1 .前情提要 第三期理论教程结尾时讲到蛋白质三大元素整合以及搜库过程是理论谱图和实际谱图的匹配过程 ? ?...本期继续介绍蛋白质组学搜库软件之 MaxQuant 1.参考文献 The MaxQuant computational platform for mass spectrometry–based shotgun...对于碰撞诱导离解(CID)、高能碰撞离解(HCD)和电子转移离解(ETD)所产生的串联光谱可以很容易地用MaxQuant进行分析。...MaxQuant使用target-decoy搜索策略以估计和控制假阳性。 ?...肽只能对这个protein group的得分做出贡献，确保光谱不被用于多个protein group使用。
目录 一 .上期教程方法输出的结果1.上期的教程输出的结果2. 文件夹较多3.重要的文件夹是 combined4. txt 文件夹5. proteinGroup 文件二....1.上期的教程输出的结果 ?...img 5. proteinGroup 文件 txt文件夹里有一个 proteinGroup 文件，使用excel表格打开，那这个表格就是我们想要的表格 ? img ? img 二....img 1）细胞一：OVCA429 点击Maxquant 打开一个窗口，先导入第一种细胞的6个样本，命名实验为每个样本的名字，这样最后定量的结果会输出每个样本的定量信息。 ?...2）细胞二: OVISE 重新开一个Maxquant的搜库文件，导入数据 ? 然后设置参数，参数设置和上期一样。 1）增加数据库 ? img 2）设置定量信息，修饰信息等，本文都是采用默认参数。
raw data做MaxQuant定量分析是错误的，MaxQuant软件只能识别单电压的raw data，因此需要使用FAIMS MzXML Generator 软件将raw data转换成各自电压下的...实操过程下面部分是原始质谱数据定性和定量蛋白质过程：安装数据转换和搜库软件：本教程基于MaxQuant 1.6.17.0版本，该软件可从MaxQuant官网直接下载或从子目录Software直接解压获取...FAIMS技术，则需要使用FAIMS MzXML Generator软件将RAW转换成40/60/80不同电压下的mzXML文件，否则跳过该步骤； 搜库鉴定蛋白质：我们使用免费开源的MaxQuant 1.6.17.0...结果MaxQuant是一款强大的蛋白质组学数据分析软件，它能够完成蛋白质的定性和定量分析。当MaxQuant完成分析后，会生成一个名为“combined”的目录。...下游数据分析下游数据分析见后续的教程代谢组数据分析二：数据预处理代谢组数据分析三：降维分析代谢组数据分析四：差异分析代谢组数据分析五：功能分析代谢组数据分析六：基于报告分数的功能分析代谢组数据分析七：溯源分析代谢组数据分析八
定性和定量蛋白质 在获取质谱图谱数据后，为了进行蛋白质的定性和定量鉴定，我们通常会使用带有搜库引擎的软件进行数据处理。...raw data做MaxQuant定量分析是错误的，MaxQuant软件只能识别单电压的raw data，因此需要使用FAIMS MzXML Generator 软件将raw data转换成各自电压下的...：来自欧洲生物信息学中心的UniProt KB数据库是目前广泛使用的蛋白质数据库。...实操过程 下面部分是原始质谱数据定性和定量蛋白质过程： 安装数据转换和搜库软件：本教程基于MaxQuant 1.6.17.0版本，该软件可从MaxQuant官网直接下载或从子目录Software直接解压获取...FAIMS技术，则需要使用FAIMS MzXML Generator软件将RAW转换成40/60/80不同电压下的mzXML文件，否则跳过该步骤； 搜库鉴定蛋白质：我们使用免费开源的MaxQuant 1.6.17.0
我们《生信技能树》早期也分享过蛋白质组学数据处理教程，目录如下： 蛋白质组学第1期-认识基础概念 蛋白质组学第2期-认识蛋白质组学原始数据 蛋白质组学第3期-蛋白质组学的三大元素 蛋白质组学第4期 文章搜库过程复现...蛋白质组学第5期搜库软件之 MaxQuant 再介绍 蛋白质组学第6期 搜库软件之 MaxQuant 结果数据介绍 蛋白质组学第7期 复现文章数据- 预处理之Perseus 的使用 蛋白质组学第8期...第一种是**数据依赖采集(data-dependent acquisition, DDA)**，在临床应用中仍被广泛使用，并经常与等压肽标记结合使用。...蛋白质组常见的搜库软件： MaxQuant：MaxQuant 是一个定量蛋白质组学软件包，专为分析大型质谱数据集而设计。它专门针对高分辨率 MS 数据。支持多种标记技术以及无标记量化。...MaxQuant 是免费的，可以从这个站点下载。下载内容包括搜索引擎 andromeda，它集成到 MaxQuant 以及用于检查原始数据和识别和量化结果的查看器应用程序。
