LncRNA一直是近些年来非编码RNA领域的研究热点，所以，许多各式各样的LncRNA数据库应运而生。...今天，小编就来给大家介绍一个通过整合lncRNA在广泛的生物学条件下的表达谱来系统表征人lncRNA表达格局的数据库：LncExpDB（https://bigd.big.ac.cn/lncexpdb）。...这是一个人类lncRNA的表达数据库，致力于提供lncRNA基因的全面表达概况，探索其表达特征和能力，鉴定具有潜在的重要功能特征的基因，并在各种生物学环境/条件下与蛋白质编码基因相互作用。...下面小编来简要介绍以下该数据库的使用。 在主页搜索框中输入基因基因ID或名称，以浏览感兴趣的lncRNA。 ? 例：输入“TUG1”，检索后进入以下页面：包含12个部分。 1....任点一转录本链接，将跳转至LncBook数据库（目前为止数据最为全面的LncRNA数据库），显示该转录本的详细信息页面，主要包括下图红色方框11个方面的内容。 ? 欲要查询哪一方面信息，点击相应链接。
CANTATAdb数据库收录了植物中的lncRNA信息，主要通过l软件预测的方式识别植物中的lncRNA, 目前包含来自39个物种共239631个lncRNA，是目前最大的植物lncRNA数据库，网址如下...http://yeti.amu.edu.pl/CANTATA/ 通过从NCBI的SRA和EBI的ENA数据库中收集植物的RNA_seq数据，通过比对组装得到转录本序列，然后通过CNCI软件来预测lncRNA...通过导航栏的Search菜单，可以从下拉列表中选择感兴趣的物种，查看对应的lncRNA信息，以水稻Oryza sativa为例，检索框示意如下 ?...在该数据库中，每个转录本ID以CNCT开头，给出了染色体位置，CNCI软件的打分值，和swiss-prot蛋白数据库比对的结果，最大肽段长度，最大表达量，外显子个数等信息，点击Details可以查看以下详细信息...该数据库中的lncRNA信息是可以免费下载的，提供了FASTA和GTF两种格式，示意如下 ? 该数据库中收录的物种是最多的，做植物lncRNA研究的可以关注下这个数据库。
lncRNA在基因表达调控中发挥重要作用，研究lncRNA调控的靶基因，有两种研究策略，一种是通过传统的实验手段分析lncRNA结合的蛋白质，从而确定lncRNA与蛋白编码基因的相互作用，常用的手段有以下几种...LncRNA2Target数据库收集整理了已经发表的lncRNA靶基因数据，最新版本为v2.0, 网址如下 http://123.59.132.21/lncrna2target/index.jsp 涵盖了人和小鼠中的...通过Search菜单，可以方便的检索数据库，示意如下 ?...该数据库提供了下载功能，分别提供了传统实验和高通量两种手段分析的lncRNA靶基因文件，对应以下 两个文件 lncRNA_target_from_low_throughput_experiments.xlsx...通过该数据库，不仅可以查询lncRNA的靶基因信息，还学到了研究lncRNA靶基因的思路。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！
GreeNC数据库收录了植物和藻类的lncRNA信息，网址如下 http://greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page 该数据库中的lncRNA是软件预测的结果...，挑选没有比对上的转录本或者采用CPC软件预测蛋白编码潜能，挑选预测结果为non-coding的转录本，取两种方法的并集作为候选的lncRNA; 和miRBase，Rfam数据库比对，挑选没有比对上的转录本作为最终的...和Rfam数据库，同时符合这3点条件的lncRNA, 归类为high confidence，如果只满足其中2个条件，归类为low confidence; 还有一种情况，如果一个lncRNA的重复元件比例太多...目前该数据库收录了49个物种的lncRNA信息，以水稻Oryza sativa为例，检索结果如下所示 ? ? 默认只展示5个lncRNA信息，通过右下方的more，可以查看完整结果，示意如下 1....该数据库预测lncRNA的策略较为严格，值得我们借鉴。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！
不像起步很早的miRNA, lncRNA在最近十几年年才逐渐兴起，目前的现状是数据库很多，不同数据库对于lncRNA的命名方式不统一，这种混乱的命名模式，增加了研究的难度。...LNCipedia是一个综合性的人类lncRNA数据库，整合了多个数据库中，多篇文章中的lncRNA记录，并赋予了它们统一的ID, 网址如下 https://lncipedia.org/ 该数据库中的lncRNA...信息来源于以下几个数据库 LncRNAdb Broad Institute Ensembl Gencode Refseq NONCODE FANTOM 同时也包含了Nielsen, Hangauer...来获取对应的信息，示意如下 https://lncipedia.org/api/transcript/HOTAIR:1 https://lncipedia.org/api/gene/HOTAIR 通过这种综合性的数据库...，可以避免不同数据库中命名方式不同带来的不便。
