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1
回答
如何将计数对象
的
标识粘贴到R中
的
新列中?
我有以下数据与生物型组分
基因
和一些代码,以计数每个生物类型
的
基因
数目。ENSG02","ENSG03","ENSG04","ENSG05")data <- da
浏览 6
提问于2022-07-27
得票数 1
回答已采纳
3
回答
如何将包含等号
的
新元素添加到R中
的
字符向量中
、
我有一个包含
基因
及其相关颜色
的
字符载体:我正在尝试查看另一个
基因
列表,如果这个
基因
还没有包含在载体中,我会添加一个随机颜色
的
基因
:library(randomcoloR) for(gene in other_gene
浏览 14
提问于2022-06-13
得票数 1
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1
回答
这些数字范围是否相互重叠
、
我一直在使用两个不同
的
目标
预测
程序来
预测
基因
上
的
结合位点,并使用R来处理我得到
的
结果假设我有两个程序X和Y; X
预测
两个站点,x1是两个站点
的
开始位置,x2是停止位置。<-c(1521,1259
浏览 5
提问于2015-02-09
得票数 0
2
回答
miRNA目标富集
、
、
、
有没有人知道一个软件包或函数,它接受一个miRNA和一个mRNA
的
转录ID (ENSTXXXXXXXXXX),并输出该
基因
是否是该miRNA
的
目标?我已经查看了Bioconductor软件包("mirbase.db“等),但我找不到一个可以做到这一点
的
。
浏览 3
提问于2013-12-11
得票数 3
1
回答
比较R中两列
的
密度图
、
我有一个26000个
基因
的
Chip-seq结果数据矩阵6 AK123756 800 35469 我想绘制两个样本
的
计数密度图我正在使用R,我非常困惑,主要是因为我不能将它们绘制为直方图,我得到
的
一个图形只有
浏览 0
提问于2012-03-29
得票数 1
3
回答
如何知道哪个标签是由weka
预测
的
、
我可能会提出一个愚蠢
的
问题,但我正与weka合作
预测
不同
基因
在癌症中
的
作用,类似这样非常感谢!
浏览 3
提问于2017-09-07
得票数 0
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2
回答
用于大型数据集
的
LDA替代方案
、
、
我正在分析一个大
的
R
基因
表达数据集,有100个样本和50.000个
基因
。如果目标是产生样本
的
投影,使已知标签之间
的
差异最大化,那么lda()
的
一些好
浏览 1
提问于2015-03-18
得票数 1
回答已采纳
3
回答
如何在python中从字符索引中找到行号?
、
、
、
我有一个
基因
数据集,其中一行
的
索引是
基因
的
名称。我还希望找到任何给定
基因
的
行号,这样我就可以在经过机器学习模型
预测
后单独查看
基因
-以解释
基因
的
预测
形状。我如何为shap图编码目前需要一个行号来提取特定
的
基因
。 我
的
数据如下所示: Index Feature1 Feature2 ...10 Gene2 1 0.
浏览 49
提问于2020-10-09
得票数 2
回答已采纳
1
回答
如何使用Cytoscape分析“一对多”数据值
、
我对使用Cytoscape分析
基因
之间
的
分子关系很感兴趣,我一直在阅读Cytoscape网站上
的
教程,但我不确定如何使用Cytoscape进行“一对多”比较。例如,每个
基因
通常被指定为“节点”,其“边”对应于与其他
基因
的
交互作用。Cytoscape使用“属性”将节点或边名称映射到特定
的
数据值。在一个简单
的
“一对一”比较中,您可能有一个包含10个
基因
及其表达值
的
列表,这样每个
基因
的
属
浏览 1
提问于2020-06-02
得票数 1
1
回答
如何在Python中将序列发送到Web
基因
预测
服务器?
、
、
、
我目前正在做一些关于‘从头算
基因
预测
’程序
的
项目。我发现了一些有趣
的
网络
基因
预测
服务器,比如'FGENESH‘和'GenScan’。网址如下:谢谢。
浏览 4
提问于2011-09-14
得票数 0
1
回答
无法使用RabDB获取查询结果
我使用一个非常专门
的
数据库
,名为RabDB ()。来自项目网站: 错误#9999请看桌子下面。
浏览 0
提问于2017-12-18
得票数 0
回答已采纳
2
回答
预测
cv.glmnet为每一行r提供相同
的
值
、
、
、
我在一个
基因
型
的
二进制数据集上使用cv.glmnet来
预测
一个连续变量
的
表型。数据看起来像这样,但有>200个
基因
:1 18.063630 0 0 0 0batch1218.kegg是一组新
的
基因
型数据,我想用它来
预测
表型。我
的
预测
最终是这样
的
:
浏览 21
提问于2020-02-27
得票数 3
2
回答
如何在形状上绘制错误分类
的
样本?
