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HiChIP 数据分析: 鉴定 Loops

鉴定HiChIP Loops 由于 HiChIP 实验流程中包含免疫沉淀步骤，因此可以把 loops 定义为被靶向蛋白结合的区间（即 anchor regions）之间的相互作用。...此外，hichipper 还根据互作 anchors 的基因组位置及距离对 loops 进行筛选：仅保留 intrachromosomal loops；anchors 之间的最小距离设为 5 kb，以避免纳入自连接...loops，而最大距离设为 2 Mb，因为更远距离的相互作用生物学意义较小。...和 intrachromosomal loops。...最后，“Reads in Loops” 是指包含在环中的读段对，即唯一、染色体内、宽度在 5 kb 到 2 Mb 之间且锚点已映射的 PETs。

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hdu 3853LOOPS (概率DP)

LOOPS Time Limit: 15000/5000 MS (Java/Others) Memory Limit: 125536/65536 K (Java/Others) Total Submission...But because of the plot of the Boss Incubator, she is trapped in a labyrinth called LOOPS. ?...The planform of the LOOPS is a rectangle of R*C grids....At the beginning Homura is in the top left corner of the LOOPS ((1, 1)), and the exit of the labyrinth...portal, your task is help poor Homura calculate the EXPECT magic power she need to escape from the LOOPS

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JS：事件循环机制（Event Loops）

** 事件循环，即 Event Loops。用于协调事件、用户交互、JavaScript 脚本、DOM 渲染、网络请求等等的执行顺序问题。...to=https%3A%2F%2Fhtml.spec.whatwg.org%2Fmultipage%2Fwebappapis.html%23event-loops) * [并发模型与事件循环 - JavaScript

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chromatin loops:染色质环简介

进一步分析发现染色质环中有很大部分为promoter-enhancer loops，这也解释了增强子对靶基因的调控机制，虽然增强子与靶基因线性距离很远，但是增强子与靶基因启动子位于一个染色质环上，空间距离近

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reactor-netty中TcpClient的create过程

/reactor/ipc/netty/tcp/TcpResources.java /** * Return the global HTTP resources for event loops...= null){ if(loops !...= loops == null ?...PoolResources.elastic(name) : pools; } else { loops = loops == null ?...previous.defaultLoops : loops; pools = pools == null ?

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Scala Collections集合的几个重要概念

9) scala> val events = list.filter(_ % 2 == 0) events: List[Int] = List(2, 4, 6, 8) 隐式循环（ Implied loops...） This is a nice lead-in into the third topic: implied loops....但是我想你也会同意filter这种方式既精简又易读 Collection methods like filter, foreach, map, reduceLeft, and many more have loops...As a result, you’ll write far fewer loops when writing Scala code than with another language like Java...所以相比JAVA，Scala可以少写很多循环

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聊聊reactor-netty的PoolResources的两种模式

/reactor/ipc/netty/resources/DefaultPoolResources.java 它实现了netty-transport-4.1.22.Final-sources.jar!... onNew) { if (previous == null) { loops = loops...LoopResources.create("reactor-" + name) : loops; pools = pools == null ?...PoolResources.elastic(name) : pools; } else { loops = loops == null ?...previous.defaultLoops : loops; pools = pools == null ?

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将JDK5.0开发的项目转为JDK1.4可运行的项目Retrotranslator

bytecode transformer that translates Java classes compiled with JDK 5.0 into classes that can be run...所能够支持1.5语言的特性如下： Supported 1.5 Language Features generics extended for loops static imports autoboxing...Are you a Java developer who's excited about the new JDK 1.5 language features?...Do extended for loops make you feel warm and fuzzy inside?...Retroweaver operates by transforming Java class files compiled by a 1.5 compiler into version 1.4 class

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三维基因组：Loop结构差异分析(1)

使用方法如下： java -jar SIP_HiC.jar hic [options] 示例（在 UNC...的 longleaf 集群上提交作业）： java -jar SIP_HiC_v1.6.1.jar hic file.hic hg19_chromSizes_filt.txt outdir juicer_tools.jar...## Load packages library(hictoolsr) library(dbscan) ## Define WT and FS loop file paths wt_loops <-...", package = "hictoolsr") ## Merge loops and convert to GInteractions loops <- mergeBedpe(bedpeFiles...= c(wt_loops, fs_loops), res = 10e3) |> as_ginteractions() head(loops) 提取 Hi-C 计数 DESeq2 在调用差异loop