这种结合使用鉴定和定量的方法可以提供关于蛋白质在不同条件下表达模式的详细信息，从而有助于理解生物学过程和疾病机制。...基于MaxQuant MaxQuant的使用方法可以参考这个推文：蛋白组分析软件MaxQuant——Label-free quantification分析教程 有很多蛋白质组数据的作者都是采用了MaxQuant...软件，也可以看生信技能树公众号2019的系列推文： 蛋白质组学第4期 文章搜库过程复现 蛋白质组学第5期搜库软件之 MaxQuant 再介绍 蛋白质组学第6期 搜库软件之 MaxQuant 结果数据介绍...值得一提的是很多人会选择Perseus软件，它可以作为MaxQuant的兄弟软件，使用MaxQuant处理之后的数据可以直接导入Perseus进行分析，此软件将处理数据的过程可视化，使用起来简洁明了，并且比在...此外，一些软件可能需要与其他工具或数据库配合使用，以完成特定的分析流程。
使用 IPP 获得的速度提升非常可观。 图：当 OpenCV 在 Intel Haswell 处理器上使用 IPPICV 时的加速效果 给大家推荐一个国内OpenCV讲得最好的教程。...在 Linux 上，只需要输入如下指令： git clone https://github.com/opencv/opencv.git ---- 给大家推荐一个国内OpenCV讲得最好的教程。...本教程中，我们假定 C++ 是图像处理应用编程的主要语言，尽管实际上也提供了其他编程语言的接口和封装器（例如，Python、Java、MATLAB/Octave 等）。...可以使用这个函数而不使用函数 VideoCapture::grab()，然后使用 VideoCapture::retrieve()。...尽管在本示例中没有必要显式地包含，但为了说明它的使用，示例中仍包含了这个函数。 给大家推荐一个国内OpenCV讲得最好的教程。 版权声明：本文内容由互联网用户自发贡献，该文观点仅代表作者本人。
idea启动后会在cpan当前用户下生成一个 C:\Users\Crystal.IntelliJIdea2018.1 文件夹，这个文件夹里面有两个子文件夹 co...
maven可以将jar仅仅保存在”仓库”中,有需要使用的工程”引用”这个文件接口，并不需要真的把jar包复制过来 jar包需要别人替我们准备好，或到官网下载。...命令需要用到某些插件时，maven核心程序会首先到本地仓库中查找，如果找不到则去自动联网下载 POM pom.xml对于maven工程是核心配置文件，与构建过程相关的一切设置都在这个文件中进行配置 坐标 使用下面三个向量在仓库中为一定为一个...仓库中保存的内容: maven自身锁需要的插件 第三方框架或工具的jar包 我们自己开发的maven工程 依赖 maven解析依赖信息时回到本地仓库中查找被依赖的jar包，对于我们自己开发的maven工程，使用...建议的配置方式: 使用properties标签内使用自定义标签统一生命版本号 在需要统一版本的位置，使用${自定义标签名}引用生命的版本号 其实properties标签配合自定义标签声明数据的配置不是只能用于声明依赖的版本号...凡是需要统一声明后再引用的场合都可以使用。
d) 数据存储位置设置 因为随着使用时间增长，文献库会日渐庞大，因此不建议直接使用默认的数据存储位置（C盘）。...Zotero的使用 这里就介绍简单的使用方法，首先在左侧可以建立层次的目录文件夹。在每个目录下都可以添加条目，或者通过拖动PDF到中间空白处并右键抓去元数据来建立条目。
script src="js/jquery-3.3.1.min.js"> 第三步、使用...bootStrap的样式表， bootstrap强大之处，在于，别人都设计好了的功能，你只需要熟悉别人的规则就可以直接使用！...不需要自己写一行 CSS 代码，只要在页面里面给某个元素指定一个 class ，就可以直接显示出预定的样式—— 这就是使用 Bootstrap 前端框架的魔力。...使用导航条组件 导航条位于页面最顶部，提供整个网站所有页面的链接， 教程，多练练，就好了； 还有BootStrap教程https://v3.bootcss.com/components/#nav 轮播图的实现 Bootstrap 自带了一个轮播组件—— Carousel
