而且还优化了许许多多的小细节，比如新增了全景针、HDR合并、自动旋转以及无线Tethering，通过这些功能用户可以快速高效的进行处理图片，同时，在新版的Capture One Pro 2022 Mac版中它还将现有的界面，通过后台调设进行了改良，以此来给予用户最为便捷的操作，其优化方面十分的为用户考虑。当然，软件除却小编介绍的新增功能和细节优化以外，它还新增优化了诸多其他的功能，比如魔力画笔、风格笔刷、除雾功能、支持HEIC文件等等一系列易于用户使用的工具，感兴趣的用户们可自行前来本站下载使用哦。
先安装一个 Ubuntu(乌班图)/ Deepin(深度）/ Ukylin(优麒麟) 的桌面版。深度 和 优麒麟 都是 基于Ubunutu 的 国产版，添加了许多人性化的功能、体验友好。形式可以有 U盘启动系统(可参照下文U盘启动系统)、双系统(可参照下文U盘安装盘) 、虚拟机、WSL（Windows Subsystem for Linux）。
Linux 文件名颜色的含义 在 Linux 中，文件名颜色的含义如下： 蓝色：目录 白色：普通文件 绿色：可执行文件 红色：压缩文件 浅蓝色：链接文件 黄色：设备文件 灰色：其他文件 绿底：为目录且权限为其他人并拥有写权限 输入 dircolors -p 进行查看。 Linux 目录结构 目录名 目录作用 /bin/ 存放系统命令的目录，普通用户和超级用户都可以执行 /sbin/ 存放系统命令的目录，只有超级用户可以执行 /usr/bin/ 存放系统命令的目录，普通用户和超
上课有给练习服务器账号，后续会通知。第三周上课会讲到服务器相关的知识，到时候你先用我们提供的服务器账号进行练习，等上完课后，再用自己的账号去处理真实项目数据。
当我们在Linux上安装相关的软件源码包时，一般会涉及到以下三个步骤，分别是 ./configure、make、make install
不同ubuntu版本的ISO File: https://cn.ubuntu.com/download 注意: windows虚拟机中的显卡是物理CPU模拟出来的，没有调用物理GPU，所以虚拟机装ubuntu是无法进行深度学习训练。
在管理和维护Linux系统时，有一些常用的命令可以帮助您进行系统初始化和配置。这些命令涵盖了各种任务，包括系统设置、用户管理、软件安装和网络配置等。
首先服务的概念，对于linux服务器来说，其中大多数的软件都算是服务，比如nginx、mysql、Jenkins等等。下面我们就来学习一下linux中有关服务的一些内容。
编译(compilation , compile) ，利用编译程序从源语言编写的源程序产生目标程序的过程。编译就是把高级语言变成计算机可以识别的 2 进制语言，计算机只认识 1 和 0，编译程序把人们熟悉的语言换成 2 进制的。
VMware是一款虚拟化软件，可以在一台主机上同时运行多个虚拟机，每个虚拟机可以安装独立的操作系统。虚拟机就像一台独立的电脑，有自己的CPU、内存、硬盘等资源，并且可以像真实电脑一样运行各种应用程序。
本次教程主要是在Ubuntu 18.04下安装Tensorflow 2.0 GPU版本，大家之前在安装Tensorflow 2.0 GPU版本时，是否经常遇到CUDA、CUDNN安装麻烦的问题，下面呢，我介绍一种可以不用安装CUDA、CUDNN的方法（ps:这些安装自动在conda install tensorflow-gpu==2.0.0安装哦）！
文本关键字：Linux、软件管理、configure、make、make install
VMware Workstation是一款功能强大的虚拟机软件，中文名称为威睿。该软件在全球范围内非常流行，拥有着众多的用户和粉丝。相比其他虚拟机软件，VMware具有许多独特的功能和特性。它可以同时在一台电脑上运行多个不同的操作系统，包括Windows、Linux、BSD等。用户可以方便地在虚拟机中安装和运行不同的操作系统，从而满足各种不同的需求。除此之外，VMware还支持上位机的直接管理，用户可以在虚拟机中进行各种管理操作，提高了虚拟机的使用效率和便捷性。此外，VMware还支持虚拟机的移植，用户可以方便地将虚拟机迁移到其他的计算机上，从而实现虚拟机的灵活使用和管理。总之，VMware是一款非常优秀和实用的虚拟机软件，可以让用户轻松实现多操作系统的管理和使用。
Illustrator是目前世界上最受欢迎的向量图形编辑软件之一。随着设计行业的发展，Illustrator也不断更新迭代，新增了许多强大的功能和优化，其中最新版的Illustrator2023是最值得一提的。
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