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    Chemical Science | SDEGen:基于随机微分方程的构象生成模型

    本文介绍一篇来自浙江大学侯廷军教授、康玉副教授和碳硅智慧联合发表在Chemical Science的论文《SDEGen: Learning to Evolve Molecular Conformations from Thermodynamic Noise for Conformation Generation》。该论文提出了一种将分子力学当中的随机动力学系统和深度学习当中的概率模型相结合的小分子三维构象生成模型:SDEGen。作者采用随机微分方程(Stochastic Differential Equation, SDE)模拟分子构象从热噪声分布到热平衡分布的过程,联合概率深度学习的最新DDIM(Denoising Diffusion Implicit Models)模型,不仅提高了模型生成构象的效率,并且在多项评测任务(包括构象生成质量、原子间距离分布和构象簇的热力学性质)上实现了精度的提升。如在构象生成质量上,其多样性指标优于传统方法22%,准确性指标优于传统方法40%;在热力学性质预测方面,将传统方法的精度提升了一个数量级,与量化计算的结果误差缩小至~2kJ/mol。除此之外,这篇文章还引入了晶体构象的比对实验和势能面分布实验,为构象生成任务的评测提供了更多维及更物理的视角。大量的实验表明,SDEGen不仅可以搜索到小分子晶体构象所在的势能面的势阱当中,还可以搜索到完整势能面上多个局域优势构象。同时,SDEGen模型计算效率极高,在分子对接、药效团识别、定量构效关系等药物设计任务中具有广泛的应用前景。

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    双边滤波算法原理

    图像平滑是一个重要的操作,而且有多种成熟的算法。这里主要简单介绍一下Bilateral方法(双边滤波),这主要是由于前段时间做了SSAO,需要用bilateral blur 算法进行降噪。Bilateral blur相对于传统的高斯blur来说很重要的一个特性即可可以保持边缘(Edge Perseving),这个特点对于一些图像模糊来说很有用。一般的高斯模糊在进行采样时主要考虑了像素间的空间距离关系,但是却并没有考虑像素值之间的相似程度,因此这样我们得到的模糊结果通常是整张图片一团模糊。Bilateral blur的改进就在于在采样时不仅考虑像素在空间距离上的关系,同时加入了像素间的相似程度考虑,因而可以保持原始图像的大体分块进而保持边缘。在于游戏引擎的post blur算法中,bilateral blur常常被用到,比如对SSAO的降噪。

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    [图]最短路径-Floyd算法

    > Floyd算法(Floyd-Warshall algorithm)又称为插点法,是一种利用动态规划的思想寻找给定的加权图中多源点之间最短路径的算法,与Dijkstra算法类似。该算法名称以创始人之一、1978年图灵奖获得者、斯坦福大学计算机科学系教授罗伯特·弗洛伊德命名。 -来自百度百科 前一篇文章:[第六章 图-Dijkstra算法](https://study.sqdxwz.com/index.php/archives/13/) 我们已经学习过了单源最短路径求解方法,这次我们来学习所有顶点间(任意两点间)的最短路径求解方法-Floyd算法。 对于求解任意两点最短路径的方式,我们也可以采用简单暴力将Dijkstra算法循环n遍(假设存在有n个顶点),也是可以求解任意两点间距离的,但是人类社会之所以会进步,难道仅仅是会使用筷子?还是好好学习更先进的算法-Floyd算法吧! **注:**采用此暴力的时间复杂度为:O(n^3)。

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    深入详解iOS适配技术

    iPhone自诞生以来,随着其屏幕尺寸不断的多样化,屏幕适配的技术一直在发展更新。目前,iOS系统版本已经更新到9.3,XCode的最新版本已经是7.3,仅iPhone历史产品的尺寸就已经有4种:3.5英寸、4.0英寸、4.7英寸、5.5英寸。最近,iPhone家族又诞生一款iPhoneSE,鉴于这款iPhoneSE的屏幕尺寸和iPhone5S的尺寸一模一样——同样是4.0英寸,广大iOS开发者可算是松了口气,不然iOS的屏幕尺寸真的是越来越让人眼花缭乱。 按照时间顺序,屏幕适配是这样发展的:纯代码计算frame-> autoresizing(早期进行UI布局的技术,仅适用于约束父子控件之间的关系)->AutoLayout(iOS6/2012年、iPhone5被引入,比autoresizing更加高级,旨在替代autoresizing,可以设置任何控件之间的关系)->sizeClass(iOS8出现,用于解决越来越多的屏幕尺寸的适配问题)。 在iPhone3gs时代,手机的屏幕尺寸有且只有一种,也就是3.5英寸。开发app的时候,根本不用考虑同一个视图在不同尺寸的屏幕上显示的问题。iOS开发者完全可以用纯代码的方式把一个控件的frame写死。 后来apple公司推出了4.0英寸的iPhone5和iPhone5S,所以,针对于不同尺寸的屏幕,再把控件的frame写死就不可取了。(其实也不是不可取,很多iOS开发者做屏幕适配的时候不是用的autoresizing或autolayout,而是以代码的方式动态获取屏幕的尺寸,然后根据屏幕的尺寸来写死子控件的frame。使用这种方式你会在代码中无辜增加很多if...else... 的条件判断语句。另一种方式是获取到屏幕的尺寸后,按照控件和屏幕的比例来设置控件的frame,其本质上也是写死frame。所以这两种方式都不可取,毕竟将来会回出现越来越多的屏幕尺寸。从开发的角度,重复繁琐的代码会牵绊住开发者的进度;从程序设计角度,这样的设计思路不够高级,且日后不易于拓展和维护。)

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