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RNAseq方法

背景 当前 RNAseq 主要研究的是 mRNA,由于一次转录过程中,mRNA 只占很少一部分(约 4~5%),需要采用特殊的方式将 mRNA 从总 RNA 中分离出来。...短链非编码 RNAs(如 miRNA)既无法用 oligo-dT 方法富集,因此对其研究需要特定的分离方法,一般是切胶或磁珠分选后直接连接接头 (sequential RNA ligation,通常构建出来都是链特异性文库...三、链特异性 链特异性转录组测序(strand-specific RNA-seq)是指转录组测序过程中文库构建采用的链特异性方式。...此方式可以保留转录组测序时转录本的方向信息,即可以确定转录本是来源于基因组上面的正义链还是反义链。 目前构建链特异性文库的方法有多种,其中用的最普遍的即是 dUTP 方法。...具体流程如下: 链特异性文库 四、小RNA 五、spike-in 内参 RNA 的 spike-in 一种绝对定量的方法,在原有的 RNAseq 文库中加入已知量的

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    反向工程(自动大杀器)

    通俗理解:基于XCode开发的应用,无需数据安装脚本,连接字符串指向哪一台哪一种数据,系统就自动在上面表!...正式定义:基于实体类的表结构信息,在连接字符串指定的目标数据上自动执行表、添删改字段、创建索引等操作,支持各种数据! 应用系统首次启动完成的时候,也是自动并初始化完成的时候。...自始至终,我们没有编写SQL脚本,没有去数据创建数据表。 代码写完就跑起来,测试通过就部署到正式。...首次连接数据时,名指定School报错,因为根本就不存在这个。 因此,XCode切换到系统,开始创建数据School,并创建数据表和索引。...这里完全是MySql语法,不同于上面的SQLite表语句。 感兴趣的同学,还可以试试Oracle和SqlServer等数据。 正向工程 正向工程就是从数据读取表结构信息,生成模型信息。

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    Entity Framework——建模

    1数据初始化策略选择 三种初始化策略: 1)CreateDatabaseIfNotExists:默认的策略。如果数据不存在,那么就创建数据。...但是如果数据已存在,而且实体发生了变化,就会出现异常。 2)DropCreateDatabaseIfModelChanges:模型改变时,原来的数据会被删除,自动重新创建一个新的数据。...3)DropCreateDatabaseAlways:每次运行都会删除原来的数据,然后重新生成数据。...4)Null:在Codefirst模式下,当实体结构改变时,运行程序不会自动生成表,改变实体结构与改变表结构互不影响, 前三种策略无法应对的问题是:分别改变实体模型和数据表结构。...解决办法: 采用第四种初始化策略,初次使用codefirst方式创建好数据以后,不使用任何数据初始化策略,即给Database.SetInitializer传null。

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    粗聊Mysql——你会表么?

    本文中说到的“”,并非单纯的一个,或是一张表,而是你建好的和表在项目的运营中,是否能应付各种事件,下面我说说几个我在项目中遇到的问题以及处理的方法,算是一个小小的心得,给大家分享下。...比如现在有2张表,一张新闻栏目表,一张新闻表,现在两张表需要进行关联,我想大多数人的做法肯定是在新闻表里一个新闻栏目id,然后把新闻栏目表里的主键ID(自增)写到这个字段里,通过这样进行两表关联。   ...这样就会造成一种情况,如果那天对数据进行优化,把主键进行了重新排序(暂时没有找到mysql优化软件会优化主键,但是可以通过代码删除主键,然后从新建立自增主键来实现主键重新排序),那就彻底杯具了,栏目和文章完全对不上号了...所以我建议两表之间关联不用主键,而是单独一个编号的字段,我们这里可以用mysql的uuid()函数做为编号,相关文献可以参考《UUID做主键好还是不好》,只所以一张表要2个主键,一个物理主键(自增id...所以我建议,既然定义为varchar,就代表不会涉及到计算,何不干脆定义一个通用的长度,比如varchar(50),如果真要限制长度,用程序去判断,不要让数据来限制,不然用户输了一长串,结果mysql

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    MySQL 系列教程之(五)DDL 操作:

    MySQL 数据 创建数据 使用root登录后,可以使用 create database if not exists user default charset utf8 创建数据,该命令的作用:...如果数据不存在则创建,存在则不创建。...创建RUNOOB数据,并设定编码集为utf8 删除数据有风险,动手需谨慎 drop database 名; MySQL 数据表 创建MySQL数据表需要以下信息: 表名 表字段名 定义每个表字段...public/img/pic.jpg' )engine=innodb default charset=utf8; 实例解析: 如果你不想字段为 NULL 可以设置字段的属性为 NOT NULL, 在操作数据时如果输入该字段的数据为...查看表结构 desc stu; 查看表语句 show create table stu\G 修改表结构 格式: alter table 表名 action(更改选项); 添加字段: 添加字段:alter

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    【DB笔试面试853】在Oracle中,什么是手动?手动有哪些步骤?

