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Lnc2Meth:与疾病相关的lncRNA上的甲基化位点

DNA甲基化作为研究的最为广泛的一种表观遗传标记，其对基因表达的影响是研究的基本内容。...随着lncRNA研究的发展，科学家将眼光放到了位于lncRNA基因上的DNA甲基化位点，通过lncRNA基因上的甲基化位点来找到疾病相关的lncRNA, 并探究lncRNA在疾病中的作用。...有学者收集类似的文献，并整理成了数据库Ln2Meth, 网址如下 http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/Lnc2Meth/index.jsp 该数据库提供了以下两种检索方式 Disease-Centric...对于DNA甲基化位点与lncRNA之间的关系，提出了以下3种模型 1....通过DMBrowser功能，可以在基因组浏览器中查看lncRNA上的甲基化位点，示意如下 ? 这个网站还提供了两个工具 1.

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Sentieon BWA-Meth流程：甲基化WGBS数据分析速度与精确性的完美结合

BSseeker2提供了甲基化位点检测和甲基化水平计算等功能。BWA-Meth：BWA-Meth是一个基于BWA的比对工具，专门用于处理WGBS数据。...接下来，MethyDackel被用于从Sentieon BWA的比对结果中提取甲基化信息。MethyDackel能够检测甲基化位点，计算甲基化水平，并生成甲基化状态的统计和可视化结果。...通过结合Sentieon BWA和MethyDackel，Sentieon BWA-Meth流程能够为全基因组甲基化分析提供一个高效且准确的解决方案。...Sentieon BWA-Meth比原始的BWA-Meth速度提高了2.5倍，与BitMaperBS的速度相似。...与其他测试工具相比，Sentieon BWA-Meth在CpG位点提供了更高的测序覆盖率。5、 Sentieon甲基化分析流程结论：Sentieon BWA-Meth与BWA-Meth提供相同的结果。

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甲基化测序数据分析之methylKit

我前面的甲基化教程主要是针对450k这样的芯片，所以champ流程就绰绰有余，很多小伙伴在咱们后台咨询甲基化测序数据分析，恰好最近实习生投稿: 下面是去年实习生的分享 methylKit是一个用于分析甲基化测序数据的...其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点和区域的注释。主要步骤包括数据描述性分析，聚类、样品质量可视化、差异甲基化分析和注释特征等功能。...，coverage代表覆盖这个位点的reads数，numCs代表甲基化C的比例，numTs代表非甲基化C的比例。...，得到所有样本的甲基化表达谱 meth=unite(myobj, destrand=FALSE) ## uniting......,comp=1) 其他方法矫正批次效应 # 甲基化百分比 mat=percMethylation(meth) head(mat) ## test1 test2 ctrl1

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识别肿瘤功能失调子通路的方法ICDS

研究DNA甲基化、拷贝数变异(CNV)和基因表达改变对致瘤的失调子通路分子状态的潜在影响是很必要的。本工作提出一个通过整合多组学数据和通路拓扑信息来识别癌症功能失调子通路(ICDS)的方法。...方法介绍 1.计算Gene Risk Score 首先通过整合以下三种类型的数据来计算gene risk评分：DNA甲基化、CNV和基因表达。...R包介绍 1.数据进行T检验所用示例数据： exp_data：TCGA的样本的表达数据 meth_data：TCGA的样本的甲基化数据 cnv_data：TCGA的样本的拷贝数数据 amp_gene：...("exp.p") meth.p<-GetExampleData("meth.p") combinep_two(exp.p,meth.p) 3.coverp2zscore 对P值计算z-score...layout.fruchterman.reingold) #subpID，一个感兴趣的子通路的基因列表 #pathway.name，感兴趣的子通路的名称 #zz，每个基因的z-score #Pathway，通路数据库的名称

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MethHC: 整合了癌症相关的甲基化与基因表达谱数据的数据库

在MethHC数据库中，提供了18种癌症相关的DNA甲基化，microRNA表达谱和基因表达谱的数据，这里的数据来源于TCGA数据库。同时采用线性回归的方法计算甲基化和表达谱数据之间的关联。...相比其他的甲基化数据库，Meth有以下两个特点：数据来源于TCGA,同时包含了甲基化和基因表达谱以及microRNA表达谱的数据；将基因划分为8个区域，甲基化位点划分为5个区域,针对单个区域计算甲基化和表达谱数据之间的相关性...和其他数据库比较的结果 ? 在Browse Top 250中，以单个基因为单位，查看该基因在癌症中的甲基化情况和表达量的情况 ?...TCGA数据库中记录的基因的甲基化和RNA_seq 数据详细情况 ? MethHC还提供了基因检索Gene Search的功能，可以按照两种方式进行筛选基因列表 ? KEGG通路 ?...通过MethHC数据库，我们可以查看基因已有的甲基化和表达谱研究结果，也可以根据癌症类型，查看研究的较多的热点基因。