PlncRNADB是一个专注于分析植物中lncRNA的数据库，网址如下 http://bis.zju.edu.cn/PlncRNADB/index.php 整个数据库构建的流程分为三步，示意如下 ?...从GEO数据库中采集物种对应的RNA_seq测序reads, 通过tophat+cufflinks的策略组装得到转录本序列； 首先去除长度小于200nt的转录本，然后过滤掉ORF长度大于120AA的转录本...，最后通过CPAT软件预测转录本的蛋白编码潜能，从而识别lncRNA转录本； 识别到lncRNA之后，通过catRAPID在线服务预测lncRNA和蛋白之间的相互作用； 该数据库共包含了以下4个物种的...通过导航栏的lncRNA菜单，可以预测lncRNA，上传fasta格式的序列，然后选择对应的阈值即可，示意如下 ?...这个数据库提供了一种研究植物中lncRNA的思路，其预测lncRNA序列和lncRNA-protein相互作用的方法值得借鉴。
之前我们介绍了 [[SPENCER-肿瘤LncRNA编码肽查询数据库]] 这种利用肿瘤质谱数据来检索LncRNA表达肽的数据库。而对于其他疾病就没办法使用这个数据库了。...所以，今天我们就来介绍一个多物种的LncRNA编码肽数据库：LncPep: http://www.shenglilabs.com/LncPep/#!/ 。...背景数据集介绍 LncPep当中的lncRNA信息主要来自于三个数据库：NONCODE (http://www.noncode.org/ ) ，The LncBook database (http://...数据库]]观察lncRNA的表达情况。...---- 数据库使用 LncPep一共提供了提供了三个功能：1）数据浏览；2）数据检索以及3）数据预测 数据浏览和检索 LncPep可以直接查看各个物种当中预测到的所有可以编码肽的lncRNA信息。
有研究表明，长链非编码RNA和许多的生命活动，疾病相关联，比如癌症，心脑血管病，神经退行性疾病等，为了更好的研究lncRNA的功能，开发者收录整理了已经报道的lncRNA和疾病的关联，并整理成了数据库lncrnadisease..., 网址如下 http://www.cuilab.cn/lncrnadisease 最新版的数据库中包含了914个lncRNA, 329种疾病， 将近3000个lncRNA与疾病之间的关联信息，还包含了...475个lncRNA与其他分子的相互作用信息。...除了lncRNA相关的疾病，该数据库还提供了lncRNA和其他分子的相互作用信息，通过Interaction可以查看相互作用信息，以HOTAIR为例，结果示意如下 ?...该数据库中的数据是开放下载的，而且是txt或者xls格式的，非常的友好。 该数据库其实就是一个文献整理工作的总结，通过该数据库，我们可以方便的得到已经报导的lncRNA相关疾病信息。
今天给大家介绍的这个数据库是一个和肿瘤转移相关的lncRNA数据库: LncR2metasta(http://lncr2metasta.wchoda.com/) ?...例如，假如我们想要查看肿瘤细胞侵袭相关的lncRNA。 在这一部分，我们可以看到关于这一分类的基本描述，和数据库拿到的lncRNA。 ?...在和这一分类相关的lncRNA当中，我们可以看到lncRNA的基因名；相关研究的肿瘤以及lncRNA在不同数据库当中的ID号。...同样的，结果也是以表格形式呈现的，我们点击相关的lncRNA。也是可以看到具体的文章信息。 ? 3. 数据库使用场景 以上是数据库的基本使用方法，除了基本的使用场景。...这个时候，我们就可以使用这个数据库查一下我们获得的lncRNA是否有人做过。 假如我们在分析的时候，寻找到了几个肿瘤转移相关的lncRNA。那我们讨论的时候肯定要进行相关的介绍的。
TANRIC整合了来自TCGA, CCLE等大型肿瘤研究项目的数据，对多种肿瘤的lncRNA表达量进行分析，差异分析，并对lncRNA与临床信息，基因组等数据进行相关性分析，文章发表在Cancer Research...cancerres.aacrjournals.org/content/75/18/3728 网址如下 https://ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/main.html 数据库构建的...以Gencode数据库中的lncRNA为标准进行分析，在分析前，过滤掉了其中与蛋白编码基因的exon有重叠的lncRNA 下载TCGA，CCLE等项目的RNA_seq数据，对肿瘤中的lncRNA进行定量...，采用的是RPKM的定量方式，筛选表达量在所有样本中平均值大于0.3的lncRNA进行后续差异分析 从TCGA中下载样本对应的临床信息，基因组和蛋白组数据，分析lncRNA和这些数据之间的相关性，采用的是斯皮尔曼相关系数...Analysis 其他3个模块结果是类似的，都是用于查看lncRNA分析的结果，分成了如下所示的3种分析 ? 结果展示示意如下 ? 对于肿瘤中的lncRNA研究而言，该数据库非常值得参考。
lncRNA可以作为miRNA sponge与miRNA发生相互作用，通过竞争性的结合miRNA, 可以调控其他基因的表达量, 发挥ceRNA的调控功能。...随着ceRNA研究的不断进展，相关文献越来越多,LncCeRbase数据库收集整理已发表文献中人类相关的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA信息，网址如下 http://lnccerbase.it1004....com/front/ 该数据库将ceRNA相关信息拆分成了以下4种类别 MiRNA LncRNA Gene Disease 根据任意一种类别，都可以得到相关的ceRNA信息，示意如下 ?...对于LncRNA, 提供了RNAcentral数据库的链接；对于miRNA, 提供了mirBase数据库的链接；对于Gene,提供了NCBI数据库的链接。...通过这个数据库，我们可以得到lncRNA相关的ceRNA信息，既可以作为前期研究的一个调研，也可以通过别人发表的ceRNA文献，参考其中分析ceRNA的思路和策略。
