SurvNet是一种基于网络的算法，用于识别与患者生存状态相关的biomarker, 文章发表在Nucleic Acids Research，链接如下
每天给你送来NLP技术干货！ ---- 作者：杜林鸽 学校：苏州大学人工智能实验班 方向：自然语言处理 论文标题：A Survey on Non-Autoregressive Generation for Neural Machine Translation and Beyond 论文链接：https://arxiv.org/abs/2204.09269 概要 以Transformer为基础的自回归生成（auto-regressive generation，AR）模型，已经被广泛应用到各类机器学习和自然语
本文简单的讨论一下Apache NIFI项目结构的类资源隔离机制，适合接触过源码的同学阅读。
paper: https://arxiv.org/abs/2202.13123 code:https://github.com/guanghaoyin/CVRKD-IQA
NIFI中文文档地址:https://nifichina.gitee.io/ 更新日志 2020-05-21 新增TailFile 新增ExecuteScript 新增探索 Apache NIFI 集群的高可用 2020-05-18 The 4 V’s of Big Data 2020-05-18 新增AttributeRollingWindow 新增CompareFuzzyHash 新增Apache NIFI入门(读完即入门) 新增了解NiFi最大线程池和处理器并发任务设置 新增深入理解NIFI Conn
现在我们要自定义一个Processor，假设它叫MyProcessor.java，那么这个Java文件写在哪里呢？
在之前的官方文档Apache NiFi Overview一章我们有看到：对于任何基于组件的系统，涉及依赖的问题时常发生。NiFi通过提供自定义类加载器来解决这个问题，确保每个扩展包都暴露在一组非常有限的依赖中。因此，构建扩展包的时候不必担心它们是否可能与另一个扩展包冲突。这些扩展包的概念称为“NiFi Archives”，在Developer’s Guide中有更详细的讨论。
Apache NiFi 1.14.0 版是一个增加了重要的功能、改进和bug修复的版本，发布日期2021年7月14日。
psRobot：植物小RNA分析系统 简介 官网：http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/ PsRobot是中科院遗传发育所王秀杰组的作品，主要实现小RNA的ma
从Bert到GPT，再到Llama、Claude，LLM模型使用Transformer已经是再正常不过的事情。
Theoretical basis for stabilizing messenger RNA through secondary structure design
之前写过一篇文章 VictoriaLogs：一款超低占用的 ElasticSearch 替代方案讲到了我们使用 Victorialogs 来存储 Pulsar 消息队列的消息 trace 信息。
有许多可以从 PubMed 的文章摘要中提取信息的文本挖掘脚本，包括： NLTK ， TextBlob ， gensim ， spaCy ， IBM Whatson NLU ， PubTator ， LitVar ， NegBio ， OpenNLP 和 BioCreative 等1。这里介绍一下 PubTator Central (PTC) 2。
The RNA binding protein Quaking represses splicing of the Fibronectin EDA exon and downregulates the interferon response
A：目前牛津旗下大部分期刊在level 1~3，level 4 共享水平的期刊不是很多，包括GigaScience等2~3本期刊。
KoP（Pulsar on Kafka）通过在 Pulsar Broker 上引入 Kafka 协议处理程序，为 Apache Pulsar 带来原生 Apache Kafka 协议支持。 通过将 KoP 协议处理程序添加到您现有的 Pulsar 集群，您可以将现有的 Kafka 应用程序和服务迁移到 Pulsar，而无需修改代码。 这使 Kafka 应用程序能够利用 Pulsar 的强大功能，例如：
DNA 甲基化 (DNAm) 作为表观基因组学的一个重要分支，为转录调控提供了重要的依据，其中包括基因组印记、早期胚胎发育和癌症进展。尽管大量全基因组亚硫酸氢盐测序 (WGBS) 在绘制跨组织类型的 DNA 甲基化组图谱方面做出了巨大努力，但它在解释细胞异质性和理解特定生物学状态下的发育动态方面仍然存在一定的不足。另外，许多情况下（如哺乳动物早期胚胎发生），比较难获得大量细胞。目前开发的单细胞水平DNA甲基化策略包括：scRRBS和 scBS-seq，以及多组学方法，如 scTrioSeq2和 scM&T-seq。
