Ensembl与NCBI的NCBI Map Viewer和UCSC是最为常用基因组检索数据库。...d.与其它数据库相整合,比如DAS。 e.基因组间的比较分析。 基因注释机构 目前从事基因注释的机构组织有很多,这里列出的只是较为常用的几个。 1. Ensembl:目的是做出最好的基因注释集。...因此Ensembl基因组数据库 中,会有两种注释。
五、MySQL的执行顺序 MySQL的语句一共分为11步,如下图所标注的那样,最先执行的总是FROM操作,最后执行的是LIMIT操作。...right join),那么保留表中未匹配的行就会作为外部行添加到虚拟表VT2中,产生虚拟表VT3, rug from子句中包含两个以上的表的话,那么就会对上一个join连接产生的结果VT3和下一个表重复执行步骤
六、MySQL执行引擎介绍 1、MyISAM存储引擎 不支持事务、也不支持外键,优势是访问速度快,对事务完整性没有 要求或者以select,insert为主的应用基本上可以用这个引擎来创建表 支持3种不同的存储格式...动态表: 记录不是固定长度的,这样存储的优点是占用的空间相对较少;缺点:频繁的更新、删除数据容易产生碎片,需要定期执行OPTIMIZE TABLE或者myisamchk-r命令来改善性能 压缩表:
面对数据库优化,除了DBA在集群性能、服务器调优需要投入精力,我们研发需要负责业务SQL执行优化。当业务数据量达到一定规模后,SQL执行效率可能就会出现瓶颈,影响系统业务响应。...二、如何判断 OR 找到慢查询SQL MySQL支持记录慢查询SQL日志,不过默认是关闭的。...MySQL默认执行时间大于10s,就是慢SQL。...修改为0,并重新打开新会话执行查询SQL,这样所有sql都被MySQL当中慢sql记录到我们的日志里: /usr/local/var/mysql/ladingjieniu-slow.log。...然而随着nosql、内存数据库的广泛应用,小公司数据量小sql优化需求不多;而大企业,有足够成熟的技术架构,用到sql优化的很多时候就是做大数据数仓的火伴,写sql就是写代码的数仓同学,需要对sql有深入理解
一、执行计划: 执行计划是SQL语句经过查询分析器后得到的 抽象语法树 和 相关表的统计信息 作出的一个查询方案,这个方案是由查询优化器自动分析产生的。...通过explain关键字知道MySQL是如何执行SQL查询语句的,分析select 语句的性能瓶颈,从而改进我们的查询,explain的结果如下: 下面是有关各列的详细介绍,重要的有id、type、...(1)id值不同:id值越大优先级越高,越先被执行; (2)id值相同:从上往下依次执行; (3)id列为null:表示这是一个结果集,不需要使用它来进行查询。...4、type: 访问类型,即MySQL决定如何查找表中的行。...二、MySQL执行计划的局限性: (1)EXPLAIN不会告诉你关于触发器、存储过程的信息或用户自定义函数对查询的影响情况; (2)EXPLAIN不考虑各种Cache; (3)EXPLAIN不能显示MySQL
一、背景 由于项目的业务是不断往前跑的,所以难免数据库的表的量会越来越庞大,不断的挤占硬盘空间。即使再大的空间也支撑不起业务的增长,所以定期删除不必要的数据是很有必要的。...这里介绍的是用MySQL 建立一个定时器Event,定期清除掉之前的不必要事件。...NOW(),INTERVAL 3 MONTH); optimize table jg_bj_rated_passenger; end// delimiter; #2、开启event(要使定时起作用,MySQL
一、客户端的MySQL驱动: 我们的系统在和 MySQL 数据库进行通信前,需要先和数据库建立连接,而这个功能就是由MySQL驱动底层帮我们完成的,建立完连接之后,我们只需要发送 SQL 语句就可以执行...二、MySql架构的Server层: 在介绍MySQL数据库中SQL语句在Server的执行步骤前,我们先了解下MySQL的整体架构: 如果上图不清楚,可以再看看下面的图: 通过上面的架构图可以得知...在执行的SQL语句前添加上 explain 关键字即可; 5、执行器: MySQL 通过分析器知道了你要做什么,通过优化器知道了该怎么做,于是就进入了执行器阶段,开始执行语句。...是不是你也发现这个时候被更新记录仅仅是在内存中执行的,哪怕是宕机又恢复了也仅仅是将更新后的记录加载到Buffer Pool中,这个时候 MySQL 数据库中的这条记录依旧是旧值,也就是说内存中的数据在我们看来依旧是脏数据...其实 MySQL 会有一个后台线程,它会在某个时机将我们Buffer Pool中的脏数据刷到 MySQL 数据库中,这样就将内存和数据库的数据保持统一了。
