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phyml:基于最大似然法构建进化树

phyml 是基于最大似然法原理构建系统发生树的软件，官网如下 http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/ 官网提供了在线服务，截图如下 ? 共分成了四大部分 1....output.phys phylip sequential muscle -phyi -in input.fa -out output.phyi 需要注意的是，muscle默认输出的phylip格式不能满足phyml...也可以下载到本地运行，安装过程如下 wget http://www.atgc-montpellier.fr/download/binaries/phyml/PhyML-3.1.zip unzip PhyML

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抛砖引玉：生信学习的最高境界

今天我们要学习的，同样是一款经典的进化树构建软件：PhyML，目前这些软件在生信云平台上都可以免费使用。...PhyML简介 PhyML（Phylogenetic Estimation using (Maximum) Likelihood）是一款由C++编写，基于最大似然法的系统发育树构建软件。...多种替代模型：PhyML支持多种替代模型，包括核酸模型（如HKY85、JC69、K80等）和氨基酸模型（如LG、WAG、JTT等），能够适应不同的分析需求。...并且PhyML还能够根据数据自动选择最合适的进化模型。 2. 高效的搜索选项：软件具备高效的搜索算法，能够快速搜索到最优的系统发育树拓扑结构。 3....Bayesian时间估计：PhyML还包含PhyTime工具，可以进行进化分歧时间的贝叶斯估计，特别适用于需要考虑化石校准和速率变化的情况。 5.

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生信教程：使用拓扑加权探索基因组进化（2）

我们将运行在 Windows 中读取 SNP 文件的脚本，然后使用 Phyml 为每个窗口推断一棵树。...Phyml 能够进行最大似然推断，但这里我们不会使用优化，因此树输出将是邻接树，使用 BIONJ 算法推断。通过模拟，我们发现邻接算法对于短序列的性能优于最大似然推理。...最后，还有如何运行 Phyml 的选项。这里我们只需要设置 --optimise n 来关闭最大似然，并用 --model HYK85 定义替换模型，因为这是模拟序列的模型。...\ -w msms_4of10_l50k_r500_sweep.seqgen.SNP.w$x.phyml_bionj.weights.tsv \ -g A 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10 \...l50k_r500_sweep.seqgen.SNP.w500.phyml_bionj.data.tsv') 加载测量和窗口数据。

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构建系统进化树到底选哪个工具？

FastTree特别适合处理大规模的序列数据集，不仅运行速度快（比传统的PhyML或RAxML快100-1000倍），且内存消耗低。...PHYML PHYML支持多种进化模型和参数估计方法。模型灵活，计算速度快，用户友好。...但相比其他工具，PHYML的模型的选择和参数估计的精细度略逊一筹，适用于中等规模的数据集，特别是需要灵活模型选择的情况。详情可参考文章：抛砖引玉：生信学习的最高境界。...常用的系统发育树构建工具有IQ-Tree、FastTree、RAxML和PHYML，它们各有优劣势和适用范围，我们根据自己的需求和情况选用即可。

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ETE构建、绘制进化树

[phyml_default] _desc = Phyml tree using +G+I+F, 4 classes and aLRT branch supports....Default models JTT/GTR _app = phyml _aa_model = JTT -nt_model = GTR --pinv = e --...>customized.config ## 修改后的customized.config [phyml_bootstrap_100] _desc = Phyml tree using...Default models JTT/GTR _app = phyml _aa_model = JTT -nt_model = GTR --pinv =..._100 -w mafft_einsi-trimal_auto-none-phyml_bootstrap_100 -c customized.cfg --cpu 5 氨基酸比对指导核苷酸比对的进化树构建

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FastTree:速度最快的最大似然法进化树构建软件

官方的说法是，对于大的比对数据集，FastTree 比phyml或者RAxML 快100到1000倍。...利用不同的测试数据集，比较了fastTree 不同替换模型和RAxML, PhyML 运行速度的差异。结果如下 ?...FastTree 的准确度是最高的，从此可以看出，对于几万条核酸序列的进化树分析，FastTree 是最佳选择之一；对于蛋白序列，在可以运行出结果的前提下，FastTree 的准确度相比RAxML， PhyML

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一文学会从测序数据到构建系统发育树：超全面的详细步骤与软件指南

• 软件工具：IQ-TREE、RAxML、FastTree、PhyML等。这些软件支持多种进化模型，能够处理大规模数据，提供准确的ML树。...了解FastTree详情参考文章：FastTree：构建系统进化树，比快更快 PhyML PHYML以其简单、准确和速度而闻名，适用于较小的数据集，在处理短序列时表现优于其他方法。...了解PhyML详情参考文章：抛砖引玉：生信学习的最高境界我们可以根据自己的需求和喜好等因素去考量，选最适合自己的那个就是最好的。...对于大规模数据集，FastTree和IQTREE是较好的选择；而对于需要高精度结果的研究，则可以选择RaxML或PHYML。

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hpv病毒基因研究调研

p=660 用phyML对多重比对phy文件来构建进化树 http://www.bio-info-trainee.com/?

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FastTree：构建系统进化树，比快更快

FastTree最大的特点就是运行速度快，比传统的PhyML 3.0或RAxML 7快100-1000倍，支持几百万条序列的建树任务，非常适合处理大规模的序列数据集。

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20220519_生物信息平台搭建及生物信息软件安装

install phylip #-------------------------------------------------------------------------------- #(50)phyml...已安装 apt-get install phyml #------------------------------------------------------------------------

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ALTER:序列比对格式转化小工具

outputProgram) VAL : Output program (jModelTest, MrBayes, PAML, PAUP, PhyML

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泛基因组分析计算核心可变基因家族的kaks

python=3.9 conda activate wgd conda install mamba mamba install blast mcl mafft muscle prank fasttree phyml

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用在线RaxML构建系统发育树

在线进行系统发育树构建：进入ATGC网站 http://www.atgc-montpellier.fr/ 我们选择左端Online programs，新页中选择PhyML，如下图上传上一步得到的PHYLIP

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对新冠病毒核酸序列构建系统进化树

可以参考我以前的博客： http://www.bio-info-trainee.com/659.html Muscle进行多序列比对 http://www.bio-info-trainee.com/626.html 用phyML

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Iqtree2：新模型高效构建系统发育树

目前实现最大似然法建树的工具有MEGA、PhyML、RaxML等，然而这些软件参数设置十分复杂，尤其是核苷酸与氨基酸替代矩阵的选择往往对结果的准确性有着很大的影响，而普通用户往往难以选择。

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SnapGene分子生物学分析软件下载安装，SnapGene软件功能介绍

同时，SnapGene还支持多种DNA测序数据处理和比对工具，如BLAST、Clustal Omega、MUSCLE、PhyML等，能够满足用户对DNA测序数据的分析和处理需求。

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1分钟构建完美的系统进化树

与传统的RAxML和PhyML相比，IQ-TREE在计算时间上具有明显优势，同时还能提供更高的支持率。 2.

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R包神器 | 系统发育和进化分析 - ape (一)

Some functions call external applications (PhyML, Clustal, T-Coffee, Muscle) whose results are returned...Principal Coordinate Analysis phydataplot == Tree Annotation phymltest == Fits a Bunch of Models with PhyML

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特征法建树的千层套路

写在最后，用几行扼要地列举一下几种特征法使用的软件：最大简约法 TNT、WinClada、PAUP*、NONA、MEGAX 最大似然法 IQ-Tree、RaxML （最新版RaxML-NG功能更强大）、PhyML

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