对于同一个物种而言，会存在不同的基因组组装版本，以human为例，UCSC有以下多个版本
安装SRA tools Linux环境下按照以下步骤怎样获得一个自己的服务器请看以下教程“站长，没钱买高配置电脑咋做转录组分析？” 下载SRA toolswget "ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz"解压tar -xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz添加环境变量export PATH=$PATH:~/downlo
我们的转录组数据分析流程的脚本当然并不能是每次都对每个项目运行全部的环节的每个步骤，通常情况下就是选择性的跑几个步骤即可。有一些小伙伴也许会把流程里面的每个步骤拆分成为多个脚本，这样就绕过选择了。但如果全部是拆分，我们脚本管理起来难度很大。
主流有3个，我只介绍了两个： 用crossmap代替liftover做基因组坐标转换 liftover基因组版本直接的coordinate转换 其实国际三大主流生物信息学数据库运营单位都出了自己的基因组坐标转换，它们分别是 (UCSC liftOver, NCBI Remap, Ensembl API) Ensembl’s Assembly Converter.是基于crossmap的，我觉得挺好用的，就介绍给大家！！！ This online tool currently uses CrossMap, w
本文将详细介绍在Ubuntu16.04 LTS上对OpenJDK8进行编译，为了方便大家快速搭建起OpenJDK8的调试开发环境，我还录制了对应的视频放到了B站上，大家可以参考。
Go语言是Google新推出的结合了动态语言和静态语言优势的一个新兴的语言。下面介绍一下如何在Mac系统下安装和使用这个语言。
首先从github官网上下载minimap2的二进制文件压缩包，minimap2-2.26_x64-linux.tar.bz2，然后上传到服务器上。
在上游分析中，多个样本常常要同时分析，为了节省时间我们常常会通过写一个简单的脚本去运行。 比如对于这样的一个accessionlist，样本数较少
那下载哪个基因组呢？先了解一下： https://bitesizebio.com/38335/get-to-know-your-reference-genome-grch37-vs-grch38/
开发机配置如下：Linux内核是2.6，Centos版本为6.9，应该差异不大。
CIRCexplorer是一款环状RNA预测软件，专门用于预测exonic circRNA，网址如下
STAR 天下武功唯快不破，STAR就是这样一个神器，人家mapping几个小时，STAR只要15分钟~~~~ 干货的流程 安装 如果你按照下面的教程已经获得了一台云服务器，那么按照如下操作进行。10元转录组分析：这次真的是干货了~灰常干 cd ~/binhttps://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.5.3a.tar.gztar -xzf 2.5.3a.tar.gzcd STAR-2.5.3aln -s ~/bin/STAR-2.5.3a/bin/Linux_x8
该平台由位于弗吉尼亚大学公共卫生基因组学中心的计算生物学和生物信息学研究小组(Sheffield lab of computational biology)建立。上次修改/更新是2021年11月。
EBI (European Bioinformatics Institute) 和 NCBI (National Center for Biotechnology Information) 都是全球领先的生物信息学研究机构，它们提供了大量的生物信息学数据库和工具，对全球的科研工作者开放。
生物数据的处理本质上有两条路线：其中一条是序列本身具有结构特征，那么就可以通过软件算法来实现，比如预测基因，非编码 RNA，重复序列的分析等；另一条路线是序列本身没有结构特征，只能通过与已有序列进行比对，根据已知信息来推测未知信息，比如基因功能注释，16SrRNA 物种鉴定等，常见的一个例子就是得到一条序列，需要判断序列来自于哪个物种，就只能与数据库进行比对。
kallisto 是2016年发布的一款无须比对的转录本定量工具，采用了名为pseudo-alignment的算法。传统的定量算法是根据reads的比对位置来确认其属于哪个转录本或者基因，而pseudo-alignment 算法不关系reads具体的比对位置，而是通过reads的kmer特征来判断其属于哪一条转录本，示意图如下
Linux是一个多用户的操作系统。每个用户登录系统后，都会有一个专用的运行环境。 通常每个用户默认的环境都是相同的，这个默认环境实际上就是一组环境变量的定义。 环境变量是全局的，设置好的环境变量可以被所有当前用户所运行的程序所使用。 用户可以对自己的运行环境进行定制，其方法就是修改相应的系统环境变量。 环境变量有很多，需要重点理解的就是PATH，很多时候大家看到教程某些软件的使用，比如 mkdir -p ~/tmp/chrX_Y/hg19/cd ~/tmp/chrX_Y/hg19/#conda inst
狗（go）语言在网络编程中性能较高，因此受到各大互联网公司的青睐。 本文将从零开始，安装go和gotour，帮助大家愉快地学习go。
CNS图表复现之旅前面我们已经进行了10讲，你可以点击图表复现话题回顾。如果你感兴趣也想加入交流群，自己去：你要的rmarkdown文献图表复现全套代码来了（单细胞）找到我们的拉群小助手哈。
以下步骤描述如何安装（或更新）Scapy 本身。 根据你的平台，可能需要安装一些额外的库才能使其真正工作。 所以，请大家在平台特定之指南中查看如何安装这些必需的东西。
com.jetbrains.cidr.execution.debugger.backend.gdb.GDBDriver$GDBCommandException: Error creating process /cygdrive/f/jdk8u/jdk8u/build/linuxR/jdk/bin/java, (error 193).
