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    转录数据过滤-4

    生信技能树学习笔记 数据过滤条件 测序得到的原始序列含有接头序列或低质量序列,为了保证信息分析的准确性, 需要对原始数据进行质量控制,得到高质量序列(即Clean Reads),原始序 列质量控制的标准为...: (1) 去除含接头的reads; (2) 过滤去除低质量值数据,确保数据质量; (3) 去除含有N(无法确定碱基信息)的比例大于5%的reads;(可以根据实际情况) 数据过滤-trim_galore...前台运行命令 暂停命令 Ctrl+Z 查看命令ID 前台转后台 杀程序 后台:Kill -9 %1 前台:Ctrl+C 如何检查脚本内容:echo命令 使用echo将命令打印出来查看是否变量等有错误 数据过滤数据过滤...-trim_galore运行结果 第二种数据过滤软件——fastp https://github.com/OpenGene/fastp 特点:快 fastp常用参数 注意大小写 小技巧:\的妙用 表示手动换行...cleandata}/${id}.fastp.jsondone # 运行fastp脚本nohup bash fastp.sh >fastp.log & 报告解读 总结 去掉的接头 过滤前后的碱基质量

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    转录 - raw dataQC过滤

    Sequence Length Distribution——长度分布 Sequence Duplication levels——序列的重复度 Overrepresented sequences——转录中某个...Adapter Content——接头含量,表示序列中两端adapter的情况 使用MultiQC整合FastQC结果 multiqc *.zip -o ./ 数据过滤 如何判断数据需要过滤?...质量控制标准 去除含接头的reads 过滤去除低质量值数据,确保数据质量 去除含有N(无法确定碱基信息)的比例大于5%(根据实际情况)的reads 数据过滤方式一:trim_galore 常用参数 -q...:fastp 速度比 trim_galore 快 常用参数 -i, -I 后接需要过滤的fastq文件 -o,-O 后接过滤玩输出的fastq文件名 【注意大小写和reads1/2前后对应】 -n --..._1.fastq.gz | paste - - - - > raw.txt # 过滤后的数据 zcat SRR1039510_1_val_1.fq.gz |paste - - - - > trim.txt

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    PHP过滤敏感词

    PHP实现的敏感词过滤方法,有好的编码和好的实现方法,可以发出来一起交流一下。以下是一份过滤敏感词的编码 ?...一.敏感词过滤方案一 /** * @todo 敏感词过滤,返回结果 * @param array $list 定义敏感词一维数组 * @param string $string 要过滤的内容...stringAfter} ]"; } return $log; } 调用方法 function testAction(){ $string = 'likeyou小白喜欢小黑爱着的大黄'; //要过滤的内容...二.敏感词过滤方案二 在网上查了下敏感词过滤方案,找到了一种名为DFA的算法,即Deterministic Finite Automaton算法,翻译成中文就是确定有穷自动机算法。...三.敏感词过滤方案三 方案二在性能上已经可以满足需求了,但是却很容易被破解,比如说,我在待检测文本中的敏感词中间加个空格,就可以成功绕过了。

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    PHP对数据库的相关操作

    本篇文章即从第一步开始,逐步的讲解PHP对数据库的基本操作。...核心知识 - PHP对数据操作的基本步骤 1、定义数据库的基本信息 2、请求“连接主机(服务器)” 3、选择数据库 4、执行SQL命令 5、分析结果集 6、关闭数据库 最核心的知识,其实依旧是知识的逻辑...这个时候,后台语言就要发挥其作用了~ 无论PHP、JAVA还是ASP.NET,任何一个后台语言的作用都是类似的,它们是用于连接前端和数据库的“桥梁”。...定义数据库信息 PHP中定义常量的基本命令:define(constant_name, constant_val); 基本实现: 《PHP入门 - 常量的基本规则》 设置编码格式并选择数据库 如同CSS、JS一样,为了保证前后台数据的正常显示,因此也需要指定PHP的编码格式。

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    PHP过滤器预定义常量

    变量INPUT_SERVER5SERVER变量INPUT_SESSION6SESSION变量INPUT_REQUEST99REQUEST变量 过滤器标记  常量名值(PHP7.2.4)说明FILTER_FLAG_NONE0...验证过滤器  常量名值(PHP7.2.4)说明FILTER_VALIDATE_INT257整型验证过滤器FILTER_VALIDATE_BOOLEAN258布尔验证过滤器FILTER_VALIDATE_FLOAT259...FILTER_VALIDATE_IP275IP地址验证过滤器FILTER_VALIDATE_MAC276PHP5.5起,MAC地址验证过滤器FILTER_VALIDATE_DOMAIN277域名验证过滤器...清洗过滤器  常量名值(PHP7.2.4)说明FILTER_SANITIZE_STRING 513 字符串过滤器FILTER_SANITIZE_STRIPPED513字符串过滤器的别名FILTER_SANITIZE_ENCODED514url...转义过滤器FILTER_SANITIZE_FULL_SPECIAL_CHARS522PHP5.3.3起,全部特殊字符过滤器 其他  常量名值(PHP7.2.4)说明FILTER_DEFAULT 与配置的默认过滤器相同

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    PHP正则中的捕获与非捕获

    今天遇到一个正则匹配的问题,忽然翻到有捕获的概念,手册上也是一略而过,百度时无意翻到C#和Java中有对正则捕获的特殊用法,搜索关键词有PHP时竟然没有相关内容,自己试了一下,发现在PHP中也是可行的...什么是捕获 我们先看一下PHP的正则匹配函数 int preg_match ( string $pattern , string $subject [, array &$matches [, int...PHP会为它编号,从1开始。至于为什么会从1开始,那是因为PHP把匹配到的完整字符串编号为0。 如果有多个括号或嵌套括号,按左边括号出现的顺序来进行编号,如图: ?...按图中的匹配模式匹配时,捕获的123号分别是红绿蓝。 捕获的忽略与命名 我们还可以阻止PHP为匹配的编号:在匹配中模式前加  ?: $mode = '/a=(\d+)b=(?...非捕获的用法: 为什么称为非捕获呢?那是因为它们有捕获的特性,在匹配模式的()中,但是匹配时,PHP不会为它们编组,它们只会影响匹配结果,并不作为结果输出。 /d(?

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