CCPE: cell cycle pseudotime estimation for single cell RNA-seq data 论文摘要：
初衷：对于一些新接触Apache NIFI的小伙伴来说，他们急于想体验NIFI，恨不得直接找到一篇文章，照着做就直接能够解决目前遇到的需求或者问题，回想当初的我，也是这个心态。其实这样的心态是不对的。好多加入NIFI学习群的新手同学都会有这个问题，一些基本的概念和知识点都没有掌握，然后提出了一堆很初级的问题，对于这些问题，我们可能已经回答了几十上百次，厌倦了，所以大家一般会说"你先去看文档吧！"。其实，对于一个新手，直接看文档，也是一脸懵。所以在这里，我带领新手的你，新建一个同步的流程，并尽可能在新建流程的同时，穿插一些基本概念。跟随本文一起操作或者只是看看，最后你可能就找到了入门的感觉了。
Evidence in disease and non-disease contexts that nonsense mutations cause altered splicing via motif disruption
SBSA: an online service for somatic binding sequence annotation
生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。
本月2022Nucleic Acids Research生物数据库特刊上线，包含185篇文章：其中87篇论文报告了新数据库；85篇更新了该期先前发表的资源；13篇提供了最近在其他期刊发表的数据库的更新。
Single-cell gene regulation network inference by large-scale data integration
在RunNiFi.java源码解读中有提到，最终RunNiFi进程在主程序中启动了新的进程NiFi,并循环监听NIFI进程的状态，直到NIFI进程不在运行，RunNiFi主程序才结束。
TRAPID 2.0: a web application for taxonomic and functional analysis of de novo transcriptomes 论文摘要：
@kkjtmac - 侥幸感染了“优良”毒株，烧了一晚就退了，后面就是咳嗽流涕，对症支持治疗后最终痊愈。总体感受比普通感冒难受多了，该吃药的时候还得吃，如果不能缓解或者加重还是就近医院就诊治疗吧~
如果说我看得比别人远些，那是因为我站在巨人的肩膀上（牛顿语录）。在我们科研的道路上，除了自己努力实验，数据库对我们而言就是巨人的肩膀，整理好的数据，分析可视化的图表甚至拿来就可以用于文章发表。但是数据库太多，哪里去找我们所需要的数据库呢，或者说有没有什么一劳永逸收集所有数据库呢。大多时候，只知道几个耳熟能详的数据库，比如肿瘤领域的TCGA，Oncomine，cBioportal等，但是数据库都各有优劣，怎么找到最合适的来解决自己的科研问题。
在 [[DNA转录过程介绍]] 介绍当中，我们知道 DNA 通过转录可以形成一条单一链的 RNA。虽然从线性角度而言的话，RNA 是单链的。但是细胞内的 RNA 可以通过折叠形成 RNA 的二级结构。RNA 二级结构的形成在很大程度上取决于核苷酸碱基配对，包括经典碱基配对——A-U、C-G 和非 Watson-Crick 配对 G-U，以及非经典碱基配对[1]。RNA 的二级结构除了维持 RNA 本身的稳定性之外，其也可以参与一些基因的调控作用。
现在在进行医学科学研究的时候，如果要研究一个方向，我们经常会去查一下网上都有哪些数据库可以让我们使用，通过数据库的预测来进行确定我们自己的方向。但是要怎么找这些数据库呢？今天就来和大家分享一下，我们是如何查找目标数据库的。
scAIDE: clustering of large-scale single-cell RNA-seq data reveals putative and rare cell types 论文摘要：
今天给大家介绍由河南农业大学陈震教授、中国农业科学院棉花所杨作仁研究员、美国弗吉尼亚联邦大学Lukasz Kurgan教授和澳大利亚蒙纳士大学宋江宁教授等团队合作于2022年7月份发表在生物学顶级期刊Nucleic Acids Research上的一个开源的生物分子序列和结构等特征提取工具，iFeatureOmega。该工具可对多种生物分子类型数据进行特征提取，分析并进行可视化展示。这些数据包括序列数据（DNA，RNA和蛋白质序列）、蛋白质结构数据和小分子结构数据。河南农业大学陈震教授、荷兰莱顿大学刘许晗博士、中国农业科学院棉花所赵佩副研究员和蒙纳士大学李晨博士为并列第一作者。该工具在目前所有主流系统包括Windows, MacOS和Linux系统下进行了软件测试运行。iFeatureOmega包含了服务器（Webserver）版本, 图形用户界面（GUI）版本，以及命令行（CLI）版本，来满足不同计算背景下的用户使用需求。文章通过使用iFeatureOmega对蛋白质锌离子结合位点的结构微环境特征作为运行实例充分展示和论证了该工具的强大功能。