众所周知，Web 服务器是 Web 开发中不可或缺的基础服务，在开发中经常会用到。耳熟能详的开源 Web 服务器有久负盛名的 Apache、性能强劲的 Nginx。而我们今天要介绍的开源项目是采用 Go 编写的 Web 服务端“后起之秀”：Caddy 它拥有下载无需安装就能用、零配置实现 HTTPS 等特点，从而在强者如云的 Web 服务器中占据了一席之地。
这是使用gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程图，整个流程是用Snakemake写的，这个图片也是Snakemake生成的。然后就被jimmy大佬点名了，受宠若惊，所以就有了本文。我是2016年从转录组学习小分队开始正式接触生信技能树，并走上了生信工程师的道路，我被jimmy大佬无私奉献的精神所折服，借此机会表示对jimmy大佬和生信技能树由衷的感谢！如果你也想从转录组开启你的生物信息学学习之旅，不妨考虑一下生信技能树的爆款入门：生信爆款入门-全球听（买一得五）（第4期），你的生物信息学入门课！
诚然，不同环境下成长的大家吸收新知识的习惯和能力千差万别，但总有一些人的经验非常值得借鉴！同样的指点我发出去了31份，能坚持一个月的寥寥无几，甚至能坚持5天的也才8个人。当然，独立自主的坚持学习本身就很难，更困难的是无人指导而经常走弯路。
说一下这次更新原因，本来说是不在更新这个系列，但是其他博友实际使用中发现的问题。在linux-ubuntu20.04/raspi-4b 在播放视频的过程中出现了url不识别倒是网络视频无法播放的问题以及本地播放没有音频等相关问题。博主在几周前已经解决，但是最近一直很忙，今天抽空也写了一下相关的linux下播放的相关依赖文件还有代码修改原因。
作者：murphyzhang、xmy、hjchjcjh 前言： 近期腾讯安全云鼎实验室听风威胁感知平台监测发现一款攻击路由器的蠕虫病毒，经过分析，认定此款蠕虫是 mirai 病毒的变种，和之前的 mirai 病毒不同，该蠕虫不仅仅通过初代 mirai 使用的 telnent 爆破进行攻击，更多通过路由器漏洞进行攻击传播。通过溯源可以发现，本次捕获的蠕虫来自于美国拉斯维加斯的一位名为 Philly 的黑客。 一、Playload 与漏洞分析 样本在传播和攻击过程中涉及到4个 PlayLoad ，均针对路由
人类单体型（Haplotype）及单核苷酸多态性位点（Single Nucleotide Polymorphism, SNP），能够揭示对药物和环境因子的个体反应差异，是将健康和疾病研究深入到分子水平的重要遗传信息。 以前我对全基因组重测续的研究也大多是找到SNV即可。但这次毕竟是我自己的基因，虽然以前没有做过SV，但还是想看看。 SV(结构变异)指基因组水平上大片段的插入、缺失、倒置、易位等序列。 详细的生物学解释，还有图文并茂的讲述大家可以自行阅读下面的课件和综述。人类基因组中很多结构变异（Struct
搞生信研究的，大部分数据都是针对于人类的，那么人类的参考基因组就不得不知了！ 与hg19的突变相关的一些数据解释。 Hg19基因组的分析 R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene详解 下载地址我就不贴了，随便谷歌一下即可！ Genome Reference Consortium Human —》 GRCh3 Feb. 2009 (hg19, GRCh37)这个是重点 Mar 2006 assembly = hg18 = NCBI36. May 20
本文不会涉及太多技术细节和源码，请放心食用 大家好，我是 HelloGitHub 的老荀，好久不见啊！ 我在完成 HelloZooKeeper 系列之后，就很少“露面了”。但是我对开源和 HelloGitHub 的热情并没有丝毫的减少。这不，逮着个机会就来输出一波，防止被大家遗忘😂。 这次带来的是我写的一款在终端浏览 HelloGitHub 的工具：hg-tui，让你双手不离开键盘就能畅游在 HG 的开源世界。功能如下： 色彩丰富、平铺展示 关键字搜索月刊往期的项目 类 Vim 的快捷键操作方式