    ♣ 问题 在Oracle中,什么是手动?手动有哪些步骤?...♣ 答案 有时候因为环境的缘故不能使用图形界面或者不能使用DBCA的静默方式来创建一个新,那么这个时候可以考虑使用“CREATE DATABASE”这种SQL命令行来创建数据,该方式称为手动方式...使用手动的优点是:可以用脚本来创建数据。另外,在OCM的考试中也要求DBA进行手动。.../sqlplus/admin/help/hlpbld.sql helpus.sql SPOOL off 下表是有关手动过程中常见脚本的用途: 脚本名称 运行用户 简介 @?...& 说明: 有关手动的更多内容可以参考我的BLOG:http://blog.itpub.net/26736162/viewspace-2121981/、http://blog.itpub.net/26736162

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    数据主外适用场景

    主键和索引是不可少的,合理使用可以优化数据检索速度 焦点:数据设计是否需要外键。这里有两个问题: 一、如何保证数据数据的完整性和一致性; 二、创建外键对性能的影响。...正方观点: 1,由数据自身保证数据一致性,完整性,更可靠,因为程序很难100%保证数据的完整性,而用外键即使在数据服务器当机或者出现其他问题的时候,也能够最大限度的保证数据的一致性和完整性。...eg:数据和应用是一对多的关系,A应用会维护他那部分数据的完整性,系统一变大时,增加了B应用,A和B两个应用也许是不同的开发团队来做的。...2,有主外键的数据设计可以增加ER图的可读性,这点在数据设计时非常重要。 3,外键在一定程度上说明的业务逻辑,会使设计周到具体全面。...2,用外键要适当,不能过分追求 3,不用外键而用程序控制数据一致性和完整性时,应该写一层来保证,然后个个应用通过这个层来访问数据

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    Vertica 安装,,新建测试用户并授予权限,表,入库

    测试环境:RHEL 6.4 + Vertica 6.1.3-7 需求:搭建Vertica数据3节点的测试环境,建立测试用户,表,测试数据入库。.../vertica/sbin/install_vertica -s vnode1,vnode2,vnode3 -r /opt/vertica-*.rpm 7.dbadmin用户,用admintools ...和Data pathname -> 确认 -> 成功 注:过程中建议动态去关注Dblog,看是否有什么问题,因为等失败后再去看有可能这个日志连同上级目录就被自动删除了。...所以导致无法成功,坑人的是屏幕输出却是毫不相关的一些Python的报错信息。...这时反过来找有没有日志记录了有效信息,才发现失败后,过程中所建立的目录都被自动删除,回头再找目录下的日志自然已经是不复存在了。

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    数据索引,真的越越好吗?

    索引是提高关系型数据查询性能的利器,但其并非银弹,必须精通其原理,才能发挥奇效。 InnoDB底层是如何存储数据的? MySQL把数据存储和查询操作抽象成了存储引擎。...针对长文本的搜索,可以考虑使用Elasticsearch等专门用于文本搜索的索引数据 禁止SELECT *,而是SELECT必须字段,甚至可以考虑使用联合索引包含我们要搜索的字段,既能实现索引加速,又可避免回表...若你的查询条件经常会使用多个字段,则考虑针对这几个字段联合索引;同时,针对多字段建立联合索引,使用索引覆盖的可能更大。若只会查询单个字段,考虑单独的索引,毕竟联合索引保存了不必要字段也有成本。...数据基于成本决定是否走索引 查询数据可直接在聚簇索引上进行全表扫描,也可走二级索引扫描后到聚簇索引回表。 MySQL如何确定走哪个方案?...尝试通过索引进行SQL性能优化时,请一定通过执行计划或实际的效果来确认索引是否能有效改善性能问题,否则增加了索引不但没解决性能问题,还增加了数据增删改的负担。

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    informix数据表语句_sqlserver创建数据