有多项研究表明lncRNA与众多生物学过程，复杂疾病相关，为了进一步探究lncRNA在这些生命活动中的具体作用，我们需要对lncRNA的功能进行分析。...在生物信息学中，对于基因功能的挖掘，通常的做法就是利用GO和KEGG等功能数据库，但是这些数据库中都是蛋白编码基因的功能，为了利用这些数据库中的信息，我们需要在lncRNA与mRNA之间建立起联系，常见的思路有以下几种...通过lncRNA和mRNA之间的相互作用 很多文献和数据库中都有报道的lncRNA与mRNA之间相互作用，也可以通过软件来预测二者之间的结合，通过lncRNA的靶标mRNA, 来研究lncRNA的功能...Co-LncRNA通过分析查找与lncRNA共表达的mRNA,构建lncRNA与mRNA之间的共表达网络，并通过共表达的mRNA对应的GO和KEGG来研究lncRNA的功能，该数据库的网址如下 http...该数据库中的数据是免费下载的，通过该数据库，我们不仅可以查找已有的lncRNA与mRNA的共表达分析结果，还可以对自己的数据进行共表达分析。
目前大部分lncRNA相关的数据库都是依赖高通量测序，而今天我们介绍的这个数据库以实验验证为基础，收集2016年5月1日前的所有lncRNA实验数据，并整合了lncRNAdb, LncRANDisease..., Lnc2Cancer 和 PLNIncRBase 三个lncRNA数据库的结果，当前版本包含来自77个物种的1543个lncRNAs，是目前为止最全面的有实验结果支持的lncRNA数据库，EVLncRNAs...首先我们进入主界面，数据库支持从lncRNA检索和功能两个方面检索，其中功能又分为疾病，lncRNA相互作用以及编码蛋白质能力。该数据库又将两个经典lncRNA（XIst和MALAT1）单独列出。...尽管数据库中涉及的lncRNA并没有很多，但是能够以实验为支持，能够为同学们提供一些信息。 写在最后 以上就是这个数据的基本内容了。由于是基于实验来构建的数据库。...所以可能一些新的lncRNA的功能什么的还是需要预测的。所以如果是可以通过这个数据库来看自己的目标lncRNA老不老。要是老的话，那这个数据库也就肯定包括了。
转录调控对疾病的影响是研究的热点之一，除了研究转录因子和TF之间这种直接的调控作用，科学家发发现lncRNA也可以参与转录调控，通过lncRNA-TF-gene的调控网络。...LncMAP数据库收集整理了20多种肿瘤中相关的lncRNA-TF-gene调控网络信息，网址如下 http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LncMAP/index.jsp 肿瘤类型和对应的...lncRNA调控网络数量统计图示如下 ?...选择肿瘤类型，然后输入lncRNA, TF, Target gene中的任意一个都可以，以PVT1这个lncRNA为例，检索结果如下 ?...数据库中的信息是开发团队基于TCGA数据库中的转录组表达谱数据分析得到的，通过在线服务，我们可以方便的查看所有的lncRNA-TF-Gene调控网络结果。
通过探究这些位于lncRNA基因上的SNP位点，为我们研究lncRNA在疾病中的角色和作用提供了打开了一个新的视角。...lncRNA相关的SNP位点包括以下两类 位于lncRNA基因区域的SNP位点 位于lncRNA基因转录因子结合区域的SNP位点 无论是直接位于lncRNA的基因上，还是位于调控该基因的转录因子结合位点...，并将其中的信息做成了数据库，就是LincSNP,网址如下 http://210.46.80.146/lincsnp/index.html 目前版本为2.0，通过Linc-confirm菜单，可以发现文献中发表的与疾病相关的...通过Linc-Score功能，可以检索特定lncRNA基因相关的疾病，示意如下 ? 该数据库是免费下载，示意如下 ?...该数据库以SNP位点为桥梁，建立起了lncRNA与疾病之间的关联，这个思路值得借鉴。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！
NONCODE数据库是一个综合的非编码RNA数据库，该数据库中包含了除tRNA和rRNA之外的其他类型的非编码RNA信息，其中绝大部分是lncRNA,网址如下 http://www.noncode.org...该数据库通过两个途径收集和整理非编码RNA信息，第一种是通过pubmed进行文献检索，以ncrna, non-coding等关键词检索，然后从文章中提取非编码RNA;第二种是通过已有的数据库，比如RefSeq...通过Browse DB, 可以查看数据库中每个非编码RNA的信息，示意如下 ?...通过Function菜单，可以检索得到lncRNA对应的Go注释， 结果示意如下 ? lncRNA对应的GO注释是通过ncFANS这个在线网站得到的。...通过Disease菜单，可以检索到得到lncRNA相关的疾病和突变信息，示意如下 ? 官网还提供了iLncRNA工具，用于预测lncRNA, 示意如下 ?