在Linux上编写运行C语言程序，经常会遇到程序崩溃、卡死等异常的情况。程序崩溃时最常见的就是程序运行终止，报告Segmentation fault (core dumped)错误。而程序卡死一般来源于代码逻辑的缺陷，导致了死循环、死锁等问题。总的来看，常见的程序异常问题一般可以分为非法内存访问和资源访问冲突两大类。
大家好，我是邓飞，对于动植物育种而言，我之前写过PRS和MAS以及GS的关系，有老师评论说PRS更类似GS，因为它可以利用已有的GWAS信息，直接预测候选群的表型，如果按照动植物的GS方法，几十万几百万的样本做GS显然不现实，而PRS提供了这种思路，就可以利用已有的GWAS结果，通过一些质控，来预测候选群的表现（目标群体的风险得分）。
bed格式文件至少包括前3列，分别是：染色体的名字、染色体上的起始位置、染色体上的终止位置。这一步无论用写字板、excel、R等进行处理都可以，文件的后缀名也不重要，因为强行将文件后缀改为bed时，在后面的Linux系统中进行bedtools处理时也会报错。所需的bed格式文件参见下图。
上游分析需要在Linux操作环境里面，前面对10x的测序数据fq文件完成了 cellranger命令之后会有一个outputs文件夹。在该文件夹运行conda安装好的Python版本的velocyto软件即可，输出loom文件，供下游R里面操作。
结合小站之前的教程这一步应该插在STAR Mapping之后从零到壹:10元~Mapping神器STAR的安装及用随便选一个样本，在样本文件夹里找到bam文件，然后用samtools index建立baibam与bai要在一个目录下，载入到IGV软件中，就是视频那个样子啦。位置信息是chr12:123,406,542-123,416,558首先看是不是链特异性,右键选color alignments by first-of-pair strand如视频那样，红蓝分布，就是链特异性再看是什么样的链特异性在链特异性那个样本右键选color alignments by read strand鼠标放在红或者蓝的read上，看信息。显示first of pair那个read的箭头方向与基因的方向相反，这就提示是dUTP建库的方法。知道这些有啥用呢？在STAR运行结束后的ReadsPerGene.out.tab文件中非链特异性的要选第二列那个数而dUTP链特异性建库要选第四列那个数所以批量处理counts数教程中"站长，Mapping之后counts怎么合并成一个表？"df.use <- data.frame(v1 = df.read 这句代码中V4就是第四列，选择这个是针对dUTP链特异性建库测序的，如果是非链特异性建库图中那个位置应该改成V2就可以啦~~
其实官方已经为我们准备了一款在线 Go 语言教程 —— Go 语言之旅（gotour），支持在线敲代码练习，简直入门必备！
pygame是一组功能强大而有趣的模块，可用于管理图形、动画乃至声音，可以轻松的开发复杂的游戏。使用pygame来处理在屏幕上绘制图像等任务，就不用考虑众多繁琐而艰难的编码工作，而可以将重点放在程序的高级逻辑上。 但是在安装pygame时，却遇到比较苦恼的事情，就是有很多版本该怎么选择一个适合电脑系统的版本呢？并且有pygame有众多的版本，版本的名称一大串，都代表什么意思呢？刚刚接触确实是一脸萌萌的，接下来就简要的介绍两种系统的安装吧，windowns和linux：
这里一步到位下载bowtie2的参考基因组:http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml
主要分为两部分，第一部分即第一行为id行，以“>”开头，包含注释信息；第二部分（不只有第二行）为序列信息，每个字母表示一个碱基或氨基酸，一般用ATCGN来表示，其中N表示荧光信号干扰无法判断到底是哪个碱基。