现在数据库升级第二版，更多功能，更多展示 （网络图比下面这个更漂亮，更有生物意义，更有交互性，只是暂时还不能释放 o(╥﹏╥)o）。
近年来, 表观组关联分析（Epigenome-wide Association Study，EWAS）已成为探索复杂性状表观遗传基础的有效策略。随着大量EWAS科研成果的发表，现已积累了海量表观遗传数据，尤其是DNA甲基化芯片数据，其海量数据的整合分析对系统研究不同实验条件下的DNA甲基化状态以及探索与各种性状相关的表观遗传机制具有重要意义。目前，国际上存在一些数据库来存储DNA甲基化芯片数据，但这些数据库缺乏有效和统一的归一化方法来消除不同数据集之间的批次效应，可能对下游分析产生负面影响，元数据标准不统一，并且都不提供跨不同组织、性别、种族和疾病的标准化的DNA甲基化图谱。为了解决这些问题，国家中心开发了EWAS Data Hub数据库。
Ulisses Nunes da Rocha团队在Nucleic Acids Research连续发表了两篇宏基因组数据库TerrestrialMetagenomeDB和HumanMetagenomeDB。分别针对陆地生态系统和人体宏基因组数据。
Integrating genome sequence and structural data for statistical learning to predict transcription factor binding sites 论文摘要：
第五节主要介绍了谱聚类，也可用于上一节提到的社区划分，另外还扩展了基于motif的谱聚类，主要分成两个部分：
2019年10月31日，Nucleic Acids Research在线发表了中科院生物物理所健康大数据研究中心题目为“NPInter v4.0: An integrated database of ncRNA interactions”的论文，发布了最新版的NPInter（NPInter v4.0)。该数据库系统地收录了绝大多数种类非编码RNA的相互作用，并对相互作用以及相关分子进行了详细的注释以及可视化，提供了一个全面、系统的非编码RNA相互作用的研究平台。
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。转载自 http://advdbg.com/blogs/advdbg_system/articles/21.aspx
当时只是大概的讲了启动了Jetty，接下来我们就深入了解一下JettyServer里面都干了些什么。从NIFI.java可以看出，使用反射构造JettyServer，传入两个参数，一个是properties，一个是narBundles。而后调用了start()
在这个图中，连接客户端需要能够使用单个URL与Pulsar集群通信。在本例中，pulsar-cluster.acme.com对所有消息处理brokers进行了抽象。Pulsar消息brokers在BookKeeper的bookies的机器上运行;brokers和bookies也要依赖ZooKeeper。
表观遗传学是与遗传学(genetic)相对应的概念。遗传学是指基于基因序列改变所 致基因表达水平变化，如基因突变、基因杂合丢失和微卫星不稳定等；而表观遗传学则是指基于非基因序列改变所致基因表达水平变化，如DNA甲基化和染色质构象变 化等；表观基因组学(epigenomics) 则是在基因组水平上对表观遗传学改变的研究。
今天在看NAR的database专刊时无意发现“国家基因组科学数据中心”在这上面连续6年每年都发一篇介绍中心的文章，图片4-9分别对应2017-2022的文章主图。我服了，原来可以这样干！每年都更新一下，要知道这期刊的影响因子可在16以上! 不过分散发表的缺点就是难出单篇高引用。
本文主要研究一下nifi的AbstractBinlogTableEventWriter
小RNA在基因表达调控中扮演着重要的角色。一直以来都是研究的热点之一，生信宝典在2017年曾推荐中科院遗传所王秀杰老师组的Psrobot小RNA分析系统，在这里，我们要向大家推荐另一款miRNA在线分析工具psRNATarget [http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/home]。目前该工具仅支持在线使用。
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