在数据库编程方面,Python可以很容易地与各种数据库进行交互,其中包括MySQL数据库。连接到MySQL数据库在开始执行MySQL查询之前,我们需要先连接到MySQL数据库。...这些参数包括MySQL数据库的用户名、密码、主机名、数据库名称等信息。最后,我们使用mysql.connector.connect()方法连接到MySQL数据库。...如果连接成功,cnx变量将保存数据库连接。执行MySQL查询一旦我们成功连接到MySQL数据库,就可以执行MySQL查询。MySQL查询是使用SQL语言编写的,并且可以使用Python库来执行。...数据库cnx = mysql.connector.connect(**config)# 定义查询query = 'SELECT * FROM your_table_name'# 执行查询cursor =...数据库cnx = mysql.connector.connect(**config)# 定义查询query = 'SELECT * FROM employees'# 执行查询cursor = cnx.cursor
实战mysql存储程序与定时器 存储过程定时器eventprocedure实战 需求:一个庞大的日志表,现每天做定时统计一天的总数,放另一个表中,方便查看,运营。...旧方案:用脚本写好程序,用linux的crontab定时执行。 本文重点,用mysql定时器定时执行存储程序。...执行这个语句之前要先 Sql代码 delimiter $$ 执行完成后再 Sql代码 delimiter ; 用show查看是否已经成功 Sql代码 show procedure status like...‘%%’; 第二步:开启mysql定时器 如果不是on,就执行 Sql代码 set global event_scheduler=1; 不需要重启mysql 会发现mysql多起了一个daemon进程...Enable表示系统将执行这个事件。Disable表示系统不执行该事件。
constarint_expression (11)ORDER BY column ASC|DESC (12)LIMIT count OFFSET count; 从这个顺序中我们可以发现,所有的查询语句都是从 FROM 开始执行的...在实际执行过程中,每个步骤都会为下一个步骤生成一个虚拟表,这个虚拟表将作为下一个执行步骤的输入。 接下来,我们详细的介绍下每个步骤的具体执行过程。
使用yum在服务器安装工具 yum -y install lrzsz 安装完成在服务器端输入下面命令即可弹出窗口上传文件 rz 选择sql脚本文件确定 ls命令查看 上传到了根目录下 连接mysql...数据库 mysql -u用户名 -p密码 新建一个我们要导入的数据库 mysql>create database db_ceshi; 这时数据库是空的 我们使用这个空数据库 mysql>use db_ceshi...执行我们的数据库脚本 mysql>source /a.sql 有以下显示为成功 这时我们的sql脚本就已经执行完毕了 我们可以执行以下命令查看当前数据库里面的表 mysql>show tables
执行数据库更新update操作的时候数据库卡死了 问题分析 一般都是数据库事务未提交,导致update或者delete卡死。...解决办法 在执行完更新或删除后,记得将事务提交commit; 找到数据库客户端,执行commit操作。 如果还不行。...那么应该是数据库在执行数据操作失败 or 事务未提交 之后,将需要执行的sql语句锁死了。...; 根据图中事务的线程ID(trx_mysql_thread_id)可以看出对应的mysql 线程:一个1084 (update正在等待锁)另一个是1089(update 正在执行 没有提交事务)...可以使用mysql命令杀掉线程:kill 线程id kill 1089; 期间如果并未杀掉持有锁的线程:则第二个update语句会提示等待锁超时。
启动 初始化模块读取系统参数和命令行参数,初始化整个系统,例如分配buffer、初始化全局变量,同时,启动各存储引擎 启动完成后,交给连接管理模块接手,连接管理...