LncATCdb数据库记录了疾病相关的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络数据，并提供了功能富集分析，网络图可视化，生存分析等结果，网址如下 http://www.bio-bigdata.net...除此之外，还包含了lncRNA-miRNA, mRNA-miRNA相互作用的详细结果。lncRNA与miRNA的相互作用使用下图中的几个软件进行预测 ?...mRNA-miRNA的相互作用从数据库中得到，示意如下 ?...除此之外，该数据库还提供了一种在线工具lncACT-Get, 可以上传自己的表达谱数据，然后进行ceRNA分析。 该数据库中的信息是可以免费下载的， 提供了以下8种信息 ?...通过该数据库，可以得到已有的ceRNA关系，更方便的是，由于数据库中已经存储了lncRNA-miRNA, mRNA-miRNA之间的相互作用关系, 我们可以上传自己的表达谱数据，通过在线工具在识别新的ceRNA
因此今天就来介绍一个用来检索肿瘤相关LncRNA编码肽段的数据库：SPENCER | A comprehensive database for small peptides encoded by ncRNA...---- 数据库使用 SPENCER一共提供了三个主要的功能：1）数据库浏览；2）数据检索以及3）BLAST 浏览和检索 在数据的浏览当中，我们可以查看这个数据库的所有基本信息，比如有多少个肿瘤特异性的肽...blast 除了一般数据库的功能之外，在SPENCER当中也提供了Blast的功能。方便使用lncRNA序列直接预测可以编码的肽段。其中序列的输入是以 [[Fasta基因序列格式]] 的格式输入。...如果有研究lncRNA的可以尝试的预测一下试试。 另外SPENCER主要是用来预测肿瘤相关肽的。如果要做其他疾病的话，其实参照其数据库的分析流程，可以直接检索其他疾病的进行分析即可。...如果数据多了也可以构建一个数据库的。
lncRNome是一个综合性的人类lncRNA数据库，中收录了超过17000个lncRNA,网址如下 http://genome.igib.res.in/lncRNome/ 在该数据库中，提供了以下几种...lncRNA的信息 染色体位置 基因类型 功能描述 相关疾病 除此之外，利用多组学分析，还提供了以下两种信息 lncRNA相互作用的蛋白 lncRNA上的SNP位点 lncRNA上的甲基化位点/组蛋白修饰区域...官网提供了多种检索方式，可以通过lncRNA Id, 染色体编号，基因类型等方式进行检索，示意如下 ?...序列和二级结构 lncRNA的序列来自UCSC，二级结构采用RNAfold软件预测得到，示意如下 ? 3. 与蛋白质的相互作用 ? 4. 位于lncRNA区域的SNP位点 ? 5....该数据库是免费下载的，可以下载以下数据 ? ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！
有非常多的文献报导指出，lncRNA可以作为miRNA sponge， 从而与miRNA发生相互作用。...LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库，最新版本为v2, 网址如下 http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools...其中软件预测的lncRNA与miRNA相互作用数据是可以免费下载的，实验证据支持的数据需要向开发团队申请才可以。...通过这个数据库，我们可以查询到lncRNA与miRNA之间的相互作用信息，但是在线检索一次只能检索几个lncRNA或者miRNA, 同时需要注意lncRNA id的格式，只支持refseq Id,ensembl...id和human body map项目中给出的lncRNA id。
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
ICP备案
实时音视频
对象存储
即时通信 IM