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教你几个Python技巧，让你的循环和运算更高效！

前言 Python 虽然写起来代码量要远少于如 C++,Java，但运行速度又不如它们，因此也有了各种提升 Python 速度的方法技巧，这次要介绍的是用 Numba 库进行加速比较耗时的循环操作以及...代码如下所示： import time import random num_loops = 50 len_of_list = 100000 def insertion_sort(arr):...list_of_numbers) end = time.time() run_time = end-start print('Average time={}'.format(run_time/num_loops...那么，如何采用 Numba 加速循环操作呢，代码如下所示： import time import random from numba import jit num_loops = 50 len_of_list...代码如下所示： import time import numpy as np num_loops = 50 img1 = np.ones((1000, 1000), np.int64) * 5 img2

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MySQL 8.0 新特性：引人注目的哈希连接（Hash Join）

搜索互联网架构师公众号，回复“2T“，送你一份Java架构视频需要注意的是，如果 hash join 无法在内存中完成，并且打开的文件数量超过系统变量 open_files_limit 的值，连接操作可能会失败...************************* EXPLAIN: -> Aggregate: count(0) (actual time=22993.098..22993.099 rows=1 loops...=1) -> Table scan on t3 (cost=0.00 rows=998412) (actual time=0.103..3973.892 rows=1000000 loops...************************* EXPLAIN: -> Aggregate: count(0) (actual time=47684.034..47684.035 rows=1 loops...-> Nested loop inner join (cost=2295573.22 rows=998412) (actual time=0.116..46363.599 rows=1000000 loops

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云平台服务商一览

, PHP, Ruby, Python,Perl 　　* Microsoft Azure (http://www.microsoft.com/windowsazure/) 　　 - .NET, Java..., PHP, Ruby 　　* Dotcloud - (http://www.dotcloud.com/) 　　 - Java, Perl, PHP, Python, Ruby, Node.js 　　.../) 　　 - Java, Ruby, Node.js 　　* Brightbox Cloud (http://beta.brightbox.com/) 　　 - 自选操作系统　　* AppFog...(http://www.ep.io/) 　　* AppHosted (https://apphosted.com/) 　　* Gondor (https://gondor.io/) 　　* 30loops...(http://30loops.net/) 　　* Stable.io (http://stable.io/) 　　* Pydra (http://www.pydra.com/) Ruby 　　*

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比较type和isinstance

这与类似Java那样的语言就完全不同了。...str) True 下面比较一下这两个函数的性能： $ python -m timeit -s "variable = 'hello'" "type(variable) is int" 2000000 loops...5: 102 nsec per loop $ python -m timeit -s "variable = 'hello'" "isinstance(variable, str)" 5000000 loops...==的执行速度更慢，可以用下面的代码检验： $ python -m timeit -s "variable = 'hello'" "type(variable) == str" 2000000 loops...记住，编写函数的时候，不检查对象类型，是Python的惯例，不要把Java的习惯带过来。

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如何加快循环操作和Numpy数组运算速度

2019 年第 53 篇文章，总第 77 篇文章本文大约 4200 字，阅读大约需要 11 分钟前言 Python 虽然写起来代码量要远少于如 C++,Java，但运行速度又不如它们，因此也有了各种提升...代码如下所示： import time import random num_loops = 50 len_of_list = 100000 def insertion_sort(arr):...list_of_numbers) end = time.time() run_time = end-start print('Average time={}'.format(run_time/num_loops...那么，如何采用 Numba 加速循环操作呢，代码如下所示： import time import random from numba import jit num_loops = 50 len_of_list...代码如下所示： import time import numpy as np num_loops = 50 img1 = np.ones((1000, 1000), np.int64) * 5 img2

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一次Dhrystone测试

Test (time for 1000000 number of loops): 58.000000 2....Test (time for 1000000 number of loops): 58.000000 3....Test (time for 1000000 number of loops): 58.000000 4....Test (time for 1000000 number of loops): 58.000000 5....Test (time for 1000000 number of loops): 58.000000 6.