当涉及到多机多服务的缓存时候，属于分布式缓存的范畴，可以使用Redis、memcached等分布式的缓存组件。...二、使用 因为是基于Guava cache实现的，因此二者的API大体是类似的，使用Guava cache的开发者可以很快熟练使用Caffeine cache。...批量查找可以使用getAllPresent()方法或者带填充默认值的getAll()方法。...异步加载缓存使用了响应式编程模型。 // //如果要以同步方式调用时，应提供CacheLoader。...异步加载缓存使用了响应式编程模型。 // //如果要以同步方式调用时，应提供CacheLoader。
作者将DeepSearch的结果与广泛使用的搜索引擎MSFragger、MS-GF+和MaxQuant在相似搜索配置下的结果进行了比较，使用了拟南芥（Arabidopsis thaliana）、HEK293...作者观察到，当使用分数控制FDR时，DeepSearch在所有数据集上报告的PSM数量都比MSFragger和MaxQuant多，并达到了与MS-GF+相当的结果。...当使用分数控制且FDR低于3%时，DeepSearch达到了与MS-GF+相当的结果，并且比MSFragger和MaxQuant具有更高的鉴定率。...当使用期望值进行FDR控制时，在1%FDR下，MS-GF+和MaxQuant的谱图鉴定分别增加了约6%和10%，而DeepSearch保持了一致的性能。...另外，即使在使用期望值控制1%FDR时具有第二高的谱图鉴定率，MaxQuant在鉴定的蛋白质组数量上仍然不足。
下载地址：https://www.tenable.com/downloads/nessus
Other：分别是Addslashes(将特殊字符使用“\”转义)、Stripslashes(去除转义)、Strip spaces(去除空格)、Reverse(字符串反转)。...Usefull strings：一些常量，包括(元周率、菲波那切数列、内存溢出…) Enable Post data：这里勾选上后，会有一个输入框，使用来提交POST数据的。
前段时间朋友让我帮忙打包一个 IPA 文件（使用 HTML5 开发的 Web 应用），了解到 HBuilder 这款 H5 开发神器。...之前一直使用 WebStorm 开发 H5，闲来无事也学习下 HBuilder。 HBuilder 简介： HBuilder是DCloud（数字天堂）推出的一款支持HTML5的Web开发IDE。...详细教程请参考：HBuilder 使用教程。
php } 使用："?...john激活成功教程： 关于john： /etc/shadow记录了所有用户名及其密码hash值 john爆破密码： 默认模式: john --user=bee shadow 简单模式： john...Incremental:lanman 0-7 A-Z, 0-9, and some special characters （大写字母,数字加 一些特殊字符） 预定义密码激活成功教程的类型...home目录下的隐藏文件.john/john.pot) *home目录下的.john/john.pot会记录所有激活成功教程过的密码，如果不清除将无法重复激活成功教程已经激活成功教程过的用户 详情参照...login> login ---- ---- A2 Broken Auth. – CAPTCHA Bypassing 验证码不实时更新，造成暴力激活成功教程
Git使用教程 idea、webstorm、phpstorm、androidstudio中git使用教程 首先你的安装git，windows版点击下载，linux用apt或者yum可以直接安装。...案例我们会在coding上新建一个测试项目，使用git方式。 一、新建项目 新建项目后记得复制git仓库的地址。 ? 这里写图片描述 ?...这里写图片描述 如果代码有冲突，我们需要编辑冲突，我们一般选择merge，就是合并的意思，当然你也可以不合并直接使用线上的或者暂存里的代码。 ?
如果想要使用里面的公共数据的话，就要对其进行重新分析。...，我们在公共测序平台下载的原始数据首先需要使用MaxQuant软件对原始数据进行定量转换。...MaxQuant是一个免费的界面化的质谱定量工具，操作还是很简单的。 proteinGroups 文件类似于 RNA-seq 当中的 Count 文件。...而蛋白相互作用分析则是基于 [[STRING-蛋白相互作用数据库使用]] 来进行的 由于分组不好的问题。没有得到相关的结果。所以就没办法上图了。...最后强烈建议了解一下 ProVsion 当中的分析操作教程。里面把基本的质谱分析需要处理过程讲的还是很明白的。例如在质量控制当中对各个图形的讲解。
WinCC画面 打开UX中需要显示的画面“属性” 2) 建立WinCC UX用户 五：运行测试 电脑运行WinCC项目后进行如下操作 注意： （1） 前缀为https:// （2） 如使用
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