mysql执行顺序如下: 1. from 阶段 2. where 阶段 3. group by 阶段 4. having 阶段 5. select 阶段 6. order by 阶段 7. limit...根据mysql的执行顺序,可以知道,上述代码先执行了from score ,再执行了where , 最后执行了select 。...别名产生在第五个查询阶段,别名有了之后,后面的执行阶段才能使用,也就是说,别名只能是第五阶段之后的查询才能使用。因此where total >= 200执行时,还未产生别名total,因此编译出错。
Mysql 执行流程 大致流程描述: MySQL客户端通过协议将SQL语句发送给MySQL服务器。...,并得到db中为Y的权限;如果db中为N,则检查tables_priv中此数据库对应的具体表,取得表中的权限Y,以此类推 3、如果在任何一个过程中权限验证不通过,都会报错 查询缓存 mysql的缓存主要的作用是为了提升查询的效率...对于某些更新压力大的数据库来说,查询缓存的命中率会非常低,mysql为了维护缓存可能会出现一定的伸缩性的问题,目前在5.6的版本中已经默认关闭了,比较推荐的一种做法是将缓存放在客户端,性能大概会提升5倍左右...,mysql会计算各个执行方法的最佳时间,最终确定一条执行的sql交给最后的执行器 查询优化器是整个流程中重要的一环。...:表示要从数据库中执行哪张表。
理解mysql整个执行流程,对sql调优是有帮助的,我们先看一张流程图MySQL主要分为server层与引擎层server层:连接器,查询缓存,解析器,预处理器,优化器等,所有跨存储引擎的功能都在这一层实现...连接器主要负责用户登录数据库,进行用户的身份认证,包括校验账户密码,权限等操作,如果用户账户密码已通过,连接器会到权限表中查询该用户的所有权限,之后在这个连接里的权限逻辑判断都是会依赖此时读取到的权限数据...查询缓存建立连接后,MySQL会先查询缓存。Mysql会先校验这个sql是否执行过,以Key-Value的形式缓存在内存中,Key是查询语句,Value是结果集。...包含任何用户自定义函数,存储函数,用户变量,临时表,mysql数据库中的系统表或者包含任何列级别权限的表,都不会被缓存。...查询执行引擎在解析和优化阶段,MySQL将生成查询对应的执行计划,MySQL的查询执行引擎根据这个执行计划来完成整个查询。这里执行计划是一个数据结构,而不是和其他的关系型数据库那样生成对应的字节码。
用了那么长时间的MySQL,sql语句相信早已烂熟于心,于是,我就试着去了解它的执行原理,以下是我学习过程中的总结要点。 只要是B/S架构,都是会有客户端与服务端,mysql也不例外。...,选完引擎后,引擎将最终的数据交给了存储层--->存储层,用存储层来存数据 查看引擎 show engines;查看Mysql所支持的所有引擎 执行结果: yes就是支持,在InnoDB支持选项是DEFAULT...(默认)也就说明,当我们创建数据库的时候默认引擎就是InnoDB 查看当前数据库使用的引擎 show variables like '%storage_engine%'; 执行结果: 很显然,我们目前用的就是...InnoDB 指定数据库对象的引擎 我现在创建一张表,这个张表我不用InnoDB,用MylSAM,因为我想让它性能优先,下面我就使用mysql命令行进行创建表 1.指定数据库指令:use 数据库名 2....在指定的数据库中创建一张简单的表 create table tb( id int (4), name varchar(5), primary key(id) )ENGINE=MyISAM; 执行结果:
可以看到,如果不使用“两阶段提交”,那么数据库的状态就有可能和用它的日志恢复出来的库的状态不一致。 MySQL逻辑架构 MySQL是一个开放源代码的关系数据库管理系统。...为了便于解决这些问题,需要引入数据库事务的概念。 定义 数据库管理系统执行过程中的一个逻辑单位,由一个有限的数据库操作序列构成。...ACID 特性 原子性(Atomicity):事务作为一个整体被执行,包含在其中的对数据库的操作要么全部被执行,要么都不执行。...隔离性(Isolation):多个事务并发执行时,一个事务的执行不应影响其他事务的执行。 持久性(Durability):已被提交的事务对数据库的修改应该永久保存在数据库中。...1、是正确执行完事务,没有出现任何问题;2、是事务提交成功但是出异常,数据库恢复之后,提交完成的事务会保证数据库完成该事物的操作。
数据库优化是一个比较宽泛的概念,涵盖范围较广。...大的层面涉及分布式主从、分库、分表等;小的层面包括连接池使用、复杂查询与简单查询的选择及是否在应用中做数据整合等;具体到sql语句执行效率则需调整相应查询字段,条件字段,索引使用等。...对于sql语句执行效率,可以通过数据库查看sql语句执行计划来进行优化。 数据库执行explain 命令,结果如下: ?...涉及字段含义: id:执行顺序号,值越大,越先执行 select_type:查询类型,普通,联合,子查询等; simple:简单查询 primary:主查询 subquery:子查询...也就是说mysql无法利用索引完成的排序操作称为“文件排序” Using index:使用了覆盖索引(Covering Index),避免了访问表的数据行,效率高 Using where
最近遇到一个比较有意思的问题,用户MySQL5.6升级MySQL5.7后,出现MySQL5.7执行count(*)统计类SQL,比MySQL5.6慢很多,并且可以100%复现。...所以我们就在google一顿检索,直至我们发现了MySQL官网的这个BUG描述: https://bugs.mysql.com/bug.php?...id=80580根据官网介绍,count(*) much slower on 5.7 than 5.6,影响MySQL5.7小版本序列为:5.7.2、5.7.10、5.7.11。...目前修复于5.7.18和MySQL8.0.1。...具体异常原因是:SELECT COUNT(*) 在某些情况下,由于 MySQL5.7.2中引入的修改导致InnoDB计算行数时通过遍历聚集索引而不是代价更小的二级索引,所以性能会更差。
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