、
、
、
、
我有一个
基因
数据集,得分在引起疾病
的
可能性
的
0到1之间(
基因
得分为1是已知
的
致病
基因
,而如果
基因
得分为0.74,则很可能导致疾病)。我试图建立一个机器学习模型来
预测
新
基因
在回归分类中
的
疾病评分。我想看一看那些已知
的
疾病
基因
,但得分很低
的
基因
的
形状决定图(例如,得分为1
的
基因
,但我
的</
浏览 3
提问于2020-10-09
得票数 1
回答已采纳
2
回答
提取VCF文件中管道之间
的
变量字符串内容
、
、
、
这个问题看起来可能与遗传学有关,但实际上它是基于编程
的
。20|||||,|FAIL|0.00|0.00|0.01|0.00|13|40|-3|13|||MODIFIER|AL139423.1|ENSG00000272078|ENST00000606802|
lncRNA
17/20|||||,|FAIL|0.00|0.00|0.00|0.00|22|3|1|2|||MODIFIER|AL139423.1|ENSG00000272078|ENST00000606802|
lncRNA
||1/1||||| GT:GQ:DP:
浏览 8
提问于2021-05-20
得票数 0
1
回答
Cox比例风险模型中
的
交互作用:对比度和两个分类因素之间
的
问题
、
、
、
、
我需要帮助才能理解R中
的
coxph()函数是如何工作
的
,从而了解如何正确解释输出。 我尝试在一个包含两个因素
的
“生存分析”数据集上运行cox比例风险模型:性别和
基因
型。
基因
型因子有三个分类变量:"Ctrl","nKO","CRE_Ctrl“。但不是
基因
型(nKO vs CRE_Ctrl),
基因
型(nKO vs Ctrl),我不明白。所以,我不明白这是怎么回事。为什么我对没有交互作用
的
基因</em
浏览 826
提问于2020-04-29
得票数 0
2
回答
使用不含字符串
的
正则表达式过滤闪亮DT
、
、
我有一个简短
的
问题,关于在shiny中实现
的
包shiny。我想在一个闪亮
的
应用程序中使用可再现
的
顶部过滤器来过滤包含特定单词
的
行。,但也不起作用这是我呈现表
的
完整代码。list(c(25, 50, 100, -1), list('25', '50', '100', 'All'))#,我已经在列表中包含了search选项这是我
的
daframe
浏览 0
提问于2019-09-06
得票数 2
回答已采纳
1
回答
根据其中一个和另一个列
的
观察结果创建一个新
的
数据集
我正试图解决我面临
的
一个问题.假设我有这两个数据集,一种是药物
的
基因
靶
点,另一种是癌症
基因
的
病人数据:AR ACVR1C6 NOTCH/MAST8 ESR1-CCDC17010 MYB-NFIB 我想在r中运行一个函数,它将创建一个新
的
数据集(第三个数据集),该数据集将从患者数据集<em
浏览 1
提问于2022-06-18
得票数 0
回答已采纳
1
回答
如何将多个roc绘制在一起?
、
、
我想找到一些好
的
预测
因子(
基因
)。,如下所示 1-我在这段代码中分别测试了23个
基因
中
的
每一个,每个
基因
都给出了p值< 0.05,仍然是一个很好
的
预测
因子;例如,对于CDK6,我已经这样做了 glm=glm(TRG ~ CDK6, data= df, family = binomial(link = 'logit')) 最后,我获得了五个
基因
,并将它们放入这个模型中: final <- glm(TRG
浏览 45
提问于2019-07-04
得票数 1
回答已采纳
1
回答
主成分分析与弹性网络回归
、
、
我已经在微阵列
基因
表达集中确定了疾病病例和对照中感兴趣
的
基因
,并应用了PCA。我想使用弹性网络回归来建立一个模型,该模型可以确定哪些主成分是源
的
预测
(病例与对照),但我不确定如何做到这一点,即输入什么作为x和y变量。任何帮助都将不胜感激!
浏览 0
提问于2016-11-30
得票数 0
2
回答
如何将分类问题转化为回归问题?
、
、
、
我有数据描述
的
基因
,每个得到4个标签,我用这个来训练模型
预测
/标签其他未标签
的
基因
。我有一个巨大
的
阶级不平衡,10k
基因
在一个标签和50-100
基因
在其他3个标签。由于这种不平衡,我试图将我
的
标签转换为一个模型
的
数值,以
预测
一个分数,而不是一个标签,减少偏见。我有生物学背景,所以我要学习):我不确定是否有一种更正式
的
方式,我应该接近这一点,或者这种回归转换是有问题<
浏览 0
提问于2020-03-27
得票数 1
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