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methylKit 进行差异甲基化分析

其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点和区域的注释。...合并所有样本的数据将所有样本的甲基化情况合并，得到所有样本的甲基化表达谱，用法如下 meth=unite(myobj, destrand=FALSE) meth 中的内容如下，其实就是之前的methylation...meth.min=unite(myobj,min.per.group=1L) 3....执行差异分析通过calculateDiffMeth函数来执行差异甲基化分析，用法如下 myDiff=calculateDiffMeth(meth) 根据甲基化C是变多了还是变少了，可以将差异甲基化的结果分为两大类...difference函数表明差异的阈值，只有差异大于该阈值时，才会保留，起始就是meth.diff的值，注意是绝对值大于difference的值。

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R绘制甲基化和表达谱联合分析热图

本次，我们将展示一个甲基化与表达谱联合分析的热图。...这里的meth.rds从https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/data/meth.rds获取。...$type mat_meth = res_list$mat_meth mat_expr = res_list$mat_expr direction = res_list$direction #甲基化与甲基化关联基因相关性...()) library(RColorBrewer) #定义甲基化表达水平颜色，从0/blue-0.5/white-1/red渐变 meth_col_fun = colorRamp2(c(0, 0.5,...ht_list = Heatmap(mat_meth, name = "methylation", col = meth_col_fun, column_order=

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DNA 甲基化芯片中的bead到底是什么

对于DNA甲基化芯片而言，每个探针同时可以检测甲基化和非甲基化，也就是说每个探针的信号强度由两部分组成： Methylated intensity Unmethylated intensity 同时芯片的信号强度是由通道决定的...在minfi中，可以通过getMeth和 getUnmeth 函数得到每个探针甲基化和非甲基化的信号强度。...[rownames(meth_intensity) == "cg00050873", ][1] 5640269011_R01C01 5284 > red_intensity[rownames...I 型探针实际上是单色荧光标记，两个bead 发出相同颜色的荧光，1个bead 检测甲基化状态，另外1个bead 检测非甲基化状态； II 型探针是双色荧光标记，通过不同的荧光信号来检测甲基化状态，绿色荧光表示非甲基化...，红色荧光表示甲基化。

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我是如何发现850K甲基化芯片和EPIC的区别

Generating Meth and UnMeth Matrix Extracting Meth Matrix......Totally there are 485512 Meth probes in 850K Annotation....很有意思哦，850K甲基化芯片和EPIC的差异是？...BeadChip （DNA甲基化850K芯片），不但包含了原450K芯片90%以上的位点，并额外增加了增强子区的350,000个位点，可以对正常样本和FFPE样本单个CpG位点进行定量甲基化检测，该芯片是目前最适合甲基化图谱分析研究的全基因组...DNA甲基化芯片。

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MEXPRESS:TCGA甲基化分析数据库

TCGA数据库是一个包括33种癌的各个组学的数据库。我们通过TCGA数据库可以观察每个人的基因表达的变化；甲基化的变化；拷贝数的变化；以及他们的临床信息。...MEXPRESS(https://mexpress.be/)是一个可视化TCGA数据库当中患者的临床信息—甲基化—表达之间之间关系的数据库。 ? 输入这个数据库需要我们输入两个信息。...具体的统计方法可以查看数据库说明。 ? 聚焦如果我们想要查看某一区域：比如CpG位点的甲基化变化情况。我们可以用鼠标选上那块区域。然后就可以聚焦查看这段区域的变化了。 ?...甲基化和结果的进一步总结。这里显示的是甲基化和排序变量的总结结果。比如我们排序性别.那么就是看不同性别之间甲基化的变化。 PS：貌似这个总结只能是二分类的，如果是连续性的变量也会变成二分类来看。 ?...数据库总结：在TCGA数据甲基化分析方面分析而言，这个数据库做的相当可以了。不好的一点就是没有提供数据分析结果下载的地方。这个如果有需要自己下载数据分析吧。