    [b]1、安装[/b] a:先到IBM官网下载数据(企业版本的12.10) b:执行id_stall程序进行安装 c:默认创建实例ol_informix1210 [color=darkred...命令增加对应 的表空间[/color] d:安装完成之后可以在C:\WINDOWS\system32\drivers\etc查看 hosts、services文件的配置信息 [b]2、创建数据[.../b] a:打开实例(所有程序—IBM Informix 12.10—ol_informix1210) b:在dos命令窗口中输入命令 dbaccess 就可以进入该实例的数据操作dos界面...c:dos界面上方有各种选项可以对数据实例进行操作 d:选择“Database”进入数据dos操作界面,在该界面可以对数据进行各种操作 e:选择“Create”创建数据,当输入数据名称...[color=darkred]同时需要注意一定要设置Log选项,在该选项中默认为NONE,所以必须更改为 其他选项,则表示为该数据增加了事务(因为不增加该项,默认创建的数据 是没有事务的),

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    MySQL、表、增删改查语句Demo

    本页目录 语句 修改字符集 指定排序规则 当前状态的表语句 删除 Navicat编辑数据时执行的SQL 表语句 表 添加字段 修改表 修改字段 修改表字符集、排序规则 截断表 删除表...添加索引 一直都是用MySQL可视化工具,几乎没碰过、表等语句了。...语句 -- 数据配置文件default-character-set是utf8_mb3,则会导致创建的表是utf8mb3。...我们无法人为控制,只能完毕后执行修改字符集或者前修改MySQL配置 CREATE DATABASE IF NOT EXISTS `school` DEFAULT CHARACTER SET...-- 指定的排序规则 ALTER DATABASE `school` COLLATE 'utf8mb4_bin' 当前状态的表语句 -- 查看表语句 SHOW CREATE DATABASE

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    数据索引,真的越越好吗?

    索引是提高关系型数据查询性能的利器,但其并非银弹,必须精通其原理,才能发挥奇效。 InnoDB底层是如何存储数据的? MySQL把数据存储和查询操作抽象成了存储引擎。...针对长文本的搜索,可以考虑使用Elasticsearch等专门用于文本搜索的索引数据 禁止SELECT *,而是SELECT必须字段,甚至可以考虑使用联合索引包含我们要搜索的字段,既能实现索引加速,又可避免回表...若你的查询条件经常会使用多个字段,则考虑针对这几个字段联合索引;同时,针对多字段建立联合索引,使用索引覆盖的可能更大。若只会查询单个字段,考虑单独的索引,毕竟联合索引保存了不必要字段也有成本。...数据基于成本决定是否走索引 查询数据可直接在聚簇索引上进行全表扫描,也可走二级索引扫描后到聚簇索引回表。 MySQL如何确定走哪个方案?...尝试通过索引进行SQL性能优化时,请一定通过执行计划或实际的效果来确认索引是否能有效改善性能问题,否则增加了索引不但没解决性能问题,还增加了数据增删改的负担。

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    单细胞组学-scATAC原理及应用

    摘要 普通ATAC及scATAC流程解析及应用 普通ATAC 流程 ATAC-Seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput...通常的流程主要分为三个步骤:细胞裂解、转座及扩增(Buenrostro JD et al, 2015)。...[图片.png] sc-ATAC 流程 scATAC-seq作为ATAC-seq的升级版,可以在单细胞的水平上明确细胞分化过程开放性染色质有什么差异,调控了哪些信号通路等等。...通常流程主要分为5步:核裂解、转座、单细胞标记、标记后孵育及文库构建(10X官网)。...单细胞标记 单细胞ATAC组学与普通ATAC组学主要的区别是在建的时候对每个细胞进行标记,随后进行文库构建,在进行后续分析时可以获得单个细胞的染色质可及性水平。

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    python 操作 sqlite 数据(表, 增删改查)

    ''' conn.execute(sql_update, (email, user_id)) def main(): # 指定数据名字并打开, 无此数据, 自动创建 db_path...sqlitebrowser # 下载地址: 点此下载 连接数据 用法: conn = sqlite3.connect(db_path) # db_path 即为数据文件路径 # 若无此数据, 会自动创建...{}, format 的参数拼接 # 用 string.format 拼 sql, 是一个严重的安全漏洞, 会被 SQL 注入 错误提示 database is locked # SQLite 只支持级锁...# 级锁意味着同时只能允许一个写操作 # 出现此问题, 应将多余的写操作进程关闭 被 SQL 注入的情况 # 见上程序 select 函数注释部分 提交数据修改 用法: conn.commit()...# 必须用 commit 函数提交你的修改, 否则修改不会被写入数据 数据连接的关闭 用法: conn.close() # 数据使用结束后, 需要关闭数据

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