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用SQL写游戏，可能吗？看看大佬是如何使用 SQL 写一个俄罗斯方块亮瞎你的钛合金狗眼的！

我们平时接触的编程语言，比如Python、Java、C++，都是图灵完备的。但SQL呢？...-- without i appended...-> Memoize (loops=999) ... ... Loop (loops=999) -> WorkTable Scan on main main_1 (loops=999) -> Function Scan on dblink input... (loops=999) -- called every iteration...虽然说这个过程比传统的编程语言要复杂得多，但实际上，通过SQL，也能够非常清晰地描述出游戏的规则和状态变化。...我们习惯性地把SQL、Python、Java等语言分门别类，用它们来解决不同类型的问题。但这个项目提醒我们，编程的真正边界，或许并不是由语言的设计来决定的，而是由开发者的想象力来定义的。

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pg_hint_plan定制执行计划

------ Hash Right Join (cost=89.82..337.92 rows=17877 width=540) (actual time=0.053..0.059 rows=3 loops...t1.id) -> Seq Scan on t3 (cost=0.00..32.60 rows=2260 width=8) (actual time=0.002..0.002 rows=3 loops...=1) -> Hash (cost=1.03..1.03 rows=3 width=8) (actual time=0.005..0.005 rows=3 loops=1)...=1) -> Hash (cost=1.03..1.03 rows=3 width=8) (actual time=0.005..0.005 rows=3 loops=1)...=1) -> Hash (cost=1.03..1.03 rows=3 width=8) (actual time=0.006..0.006 rows=3 loops=1)

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JMH探索

、JMH注意事项 3.1 Dead-Code代码 3.2 黑洞 3.3 常量折叠 3.4 避免循环 3.5 分叉四、可视化 JMH基本介绍什么是JMH JMH，即Java...Microbenchmark Harness，是专门用于Java代码微基准测试的工具套件。...预热（Warmup）由于Java虚拟机的JIT的存在，同一个方法在JIT编译前后的时间将会不同。通常只考虑方法在JIT编译后的性能，所以需要预热。..._11_Loops.measureWrong_100 thrpt 3 30.362 ± 63.189 ops/ns JMHSample_11_Loops.measureWrong_1000...如果大家需要更多的入门实例，可参照官方地址： http://hg.openjdk.java.net/code-tools/jmh/file/ https://github.com/openjdk/jmh

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PostgreSQL 查询语句开发写不好是必然，不是PG的锅

--- HashAggregate (cost=1194.15..1206.65 rows=1000 width=59) (actual time=20.612..21.072 rows=958 loops...-> Hash Join (cost=715.56..1084.68 rows=14596 width=29) (actual time=5.115..16.883 rows=14596 loops...Seq Scan on payment p (cost=0.00..253.96 rows=14596 width=10) (actual time=0.005..1.142 rows=14596 loops...-> Hash (cost=70.81..70.81 rows=4581 width=6) (actual time=0.879..0.880 rows=4581 loops...=1) -> Hash (cost=64.00..64.00 rows=1000 width=19) (actual time=0.318..0.318 rows=1000 loops

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Explain Analyze的作用和效果

**************** EXPLAIN: -> Table scan on y1 (cost= rows=1e+6) (actual time=0.0339..145 rows=1e+6 loops...=) row in set (0.20 sec) 其中 (actual time=0.0339..145 rows=1e+6 loops=1) 这条就代表实际执行数据。...loops=1：循环次数。第二个例子第一次执行对表 t1、t2 做内连，求满足条件的总记录数，连接 KEY 为 ID。执行计划表示先嵌套循环连接后，再做 COUNT 聚合计算。...嵌套循环内联部分：Nested loop inner join (cost=5839.68 rows=10169) (actual time=0.057..27.721 rows=10000 loops...index lookup on a using PRIMARY (id=b.id) (cost=0.38 rows=) (actual time=0.001..0.002 rows= loops=)

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比较type和isinstance

如何加快循环操作和Numpy数组运算速度

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