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肿瘤预后相关DNA甲基化数据库

写在前面关于DNA甲基化相关的数据库，我们介绍了很多。上一周的时候，更是转载了一个介绍了20多个表观遗传相关的数据库。每一个数据库有些时候就是做的东西不一样的。...这个数据库需要还是寻找和肿瘤预后相关的甲基化位点，同时通过DNA甲基化功能元件(methylation-related functional elements, DMFEs)来尝试探讨其甲基化位点的功能...数据库介绍之前的关于DNA甲基化预后预测的数据库已经有很多了。新的数据库之所以能发表还是有其新的功能的。这个数据库也比较了几个常用的DNA甲基化预后预测数据库的功能。...我们在选择好之后，点击submit即可 3.2 结果解读在呈现的结果当中，数据库主要可以进行多个方面的分析 甲基化状态的分析。...数据库使用场景这个数据库的使用主要还是在研究与预后相关的DNA甲基化的时候使用的。如果我们研究某一个基因甲基化的时候，可以利用这个数据库观察目标基因的甲基化在目标肿瘤组织当中情况。

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25个表观遗传学数据库，你需要的全都有！

数据库介绍 01 DNA甲基化数据库 1....MethDB数据库网址: http://www.methdb.de 功能：全称DNA Methylation database，该数据库包含了多种组织多种表型的甲基化模式、甲基化谱和总甲基化内容数据...该数据库着重于有效收集和统计分析来自各种疾病的DNA甲基化数据。收集了32701个甲基化谱，涉及到88中疾病，甲基化相关的疾病基因关系对有679602个。.../Lnc2Meth/ 功能：Lnc2Meth是由哈尔滨医科大学李霞课题组开发，是lncRNA与DNA甲基化调控关联数据库，是基于已有发表文献结果，对其中涉及到在特定研究疾病中的lncRNA及其甲基化结果进行了整理归纳...、突变体、发育阶段和组织的DNA甲基化异质性数据库HeteroMeth。

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爆肝整理肿瘤生信数据库（收藏贴一）

数据库分类综合性肿瘤数据库 肿瘤转录组数据库 基因组数据库 遗传变异数据库 DNA甲基化数据库 蛋白组数据库 肿瘤驱动基因数据库 具体癌种或疾病数据库 药物与癌细胞系相关数据库 通路pathway数据库...该数据库的未来发展将集中于环境对DNA甲基化的影响。...MethDB数据库: http://www.methdb.de 全称DNA Methylation database，该数据库包含了多种组织多种表型的甲基化模式、甲基化谱和总甲基化内容数据。...Lnc2Meth:http://www.bio-bigdata.com/Lnc2Meth/ Lnc2Meth是由哈尔滨医科大学李霞课题组开发，是lncRNA与DNA甲基化调控关联数据库，是基于已有发表文献结果...DNA甲基化异质性数据库HeteroMeth。

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用 ComplexHeatmap 包绘制复杂热图

甲基化，表达与其他基因组特征之间的相关性 # 下载 meth.rds：https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/data/meth.rdsres_list...•direction：甲基化变化的方向•cor_pvalue：甲基化和基因表达之间的相关性 p 值•gene_type：基因的类型•anno_gene：基因的注释（基因间，基因内或 TSS）•dist：...首先计算甲基化矩阵的列聚类，并据此调整表达矩阵中的列，使其顺序与甲基化矩阵保持一致。...column_tree = hclust(dist(t(mat_meth)))column_order = column_tree$order library(RColorBrewer)meth_col_fun...这幅热图显示，高甲基化的 DMR 在基因间和基因内区域富集，但很少与增强子重叠。相反，低甲基化的 DMR 富集于转录起始位点（TSS）和增强子。

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R语言绘制圈图、环形热图可视化基因组实战：展示基因数据比较

与原始热图类似，通过对甲基化矩阵（mat_meth）的行进行k-means聚类，将所有热图的行分成5组。...km = kmeans(mat_meth, centers = 5)$cluster 现在有以下矩阵/向量需要被可视化为热图。 mat：一个矩阵，其中各行对应不同的甲基化区域（DMRs）。...direction：甲基化变化的方向（hyper表示肿瘤样本中甲基化程度较高，hypo表示肿瘤样本中甲基化程度较低）。 pvalue：甲基化和相关基因表达之间的相关测试的P值。...col_meth = colorRamp2(c(0, 0.5, 1), c("blue", "white", "red")) heatmap(mat, split col_meth, track.height...# 区块\`group1\`中的DMRs子集（来自mat_meth的行指数）。