如果有读者仔细看过RNA-seq结题报告，就会发现在定量分析以外通常还会有SNP和INDEL分析。目前，对人类测序数据找突变最常用的软件是GATK，除了速度慢以外，没有其他明显缺点（可以通过部署Spark提高速度；当然，如果有钱，可以购买Sentieon，快了15-20倍）。
理论上在个人Windows电脑上面做生物信息学数据分析是不实际的，因为太多的生物信息学相关软件的开发者对windows并不熟练，没办法提供完善的基于windows操作系统的软件。 而且个人Windows电脑配置肯定不会太高，一般的组学测序数据都是10~500G一个样本，而且很多软件运行的时候对内存要求很高，最后这些数据的分析过程会非常耗时，个人电脑在硬盘，内存，cpu方面均不足以承担这个重任。
BigWig文件可以使用wigToBigWig程序从wiggle（wig）格式文件转换得到
通过gene-based annotation 可以得到变异位点与基因之间的关系，除了与基因的关系之外，变异位点在基因组上某些特征区域的分布（比如转录因子结合区域，启动子区，增强子区等）更引人关注，这一功能通过region-based annotation 来实现。
1 问题发现 编译主线 kernel 版本的时候发现, 的内核版本编译成功后生成的版本号变成了 "x.y.z+", 为什么后面会多一个加号呢? 刚开始考虑是不是 CONFIG_LOCALVERSION
第 5 章 计算资源及编程 5.1 硬件配置 理论上在个人Windows电脑上面做生物信息学数据分析是不实际的，因为太多的生物信息学相关软件的开发者对windows并不熟练，没办法提供完善的基于windows操作系统的软件。 而且个人Windows电脑配置肯定不会太高，一般的组学测序数据都是10~500G一个样本，而且很多软件运行的时候对内存要求很高，最后这些数据的分析过程会非常耗时，个人电脑在硬盘，内存，cpu方面均不足以承担这个重任。 所以一般建议使用配置比较高的服务器，而且建议给服务器安装linux系
Sublime 是一款非常好用且流行的轻量级编辑器，除了代码高亮、语法提示等标配外，简约酷炫的外表看起来更是一种享受（最近一次更新从图标到界面更加扁平化），当然，Sublime只用到这个程度只能算是入门，更高级的玩法是插件扩展，这才是Sublime优于Editplus和Notepad++等轻量级的地方！
但是把读入的数据变成grange对象就需要一点点技巧，下面演示如何创建grange对象samtools等命令行工具有多复杂的功能和技巧， 那么这个R包就可以多复杂，如果你学习足够努力，那就发一个你比较Rsamtools和samtools命令行工具的心得笔记给我吧，我会给你惊喜的，我的邮箱是 jmzeng1314@163.com
.svn SVN是一个开放源代码的版本控制系统 ,在使用SVN管理本地代码过程中，会自动生成一个名为.svn的隐藏文件夹，其中包含重要的源代码信息
文件泄露, 根据泄漏的信息敏感程度, 在WEB漏洞中可以算是中危甚至高危的漏洞, 本篇文章就来 介绍下一些常见的泄漏, 主要分为由版本管理软件导致的泄露, 文件包含导致的泄露和配置错误导致的泄露.
Mercurial HG是基于python的开源分布式版本管理工具。与SVN不同的是，每个本地仓库都保存着完整的历史记录，即使远程仓库暂时离线，也可以进行本地版本管理，待远程仓库在线后再一起推送多次的修改记录。官网：https://www.mercurial-scm.org
最近因写文章需要查看 JVM 源码，有时代码逻辑不是很清晰，找半天，趁国庆假期，抽空下载了 OpenJDK13 搭建了 JVM debug 环境，把操作记录写在这篇文章里，让有需要的朋友可以参考，少踩坑。
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