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甲基化芯片数据的一些质控指标

前面我们介绍了一些背景知识，主要是理解什么是DNA甲基化，为什么要检测它，以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术。具体介绍在：甲基化的一些基础知识，也了解了甲基化芯片的一般分析流程。...还有 beadcount, detection P matrix, or Meth UnMeth matrix 这些名词也需要了解。...Meth Methylated matrix. (default = NULL). UnMeth UnMethylated matrix....从ExpressionSet对象拿到甲基化信号值矩阵通常我们是从GEO数据库下载甲基化信号值矩阵文件，使用getGEO函数导入成为ExpressionSet对象，如下： require(GEOquery...如果是TCGA数据库下载的甲基化信号值矩阵其实跟从GEO数据库下载甲基化信号值矩阵文件没什么区别哈，通常也推荐使用 ChAMP 流程咯。

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EnrichedHeatmap--对富集结果进行热图可视化！

system.file("extdata", "chr21_test_data.RData", package = "EnrichedHeatmap") ##对 100000 个 CpG 位点进行了下采样以获得甲基化数据...下面，我们将证明平滑可以显着改善甲基化数据集的富集模式。...##未平滑 mat2 = normalizeToMatrix(meth, tss, value_column = "meth", mean_mode = "absolute",...")) EnrichedHeatmap(mat2, col = meth_col_fun, name = "methylation", column_title = "methylation near...TSS") ##平滑 mat2 = normalizeToMatrix(meth, tss, value_column = "meth", mean_mode = "absolute",

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RNA甲基化

DNA甲基化大家肯定都不陌生，而这几年却发现了RNA甲基化的呼声甚至比DNA甲基化更高。那RNA甲基化到底是什么呢？...RNA甲基化修饰类型很多如：m6A RNA甲基化﹑m5C RNA甲基化﹑m1A RNA甲基化、m7G RNA甲基化等。...m6A RNA甲基化是由多种蛋白参与的动态可逆的修饰。参与m6A甲基化修饰的酶包括甲基化转移酶（Writers）、去甲基化酶（Erasers）和甲基化阅读蛋白（Readers）等。...RNA甲基化相关蛋白[2] 甲基化转移酶：催化RNA上发生甲基化修饰，即将甲基基团（CH3）“写入”RNA，包括METTL3/14、WTAP和KIAA1429等。...然而该方法只能鉴定高甲基化的区域，无法单碱基的分辨率的识别RNA甲基化。

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甲基化测序与甲基化芯片

指 2 条链均未甲基化的 DNA 被甲基化，同时由维持甲基化酶维持稳定的 DNA 甲基化状态。...maintenance methylation：维持甲基化，若双链 DNA 的其中一条链已存在甲基化(DNA 半保留复制过程)，将另一条未甲基化的链甲基化。...2.DNA甲基化研究测序方法目前表观遗传学DNA甲基化研究测序方法常见的有：(1)全基因组重亚硫酸盐甲基化测序[WGBS]; (2)精准DNA甲基化和羟甲基化测序[oxBS-seq]; (3)优化版简化甲基化测序...在 PCR 新合成的链中，U 碱基对应位置就会替换成 T，说明该位置碱基未被甲基化；而甲基化/羟甲基化的 C 测序的结果仍为 C，说明该位置碱基已被甲基化。...两种状态的小鼠胚胎干细胞的甲基化组学研究。 (2) 精准DNA甲基化和羟甲基化测序（oxBS-seq） DNA羟甲基化是近年发现的一种新的DNA修饰并迅速成为研究热点。

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如何从TCGA数据库下载DNA甲基化数据

前面给大家介绍了新版的TCGA数据库，通过文字和视频给大家讲解了如何从TCGA数据库下载RNAseq数据，miRNAseq数据以及体细胞突变数据 ☞ 新版TCGA数据库RNAseq数据下载 ☞...新版TCGA数据库miRNA数据下载 ☞ 【视频讲解】下载TCGA数据库中突变数据以及如何合并成矩阵 ☞ 【视频讲解】R代码合并新版TCGA中RNAseq表达谱矩阵 ☞ 【视频讲解】R代码合并新版TCGA...DNA甲基化数据。...这个里面就是45个样本的甲基化数据了。 6....第一列为450K芯片的探针ID，每一个对应一个CpG位点，后面是代表甲基化水平的beta值，从0-1，0表示完全非甲基化，1表示完全甲基化。

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